package info (click to toggle)
python-pysam 0.20.0%2Bds-3
  • links: PTS, VCS
  • area: main
  • in suites: bookworm
  • size: 17,348 kB
  • sloc: ansic: 137,388; python: 8,501; sh: 283; makefile: 263; perl: 41

Folder: samtools

d .. (parent)
d d rwxr-xr-x 84 lz4
- - rw-r--r-- 1,706 LICENSE
- - rw-r--r-- 5,999 README
- - rw-r--r-- 64,000 amplicon_stats.c
- - rw-r--r-- 64,245 amplicon_stats.c.pysam.c
- - rw-r--r-- 8,994 bam.c
- - rw-r--r-- 9,023 bam.c.pysam.c
- - rw-r--r-- 1,523 bam.h
- - rw-r--r-- 32,326 bam2depth.c
- - rw-r--r-- 32,473 bam2depth.c.pysam.c
- - rw-r--r-- 15,919 bam_addrprg.c
- - rw-r--r-- 16,146 bam_addrprg.c.pysam.c
- - rw-r--r-- 34,176 bam_ampliconclip.c
- - rw-r--r-- 34,655 bam_ampliconclip.c.pysam.c
- - rw-r--r-- 1,794 bam_ampliconclip.h
- - rw-r--r-- 2,155 bam_aux.c
- - rw-r--r-- 2,184 bam_aux.c.pysam.c
- - rw-r--r-- 19,850 bam_cat.c
- - rw-r--r-- 20,131 bam_cat.c.pysam.c
- - rw-r--r-- 4,969 bam_color.c
- - rw-r--r-- 4,998 bam_color.c.pysam.c
- - rw-r--r-- 56,310 bam_consensus.c
- - rw-r--r-- 56,447 bam_consensus.c.pysam.c
- - rw-r--r-- 29,926 bam_fastq.c
- - rw-r--r-- 30,162 bam_fastq.c.pysam.c
- - rw-r--r-- 3,257 bam_flags.c
- - rw-r--r-- 3,322 bam_flags.c.pysam.c
- - rw-r--r-- 15,907 bam_import.c
- - rw-r--r-- 16,008 bam_import.c.pysam.c
- - rw-r--r-- 8,946 bam_index.c
- - rw-r--r-- 9,128 bam_index.c.pysam.c
- - rw-r--r-- 6,949 bam_lpileup.c
- - rw-r--r-- 7,023 bam_lpileup.c.pysam.c
- - rw-r--r-- 2,059 bam_lpileup.h
- - rw-r--r-- 75,203 bam_markdup.c
- - rw-r--r-- 76,105 bam_markdup.c.pysam.c
- - rw-r--r-- 18,322 bam_mate.c
- - rw-r--r-- 18,432 bam_mate.c.pysam.c
- - rw-r--r-- 14,924 bam_md.c
- - rw-r--r-- 15,103 bam_md.c.pysam.c
- - rw-r--r-- 2,126 bam_plbuf.c
- - rw-r--r-- 2,155 bam_plbuf.c.pysam.c
- - rw-r--r-- 2,126 bam_plbuf.h
- - rw-r--r-- 45,872 bam_plcmd.c
- - rw-r--r-- 46,234 bam_plcmd.c.pysam.c
- - rw-r--r-- 6,742 bam_quickcheck.c
- - rw-r--r-- 6,888 bam_quickcheck.c.pysam.c
- - rw-r--r-- 19,915 bam_reheader.c
- - rw-r--r-- 20,205 bam_reheader.c.pysam.c
- - rw-r--r-- 10,668 bam_rmdup.c
- - rw-r--r-- 10,805 bam_rmdup.c.pysam.c
- - rw-r--r-- 7,510 bam_rmdupse.c
- - rw-r--r-- 7,584 bam_rmdupse.c.pysam.c
- - rw-r--r-- 14,613 bam_samples.c
- - rw-r--r-- 14,687 bam_samples.c.pysam.c
- - rw-r--r-- 115,593 bam_sort.c
- - rw-r--r-- 115,892 bam_sort.c.pysam.c
- - rw-r--r-- 21,369 bam_split.c
- - rw-r--r-- 21,470 bam_split.c.pysam.c
- - rw-r--r-- 13,640 bam_stat.c
- - rw-r--r-- 14,398 bam_stat.c.pysam.c
- - rw-r--r-- 19,736 bamshuf.c
- - rw-r--r-- 19,945 bamshuf.c.pysam.c
- - rw-r--r-- 12,828 bamtk.c
- - rw-r--r-- 13,307 bamtk.c.pysam.c
- - rw-r--r-- 10,699 bedcov.c
- - rw-r--r-- 10,863 bedcov.c.pysam.c
- - rw-r--r-- 19,356 bedidx.c
- - rw-r--r-- 19,547 bedidx.c.pysam.c
- - rw-r--r-- 1,767 bedidx.h
- - rw-r--r-- 18,559 consensus_pileup.c
- - rw-r--r-- 18,624 consensus_pileup.c.pysam.c
- - rw-r--r-- 3,612 consensus_pileup.h
- - rw-r--r-- 27,894 coverage.c
- - rw-r--r-- 28,031 coverage.c.pysam.c
- - rw-r--r-- 8,899 cut_target.c
- - rw-r--r-- 9,066 cut_target.c.pysam.c
- - rw-r--r-- 7,526 dict.c
- - rw-r--r-- 7,717 dict.c.pysam.c
- - rw-r--r-- 15,031 faidx.c
- - rw-r--r-- 15,276 faidx.c.pysam.c
- - rw-r--r-- 25,362 padding.c
- - rw-r--r-- 25,904 padding.c.pysam.c
- - rw-r--r-- 29,567 phase.c
- - rw-r--r-- 30,166 phase.c.pysam.c
- - rw-r--r-- 18,646 reference.c
- - rw-r--r-- 18,729 reference.c.pysam.c
- - rw-r--r-- 7,009 sam_opts.c
- - rw-r--r-- 7,065 sam_opts.c.pysam.c
- - rw-r--r-- 4,122 sam_opts.h
- - rw-r--r-- 4,601 sam_utils.c
- - rw-r--r-- 4,747 sam_utils.c.pysam.c
- - rw-r--r-- 57,892 sam_view.c
- - rw-r--r-- 58,164 sam_view.c.pysam.c
- - rw-r--r-- 4,540 sample.c
- - rw-r--r-- 4,569 sample.c.pysam.c
- - rw-r--r-- 1,560 sample.h
- - rw-r--r-- 2,464 samtools.h
- - rw-r--r-- 1,589 samtools.pysam.c
- - rw-r--r-- 1,876 samtools.pysam.h
- - rw-r--r-- 14,621 splaysort.h
- - rw-r--r-- 107,387 stats.c
- - rw-r--r-- 108,082 stats.c.pysam.c
- - rw-r--r-- 8,075 stats_isize.c
- - rw-r--r-- 8,122 stats_isize.c.pysam.c
- - rw-r--r-- 2,484 stats_isize.h
- - rw-r--r-- 13,738 tmp_file.c
- - rw-r--r-- 13,785 tmp_file.c.pysam.c
- - rw-r--r-- 3,643 tmp_file.h
- - rwxr-xr-x 1,539 version.sh