package info (click to toggle)
python-pysam 0.23.0%2Bds-1
  • links: PTS, VCS
  • area: main
  • in suites: forky, sid, trixie
  • size: 18,468 kB
  • sloc: ansic: 158,936; python: 8,604; sh: 338; makefile: 264; perl: 41

Folder: samtools

d .. (parent)
d d rwxr-xr-x 84 lz4
- - rw-r--r-- 1,706 LICENSE
- - rw-r--r-- 5,991 README
- - rw-r--r-- 64,492 amplicon_stats.c
- - rw-r--r-- 64,737 amplicon_stats.c.pysam.c
- - rw-r--r-- 8,994 bam.c
- - rw-r--r-- 9,023 bam.c.pysam.c
- - rw-r--r-- 1,523 bam.h
- - rw-r--r-- 33,351 bam2depth.c
- - rw-r--r-- 33,498 bam2depth.c.pysam.c
- - rw-r--r-- 15,919 bam_addrprg.c
- - rw-r--r-- 16,146 bam_addrprg.c.pysam.c
- - rw-r--r-- 40,070 bam_ampliconclip.c
- - rw-r--r-- 40,630 bam_ampliconclip.c.pysam.c
- - rw-r--r-- 1,917 bam_ampliconclip.h
- - rw-r--r-- 2,155 bam_aux.c
- - rw-r--r-- 2,184 bam_aux.c.pysam.c
- - rw-r--r-- 34,092 bam_cat.c
- - rw-r--r-- 34,463 bam_cat.c.pysam.c
- - rw-r--r-- 4,969 bam_color.c
- - rw-r--r-- 4,998 bam_color.c.pysam.c
- - rw-r--r-- 99,927 bam_consensus.c
- - rw-r--r-- 100,190 bam_consensus.c.pysam.c
- - rw-r--r-- 36,486 bam_fastq.c
- - rw-r--r-- 36,722 bam_fastq.c.pysam.c
- - rw-r--r-- 3,257 bam_flags.c
- - rw-r--r-- 3,322 bam_flags.c.pysam.c
- - rw-r--r-- 17,443 bam_import.c
- - rw-r--r-- 17,562 bam_import.c.pysam.c
- - rw-r--r-- 9,708 bam_index.c
- - rw-r--r-- 9,890 bam_index.c.pysam.c
- - rw-r--r-- 6,949 bam_lpileup.c
- - rw-r--r-- 7,023 bam_lpileup.c.pysam.c
- - rw-r--r-- 2,059 bam_lpileup.h
- - rw-r--r-- 85,021 bam_markdup.c
- - rw-r--r-- 85,311 bam_markdup.c.pysam.c
- - rw-r--r-- 41,296 bam_mate.c
- - rw-r--r-- 41,424 bam_mate.c.pysam.c
- - rw-r--r-- 18,673 bam_md.c
- - rw-r--r-- 18,852 bam_md.c.pysam.c
- - rw-r--r-- 2,126 bam_plbuf.c
- - rw-r--r-- 2,155 bam_plbuf.c.pysam.c
- - rw-r--r-- 1,866 bam_plbuf.h
- - rw-r--r-- 46,775 bam_plcmd.c
- - rw-r--r-- 47,137 bam_plcmd.c.pysam.c
- - rw-r--r-- 6,742 bam_quickcheck.c
- - rw-r--r-- 6,888 bam_quickcheck.c.pysam.c
- - rw-r--r-- 20,107 bam_reheader.c
- - rw-r--r-- 20,397 bam_reheader.c.pysam.c
- - rw-r--r-- 10,668 bam_rmdup.c
- - rw-r--r-- 10,805 bam_rmdup.c.pysam.c
- - rw-r--r-- 7,510 bam_rmdupse.c
- - rw-r--r-- 7,584 bam_rmdupse.c.pysam.c
- - rw-r--r-- 14,613 bam_samples.c
- - rw-r--r-- 14,687 bam_samples.c.pysam.c
- - rw-r--r-- 134,564 bam_sort.c
- - rw-r--r-- 134,908 bam_sort.c.pysam.c
- - rw-r--r-- 32,176 bam_split.c
- - rw-r--r-- 32,277 bam_split.c.pysam.c
- - rw-r--r-- 13,640 bam_stat.c
- - rw-r--r-- 14,398 bam_stat.c.pysam.c
- - rw-r--r-- 20,628 bamshuf.c
- - rw-r--r-- 20,864 bamshuf.c.pysam.c
- - rw-r--r-- 13,541 bamtk.c
- - rw-r--r-- 14,058 bamtk.c.pysam.c
- - rw-r--r-- 11,638 bedcov.c
- - rw-r--r-- 11,907 bedcov.c.pysam.c
- - rw-r--r-- 20,042 bedidx.c
- - rw-r--r-- 20,233 bedidx.c.pysam.c
- - rw-r--r-- 1,767 bedidx.h
- - rw-r--r-- 18,938 consensus_pileup.c
- - rw-r--r-- 19,003 consensus_pileup.c.pysam.c
- - rw-r--r-- 4,609 consensus_pileup.h
- - rw-r--r-- 29,093 coverage.c
- - rw-r--r-- 29,230 coverage.c.pysam.c
- - rw-r--r-- 20,627 cram_size.c
- - rw-r--r-- 20,701 cram_size.c.pysam.c
- - rw-r--r-- 8,899 cut_target.c
- - rw-r--r-- 9,066 cut_target.c.pysam.c
- - rw-r--r-- 7,526 dict.c
- - rw-r--r-- 7,717 dict.c.pysam.c
- - rw-r--r-- 19,866 faidx.c
- - rw-r--r-- 20,165 faidx.c.pysam.c
- - rw-r--r-- 25,362 padding.c
- - rw-r--r-- 25,904 padding.c.pysam.c
- - rw-r--r-- 30,059 phase.c
- - rw-r--r-- 30,658 phase.c.pysam.c
- - rw-r--r-- 18,646 reference.c
- - rw-r--r-- 18,729 reference.c.pysam.c
- - rw-r--r-- 22,244 reset.c
- - rw-r--r-- 22,552 reset.c.pysam.c
- - rw-r--r-- 7,009 sam_opts.c
- - rw-r--r-- 7,065 sam_opts.c.pysam.c
- - rw-r--r-- 4,122 sam_opts.h
- - rw-r--r-- 5,854 sam_utils.c
- - rw-r--r-- 6,009 sam_utils.c.pysam.c
- - rw-r--r-- 3,350 sam_utils.h
- - rw-r--r-- 63,075 sam_view.c
- - rw-r--r-- 63,338 sam_view.c.pysam.c
- - rw-r--r-- 4,540 sample.c
- - rw-r--r-- 4,569 sample.c.pysam.c
- - rw-r--r-- 1,560 sample.h
- - rw-r--r-- 1,905 samtools.h
- - rw-r--r-- 1,589 samtools.pysam.c
- - rw-r--r-- 1,876 samtools.pysam.h
- - rw-r--r-- 14,621 splaysort.h
- - rw-r--r-- 109,461 stats.c
- - rw-r--r-- 110,156 stats.c.pysam.c
- - rw-r--r-- 8,075 stats_isize.c
- - rw-r--r-- 8,122 stats_isize.c.pysam.c
- - rw-r--r-- 2,484 stats_isize.h
- - rw-r--r-- 13,783 tmp_file.c
- - rw-r--r-- 13,830 tmp_file.c.pysam.c
- - rw-r--r-- 3,643 tmp_file.h
- - rwxr-xr-x 1,537 version.sh