1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
|
@HD VN:1.0
@SQ SN:chr1 LN:100
@SQ SN:chr2 LN:100
@CO Test counting of mapped/unmapped reads
read1_mapped 0 chr1 21 20 10M1D25M = 200 167 AGCTTAGCTAGCTACCTATATCTTGGTCTTGGCCG <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<:<9/,&,22;;<<< NM:i:1
read2_unmapped 4 chr1 21 20 10M1D25M = 200 167 AGCTTAGCTAGCTACCTATATCTTGGTCTTGGCCG <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<:<9/,&,22;;<<< NM:i:1
read3_unmapped 20 chr1 21 20 10M1D25M = 200 167 AGCTTAGCTAGCTACCTATATCTTGGTCTTGGCCG <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<:<9/,&,22;;<<< NM:i:1
pair1a_mapped 67 chr1 21 20 10M1D25M = 200 167 AGCTTAGCTAGCTACCTATATCTTGGTCTTGGCCG <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<:<9/,&,22;;<<< NM:i:1
pair1b_mapped 131 chr1 21 20 10M1D25M = 200 167 AGCTTAGCTAGCTACCTATATCTTGGTCTTGGCCG <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<:<9/,&,22;;<<< NM:i:1
pair2a_unmapped 71 chr1 21 20 10M1D25M = 200 167 AGCTTAGCTAGCTACCTATATCTTGGTCTTGGCCG <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<:<9/,&,22;;<<< NM:i:1
pair2b_mapped 139 chr1 21 20 10M1D25M = 200 167 AGCTTAGCTAGCTACCTATATCTTGGTCTTGGCCG <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<:<9/,&,22;;<<< NM:i:1
pair3a_unmapped 77 chr1 21 20 10M1D25M = 200 167 AGCTTAGCTAGCTACCTATATCTTGGTCTTGGCCG <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<:<9/,&,22;;<<< NM:i:1
pair3b_unmapped 141 chr1 21 20 10M1D25M = 200 167 AGCTTAGCTAGCTACCTATATCTTGGTCTTGGCCG <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<:<9/,&,22;;<<< NM:i:1
noseq2b_mapped 139 chr1 21 20 10M1D25M = 200 167 AGCTTAGCTAGCTACCTATATCTTGGTCTTGGCCG <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<:<9/,&,22;;<<< NM:i:1
bread1_mapped 0 chr2 21 20 10M1D25M = 200 167 AGCTTAGCTAGCTACCTATATCTTGGTCTTGGCCG <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<:<9/,&,22;;<<< NM:i:1
bread2_unmapped 4 chr2 21 20 10M1D25M = 200 167 AGCTTAGCTAGCTACCTATATCTTGGTCTTGGCCG <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<:<9/,&,22;;<<< NM:i:1
bread3_unmapped 20 chr2 21 20 10M1D25M = 200 167 AGCTTAGCTAGCTACCTATATCTTGGTCTTGGCCG <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<:<9/,&,22;;<<< NM:i:1
bpair1a_mapped 67 chr2 21 20 10M1D25M = 200 167 AGCTTAGCTAGCTACCTATATCTTGGTCTTGGCCG <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<:<9/,&,22;;<<< NM:i:1
bpair1b_mapped 131 chr2 21 20 10M1D25M = 200 167 AGCTTAGCTAGCTACCTATATCTTGGTCTTGGCCG <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<:<9/,&,22;;<<< NM:i:1
bpair2a_unmapped 71 chr2 21 20 10M1D25M = 200 167 AGCTTAGCTAGCTACCTATATCTTGGTCTTGGCCG <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<:<9/,&,22;;<<< NM:i:1
bpair2b_mapped 139 chr2 21 20 10M1D25M = 200 167 AGCTTAGCTAGCTACCTATATCTTGGTCTTGGCCG <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<:<9/,&,22;;<<< NM:i:1
bpair3a_unmapped 77 chr2 21 20 10M1D25M = 200 167 AGCTTAGCTAGCTACCTATATCTTGGTCTTGGCCG <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<:<9/,&,22;;<<< NM:i:1
bpair3b_unmapped 141 chr2 21 20 10M1D25M = 200 167 AGCTTAGCTAGCTACCTATATCTTGGTCTTGGCCG <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<:<9/,&,22;;<<< NM:i:1
bnoseq2b_mapped 139 chr2 21 20 10M1D25M = 200 167 AGCTTAGCTAGCTACCTATATCTTGGTCTTGGCCG <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<:<9/,&,22;;<<< NM:i:1
noseq1_unmapped 4 * 0 20 * = 200 167 AGCTTAGCTAGCTACCTATATCTTGGTCTTGGCCG <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<:<9/,&,22;;<<< NM:i:1
noseq2a_unmapped 71 * 0 20 * = 200 167 AGCTTAGCTAGCTACCTATATCTTGGTCTTGGCCG <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<:<9/,&,22;;<<< NM:i:1
pair3a_unmapped 77 * 0 20 * = 200 167 AGCTTAGCTAGCTACCTATATCTTGGTCTTGGCCG <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<:<9/,&,22;;<<< NM:i:1
pair3b_unmapped 141 * 0 20 * = 200 167 AGCTTAGCTAGCTACCTATATCTTGGTCTTGGCCG <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<:<9/,&,22;;<<< NM:i:1
|
