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#!/bin/bash
OUTDIR=$1
PANGO_VERSION=$2
PLEARN_VERSION=$3
REPO_PATH=/localdisk/home/s1680070/repositories
echo $PLEARN_VERSION
echo $PANGO_VERSION
cd $REPO_PATH/pangolin-data && git pull
git checkout -b "origin/prerelease_$PANGO_VERSION" "remotes/origin/prerelease_$PANGO_VERSION" || git checkout -b "prerelease_$PANGO_VERSION"
git pull
cd $REPO_PATH/pangoLEARN && git pull
git checkout "prerelease_$PLEARN_VERSION" || git checkout -b "prerelease_$PLEARN_VERSION"
git pull
cp $OUTDIR/pangolearn.init.py $REPO_PATH/pangoLEARN/pangoLEARN/__init__.py
cp $OUTDIR/pangolin_data.init.py $REPO_PATH/pangolin-data/pangolin_data/__init__.py
cp $OUTDIR/decisionTreeHeaders_v1.joblib $REPO_PATH/pangoLEARN/pangoLEARN/data/decisionTreeHeaders_v1.joblib
cp $OUTDIR/decisionTree_v1.joblib $REPO_PATH/pangoLEARN/pangoLEARN/data/decisionTree_v1.joblib
cp $OUTDIR/decision_tree_rules.zip $REPO_PATH/pangoLEARN/pangoLEARN/data/decision_tree_rules.zip
cp $OUTDIR/random* $REPO_PATH/pangoLEARN/pangoLEARN/data/
cp $OUTDIR/random* $REPO_PATH/pangoLEARN/pangoLEARN/data/
cp $OUTDIR/metadata.final.csv $REPO_PATH/pangoLEARN/pangoLEARN/data/lineages.downsample.csv
cp $OUTDIR/lineage.hash.csv $REPO_PATH/pangoLEARN/pangoLEARN/data/lineages.hash.csv
cp $OUTDIR/random* $REPO_PATH/pangolin-data/pangolin_data/data/
cp $OUTDIR/lineage.hash.csv $REPO_PATH/pangolin-data/pangolin_data/data/lineages.hash.csv
cp $REPO_PATH/pango-designation/pango_designation/alias_key.json $REPO_PATH/pangolin-data/pangolin_data/data/
cd $REPO_PATH/pangoLEARN && git pull
cp $REPO_PATH/pangolin-data/pangolin_data/data/lineageTree.pb $REPO_PATH/pangoLEARN/pangoLEARN/data/lineageTree.pb
git add $REPO_PATH/pangoLEARN/pangoLEARN/data/*
git add $REPO_PATH/pangoLEARN/pangoLEARN/__init__.py
git status
git commit -m "adding latest decision tree and rf model to pangoLEARN repo for trained version $PLEARN_VERSION corresponding to $PANGO_VERSION"
git push --set-upstream origin "prerelease_$PLEARN_VERSION"
git checkout master
cd $REPO_PATH/pangolin-data && git pull
git status
git add $REPO_PATH/pangolin-data/pangolin_data/data/*
git add $REPO_PATH/pangolin-data/pangolin_data/__init__.py
git commit -m "adding latest hash, alias file and rf model corresponding to $PANGO_VERSION"
git push --set-upstream origin "prerelease_$PANGO_VERSION"
git push origin HEAD:"prerelease_$PANGO_VERSION"
git checkout main
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