File: 5.vcf

package info (click to toggle)
python-pysam 0.7.7-1~bpo70%2B1
links: PTS, VCS
area: main
in suites: wheezy-backports
size: 11,096 kB
sloc: ansic: 25,638; python: 3,882; makefile: 157; sh: 12
file content (1000 lines) | stat: -rw-r--r-- 134,687 bytes
parent folder | download | duplicates (10)
##fileformat=VCFv4.0
##fileDate=2011-07-18
##source=Platypus_Version_0.1
##platypusOptions={'bamFiles': ['/data/lindah/illumina_projects/rimmer_indels/AllData.bam'], 'labels': None, 'refFile': '/ib/groups/bsg/scratch/rimmer/Genomes/human_g1k_v37_ebv.fa', 'maxHaplotypes': 256, 'maxSize': 250, 'parseNCBI': 0, 'ploidy': 2, 'bufferSize': 1000000, 'nCPU': 1, 'minFlank': 3, 'minPosterior': 5, 'logFileName': 'log.txt', 'regions': ['20'], 'processRegionSize': 30000000, 'maxVariants': 8, 'maxReads': 5000000, 'genIndels': 1, 'minReads': 2, 'dataType': 'population', 'minMapQual': 20, 'rlen': 150, 'nInd': 1, 'getVariantsFromBAMs': 1, 'genSNPs': 1, 'strandFilter': 0, 'verbosity': 2, 'sourceFile': None, 'callOnlyIndels': 0, 'output': 'test.vcf', 'minBaseQual': 20}
##INFO=<ID=FR,Number=0,Type=Float,Description="Estimated population frequency">
##INFO=<ID=HP,Number=1,Type=Integer,Description="Homopolmer run length">
##INFO=<ID=TR,Number=0,Type=Integer,Description="Total number of reads containing this variant">
##INFO=<ID=PP,Number=0,Type=Float,Description="Posterior probability (phred scaled) that this variant segregates">
##INFO=<ID=NF,Number=0,Type=Integer,Description="Total number of forward reads containing this variant">
##INFO=<ID=SC,Number=1,Type=String,Description="Genomic sequence 10 bases either side of variant position">
##INFO=<ID=NR,Number=0,Type=Integer,Description="Total number of reverse reads containing this variant">
##INFO=<ID=TC,Number=0,Type=Integer,Description="Total coverage at this locus">
##FILTER=<ID=sb,Description="Variant not seen at least once on both strands">
##FILTER=<ID=pp10,Description="Posterior probability phred-score is less than 10">
##FILTER=<ID=pp5,Description="Posterior probability phred-score is less than 5">
##FILTER=<ID=hp10,Description="Inside a homopolymer of length greater than 10">
##FORMAT=<ID=GT,Number=1,Type=String,Description="Unphased genotypes">
##FORMAT=<ID=FT,Number=1,Type=String,Description="Sample Genotype Filter">
##FORMAT=<ID=GQ,Number=1,Type=Integer,Description="Genotype quality, as Phred score">
##FORMAT=<ID=HQ,Number=.,Type=Integer,Description="Haplotype Quality">
##FORMAT=<ID=GL,Number=.,Type=Float,Description="Genotype log-likelihoods (log10) for AA,AB and BB genotypes, where A = ref and B = variant. Only applicable for bi-allelic sites">
##FORMAT=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Read depth at this position for this sample">
#CHROM	POS	ID	REF	ALT	QUAL	FILTER	INFO	FORMAT	AllData.bam
20	67500	.	T	TTGGTATCTAG	.	PASS	FR=0.5;HP=2;NF=6;NR=2;PP=100.0;SC=CCTGATTTCCTTGGTATTAAA;TC=20;TR=8	GT:GL:GQ	0/1:-198.02,-21.47,-166.02:100
20	69506	.	G	GAC,GACACAC	.	PASS	FR=0.5,0.5;HP=1;NF=1,3;NR=1,0;PP=44.0,72.0;SC=TGGACACGTGGACACACACAC;TC=20;TR=2,3	GT:GL:GQ	1/2:-1.0,-1.0,-1.0:100
20	70484	.	CTCTT	C	.	PASS	FR=0.5;HP=2;NF=13;NR=3;PP=100.0;SC=GTCTATGTCTCTCTTTCTCTT;TC=31;TR=16	GT:GL:GQ	0/1:-189.04,-24.53,-147.47:100
20	72104	.	TA	T	.	PASS	FR=0.5;HP=4;NF=9;NR=10;PP=100.0;SC=TTTAAGTCTGTAAAACCATAC;TC=39;TR=19	GT:GL:GQ	0/1:-173.69,-34.04,-169.85:100
20	74729	.	G	GT	.	PASS	FR=0.5;HP=9;NF=4;NR=4;PP=100.0;SC=AAGTTTTTTGGTTTTTTTTTA;TC=29;TR=8	GT:GL:GQ	0/1:-83.86,-25.71,-59.16:100
20	117309	.	G	GCAGGATTTCAT	.	PASS	FR=0.5;HP=1;NF=4;NR=4;PP=100.0;SC=CAGGATTTCTGCAGGATTTCA;TC=25;TR=8	GT:GL:GQ	0/1:-259.57,-46.67,-146.18:100
20	119645	.	G	GT	.	PASS	FR=1.0;HP=5;NF=6;NR=5;PP=100.0;SC=TTGTTTGTTTGTTGTTGTTGT;TC=16;TR=11	GT:GL:GQ	1/1:-157.48,-18.84,-7.1:77
20	120122	.	A	AAG	.	PASS	FR=1.0;HP=6;NF=10;NR=8;PP=100.0;SC=ATAAAGAAAAAAATTTTAAAA;TC=27;TR=18	GT:GL:GQ	1/1:-266.98,-24.1,-5.49:100
20	120750	.	C	CAATT	.	PASS	FR=1.0;HP=6;NF=10;NR=10;PP=100.0;SC=TTTTATAAAACAATTGAGACT;TC=21;TR=20	GT:GL:GQ	1/1:-319.22,-18.71,-2.07:100
20	122806	.	T	TTA	.	PASS	FR=0.5;HP=2;NF=8;NR=7;PP=100.0;SC=CAGAAAAGAATTATATATATA;TC=29;TR=15	GT:GL:GQ	0/1:-181.3,-19.86,-96.14:100
20	126155	.	GCAAA	G	.	PASS	FR=0.5;HP=1;NF=5;NR=5;PP=100.0;SC=GCAATGTGCGGCAAACAAAGG;TC=32;TR=10	GT:GL:GQ	0/1:-122.73,-27.0,-209.16:100
20	126310	.	ACC	A	.	PASS	FR=0.5;HP=5;NF=3;NR=8;PP=100.0;SC=GATGGCTCCTACCCCCGTTTC;TC=26;TR=11	GT:GL:GQ	0/1:-153.97,-42.91,-110.82:100
20	131505	.	CTCT	C	.	PASS	FR=1.0;HP=2;NF=11;NR=11;PP=100.0;SC=TACTTGTGATCTCTTGTCTTT;TC=24;TR=22	GT:GL:GQ	1/1:-487.46,-251.24,-235.3:100
20	131948	.	C	CCA	.	PASS	FR=1.0;HP=1;NF=2;NR=11;PP=100.0;SC=TTATCTTACACCACACACACA;TC=27;TR=13	GT:GL:GQ	1/1:-201.6,-36.32,-23.94:100
20	135116	.	T	TTTGCATTCACAGGAAGACTATAAATA	.	PASS	FR=1.0;HP=2;NF=2;NR=1;PP=100.0;SC=TCTAGAGAAGTGCTCTCCAAT;TC=15;TR=3	GT:GL:GQ	1/1:-603.73,-461.77,-448.12:100
20	135119	.	TC	T	.	PASS	FR=1.0;HP=2;NF=2;NR=2;PP=100.0;SC=AGAGAAGTGCTCTCCAATAGA;TC=21;TR=4	GT:GL:GQ	1/1:-603.73,-576.89,-572.06:100
20	137518	.	GTA	G	.	PASS	FR=0.5005;HP=2;NF=5;NR=5;PP=100.0;SC=GTGTGTGTGTGTATATATATA;TC=21;TR=10	GT:GL:GQ	1/0:-210.61,-46.97,-32.7:29
20	138178	.	GC	G	.	PASS	FR=1.0;HP=3;NF=21;NR=5;PP=100.0;SC=CTTCTGGAAAGCCTGGCCATG;TC=29;TR=26	GT:GL:GQ	1/1:-267.55,-29.21,-9.21:100
20	138570	.	ATATGTGTGTG	ATG,A	.	PASS	FR=0.5,0.5;HP=2;NF=6,2;NR=9,2;PP=100.0,10.0;SC=TCAAATATATATATGTGTGTG;TC=28;TR=15,4	GT:GL:GQ	1/2:-1.0,-1.0,-1.0:65
20	140396	.	TTTG	T	.	PASS	FR=1.0;HP=2;NF=15;NR=4;PP=100.0;SC=AGGTTTTTGCTTTGTTGTTGT;TC=34;TR=19	GT:GL:GQ	1/1:-246.82,-30.67,-15.42:100
20	144832	.	C	CT	.	PASS	FR=1.0;HP=3;NF=12;NR=22;PP=100.0;SC=TCCTAAAACTCTTGTAATATC;TC=35;TR=34	GT:GL:GQ	1/1:-541.89,-322.78,-299.72:100
20	144884	.	CCTT	C	.	PASS	FR=1.0;HP=1;NF=9;NR=16;PP=100.0;SC=TGTAATGACACCTTCTTTTTC;TC=29;TR=25	GT:GL:GQ	1/1:-590.4,-430.25,-411.02:100
20	145257	.	G	GC	.	PASS	FR=1.0;HP=2;NF=11;NR=8;PP=100.0;SC=ATGGTGGCAGGGCCTGTAATC;TC=21;TR=19	GT:GL:GQ	1/1:-258.74,-106.61,-91.83:100
20	153298	.	T	TTC	.	PASS	FR=1.0;HP=2;NF=13;NR=17;PP=100.0;SC=CAGGATTTCTTTGTTTTAAGA;TC=34;TR=30	GT:GL:GQ	1/1:-447.58,-228.67,-205.19:100
20	160111	.	A	AT	.	PASS	FR=1.0;HP=10;NF=8;NR=9;PP=100.0;SC=GAGCTCTTGAATTTTTTTTTT;TC=25;TR=17	GT:GL:GQ	1/1:-115.49,-38.32,-28.08:85
20	163607	.	A	AAT	.	PASS	FR=1.0;HP=2;NF=12;NR=14;PP=100.0;SC=ACATTAAATGATTCAAATGAT;TC=31;TR=26	GT:GL:GQ	1/1:-308.34,-35.98,-14.5:100
20	163741	.	T	TACACAC	.	PASS	FR=0.5243;HP=1;NF=13;NR=6;PP=100.0;SC=GAACCCTCTGTACACACACAC;TC=28;TR=19	GT:GL:GQ	0/1:-416.01,-75.48,-55.48:13
20	164279	.	G	GAAAAC	.	PASS	FR=0.5;HP=8;NF=1;NR=1;PP=100.0;SC=GAAAAGAAAAGAAAAGAAAAC;TC=34;TR=2	GT:GL:GQ	0/1:-492.01,-428.61,-448.28:100
20	164284	.	G	GAAAAC,C	.	PASS	FR=0.5,0.5;HP=8;NF=5,10;NR=11,9;PP=100.0,100.0;SC=GAAAAGAAAAGAAAACTCATC;TC=33;TR=16,19	GT:GL:GQ	1/2:-1.0,-1.0,-1.0:100
20	176386	.	CGTGTGT	C	.	PASS	FR=1.0;HP=2;NF=3;NR=2;PP=100.0;SC=TAATCCCATTCGTGTGTGTGT;TC=25;TR=5	GT:GL:GQ	1/1:-176.18,-68.1,-61.92:77
20	179735	.	TTAAAA	T	.	PASS	FR=0.5;HP=1;NF=4;NR=4;PP=100.0;SC=ACCTTTGATCTTAAAATAAAA;TC=27;TR=8	GT:GL:GQ	0/1:-142.0,-61.37,-164.64:100
20	218255	.	A	AG	.	PASS	FR=0.5;HP=1;NF=5;NR=3;PP=100.0;SC=TGCTCACTGCAATAAAAAGAA;TC=17;TR=8	GT:GL:GQ	0/1:-99.61,-20.66,-85.67:100
20	222539	.	C	CA	.	PASS	FR=0.5;HP=2;NF=1;NR=9;PP=100.0;SC=TACCCAGCTACTTCTCTTAAG;TC=31;TR=10	GT:GL:GQ	0/1:-113.51,-40.72,-197.06:100
20	230058	.	CAT	C	.	PASS	FR=0.5;HP=1;NF=6;NR=2;PP=100.0;SC=GACTCCATCTCATAAAAAAAA;TC=33;TR=8	GT:GL:GQ	0/1:-215.64,-148.07,-177.0:100
20	236459	.	G	GAT	.	PASS	FR=0.5001;HP=2;NF=1;NR=1;PP=100.0;SC=TTGGAATACAGATATATATAT;TC=14;TR=2	GT:GL:GQ	0/1:-82.0,-46.74,-54.25:35
20	237649	.	CAGAT	C	.	PASS	FR=0.5;HP=2;NF=1;NR=1;PP=79.0;SC=AGATAGATGACAGATAGATAG;TC=23;TR=2	GT:GL:GQ	0/1:-209.52,-180.44,-254.54:100
20	237816	.	A	AT	.	PASS	FR=0.5;HP=4;NF=4;NR=7;PP=100.0;SC=CATTTTCATCATTTTAATAAC;TC=32;TR=11	GT:GL:GQ	0/1:-124.3,-28.61,-145.84:100
20	243223	.	C	CT	.	PASS	FR=0.5;HP=1;NF=12;NR=4;PP=100.0;SC=ATCTGTGTGACTGTGATCAAA;TC=33;TR=16	GT:GL:GQ	0/1:-191.55,-34.68,-144.05:100
20	246483	.	T	TTAAA	.	PASS	FR=0.5;HP=1;NF=3;NR=4;PP=100.0;SC=AGACTCCATCTTAAATAAATA;TC=25;TR=7	GT:GL:GQ	0/1:-110.34,-17.05,-40.1:100
20	251373	.	ACTT	A	.	PASS	FR=0.5;HP=2;NF=1;NR=4;PP=100.0;SC=TTGCTCCAGCACTTCTTCTGG;TC=19;TR=5	GT:GL:GQ	0/1:-99.2,-52.91,-150.48:100
20	271135	.	G	GC	.	PASS	FR=1.0;HP=2;NF=3;NR=4;PP=100.0;SC=AAGACCGAGGGCGACCTCGAG;TC=16;TR=7	GT:GL:GQ	1/1:-163.65,-94.48,-85.08:78
20	286648	.	TAAATA	T	.	PASS	FR=0.5;HP=6;NF=5;NR=5;PP=100.0;SC=TCTAAATAAATAAATAAAAGG;TC=22;TR=10	GT:GL:GQ	0/1:-240.51,-100.72,-176.05:100
20	299585	.	AC	A	.	PASS	FR=1.0;HP=2;NF=4;NR=7;PP=21.0;SC=ACAGGGAGAGACCTTGTCGAA;TC=14;TR=11	GT:GL:GQ	1/1:-152.36,-140.91,-138.05:46
20	334317	.	TC	T	.	PASS	FR=1.0;HP=6;NF=9;NR=8;PP=100.0;SC=CCTGGATCCTTCCCCCCTTCT;TC=24;TR=17	GT:GL:GQ	1/1:-177.37,-48.79,-33.34:100
20	337392	.	ACC	A	.	PASS	FR=0.5;HP=6;NF=5;NR=1;PP=100.0;SC=CCTTGTTACCACCCCTCCCTG;TC=19;TR=6	GT:GL:GQ	0/1:-91.61,-45.67,-115.7:100
20	340044	.	GCAC	G	.	PASS	FR=0.5;HP=1;NF=2;NR=5;PP=100.0;SC=ATGAAGGCTGGCACCACCAGT;TC=22;TR=7	GT:GL:GQ	0/1:-122.54,-28.81,-115.11:100
20	343323	.	A	ATG	.	PASS	FR=0.5;HP=2;NF=8;NR=4;PP=100.0;SC=GATAAACAGGATGTCCACCAG;TC=23;TR=12	GT:GL:GQ	0/1:-150.99,-48.03,-125.5:100
20	346702	.	AGCCTCCCAAAGGAG	A	.	PASS	FR=0.5;HP=1;NF=4;NR=3;PP=100.0;SC=CACCCACCTCAGCCTCCCAAA;TC=17;TR=7	GT:GL:GQ	0/1:-191.1,-120.01,-173.49:100
20	347858	.	A	AAAACAAAC	.	PASS	FR=0.5;HP=4;NF=2;NR=1;PP=100.0;SC=TCCGTCTCCAAAAACAAACAA;TC=22;TR=3	GT:GL:GQ	0/1:-270.04,-201.07,-226.88:100
20	347878	.	A	AAAAC	.	PASS	FR=0.5;HP=3;NF=2;NR=1;PP=100.0;SC=AAAAAACAAAACAAACAAACA;TC=22;TR=3	GT:GL:GQ	0/1:-258.23,-262.98,-327.72:100
20	348365	.	G	GT	.	PASS	FR=0.5;HP=2;NF=5;NR=4;PP=100.0;SC=ACGGCCCATGGGATCGAATAG;TC=19;TR=9	GT:GL:GQ	0/1:-127.12,-35.07,-72.46:100
20	349321	.	ACT	A	.	PASS	FR=0.5;HP=3;NF=10;NR=3;PP=100.0;SC=CCAGGCCTCCACTCTCTGCTG;TC=20;TR=13	GT:GL:GQ	0/1:-183.61,-95.19,-129.48:100
20	355549	.	A	AC	.	PASS	FR=1.0;HP=10;NF=12;NR=9;PP=100.0;SC=AACAACAACAAAAAAAAAAAC;TC=24;TR=21	GT:GL:GQ	1/1:-171.74,-97.15,-84.12:100
20	356670	.	T	TCAAA	.	PASS	FR=0.5;HP=3;NF=4;NR=2;PP=100.0;SC=AGACACTGCCTCAAAAAAACA;TC=16;TR=6	GT:GL:GQ	0/1:-204.44,-131.78,-155.8:100
20	356675	.	A	AAAAC	.	PASS	FR=1.0;HP=6;NF=2;NR=3;PP=100.0;SC=CTGCCTCAAAAAAACAAACAA;TC=17;TR=5	GT:GL:GQ	1/1:-201.68,-85.68,-76.1:85
20	358147	.	CA	C	.	PASS	FR=1.0;HP=4;NF=10;NR=5;PP=100.0;SC=TGGGATTTGACAAACCCAGCT;TC=18;TR=15	GT:GL:GQ	1/1:-150.87,-32.16,-20.25:100
20	360927	.	TAA	T	.	PASS	FR=1.0;HP=7;NF=4;NR=7;PP=100.0;SC=ATGTGCTTTATAAAAAAGGGG;TC=18;TR=11	GT:GL:GQ	1/1:-185.94,-114.38,-104.3:84
20	380790	.	C	CT	.	PASS	FR=1.0;HP=3;NF=16;NR=12;PP=100.0;SC=CACCACACCCCGACCCTAATT;TC=32;TR=28	GT:GL:GQ	1/1:-323.67,-24.71,-1.84:100
20	385989	.	T	TA	.	PASS	FR=0.5;HP=7;NF=7;NR=4;PP=100.0;SC=AGATTTTTTTTAAAAAACTCT;TC=29;TR=11	GT:GL:GQ	0/1:-131.67,-23.75,-80.28:100
20	386575	.	GTTCT	G	.	PASS	FR=0.5;HP=3;NF=2;NR=3;PP=100.0;SC=TGATAAGAATGTTCTTTCTTT;TC=24;TR=5	GT:GL:GQ	0/1:-109.28,-29.71,-86.14:100
20	387657	.	G	GA	.	PASS	FR=1.0;HP=8;NF=13;NR=19;PP=100.0;SC=ATGCTGAGAAGAAAAAATGAA;TC=38;TR=32	GT:GL:GQ	1/1:-284.64,-52.81,-28.53:100
20	396023	.	A	AAAAC	.	PASS	FR=1.0;HP=4;NF=9;NR=9;PP=100.0;SC=AAAAAAAACAAAAACAAACAA;TC=25;TR=18	GT:GL:GQ	1/1:-279.26,-33.44,-17.73:100
20	403158	.	GA	G	.	PASS	FR=0.5;HP=2;NF=4;NR=7;PP=89.0;SC=ATCTATGAAGGAAGGACAGCA;TC=20;TR=11	GT:GL:GQ	0/1:-137.87,-107.23,-160.58:100
20	405057	.	A	AC	.	PASS	FR=0.5;HP=2;NF=5;NR=4;PP=100.0;SC=AAACACATACACAGACCTCCT;TC=25;TR=9	GT:GL:GQ	0/1:-136.78,-33.82,-124.47:100
20	421805	.	T	TCCA	.	PASS	FR=0.5;HP=2;NF=2;NR=4;PP=100.0;SC=AGAACACATTTCCAACTAAAC;TC=29;TR=6	GT:GL:GQ	0/1:-108.14,-30.52,-185.93:100
20	425206	.	GTTTT	G	.	PASS	FR=0.5;HP=7;NF=2;NR=7;PP=100.0;SC=TTGTTTGTTTGTTTTGTTTTT;TC=25;TR=9	GT:GL:GQ	0/1:-158.57,-21.01,-100.22:100
20	430158	.	GA	G	.	PASS	FR=0.5;HP=3;NF=2;NR=4;PP=100.0;SC=AGAGTCGCTTGAAACCCAGGA;TC=16;TR=6	GT:GL:GQ	0/1:-74.97,-35.93,-74.51:100
20	434939	.	G	GA	.	PASS	FR=0.5;HP=10;NF=6;NR=2;PP=100.0;SC=AAGAAAAAAGGAAAAAAAAAA;TC=22;TR=8	GT:GL:GQ	0/1:-99.4,-65.02,-85.64:92
20	436981	.	TTTCATCCA	T	.	PASS	FR=0.5;HP=2;NF=1;NR=2;PP=100.0;SC=AGGTGTGTCCTTTCATCCATT;TC=27;TR=3	GT:GL:GQ	0/1:-88.19,-26.08,-154.96:100
20	525046	.	G	GT	.	PASS	FR=0.5;HP=10;NF=5;NR=8;PP=100.0;SC=AAAATACAGTGTTTTTTTTTC;TC=33;TR=13	GT:GL:GQ	0/1:-160.44,-103.25,-141.37:100
20	538639	.	C	CA	.	PASS	FR=1.0;HP=9;NF=14;NR=9;PP=100.0;SC=ACCACCACAACAAAAAAACCC;TC=36;TR=23	GT:GL:GQ	1/1:-261.69,-66.02,-42.16:100
20	539756	.	G	GT	.	PASS	FR=0.5;HP=1;NF=6;NR=2;PP=100.0;SC=AATGTGAGCAGTCTAGGTAAA;TC=24;TR=8	GT:GL:GQ	0/1:-130.62,-70.51,-165.77:100
20	540198	.	T	TG	.	PASS	FR=1.0;HP=1;NF=9;NR=16;PP=100.0;SC=AGAGTCGCTGTTATTAAAACC;TC=26;TR=25	GT:GL:GQ	1/1:-262.05,-37.69,-19.11:100
20	545849	.	A	AT	.	PASS	FR=1.0;HP=9;NF=6;NR=13;PP=100.0;SC=CTCTGGACTGATTTTTTTTTA;TC=24;TR=19	GT:GL:GQ	1/1:-225.47,-140.74,-126.39:100
20	555243	.	C	CT	.	PASS	FR=0.5;HP=1;NF=3;NR=4;PP=100.0;SC=TTGGGGCCTCCTGGGTCCCAG;TC=23;TR=7	GT:GL:GQ	0/1:-124.01,-59.66,-144.99:100
20	559298	.	TACAC	T	.	PASS	FR=0.5081;HP=1;NF=1;NR=1;PP=100.0;SC=GGCACACATGTACACACACAC;TC=20;TR=2	GT:GL:GQ	0/1:-95.31,-59.31,-62.75:17
20	570945	.	A	AACAC	.	PASS	FR=1.0;HP=1;NF=7;NR=2;PP=100.0;SC=AGAAGGCAATAACACACACAC;TC=28;TR=9	GT:GL:GQ	1/1:-281.44,-73.27,-58.53:100
20	576287	.	T	TTTA	.	PASS	FR=1.0;HP=3;NF=2;NR=9;PP=100.0;SC=CTGGAAAAGTTTTATTATTAT;TC=26;TR=11	GT:GL:GQ	1/1:-188.46,-27.21,-14.74:100
20	593205	.	AG	A	.	PASS	FR=0.5;HP=6;NF=2;NR=2;PP=100.0;SC=GGGAGTGCGGAGGGGACTCCT;TC=14;TR=4	GT:GL:GQ	0/1:-90.79,-21.16,-46.9:100
20	635817	.	C	CAGAAAAAAA	.	PASS	FR=1.0;HP=1;NF=6;NR=7;PP=100.0;SC=GAGACTCTCTCAGAAAAAAAA;TC=23;TR=13	GT:GL:GQ	1/1:-318.1,-28.61,-13.35:100
20	666340	.	AAATAATAATAAT	AAATAAT,A	.	PASS	FR=0.5,0.5;HP=2;NF=1,2;NR=3,3;PP=100.0,100.0;SC=ATACAAATACAAATAATAATA;TC=16;TR=4,5	GT:GL:GQ	1/2:-1.0,-1.0,-1.0:100
20	671463	.	AGTGT	A	.	PASS	FR=1.0;HP=1;NF=6;NR=2;PP=100.0;SC=CATGCATGCAAGTGTGTGTGT;TC=25;TR=8	GT:GL:GQ	1/1:-248.41,-147.67,-140.04:63
20	675799	.	G	GTA	.	PASS	FR=0.5;HP=2;NF=7;NR=3;PP=100.0;SC=TAATGAACATGTATATATACA;TC=20;TR=10	GT:GL:GQ	0/1:-154.12,-35.67,-66.33:100
20	704073	.	CTCT	C	.	PASS	FR=0.5;HP=3;NF=3;NR=3;PP=100.0;SC=CTTCATTCTTCTCTTTTCTTT;TC=20;TR=6	GT:GL:GQ	0/1:-159.89,-91.96,-171.96:100
20	704111	.	C	CTTTCT	.	PASS	FR=0.5;HP=4;NF=2;NR=3;PP=100.0;SC=TTCCTCCTCTCTTTGTCTAGT;TC=20;TR=5	GT:GL:GQ	0/1:-189.74,-115.92,-237.08:100
20	714136	.	TA	T	.	PASS	FR=1.0;HP=2;NF=12;NR=13;PP=100.0;SC=CTGTGGTTGTTAACTGTAGTC;TC=30;TR=25	GT:GL:GQ	1/1:-253.68,-26.24,-6.67:100
20	715254	.	G	GGT,GGTGTGT	.	PASS	FR=0.5,0.5;HP=1;NF=3,4;NR=0,1;PP=57.0,100.0;SC=ATAGTTTATAGGTGTGTGTGT;TC=23;TR=3,5	GT:GL:GQ	1/2:-1.0,-1.0,-1.0:100
20	715847	.	C	CA	.	PASS	FR=1.0;HP=7;NF=10;NR=6;PP=100.0;SC=GGCTCCGTCTCAAAAAAATAA;TC=26;TR=16	GT:GL:GQ	1/1:-157.25,-40.0,-26.17:100
20	718268	.	A	AAATAAT	.	PASS	FR=0.5;HP=3;NF=1;NR=1;PP=81.0;SC=AAAAAATACAAAATAATAATA;TC=15;TR=2	GT:GL:GQ	0/1:-64.86,-29.69,-87.73:100
20	724447	.	A	AG	.	PASS	FR=0.5;HP=2;NF=12;NR=9;PP=100.0;SC=GGGTGTTGTGAGACTGATTGA;TC=42;TR=21	GT:GL:GQ	0/1:-229.53,-40.83,-188.06:100
20	726275	.	CAGA	C	.	PASS	FR=0.5;HP=3;NF=10;NR=10;PP=100.0;SC=ACATATATAACAGAAGGAGAG;TC=41;TR=20	GT:GL:GQ	0/1:-286.26,-52.94,-197.08:100
20	728851	.	CT	C	.	PASS	FR=0.5;HP=1;NF=5;NR=1;PP=21.0;SC=GATCACACCACTGCAGTCCAG;TC=22;TR=6	GT:GL:GQ	0/1:-200.76,-185.85,-212.48:67
20	732117	.	CTTTATTTTAT	C	.	PASS	FR=0.9998;HP=4;NF=1;NR=1;PP=80.0;SC=TCAGGTATGTCTTTATTTTAT;TC=14;TR=2	GT:GL:GQ	1/1:-96.6,-68.07,-66.69:34
20	739616	.	CGTGTGTGT	C	.	PASS	FR=1.0;HP=1;NF=4;NR=4;PP=100.0;SC=TAAAAGTGCTCGTGTGTGTGT;TC=20;TR=8	GT:GL:GQ	1/1:-222.59,-24.43,-16.81:63
20	744662	.	A	ACAGGTCAAT	.	PASS	FR=0.5;HP=1;NF=3;NR=4;PP=100.0;SC=AAAGGACAAGACAGATCCCTG;TC=16;TR=7	GT:GL:GQ	0/1:-105.45,-32.23,-150.03:100
20	746855	.	A	AG	.	PASS	FR=1.0;HP=1;NF=9;NR=5;PP=100.0;SC=CTGGGATTACAGTGTGAGCCA;TC=22;TR=14	GT:GL:GQ	1/1:-242.45,-177.27,-167.62:80
20	747680	.	A	ATAG	.	PASS	FR=0.5;HP=1;NF=3;NR=3;PP=100.0;SC=CTTGTTGGTAATAGCAAGTTA;TC=17;TR=6	GT:GL:GQ	0/1:-177.8,-96.72,-120.09:100
20	755106	.	C	CA	.	PASS	FR=1.0;HP=3;NF=7;NR=15;PP=100.0;SC=GCTGAGAGGTCAAACCACAAA;TC=27;TR=22	GT:GL:GQ	1/1:-255.81,-41.84,-23.33:100
20	757564	.	T	TG	.	PASS	FR=0.5;HP=3;NF=3;NR=1;PP=78.0;SC=GGTGGAGCCATGGGTGTCAAA;TC=10;TR=4	GT:GL:GQ	0/1:-67.44,-38.36,-58.29:89
20	757919	.	A	AC	.	PASS	FR=0.5;HP=9;NF=3;NR=9;PP=100.0;SC=AAAAAACAAAAAAAAAACACC;TC=27;TR=12	GT:GL:GQ	0/1:-172.2,-112.42,-144.61:100
20	762893	.	G	GA	.	PASS	FR=1.0;HP=6;NF=8;NR=9;PP=100.0;SC=TCTTGGGGGGGAAAAAATGGG;TC=24;TR=17	GT:GL:GQ	1/1:-215.19,-64.36,-48.0:100
20	782496	.	CAAATAAAT	C	.	PASS	FR=0.5;HP=3;NF=2;NR=1;PP=100.0;SC=GACTCTGCCTCAAATAAATAA;TC=17;TR=3	GT:GL:GQ	0/1:-87.5,-27.65,-92.5:100
20	786252	.	AAG	A	.	PASS	FR=1.0;HP=5;NF=4;NR=13;PP=100.0;SC=TTAATTAAAAAAGATATTGCA;TC=19;TR=17	GT:GL:GQ	1/1:-216.25,-31.31,-17.45:100
20	786764	.	T	TA	.	PASS	FR=1.0;HP=3;NF=17;NR=12;PP=100.0;SC=ACTATATATATAATATATTTT;TC=33;TR=29	GT:GL:GQ	1/1:-388.27,-147.23,-125.36:100
20	787870	.	T	TTTTATTTATTTATTTATTTA	.	PASS	FR=1.0;HP=3;NF=2;NR=1;PP=100.0;SC=ATATCAAGCATTTTATTTATT;TC=19;TR=3	GT:GL:GQ	1/1:-317.88,-65.36,-53.59:99
20	787893	.	T	TATTTATTTA	.	PASS	FR=0.5;HP=4;NF=1;NR=1;PP=100.0;SC=TTTATTTATTTTTGAGATGGA;TC=20;TR=2	GT:GL:GQ	0/1:-356.98,-227.18,-263.76:5
20	789767	.	T	TA	.	PASS	FR=1.0;HP=10;NF=8;NR=5;PP=100.0;SC=CAAAGCCAATTAAAAAAAAAA;TC=29;TR=13	GT:GL:GQ	1/1:-124.57,-44.47,-30.25:100
20	795148	.	T	TTTTA	.	PASS	FR=1.0;HP=4;NF=9;NR=1;PP=100.0;SC=ATAAGTTTATTTTTATTTATT;TC=16;TR=10	GT:GL:GQ	1/1:-136.44,-12.46,-4.83:63
20	797336	.	GA	G	.	PASS	FR=1.0;HP=10;NF=18;NR=11;PP=100.0;SC=CCATTTATGTGAAAAAAAAAA;TC=35;TR=29	GT:GL:GQ	1/1:-156.82,-42.02,-20.72:100
20	801157	.	T	TTTC	.	PASS	FR=1.0;HP=6;NF=1;NR=6;PP=100.0;SC=CTTCTCTTTCTTTTTTTCTTT;TC=13;TR=7	GT:GL:GQ	1/1:-142.57,-41.24,-32.92:92
20	825082	.	TGCCCAGGTC	T	.	PASS	FR=0.5;HP=1;NF=5;NR=1;PP=100.0;SC=CTGCTCAGGTTGCCCAGGTCG;TC=8;TR=6	GT:GL:GQ	1/0:-180.72,-60.67,-71.61:61
20	833239	.	ACT	A	.	PASS	FR=0.5;HP=1;NF=3;NR=5;PP=100.0;SC=GGAGAAATAGACTCTCTCTCT;TC=21;TR=8	GT:GL:GQ	0/1:-96.13,-31.34,-89.12:100
20	835500	.	TTGTG	T	.	PASS	FR=1.0;HP=2;NF=8;NR=2;PP=100.0;SC=GTGTTTGTGTTTGTGTGTGTG;TC=29;TR=10	GT:GL:GQ	1/1:-258.26,-62.01,-52.79:77
20	855678	.	TC	T	.	PASS	FR=0.5;HP=2;NF=3;NR=5;PP=100.0;SC=TCTTTTTCTTTCTTTTTTTTC;TC=28;TR=8	GT:GL:GQ	0/1:-124.38,-62.93,-124.85:100
20	860945	.	A	AG	.	PASS	FR=0.5;HP=6;NF=2;NR=6;PP=100.0;SC=GTATATTAAGAGGGGGTGAAA;TC=23;TR=8	GT:GL:GQ	0/1:-96.52,-33.16,-85.46:100
20	863148	.	C	CTAT	.	PASS	FR=0.5;HP=2;NF=3;NR=12;PP=100.0;SC=CCAGAGAAGGCTATTGCTCTC;TC=37;TR=15	GT:GL:GQ	0/1:-223.19,-48.7,-208.9:100
20	899789	.	CTCTT	C	.	PASS	FR=0.5;HP=3;NF=1;NR=3;PP=100.0;SC=TTTCCTTCTTCTCTTTCTTTC;TC=21;TR=4	GT:GL:GQ	0/1:-62.34,-23.94,-85.48:100
20	900698	.	T	TC	.	PASS	FR=1.0;HP=4;NF=11;NR=5;PP=100.0;SC=AGGAAGGCAGTCCCCTTTCCT;TC=29;TR=16	GT:GL:GQ	1/1:-292.54,-113.13,-95.49:100
20	902060	.	T	TG,G	.	PASS	FR=0.5,0.5;HP=5;NF=2,7;NR=2,4;PP=100.0,100.0;SC=TTGACTGCCCTCCTCCACTTT;TC=19;TR=4,11	GT:GL:GQ	1/2:-1.0,-1.0,-1.0:100
20	909945	.	TTATGG	TTGG,T	.	PASS	FR=0.5,0.5;HP=2;NF=10,8;NR=5,5;PP=100.0,100.0;SC=TTAGTTTAGTTTATGGTATCC;TC=32;TR=15,13	GT:GL:GQ	1/2:-1.0,-1.0,-1.0:100
20	913303	.	A	AT	.	PASS	FR=1.0;HP=10;NF=9;NR=4;PP=100.0;SC=AGATTTAAAGATTTTTTTTTT;TC=21;TR=13	GT:GL:GQ	1/1:-227.97,-180.37,-171.35:75
20	922916	.	A	AT	.	PASS	FR=1.0;HP=6;NF=2;NR=1;PP=27.0;SC=TTATTTATTTATTTATTTTTT;TC=7;TR=3	GT:GL:GQ	1/1:-68.71,-54.63,-52.11:41
20	933970	.	GTTAT	G	.	PASS	FR=1.0;HP=4;NF=5;NR=5;PP=100.0;SC=CAGGCTAATTGTTATTTATTT;TC=24;TR=10	GT:GL:GQ	1/1:-169.08,-10.86,-0.46:87
20	934153	.	A	AT	.	PASS	FR=1.0;HP=7;NF=4;NR=5;PP=100.0;SC=ATTTTTTTGTATTTTTTAATA;TC=11;TR=9	GT:GL:GQ	1/1:-123.08,-66.05,-59.03:57
20	945474	.	CAT	C	.	PASS	FR=1.0;HP=2;NF=2;NR=6;PP=100.0;SC=CACACACACACATATATATAT;TC=31;TR=8	GT:GL:GQ	1/1:-229.9,-58.37,-41.73:100
20	954102	.	A	ATTGT	.	PASS	FR=0.5;HP=6;NF=4;NR=1;PP=100.0;SC=TGTTTGTTTTATTGTTTGTTT;TC=30;TR=5	GT:GL:GQ	0/1:-77.28,-28.19,-134.91:100
20	972071	.	A	AT	.	PASS	FR=0.5;HP=8;NF=7;NR=5;PP=100.0;SC=ATTAAAAAAGATTTTTTTTGT;TC=27;TR=12	GT:GL:GQ	0/1:-76.99,-19.47,-57.49:100
20	995685	.	CAAAT	C	.	PASS	FR=1.0;HP=3;NF=3;NR=2;PP=100.0;SC=AACTCTATCTCAAATAAATAA;TC=15;TR=5	GT:GL:GQ	1/1:-96.06,-12.82,-6.68:77
20	1000562	.	TTTCA	T	.	PASS	FR=0.5;HP=2;NF=10;NR=1;PP=100.0;SC=TCACCCTTTCTTTCATTCACT;TC=23;TR=11	GT:GL:GQ	0/1:-127.76,-31.92,-110.25:100
20	1005659	.	CTCAG	C	.	PASS	FR=1.0;HP=3;NF=15;NR=6;PP=100.0;SC=AACAAACAAACTCAGTCTGTC;TC=34;TR=21	GT:GL:GQ	1/1:-379.32,-49.71,-26.34:100
20	1018266	.	CAAT	C	.	PASS	FR=1.0;HP=4;NF=10;NR=7;PP=100.0;SC=GAAGTAACAACAATAATAATA;TC=26;TR=17	GT:GL:GQ	1/1:-307.78,-61.51,-42.82:100
20	1023817	.	C	CCCT	.	PASS	FR=1.0;HP=3;NF=7;NR=3;PP=100.0;SC=CAGTGCCCACCCCTCCTCTCC;TC=22;TR=10	GT:GL:GQ	1/1:-230.45,-50.55,-37.14:100
20	1024121	.	A	AT	.	PASS	FR=1.0;HP=6;NF=5;NR=3;PP=100.0;SC=CGGGTCAGGCATTTTTTATCA;TC=16;TR=8	GT:GL:GQ	1/1:-95.55,-28.09,-20.26:65
20	1042261	.	CCCTG	C	.	PASS	FR=1.0;HP=2;NF=10;NR=10;PP=100.0;SC=CCAAACCCAACCCTGCCTGGC;TC=25;TR=20	GT:GL:GQ	1/1:-365.29,-133.94,-117.57:100
20	1050585	.	AT	A	.	PASS	FR=1.0;HP=10;NF=9;NR=15;PP=100.0;SC=TTCTAATTCCATTTTTTTTTT;TC=33;TR=24	GT:GL:GQ	1/1:-288.37,-205.98,-189.27:100
20	1059991	.	G	GAATT	.	PASS	FR=1.0;HP=2;NF=10;NR=6;PP=100.0;SC=AACATTTGTTGAATTAATTAA;TC=25;TR=16	GT:GL:GQ	1/1:-290.89,-32.75,-16.81:100
20	1072882	.	CAG	C	.	PASS	FR=0.5;HP=6;NF=5;NR=6;PP=100.0;SC=ATCAGAAAAACAGAGACCACA;TC=23;TR=11	GT:GL:GQ	0/1:-124.42,-26.5,-135.46:100
20	1084744	.	TG	T	.	PASS	FR=1.0;HP=5;NF=9;NR=12;PP=100.0;SC=ACCATAAATGTGGGGCTACTG;TC=23;TR=21	GT:GL:GQ	1/1:-326.86,-192.89,-179.07:100
20	1100621	.	TAG	T	.	PASS	FR=0.5;HP=4;NF=6;NR=3;PP=100.0;SC=GCTTCTCAAATAGAGTCTTAA;TC=23;TR=9	GT:GL:GQ	0/1:-166.5,-71.13,-124.84:100
20	1105206	.	C	CAT	.	PASS	FR=1.0;HP=1;NF=15;NR=11;PP=100.0;SC=AATTTATCCACGTGTACCAGA;TC=32;TR=26	GT:GL:GQ	1/1:-427.57,-192.92,-171.28:100
20	1114638	.	C	CTCTT	.	PASS	FR=1.0;HP=4;NF=9;NR=17;PP=100.0;SC=TGTGTCCTCTCTTTGTATTTG;TC=34;TR=26	GT:GL:GQ	1/1:-420.88,-72.2,-49.92:100
20	1118278	.	GAA	G	.	PASS	FR=1.0;HP=5;NF=13;NR=8;PP=100.0;SC=AGAAAAGGGAGAAAAGGAGGC;TC=24;TR=21	GT:GL:GQ	1/1:-206.9,-16.17,-0.92:100
20	1127807	.	TCATCATCATCATCAC	T	.	PASS	FR=0.5;HP=1;NF=2;NR=3;PP=100.0;SC=ATCATCATCATCATCATCATC;TC=18;TR=5	GT:GL:GQ	1/0:-246.11,-143.41,-171.3:100
20	1133620	.	GC	G	.	PASS	FR=1.0;HP=3;NF=17;NR=8;PP=100.0;SC=TAAGGACCAAGCCCTGTTTAT;TC=28;TR=25	GT:GL:GQ	1/1:-266.52,-52.99,-34.3:100
20	1162839	.	AG	A	.	PASS	FR=0.5;HP=10;NF=1;NR=6;PP=100.0;SC=GGGGTGGGGGAGGGGGTAGAA;TC=27;TR=7	GT:GL:GQ	0/1:-154.34,-117.72,-158.43:100
20	1165265	.	TACAC	T	.	PASS	FR=1.0;HP=1;NF=2;NR=1;PP=100.0;SC=CACACGCGCGTACACACACAC;TC=13;TR=3	GT:GL:GQ	1/1:-65.7,-24.93,-20.64:52
20	1168799	.	T	TAC	.	PASS	FR=0.5;HP=3;NF=1;NR=3;PP=100.0;SC=ATATATATAATACACACACAC;TC=33;TR=4	GT:GL:GQ	0/1:-146.28,-74.63,-149.77:100
20	1194678	.	A	AT	.	PASS	FR=1.0;HP=8;NF=13;NR=12;PP=100.0;SC=TACAAGATTAATTTTTTTTGT;TC=37;TR=25	GT:GL:GQ	1/1:-428.37,-300.25,-279.55:89
20	1195705	.	AAAG	A	.	PASS	FR=1.0;HP=2;NF=10;NR=12;PP=100.0;SC=AGAGATGGCCAAAGAAGACAT;TC=27;TR=22	GT:GL:GQ	1/1:-481.8,-237.54,-219.64:100
20	1200593	.	GA	G	.	PASS	FR=0.5;HP=5;NF=7;NR=5;PP=100.0;SC=TTTTTTAAAAGATCAACAAAA;TC=31;TR=12	GT:GL:GQ	0/1:-291.7,-258.36,-302.47:100
20	1202056	.	C	CT	.	PASS	FR=0.5;HP=6;NF=2;NR=1;PP=73.0;SC=TTCTTTCTTTCTTTCTTTCTT;TC=17;TR=3	GT:GL:GQ	0/1:-78.02,-50.24,-96.3:100
20	1217230	.	C	CT	.	PASS	FR=0.5;HP=3;NF=6;NR=7;PP=100.0;SC=TGAATCTGAACTTTCTCTATT;TC=29;TR=13	GT:GL:GQ	0/1:-136.34,-37.11,-139.78:100
20	1238533	.	TATC	T	.	PASS	FR=0.5;HP=1;NF=6;NR=8;PP=100.0;SC=ATTCCCTTATTATCCTTTTAA;TC=32;TR=14	GT:GL:GQ	0/1:-203.0,-27.66,-145.09:100
20	1258183	.	GTGTC	G	.	PASS	FR=0.5;HP=2;NF=9;NR=7;PP=100.0;SC=CTGTGCATGTGTGTCTGTGTG;TC=40;TR=16	GT:GL:GQ	0/1:-393.66,-270.04,-334.02:100
20	1258199	.	C	CTG	.	PASS	FR=1.0;HP=2;NF=10;NR=8;PP=100.0;SC=GTGTGTGTATCTGTGTGTGTG;TC=39;TR=18	GT:GL:GQ	1/1:-443.43,-273.82,-255.93:100
20	1258268	.	C	CTG	.	PASS	FR=1.0;HP=1;NF=14;NR=7;PP=100.0;SC=GTATGTGTGCCTGTGTGTGTG;TC=36;TR=21	GT:GL:GQ	1/1:-385.28,-210.98,-205.13:73
20	1258437	.	GTGTGCCTGTGTGTGTC	G	.	PASS	FR=0.5;HP=2;NF=3;NR=4;PP=100.0;SC=GCCTGTGTATGTGTGCCTGTG;TC=40;TR=7	GT:GL:GQ	0/1:-300.85,-170.75,-363.46:100
20	1258704	.	C	CTGTT	.	PASS	FR=0.5;HP=2;NF=6;NR=3;PP=100.0;SC=GTGTGTGTGTCTGTGTGTGTA;TC=34;TR=9	GT:GL:GQ	0/1:-182.12,-58.28,-233.67:100
20	1270442	.	CA	C	.	PASS	FR=1.0;HP=2;NF=5;NR=12;PP=100.0;SC=CACTGCACTCCAAGCCTAGGT;TC=17;TR=17	GT:GL:GQ	1/1:-162.61,-26.2,-14.46:98
20	1272295	.	CTCTGT	C	.	PASS	FR=1.0;HP=1;NF=13;NR=7;PP=100.0;SC=CCAAGTTCTGCTCTGTTGATT;TC=25;TR=20	GT:GL:GQ	1/1:-389.78,-103.27,-85.17:100
20	1272815	.	C	CATAG	.	PASS	FR=1.0;HP=2;NF=11;NR=10;PP=100.0;SC=TAGTCTAAGGCATAGCATCCT;TC=27;TR=21	GT:GL:GQ	1/1:-368.78,-50.48,-32.46:100
20	1291149	.	GCAA	G	.	PASS	FR=0.5;HP=1;NF=2;NR=3;PP=100.0;SC=CCTGGATACAGCAACAACAGT;TC=25;TR=5	GT:GL:GQ	0/1:-151.35,-93.7,-185.23:100
20	1292033	.	C	CTTGT	.	PASS	FR=0.5;HP=2;NF=7;NR=5;PP=100.0;SC=CTTACATTTGCTTGTTTGATA;TC=29;TR=12	GT:GL:GQ	0/1:-444.32,-314.49,-337.3:100
20	1292718	.	GT	G	.	PASS	FR=1.0;HP=8;NF=9;NR=3;PP=100.0;SC=TAATTTTTTAGTTTTTTTTGT;TC=17;TR=12	GT:GL:GQ	1/1:-140.26,-85.11,-76.3:73
20	1292776	.	T	TA	.	PASS	FR=1.0;HP=1;NF=14;NR=10;PP=100.0;SC=CTCCTGGACTTAGTGATCCTC;TC=25;TR=24	GT:GL:GQ	1/1:-310.19,-119.02,-102.21:100
20	1303648	.	A	AG	.	PASS	FR=0.5;HP=4;NF=6;NR=2;PP=100.0;SC=GGCAACACTCACCCGGCTGAG;TC=19;TR=8	GT:GL:GQ	0/1:-115.57,-32.83,-76.0:100
20	1312294	.	A	AT	.	PASS	FR=1.0;HP=7;NF=5;NR=6;PP=100.0;SC=CACCTGGCTAATTTTTTTATT;TC=17;TR=11	GT:GL:GQ	1/1:-196.82,-109.27,-98.21:93
20	1318554	.	TCCCACAGAGAAGTCC	T	.	PASS	FR=1.0;HP=3;NF=5;NR=4;PP=100.0;SC=ACCTAAGCATTCCCACAGAGA;TC=12;TR=9	GT:GL:GQ	1/1:-228.16,-15.45,-7.14:62
20	1322791	.	G	GCACACA,GCACACACA	.	PASS	FR=0.5,0.5;HP=1;NF=3,3;NR=0,4;PP=43.0,100.0;SC=GAGAACAAATGCACACACACA;TC=18;TR=3,7	GT:GL:GQ	1/2:-1.0,-1.0,-1.0:100
20	1333430	.	C	CT	.	PASS	FR=1.0;HP=2;NF=18;NR=9;PP=100.0;SC=ATGAAGGTGACTTCTCAGGTG;TC=32;TR=27	GT:GL:GQ	1/1:-276.34,-27.55,-7.09:100
20	1342649	.	AT	A	.	PASS	FR=1.0;HP=6;NF=17;NR=10;PP=100.0;SC=AGTGTATGAGATTTTTTGTTA;TC=29;TR=27	GT:GL:GQ	1/1:-209.72,-24.22,-4.14:100
20	1349439	.	C	CCCT	.	PASS	FR=0.5;HP=4;NF=2;NR=6;PP=100.0;SC=CCCACATTCCCCCTCCTCTGA;TC=22;TR=8	GT:GL:GQ	0/1:-157.47,-56.31,-133.86:100
20	1358694	.	C	CAGTTTGGGCACTAACACCTACTT	.	PASS	FR=0.5;HP=1;NF=4;NR=1;PP=100.0;SC=CTATACGGGTCAGTTTGGGCA;TC=19;TR=5	GT:GL:GQ	0/1:-272.45,-105.91,-212.24:100
20	1364390	.	G	GA	.	PASS	FR=1.0;HP=2;NF=9;NR=6;PP=100.0;SC=GATCAAGTGGGAGATCACTTG;TC=25;TR=15	GT:GL:GQ	1/1:-334.68,-154.31,-139.66:100
20	1369478	.	CG	C	.	PASS	FR=0.5;HP=2;NF=7;NR=4;PP=100.0;SC=TAAAAACCAACGAGGCTCCAC;TC=23;TR=11	GT:GL:GQ	0/1:-184.87,-113.86,-180.77:100
20	1372404	.	GA	G	.	PASS	FR=1.0;HP=7;NF=8;NR=5;PP=100.0;SC=GAGGGAGTGGGAAAAAAAGAG;TC=17;TR=13	GT:GL:GQ	1/1:-147.21,-77.38,-68.31:75
20	1379453	.	C	CTG	.	PASS	FR=1.0;HP=2;NF=4;NR=11;PP=100.0;SC=TGCCAGGACTCTCCTCGCTGT;TC=19;TR=15	GT:GL:GQ	1/1:-192.19,-47.83,-35.2:100
20	1381135	.	AG	A	.	PASS	FR=0.5;HP=2;NF=3;NR=5;PP=100.0;SC=CTTGAGGACAAGGCATTATAG;TC=26;TR=8	GT:GL:GQ	0/1:-99.07,-46.56,-212.4:100
20	1386382	.	AGAG	A	.	PASS	FR=0.5;HP=3;NF=7;NR=1;PP=100.0;SC=ACTAATTAAAAGAGAACCCTG;TC=26;TR=8	GT:GL:GQ	0/1:-184.22,-117.09,-276.56:100
20	1389225	.	CGTGTGT	C	.	PASS	FR=1.0;HP=1;NF=1;NR=1;PP=100.0;SC=TATGAAGACTCGTGTGTGTGT;TC=12;TR=2	GT:GL:GQ	1/1:-80.8,-37.12,-33.18:48
20	1392633	.	AT	A	.	PASS	FR=0.5;HP=9;NF=8;NR=5;PP=100.0;SC=AAGCCAACACATTTTTTTTTC;TC=29;TR=13	GT:GL:GQ	0/1:-142.17,-103.31,-156.4:100
20	1399660	.	A	AAAAAC	.	PASS	FR=0.5;HP=2;NF=1;NR=7;PP=100.0;SC=TGTTTATGTTAGAAACAAAAC;TC=28;TR=8	GT:GL:GQ	0/1:-237.24,-123.87,-245.2:100
20	1401887	.	T	TC	.	PASS	FR=0.5;HP=6;NF=3;NR=5;PP=100.0;SC=TGACTTTTTTTCTCCCTGAGA;TC=26;TR=8	GT:GL:GQ	0/1:-140.81,-26.64,-103.7:100
20	1403888	.	G	GT	.	PASS	FR=0.5;HP=1;NF=3;NR=5;PP=100.0;SC=CAGAGAGGGCGTAAGATTGGA;TC=18;TR=8	GT:GL:GQ	0/1:-134.33,-94.6,-144.84:100
20	1411174	.	G	GT	.	PASS	FR=1.0;HP=1;NF=14;NR=18;PP=100.0;SC=TTCCAACAGTGACAAGGGTTT;TC=34;TR=32	GT:GL:GQ	1/1:-370.91,-42.86,-18.85:100
20	1411544	.	TG	T	.	PASS	FR=0.5;HP=4;NF=7;NR=2;PP=36.0;SC=ATTTATAAAATGTTTTTGTTG;TC=28;TR=9	GT:GL:GQ	0/1:-275.92,-257.59,-310.84:82
20	1420200	.	CT	C	.	PASS	FR=1.0;HP=2;NF=13;NR=7;PP=100.0;SC=AAGATGGAACCTTAAGTTCAA;TC=24;TR=20	GT:GL:GQ	1/1:-229.24,-45.08,-29.19:100
20	1421627	.	GC	G	.	PASS	FR=1.0;HP=4;NF=12;NR=6;PP=100.0;SC=GGAGCCCAACGCCCATTTAAA;TC=24;TR=18	GT:GL:GQ	1/1:-219.35,-32.03,-15.65:100
20	1428402	.	A	ATCTAT	.	PASS	FR=0.5;HP=2;NF=6;NR=3;PP=100.0;SC=AATAGCTGATATCAGTTAAGG;TC=30;TR=9	GT:GL:GQ	0/1:-414.87,-348.43,-419.1:100
20	1428454	.	TC	T	.	PASS	FR=0.5;HP=2;NF=11;NR=7;PP=100.0;SC=TTACACCGACTCTGTGCAGGT;TC=37;TR=18	GT:GL:GQ	0/1:-456.05,-415.06,-465.1:100
20	1448428	.	AC	A	.	PASS	FR=1.0;HP=2;NF=12;NR=6;PP=100.0;SC=ACGGTAAACAACCTTCCCGCG;TC=21;TR=18	GT:GL:GQ	1/1:-289.43,-190.83,-179.1:98
20	1450561	.	A	AAATAAT	.	PASS	FR=1.0;HP=8;NF=6;NR=4;PP=100.0;SC=CTGTCTCAAAAAAAAATAATA;TC=23;TR=10	GT:GL:GQ	1/1:-324.02,-170.06,-160.02:94
20	1454025	.	GCACACACGCA	G	.	PASS	FR=1.0;HP=1;NF=5;NR=3;PP=100.0;SC=ACGCACACATGCACACACGCA;TC=23;TR=8	GT:GL:GQ	1/1:-298.98,-49.31,-43.52:72
20	1455718	.	AC	A	.	PASS	FR=0.5;HP=8;NF=5;NR=3;PP=100.0;SC=TGGTGGTAGCACCCCCCCAGG;TC=26;TR=8	GT:GL:GQ	0/1:-122.23,-68.33,-113.23:100
20	1466298	.	C	CCA	.	PASS	FR=0.5;HP=1;NF=3;NR=2;PP=100.0;SC=CACACACACACCACACACACA;TC=25;TR=5	GT:GL:GQ	0/1:-174.97,-31.68,-40.82:42
20	1470727	.	TG	T	.	PASS	FR=1.0;HP=4;NF=9;NR=10;PP=100.0;SC=CAACAATCATTGGGGAATATT;TC=24;TR=19	GT:GL:GQ	1/1:-243.08,-66.7,-50.7:100
20	1473489	.	ATAATT	A	.	PASS	FR=0.5;HP=2;NF=13;NR=9;PP=100.0;SC=TTACTTACAAATAATTTTATT;TC=35;TR=22	GT:GL:GQ	0/1:-297.03,-26.79,-121.41:100
20	1475430	.	C	CTCT	.	PASS	FR=0.5;HP=3;NF=5;NR=7;PP=100.0;SC=CTCATTTCTTCTCTTTTCATT;TC=31;TR=12	GT:GL:GQ	0/1:-179.5,-26.21,-143.42:100
20	1477952	.	AGTCTACACGT	A	.	PASS	FR=0.5;HP=1;NF=1;NR=2;PP=100.0;SC=TTGTCTTTTCAGTCTACACGT;TC=26;TR=3	GT:GL:GQ	0/1:-132.31,-83.49,-272.8:100
20	1485444	.	TGAGAGAGA	T	.	PASS	FR=0.5;HP=2;NF=1;NR=2;PP=100.0;SC=TGTGTGTGTGTGAGAGAGAGA;TC=17;TR=3	GT:GL:GQ	1/0:-294.27,-239.82,-244.87:100
20	1498426	.	G	GA	.	PASS	FR=1.0;HP=6;NF=18;NR=13;PP=100.0;SC=TACAACGGAAGAAAAGCCTAA;TC=33;TR=31	GT:GL:GQ	1/1:-335.62,-79.86,-57.15:100
20	1499276	.	TGAGA	T	.	PASS	FR=0.5;HP=2;NF=4;NR=2;PP=100.0;SC=TCAAAGTGAATGAGAGAGAGG;TC=23;TR=6	GT:GL:GQ	0/1:-190.39,-128.87,-245.46:100
20	1500650	.	A	AG	.	PASS	FR=1.0;HP=1;NF=9;NR=8;PP=100.0;SC=AAGGAGCAGCAGTTCTGAGAG;TC=19;TR=17	GT:GL:GQ	1/1:-187.24,-32.97,-19.25:100
20	1510246	.	CA	C	.	PASS	FR=1.0;HP=10;NF=15;NR=6;PP=100.0;SC=AACTCTGTCTCAAAAAAAAAA;TC=29;TR=21	GT:GL:GQ	1/1:-113.89,-25.37,-8.27:100
20	1510966	.	C	CTA	.	PASS	FR=1.0;HP=2;NF=10;NR=3;PP=100.0;SC=TTTTATCTCTCTGTGTCATTT;TC=21;TR=13	GT:GL:GQ	1/1:-215.34,-14.55,0.0:100
20	1512623	.	TTGTC	T	.	PASS	FR=0.5;HP=1;NF=2;NR=7;PP=100.0;SC=ACTCCATAGATTGTCTGGGTA;TC=27;TR=9	GT:GL:GQ	0/1:-204.17,-64.36,-220.46:100
20	1516154	.	A	AAG	.	PASS	FR=0.5;HP=1;NF=9;NR=1;PP=100.0;SC=GTTTTATAAGAAGAGAGAGAG;TC=28;TR=10	GT:GL:GQ	0/1:-197.81,-103.51,-159.44:100
20	1524117	.	G	GTGA	.	PASS	FR=1.0;HP=2;NF=12;NR=14;PP=100.0;SC=TGGGATCAGGGTATTCCCTTC;TC=27;TR=26	GT:GL:GQ	1/1:-368.49,-35.51,-15.43:100
20	1525024	.	CT	C	.	PASS	FR=0.5;HP=7;NF=3;NR=3;PP=96.0;SC=CCTTCTTTGTCTTTTTTGATC;TC=18;TR=6	GT:GL:GQ	0/1:-53.12,-20.94,-98.55:100
20	1525853	.	G	GT	.	PASS	FR=0.5;HP=5;NF=7;NR=4;PP=100.0;SC=CCTGAAGTGTGTTTTCCAACT;TC=29;TR=11	GT:GL:GQ	0/1:-133.05,-52.13,-148.67:100
20	1597255	.	TG	T	.	PASS	FR=0.5;HP=2;NF=13;NR=3;PP=100.0;SC=GTAAAAGTACTGGAAGAAAAG;TC=39;TR=16	GT:GL:GQ	0/1:-269.31,-182.14,-334.79:100
20	1627288	.	ATTTGT	A	.	PASS	FR=0.5;HP=3;NF=4;NR=2;PP=100.0;SC=ACTTTTTTTCATTTGTTTTGT;TC=20;TR=6	GT:GL:GQ	0/1:-133.15,-70.66,-175.26:100
20	1629280	.	T	TAATAAAATAA	.	PASS	FR=0.5;HP=3;NF=1;NR=4;PP=100.0;SC=ACTTAAAGTATAATAAAATAA;TC=18;TR=5	GT:GL:GQ	0/1:-155.63,-27.66,-95.67:100
20	1648829	.	CTTTCTTTTTCTTTTCT	C	.	PASS	FR=0.5;HP=6;NF=1;NR=1;PP=74.0;SC=TTCTTTCTTTCTTTCTTTTTC;TC=20;TR=2	GT:GL:GQ	0/1:-191.4,-160.88,-232.59:100
20	1653387	.	T	TTTG	.	PASS	FR=0.5;HP=2;NF=2;NR=7;PP=100.0;SC=CGGCCAATCATTTGTTGTTGT;TC=25;TR=9	GT:GL:GQ	0/1:-189.9,-54.75,-106.65:100
20	1656519	.	GT	G	.	PASS	FR=0.5;HP=9;NF=4;NR=5;PP=100.0;SC=GAGCTGCACTGTTTTTTTTCT;TC=20;TR=9	GT:GL:GQ	0/1:-62.34,-19.97,-47.7:100
20	1658890	.	ACT	A	.	PASS	FR=0.5;HP=2;NF=6;NR=2;PP=100.0;SC=CATGTGATACACTGTGGGCCC;TC=27;TR=8	GT:GL:GQ	0/1:-198.65,-163.08,-324.51:100
20	1660493	.	AT	A	.	PASS	FR=0.5;HP=1;NF=6;NR=5;PP=100.0;SC=CATTTGGGAGATGCTATTACC;TC=31;TR=11	GT:GL:GQ	0/1:-160.86,-59.8,-177.36:100
20	1661355	.	TG	T	.	PASS	FR=0.5;HP=1;NF=6;NR=7;PP=100.0;SC=GAAAAACACATGATTATCCAT;TC=34;TR=13	GT:GL:GQ	0/1:-171.31,-99.84,-269.81:100
20	1661478	.	G	GT	.	PASS	FR=0.5;HP=9;NF=7;NR=5;PP=100.0;SC=ATACTTTCTTGTTTTTTTGGC;TC=35;TR=12	GT:GL:GQ	0/1:-150.06,-61.16,-108.32:100
20	1661816	.	C	CA	.	PASS	FR=0.5;HP=1;NF=1;NR=6;PP=100.0;SC=AATTTGCAATCATACAGAAAG;TC=24;TR=7	GT:GL:GQ	0/1:-96.53,-29.07,-136.56:100
20	1662592	.	GATATAACTA	G	.	PASS	FR=0.5;HP=1;NF=4;NR=5;PP=100.0;SC=TATGGATATGGATATAACTAA;TC=23;TR=9	GT:GL:GQ	0/1:-238.09,-62.84,-220.35:100
20	1665050	.	A	ATG	.	PASS	FR=0.5;HP=2;NF=6;NR=6;PP=100.0;SC=ATACACACATATATATATGTA;TC=34;TR=12	GT:GL:GQ	0/1:-151.91,-67.61,-244.28:100
20	1667770	.	TG	T	.	PASS	FR=0.5;HP=6;NF=5;NR=5;PP=100.0;SC=AGGGTTATGATGGGGGGAGAA;TC=29;TR=10	GT:GL:GQ	0/1:-75.51,-17.52,-115.09:100
20	1674714	.	A	AT	.	PASS	FR=1.0;HP=6;NF=12;NR=9;PP=100.0;SC=AAGGAGAATCATTTTTTCTTA;TC=26;TR=21	GT:GL:GQ	1/1:-198.16,-29.36,-11.98:100
20	1679689	.	TACACAC	TACACACACAC,T	.	PASS	FR=0.5,0.5;HP=3;NF=2,1;NR=0,1;PP=100.0,100.0;SC=TTAGATGCCCTACACACACAC;TC=23;TR=2,2	GT:GL:GQ	1/2:-1.0,-1.0,-1.0:100
20	1680048	.	G	GA	.	PASS	FR=0.5;HP=9;NF=4;NR=9;PP=100.0;SC=GAAAACAACAGAAAAAAAACT;TC=30;TR=13	GT:GL:GQ	0/1:-157.3,-90.19,-130.66:100
20	1680109	.	GA	G	.	PASS	FR=0.5;HP=4;NF=9;NR=8;PP=100.0;SC=AACAGCAAGAGAAATTATAAA;TC=32;TR=17	GT:GL:GQ	0/1:-210.03,-97.05,-217.17:100
20	1682621	.	A	AT	.	PASS	FR=1.0;HP=3;NF=18;NR=11;PP=100.0;SC=AATATATCATATTACACAGTG;TC=31;TR=29	GT:GL:GQ	1/1:-304.45,-32.07,-10.59:100
20	1683112	.	T	TC	.	PASS	FR=1.0;HP=2;NF=6;NR=11;PP=100.0;SC=CAAACCCTCTTCCTATACCAC;TC=23;TR=17	GT:GL:GQ	1/1:-265.19,-181.47,-172.55:74
20	1683153	.	CA	C	.	PASS	FR=0.5;HP=2;NF=5;NR=7;PP=100.0;SC=GCAGCAGCTGCAAGAAGTCTC;TC=22;TR=12	GT:GL:GQ	0/1:-291.99,-237.27,-279.09:100
20	1683250	.	ATAGCTCTACCAGT	A	.	PASS	FR=0.5;HP=1;NF=5;NR=4;PP=100.0;SC=AGTTCGAATCATAGCTCTACC;TC=22;TR=9	GT:GL:GQ	0/1:-267.9,-88.45,-154.18:100
20	1683813	.	C	CT	.	PASS	FR=0.5;HP=6;NF=12;NR=13;PP=100.0;SC=AAGAGAATGTCTTTTTAAAAT;TC=53;TR=25	GT:GL:GQ	0/1:-327.36,-122.23,-224.07:100
20	1683959	.	C	CA	.	PASS	FR=0.5;HP=8;NF=4;NR=9;PP=100.0;SC=TCAACAATGACAAAAAAAGCA;TC=24;TR=13	GT:GL:GQ	0/1:-130.55,-27.62,-42.34:66
20	1684576	.	A	AATGTATAATAC	.	PASS	FR=0.5;HP=2;NF=5;NR=4;PP=96.0;SC=ATACTGTTTAAATATTTCCTG;TC=24;TR=9	GT:GL:GQ	0/1:-370.23,-353.25,-494.05:100
20	1688002	.	AAAAC	A	.	PASS	FR=1.0;HP=3;NF=4;NR=6;PP=100.0;SC=ACTCCCTCTCAAAACAAACAA;TC=22;TR=10	GT:GL:GQ	1/1:-132.2,-18.69,-9.78:74
20	1690549	.	CCT	C	.	PASS	FR=0.5;HP=3;NF=6;NR=6;PP=100.0;SC=GAAATCTTCCCCTGTCTGTGA;TC=32;TR=12	GT:GL:GQ	0/1:-184.81,-148.16,-332.53:100
20	1694183	.	CT	C	.	PASS	FR=0.5;HP=3;NF=8;NR=5;PP=100.0;SC=TATACAAAGACTTTATAACCA;TC=29;TR=13	GT:GL:GQ	0/1:-144.04,-44.56,-141.78:100
20	1699510	.	T	TCCCA	.	PASS	FR=0.5;HP=3;NF=10;NR=2;PP=100.0;SC=AATGTCTCATTCCCACATCCT;TC=19;TR=12	GT:GL:GQ	0/1:-164.23,-17.54,-74.37:100
20	1701571	.	TTAAAATAAAA	T	.	PASS	FR=0.5;HP=4;NF=5;NR=2;PP=100.0;SC=CATCTCAAAATTAAAATAAAA;TC=21;TR=7	GT:GL:GQ	0/1:-177.13,-95.66,-194.53:100
20	1716144	.	A	AGTGT	.	PASS	FR=0.5;HP=8;NF=3;NR=4;PP=100.0;SC=GGTTTTTTTTAGTGTGTGTGT;TC=23;TR=7	GT:GL:GQ	0/1:-151.21,-52.44,-109.8:100
20	1719870	.	TG	T	.	PASS	FR=0.5;HP=1;NF=3;NR=11;PP=100.0;SC=ATCAAACCTCTGTGGGAGAGA;TC=27;TR=14	GT:GL:GQ	0/1:-146.54,-22.92,-111.48:100
20	1721789	.	GT	G	.	PASS	FR=0.5;HP=9;NF=6;NR=4;PP=100.0;SC=GCACTTGGGAGTTTTTTTTTC;TC=23;TR=10	GT:GL:GQ	0/1:-60.27,-22.43,-60.17:100
20	1722316	.	CCTTT	C	.	PASS	FR=1.0;HP=2;NF=2;NR=1;PP=100.0;SC=TTTCTCTCTTCCTTTCTTTCT;TC=7;TR=3	GT:GL:GQ	1/1:-85.7,-30.24,-25.46:57
20	1727042	.	T	TA	.	PASS	FR=1.0;HP=2;NF=10;NR=8;PP=100.0;SC=AATTAAATTATATAGAGGAAG;TC=20;TR=18	GT:GL:GQ	1/1:-223.19,-104.73,-92.26:100
20	1728298	.	G	GT	.	PASS	FR=1.0;HP=4;NF=11;NR=14;PP=100.0;SC=AAGAACAGAGGTTTTAAGCAT;TC=28;TR=25	GT:GL:GQ	1/1:-297.24,-94.99,-75.97:100
20	1730788	.	T	TGATA	.	PASS	FR=1.0;HP=3;NF=3;NR=6;PP=100.0;SC=AGATGATAAATGATAGATAGA;TC=36;TR=9	GT:GL:GQ	1/1:-190.89,-23.51,-13.12:87
20	1731625	.	CA	C	.	PASS	FR=1.0;HP=9;NF=5;NR=8;PP=100.0;SC=GACTCCATCTCAAAAAAAAAG;TC=23;TR=13	GT:GL:GQ	1/1:-93.68,-29.69,-18.4:95
20	1734082	.	AAAAAT	A	.	PASS	FR=0.5;HP=4;NF=6;NR=3;PP=100.0;SC=CAATAGCTATAAAAATAAAAT;TC=38;TR=9	GT:GL:GQ	0/1:-124.98,-23.78,-220.83:100
20	1738324	.	T	TC	.	PASS	FR=1.0;HP=3;NF=7;NR=10;PP=100.0;SC=ACACTCCTTTTCCTTCATGAT;TC=22;TR=17	GT:GL:GQ	1/1:-213.69,-47.59,-33.85:100
20	1738519	.	A	AG	.	PASS	FR=1.0;HP=1;NF=13;NR=11;PP=100.0;SC=CTGTCAAACTAGCCTCTGGCT;TC=29;TR=24	GT:GL:GQ	1/1:-269.52,-42.45,-23.17:100
20	1741051	.	T	TAA	.	PASS	FR=1.0;HP=1;NF=12;NR=12;PP=100.0;SC=TAAATATATATGACTATTTTT;TC=35;TR=24	GT:GL:GQ	1/1:-395.96,-52.09,-26.1:100
20	1745352	.	A	ACAATAATCACATCAAAGAT	.	PASS	FR=1.0;HP=2;NF=4;NR=8;PP=100.0;SC=CAAGACCATTACACTAATCAC;TC=17;TR=12	GT:GL:GQ	1/1:-425.27,-43.37,-23.58:100
20	1746606	.	GTA	G	.	PASS	FR=1.0;HP=2;NF=1;NR=4;PP=100.0;SC=ATATATATGTGTATATATATA;TC=9;TR=5	GT:GL:GQ	1/1:-98.72,-49.48,-45.34:50
20	1768362	.	G	GAA	.	PASS	FR=1.0;HP=2;NF=7;NR=14;PP=100.0;SC=TAGAGTGATGGAAGAGACTGG;TC=27;TR=21	GT:GL:GQ	1/1:-269.69,-41.32,-23.11:100
20	1778684	.	A	AGTGCTT	.	PASS	FR=0.5;HP=2;NF=1;NR=1;PP=83.0;SC=ATTGCCCTCCATTGGAGGCTG;TC=14;TR=2	GT:GL:GQ	1/0:-256.33,-220.54,-244.27:69
20	1833292	.	TA	T	.	PASS	FR=0.5;HP=3;NF=5;NR=5;PP=100.0;SC=ATATTATGTATAATCTCAATT;TC=25;TR=10	GT:GL:GQ	0/1:-147.42,-89.75,-210.06:100
20	1848829	.	CTTTTCT	C	.	PASS	FR=1.0;HP=8;NF=6;NR=15;PP=100.0;SC=CTTTTCTTTTCTTTTCTTTTC;TC=25;TR=21	GT:GL:GQ	1/1:-409.42,-172.01,-156.56:100
20	1848853	.	CTT	C	.	PASS	FR=0.5;HP=4;NF=3;NR=4;PP=100.0;SC=CTTTCTTTCTCTTTCTTTCTT;TC=26;TR=7	GT:GL:GQ	0/1:-469.4,-397.68,-416.1:83
20	1848877	.	C	CTT	.	PASS	FR=0.9999;HP=4;NF=2;NR=1;PP=100.0;SC=TTCTTTCTTTCTCTTTCTTTC;TC=26;TR=3	GT:GL:GQ	1/1:-373.17,-284.63,-280.27:37
20	1852149	.	CCA	C	.	PASS	FR=0.5;HP=1;NF=4;NR=1;PP=100.0;SC=CACCCCCTCTCCACACACACA;TC=23;TR=5	GT:GL:GQ	0/1:-139.51,-90.17,-161.53:100
20	1855569	.	AACACAC	A	.	PASS	FR=1.0;HP=1;NF=7;NR=3;PP=100.0;SC=GTCACTCTACAACACACACAC;TC=14;TR=10	GT:GL:GQ	1/1:-159.46,-18.21,-11.49:84
20	1857852	.	TC	T	.	PASS	FR=1.0;HP=6;NF=4;NR=19;PP=100.0;SC=CCCGTGTCCATCCCCCCTGTA;TC=58;TR=23	GT:GL:GQ	1/1:-667.45,-637.23,-632.11:63
20	1857976	.	G	GT	.	PASS	FR=1.0;HP=5;NF=12;NR=1;PP=100.0;SC=GCTTTGTTTTGTCAGTTGTTT;TC=22;TR=13	GT:GL:GQ	1/1:-196.6,-28.45,-14.03:100
20	1872437	.	AT	A	.	PASS	FR=0.5;HP=2;NF=2;NR=4;PP=100.0;SC=TCCCTGGCTAATTCCCCCCAC;TC=23;TR=6	GT:GL:GQ	0/1:-111.11,-55.77,-134.66:100
20	1890990	.	CTT	C	.	PASS	FR=1.0;HP=5;NF=11;NR=12;PP=100.0;SC=TGTTTCATTACTTTTTAACTT;TC=24;TR=23	GT:GL:GQ	1/1:-245.45,-38.39,-20.54:100
20	1895466	.	T	TATAG	.	PASS	FR=1.0;HP=1;NF=11;NR=5;PP=100.0;SC=AGATTAGAATTAGCCCAGCTC;TC=24;TR=16	GT:GL:GQ	1/1:-500.31,-454.72,-448.18:79
20	1895484	.	ACT	A	.	PASS	FR=1.0;HP=1;NF=14;NR=4;PP=52.0;SC=CTCAGATGTGACTCTTCCAGA;TC=23;TR=18	GT:GL:GQ	1/1:-454.69,-436.37,-433.13:53
20	1912065	.	AC	A	.	PASS	FR=0.5;HP=2;NF=7;NR=8;PP=100.0;SC=TGCCTTCATCACTGTTCCCAT;TC=25;TR=15	GT:GL:GQ	0/1:-166.95,-40.53,-113.76:100
20	1930288	.	TAAG	T	.	PASS	FR=0.5;HP=2;NF=9;NR=4;PP=100.0;SC=TATAAGTTGTTAAGAAGAAAA;TC=31;TR=13	GT:GL:GQ	0/1:-196.67,-58.02,-140.92:100
20	1940722	.	GTT	G	.	PASS	FR=0.5;HP=2;NF=6;NR=7;PP=100.0;SC=AAAAACCCAGGTTATATATAC;TC=25;TR=13	GT:GL:GQ	0/1:-178.3,-32.72,-93.72:100
20	1940980	.	G	GA	.	PASS	FR=0.5;HP=3;NF=5;NR=3;PP=100.0;SC=AACTACTCAGGGGCTGAGATG;TC=20;TR=8	GT:GL:GQ	0/1:-91.81,-43.36,-126.02:100
20	1941170	.	A	AC	.	PASS	FR=0.5;HP=1;NF=10;NR=2;PP=100.0;SC=ATACCTGTATAGAAAAAAAGT;TC=31;TR=12	GT:GL:GQ	0/1:-250.35,-208.27,-291.77:100
20	1943171	.	T	TG	.	PASS	FR=0.5;HP=7;NF=1;NR=1;PP=56.0;SC=AGGGGAAGCCTGGGGGGGTTG;TC=19;TR=2	GT:GL:GQ	0/1:-65.38,-41.58,-85.08:100
20	1949783	.	C	CT	.	PASS	FR=0.5;HP=10;NF=3;NR=4;PP=100.0;SC=GTGCTGAGCCCTTTTTTTTTT;TC=26;TR=7	GT:GL:GQ	0/1:-82.34,-46.95,-63.27:73
20	1959266	.	A	ATG	.	PASS	FR=0.5;HP=2;NF=3;NR=4;PP=100.0;SC=CAACCTGAATATGTGTGTGTG;TC=24;TR=7	GT:GL:GQ	0/1:-140.42,-42.47,-66.02:100
20	1967894	.	GATGA	G	.	PASS	FR=0.5;HP=2;NF=2;NR=4;PP=100.0;SC=TTGAGTGATTGATGAATGAAT;TC=24;TR=6	GT:GL:GQ	0/1:-113.7,-41.87,-83.28:100
20	1977448	.	A	ACACACACACG	.	PASS	FR=0.5;HP=1;NF=1;NR=1;PP=100.0;SC=ACACACACACATAGAAGGCCA;TC=32;TR=2	GT:GL:GQ	0/1:-253.96,-71.96,-163.76:100
20	1996777	.	CT	C	.	PASS	FR=0.5;HP=2;NF=4;NR=7;PP=100.0;SC=GTGTTTTAGGCTGTTATTTCA;TC=21;TR=11	GT:GL:GQ	0/1:-127.06,-33.79,-125.68:100
20	1997708	.	CAT	C	.	PASS	FR=0.5;HP=2;NF=5;NR=4;PP=100.0;SC=CACACACACACATACAAAATA;TC=31;TR=9	GT:GL:GQ	0/1:-145.15,-85.85,-245.36:100
20	2004765	.	T	TG	.	PASS	FR=0.5;HP=1;NF=2;NR=2;PP=76.0;SC=AGGATTTTTCTATCAGTCCAC;TC=12;TR=4	GT:GL:GQ	0/1:-54.31,-25.7,-84.4:100
20	2034931	.	G	GTTC	.	PASS	FR=0.5;HP=2;NF=6;NR=4;PP=100.0;SC=AGATAGGTAAGTTCTTCCCCA;TC=24;TR=10	GT:GL:GQ	0/1:-162.21,-52.77,-146.87:100
20	2035677	.	AACACAC	AAC,A	.	PASS	FR=0.5,0.5;HP=2;NF=2,3;NR=0,2;PP=39.0,100.0;SC=TTTTATAATAAACACACACAC;TC=29;TR=2,5	GT:GL:GQ	1/2:-1.0,-1.0,-1.0:88
20	2050099	.	AATTG	A	.	PASS	FR=0.5;HP=2;NF=10;NR=5;PP=100.0;SC=TCTTATTCTTAATTGATCTAA;TC=35;TR=15	GT:GL:GQ	0/1:-259.54,-91.86,-224.89:100
20	2052246	.	AC	A	.	PASS	FR=0.5;HP=1;NF=3;NR=6;PP=100.0;SC=GGTCCCAGCTACTCAGGAGGC;TC=19;TR=9	GT:GL:GQ	0/1:-113.96,-44.77,-115.57:100
20	2053863	.	C	CA	.	PASS	FR=0.5;HP=9;NF=3;NR=4;PP=96.0;SC=ACTAAAAATACAAAAAAAATA;TC=16;TR=7	GT:GL:GQ	0/1:-46.07,-13.04,-34.97:98
20	2054845	.	AAAGAGGAAAAAG	A	.	PASS	FR=0.5;HP=4;NF=7;NR=1;PP=100.0;SC=AAAAGAGGAAAAAGAGGAAAA;TC=27;TR=8	GT:GL:GQ	0/1:-251.05,-86.54,-294.87:100
20	2055452	.	AAAGG	A	.	PASS	FR=0.5;HP=4;NF=4;NR=4;PP=100.0;SC=AAGAAAAGAAAAAGGAAGGAA;TC=27;TR=8	GT:GL:GQ	0/1:-227.92,-152.39,-281.38:100
20	2077127	.	AAC	A	.	PASS	FR=0.5;HP=3;NF=1;NR=3;PP=97.0;SC=TCTCTACTAAAACACACACAC;TC=17;TR=4	GT:GL:GQ	0/1:-57.31,-24.65,-94.33:100
20	2078747	.	CCT	C	.	PASS	FR=0.5;HP=3;NF=3;NR=2;PP=100.0;SC=AGAAAATTCCCCTGTGGCCCT;TC=15;TR=5	GT:GL:GQ	0/1:-78.54,-32.73,-103.05:100
20	2120509	.	AAAGGT	A	.	PASS	FR=0.5;HP=2;NF=8;NR=1;PP=100.0;SC=CTGAAATGAGAAAGGTAAGGA;TC=19;TR=9	GT:GL:GQ	0/1:-189.27,-90.48,-174.84:100
20	2122413	.	CT	C	.	PASS	FR=0.5;HP=4;NF=3;NR=8;PP=100.0;SC=GTAACCTACCCTTTTCCACCT;TC=23;TR=11	GT:GL:GQ	0/1:-132.75,-34.8,-69.03:100
20	2126052	.	T	TCTATGTGA	.	PASS	FR=0.5;HP=2;NF=3;NR=1;PP=100.0;SC=CATTTCCGTTTCTATGTGACC;TC=22;TR=4	GT:GL:GQ	0/1:-179.74,-76.1,-178.95:100
20	2131707	.	T	TGG	.	PASS	FR=0.5;HP=2;NF=7;NR=1;PP=100.0;SC=CCCTGTTGCCTGACCTGAGCC;TC=20;TR=8	GT:GL:GQ	0/1:-145.56,-92.76,-163.87:100
20	2153043	.	C	CTTTATTTA	.	PASS	FR=0.5;HP=3;NF=1;NR=2;PP=100.0;SC=GGTGACATCACTTTATTTATT;TC=21;TR=3	GT:GL:GQ	0/1:-97.11,-28.78,-48.32:87
20	2155932	.	C	CAT	.	PASS	FR=0.5;HP=7;NF=4;NR=3;PP=100.0;SC=AATTAAAAAACATATATATAT;TC=32;TR=7	GT:GL:GQ	0/1:-176.17,-66.01,-150.43:100
20	2160585	.	AT	A	.	PASS	FR=0.5;HP=7;NF=9;NR=11;PP=100.0;SC=GTTTTTAAATATTTTTTAATT;TC=41;TR=20	GT:GL:GQ	0/1:-237.9,-137.73,-264.06:100
20	2162113	.	A	ATT	.	PASS	FR=0.5;HP=1;NF=2;NR=4;PP=100.0;SC=TATCAGGAATAATTTTTTTTT;TC=25;TR=6	GT:GL:GQ	0/1:-145.37,-128.61,-213.61:100
20	2165761	.	GTTAT	G	.	PASS	FR=0.5;HP=3;NF=4;NR=1;PP=100.0;SC=CTAATAACCTGTTATTTATTT;TC=28;TR=5	GT:GL:GQ	0/1:-79.63,-28.99,-73.78:100
20	2171122	.	CAAACA	C	.	PASS	FR=0.5;HP=4;NF=4;NR=1;PP=100.0;SC=AACAAACAGACAAACAAAACA;TC=18;TR=5	GT:GL:GQ	0/1:-113.12,-57.95,-91.54:100
20	2171346	.	TA	T	.	PASS	FR=0.5;HP=8;NF=4;NR=5;PP=100.0;SC=AATTTTTTTTTAAAATCCTTA;TC=20;TR=9	GT:GL:GQ	0/1:-174.43,-122.88,-194.49:100
20	2171402	.	T	TA	.	PASS	FR=0.5;HP=2;NF=3;NR=1;PP=92.0;SC=TGATTGATCCTAACTTAATGA;TC=23;TR=4	GT:GL:GQ	0/1:-112.12,-79.99,-224.63:100
20	2198337	.	AAG	A	.	PASS	FR=0.5;HP=2;NF=17;NR=3;PP=100.0;SC=CAACCAAAGAAAGAATGGGAG;TC=38;TR=20	GT:GL:GQ	0/1:-234.35,-51.22,-161.95:100
20	2199055	.	G	GCCACACACTTCTAAA	.	PASS	FR=0.5;HP=2;NF=2;NR=5;PP=100.0;SC=AGGGGGAAGTGCCATCAGATG;TC=20;TR=7	GT:GL:GQ	0/1:-318.25,-129.11,-238.35:100
20	2199168	.	T	TG	.	PASS	FR=0.5;HP=9;NF=3;NR=6;PP=100.0;SC=TGAGATTTGGTGGGGGGGACA;TC=37;TR=9	GT:GL:GQ	0/1:-144.44,-70.03,-129.92:100
20	2209336	.	A	AGTG	.	PASS	FR=0.5;HP=1;NF=4;NR=1;PP=100.0;SC=GCTGGAGTGCAGTGGTACAAT;TC=18;TR=5	GT:GL:GQ	0/1:-105.48,-46.83,-99.81:100
20	2215492	.	T	TA	.	PASS	FR=1.0;HP=1;NF=17;NR=16;PP=100.0;SC=TGGATGAACGTATTTATTTAA;TC=37;TR=33	GT:GL:GQ	1/1:-589.49,-315.53,-293.02:100
20	2215506	.	G	GT	.	PASS	FR=1.0;HP=3;NF=18;NR=13;PP=100.0;SC=TATTTAACCAGTTTCTCTTGA;TC=36;TR=31	GT:GL:GQ	1/1:-602.79,-346.63,-325.98:100
20	2216792	.	CAG	C	.	PASS	FR=0.5;HP=1;NF=6;NR=7;PP=100.0;SC=TGCGTTCATGCAGTTTATGGG;TC=25;TR=13	GT:GL:GQ	0/1:-181.42,-37.01,-108.03:100
20	2217535	.	CCT	C	.	PASS	FR=0.5;HP=1;NF=6;NR=6;PP=100.0;SC=CATTGCATCACCTGCCTCTGA;TC=32;TR=12	GT:GL:GQ	0/1:-224.94,-75.19,-157.78:100
20	2218702	.	CA	C	.	PASS	FR=0.5;HP=1;NF=3;NR=5;PP=100.0;SC=AATCACGACTCATTGTAGCCT;TC=18;TR=8	GT:GL:GQ	0/1:-111.7,-55.95,-90.25:100
20	2221607	.	TTTTCTTTCTTTCTTTTTCC	T	.	PASS	FR=0.5;HP=4;NF=4;NR=2;PP=100.0;SC=AAAGTTTTCTTTTTCTTTCTT;TC=29;TR=6	GT:GL:GQ	0/1:-196.61,-29.28,-142.76:100
20	2241427	.	AAAAC	A	.	PASS	FR=1.0;HP=4;NF=4;NR=3;PP=100.0;SC=CTTGTCTCTAAAAACAAACAA;TC=19;TR=7	GT:GL:GQ	1/1:-166.73,-37.97,-27.83:84
20	2263098	.	TG	T	.	PASS	FR=1.0;HP=4;NF=5;NR=5;PP=100.0;SC=TGACGGATGGTGGAGTGAGAA;TC=12;TR=10	GT:GL:GQ	1/1:-115.83,-17.15,-8.29:71
20	2278675	.	A	ATGAATGGCACT	.	PASS	FR=1.0;HP=4;NF=8;NR=9;PP=100.0;SC=ACTCTGAAAAATGGTCACAGA;TC=18;TR=17	GT:GL:GQ	1/1:-567.99,-218.0,-199.44:100
20	2280081	.	C	CT	.	PASS	FR=1.0;HP=3;NF=15;NR=9;PP=100.0;SC=TAACTTCATGCGGCTCCACCC;TC=30;TR=24	GT:GL:GQ	1/1:-287.69,-60.5,-41.43:100
20	2280751	.	TA	T	.	PASS	FR=1.0;HP=10;NF=11;NR=3;PP=100.0;SC=AGACTCCATTTAAAAAAAAAA;TC=22;TR=14	GT:GL:GQ	1/1:-139.24,-88.42,-77.92:88
20	2280882	.	A	AAAAG	.	PASS	FR=1.0;HP=6;NF=2;NR=2;PP=100.0;SC=AAGAAAGAAAAAAAGAAAGAA;TC=21;TR=4	GT:GL:GQ	1/1:-160.24,-78.2,-70.5:63
20	2285898	.	AGTCACTG	A	.	PASS	FR=1.0;HP=1;NF=9;NR=3;PP=100.0;SC=CCAAGTCTCTAGTCACTGGTT;TC=19;TR=12	GT:GL:GQ	1/1:-272.68,-30.42,-16.26:99
20	2287002	.	TAAG	T	.	PASS	FR=1.0;HP=2;NF=12;NR=8;PP=100.0;SC=GAAAAATCTCTAAGAAGGCTC;TC=24;TR=20	GT:GL:GQ	1/1:-245.61,-20.38,-4.14:100
20	2294297	.	A	ACT	.	PASS	FR=1.0;HP=2;NF=5;NR=3;PP=100.0;SC=AATCACACACACTCTCTCTCT;TC=24;TR=8	GT:GL:GQ	1/1:-199.54,-41.84,-28.04:100
20	2297084	.	AT	A	.	PASS	FR=1.0;HP=2;NF=10;NR=7;PP=100.0;SC=GGTGGCACGCATTAACACCAG;TC=18;TR=17	GT:GL:GQ	1/1:-184.14,-27.34,-14.78:100
20	2297605	.	CT	C	.	PASS	FR=0.5;HP=3;NF=4;NR=6;PP=100.0;SC=CAATCATGGCCTTTGGCTTCC;TC=24;TR=10	GT:GL:GQ	0/1:-137.24,-29.13,-84.17:100
20	2298589	.	C	CAT,T	.	PASS	FR=0.5,0.5;HP=1;NF=5,2;NR=2,3;PP=100.0,100.0;SC=ATATATATATCATATATATAT;TC=23;TR=7,5	GT:GL:GQ	1/2:-1.0,-1.0,-1.0:100
20	2316853	.	G	GC	.	PASS	FR=1.0;HP=4;NF=3;NR=6;PP=100.0;SC=TCACCCTGTAGCCCCTGTGCC;TC=15;TR=9	GT:GL:GQ	1/1:-147.72,-38.92,-28.94:83
20	2318317	.	GATCACACC	G	.	PASS	FR=1.0;HP=2;NF=8;NR=8;PP=100.0;SC=AGTGAGCCGAGATCACACCAC;TC=22;TR=16	GT:GL:GQ	1/1:-356.42,-104.52,-90.96:100
20	2318716	.	AG	A	.	PASS	FR=1.0;HP=3;NF=13;NR=4;PP=100.0;SC=CACTCAGAGCAGGGCACCGAT;TC=26;TR=17	GT:GL:GQ	1/1:-256.21,-181.8,-170.54:94
20	2323655	.	A	AT	.	PASS	FR=1.0;HP=8;NF=11;NR=9;PP=100.0;SC=AGGAAAAAAAAACACTGATGT;TC=31;TR=20	GT:GL:GQ	1/1:-290.56,-28.0,-5.91:100
20	2326944	.	G	GA	.	PASS	FR=1.0;HP=5;NF=6;NR=12;PP=100.0;SC=AGATACAGAGGAAAAATGAAG;TC=25;TR=18	GT:GL:GQ	1/1:-204.47,-32.24,-15.14:100
20	2329825	.	T	TC	.	PASS	FR=1.0;HP=1;NF=16;NR=4;PP=100.0;SC=ATATGGGTTGTCTTTGAGACT;TC=22;TR=20	GT:GL:GQ	1/1:-212.37,-32.28,-17.55:100
20	2334719	.	CTAT	C	.	PASS	FR=1.0;HP=3;NF=14;NR=16;PP=100.0;SC=TTCCCAGGTTCTATTATGTAG;TC=36;TR=30	GT:GL:GQ	1/1:-368.57,-33.34,-9.9:100
20	2335944	.	C	CTG	.	PASS	FR=1.0;HP=4;NF=10;NR=19;PP=100.0;SC=GCTGAGAAAACTATATCCAAA;TC=34;TR=29	GT:GL:GQ	1/1:-370.96,-31.85,-8.29:100
20	2340299	.	TTGTC	T	.	PASS	FR=1.0;HP=2;NF=10;NR=15;PP=100.0;SC=ATCCTGTAGGTTGTCTGTTTA;TC=27;TR=25	GT:GL:GQ	1/1:-327.39,-42.17,-22.8:100
20	2342117	.	T	TG	.	PASS	FR=1.0;HP=5;NF=14;NR=14;PP=100.0;SC=TGCTTATTTTTTCCACTTAAT;TC=32;TR=28	GT:GL:GQ	1/1:-450.6,-326.69,-308.08:100
20	2344369	.	TAAG	T	.	PASS	FR=1.0;HP=2;NF=13;NR=10;PP=100.0;SC=TGAGAGGTGGTAAGAAGAAGA;TC=36;TR=23	GT:GL:GQ	1/1:-351.7,-76.99,-56.29:100
20	2344451	.	G	GAGGA	.	PASS	FR=1.0;HP=2;NF=12;NR=3;PP=100.0;SC=ACACCCAACAGAGGAAGGTTA;TC=20;TR=15	GT:GL:GQ	1/1:-372.02,-158.89,-145.61:100
20	2344539	.	T	TTTTGTTTG	.	PASS	FR=1.0;HP=3;NF=8;NR=4;PP=100.0;SC=ACTACCCCAGTTTTGTTTGTT;TC=23;TR=12	GT:GL:GQ	1/1:-243.77,-36.7,-24.92:99
20	2345269	.	TCCTGGC	T	.	PASS	FR=1.0;HP=2;NF=7;NR=13;PP=100.0;SC=ATCGAGACCATCCTGGCTAAC;TC=21;TR=20	GT:GL:GQ	1/1:-260.12,-24.22,-9.67:100
20	2346660	.	T	TAATAAATAAATAAATA	.	PASS	FR=1.0;HP=3;NF=3;NR=4;PP=100.0;SC=CAATTCCTTATAATAAATAAA;TC=13;TR=7	GT:GL:GQ	1/1:-305.93,-18.69,-7.6:93
20	2352930	.	AC	A	.	PASS	FR=1.0;HP=2;NF=10;NR=8;PP=100.0;SC=TTTCAGGCCTACCTCTCAAGC;TC=21;TR=18	GT:GL:GQ	1/1:-216.23,-90.38,-78.46:100
20	2362643	.	C	CTG	.	PASS	FR=1.0;HP=3;NF=11;NR=8;PP=100.0;SC=AAGAACTTGTCTTAGATGCTG;TC=21;TR=19	GT:GL:GQ	1/1:-259.19,-87.0,-72.75:100
20	2379170	.	TC	T	.	PASS	FR=0.5;HP=4;NF=1;NR=3;PP=99.0;SC=AGCTTGGGCTTCCCCACAATA;TC=23;TR=4	GT:GL:GQ	0/1:-84.89,-51.93,-137.5:100
20	2401510	.	ATGT	A	.	PASS	FR=0.5;HP=2;NF=2;NR=4;PP=100.0;SC=CATTATATGGATGTACACAGT;TC=23;TR=6	GT:GL:GQ	0/1:-138.83,-80.65,-217.86:100
20	2406090	.	AACT	A	.	PASS	FR=0.5;HP=3;NF=8;NR=7;PP=100.0;SC=GTTGCCACAAAACTTCAATTT;TC=36;TR=15	GT:GL:GQ	0/1:-277.31,-158.31,-369.27:100
20	2407722	.	A	AT	.	PASS	FR=0.5;HP=9;NF=4;NR=11;PP=100.0;SC=AATTGCTATAATTTTTTTTTC;TC=38;TR=15	GT:GL:GQ	0/1:-112.13,-34.3,-69.71:100
20	2409340	.	C	CAATA	.	PASS	FR=0.5;HP=2;NF=4;NR=3;PP=100.0;SC=CATAATAAATCAATCAATAAA;TC=22;TR=7	GT:GL:GQ	0/1:-189.45,-43.56,-132.72:100
20	2409613	.	G	GCA	.	PASS	FR=0.5;HP=1;NF=6;NR=4;PP=57.0;SC=GGGATTATAGGCACAACACCA;TC=25;TR=10	GT:GL:GQ	0/1:-231.71,-206.44,-319.84:100
20	2411731	.	CAG	C	.	PASS	FR=0.5;HP=1;NF=1;NR=2;PP=36.0;SC=GTGGATGAGCCAGAGAGAAGT;TC=13;TR=3	GT:GL:GQ	0/1:-55.56,-36.89,-120.4:84
20	2414786	.	G	GA	.	PASS	FR=1.0;HP=8;NF=8;NR=10;PP=100.0;SC=GAAGCTTTCAGAAAAAAACCC;TC=23;TR=18	GT:GL:GQ	1/1:-173.45,-78.53,-65.46:100
20	2418166	.	GTGTT	G	.	PASS	FR=0.5;HP=1;NF=1;NR=4;PP=100.0;SC=CACCTGGCTAGTGTTTGTTTG;TC=21;TR=5	GT:GL:GQ	0/1:-134.79,-72.62,-117.78:100
20	2425523	.	A	ATTTATTTTATTTTAT	.	PASS	FR=0.5;HP=7;NF=3;NR=2;PP=100.0;SC=ATTTTATTTTATTTATTTTAT;TC=23;TR=5	GT:GL:GQ	0/1:-149.61,-12.23,-46.02:100
20	2425934	.	T	TA	.	PASS	FR=0.5;HP=8;NF=8;NR=4;PP=67.0;SC=TTAATCAATTTAAAAAAAATG;TC=25;TR=12	GT:GL:GQ	0/1:-160.28,-133.72,-162.95:100
20	2430943	.	ATGTG	A	.	PASS	FR=0.5;HP=1;NF=1;NR=1;PP=100.0;SC=GTGCGTGTGCATGTGTGTGTG;TC=29;TR=2	GT:GL:GQ	0/1:-164.1,-78.49,-99.2:92
20	2433931	.	TC	T	.	PASS	FR=0.5;HP=5;NF=1;NR=1;PP=26.0;SC=CCCTGGAAGCTCCCCTTTGTG;TC=10;TR=2	GT:GL:GQ	0/1:-34.79,-18.58,-53.81:73
20	2436455	.	A	AAAAAAG,AAAAAG	.	PASS	FR=0.5,0.5;HP=9;NF=3,3;NR=1,4;PP=50.0,100.0;SC=CTACCAAAAAAAAAAGAAAAG;TC=25;TR=4,7	GT:GL:GQ	1/2:-1.0,-1.0,-1.0:100
20	2436835	.	A	AC	.	PASS	FR=0.5;HP=1;NF=7;NR=8;PP=100.0;SC=ACAATGATGTACATTTTTCAG;TC=37;TR=15	GT:GL:GQ	0/1:-177.52,-36.56,-198.23:100
20	2448573	.	CCT	C	.	PASS	FR=0.5;HP=2;NF=6;NR=5;PP=100.0;SC=CCCATGCCACCCTGTTTTAGC;TC=34;TR=11	GT:GL:GQ	0/1:-159.22,-114.6,-320.68:100
20	2450954	.	CA	C	.	PASS	FR=0.5;HP=2;NF=1;NR=4;PP=100.0;SC=CAAACTTCCGCAAGTCTGAGC;TC=22;TR=5	GT:GL:GQ	0/1:-106.22,-51.15,-126.38:100
20	2452700	.	TAAAAAAGAA	T	.	PASS	FR=0.5;HP=6;NF=4;NR=5;PP=100.0;SC=TTTCTTGGATTAAAAAAGAAA;TC=32;TR=9	GT:GL:GQ	0/1:-216.2,-29.76,-153.35:100
20	2458350	.	G	GA	.	PASS	FR=0.5;HP=3;NF=4;NR=6;PP=100.0;SC=CAAGGTGGGAGAATTGCTTGA;TC=27;TR=10	GT:GL:GQ	0/1:-156.97,-38.22,-122.55:100
20	2477736	.	A	AT	.	PASS	FR=0.5;HP=10;NF=4;NR=3;PP=100.0;SC=AAAAAAAAAAATTTTACCATC;TC=23;TR=7	GT:GL:GQ	0/1:-89.51,-39.15,-127.81:100
20	2498012	.	GTA	G	.	PASS	FR=0.5;HP=2;NF=3;NR=6;PP=100.0;SC=GTATATGTGTGTATATATATA;TC=22;TR=9	GT:GL:GQ	0/1:-140.02,-17.32,-103.73:100
20	2516178	.	GA	G	.	PASS	FR=0.5;HP=8;NF=3;NR=5;PP=100.0;SC=GTTTAATTGGGAAAAAAAATA;TC=17;TR=8	GT:GL:GQ	0/1:-52.67,-14.95,-45.28:100
20	2520604	.	T	TAGCA	.	PASS	FR=0.5;HP=4;NF=4;NR=3;PP=100.0;SC=CTCCCGCAAATAGCACACAAG;TC=20;TR=7	GT:GL:GQ	0/1:-194.0,-75.16,-105.67:100
20	2522684	.	G	GA	.	PASS	FR=0.5;HP=7;NF=5;NR=6;PP=83.0;SC=TTTCTTATTTGAAAAAAACTT;TC=31;TR=11	GT:GL:GQ	0/1:-153.71,-123.52,-187.08:100
20	2523586	.	T	TA	.	PASS	FR=1.0;HP=4;NF=11;NR=6;PP=100.0;SC=TTTTTCTTTTTAAAACAAAAT;TC=23;TR=17	GT:GL:GQ	1/1:-179.22,-18.0,-3.45:100
20	2526468	.	GAAGA	G	.	PASS	FR=0.5001;HP=2;NF=2;NR=4;PP=100.0;SC=AGAGGAAGAGGAAGAAAGAAA;TC=25;TR=6	GT:GL:GQ	0/1:-210.76,-128.72,-136.62:37
20	2526552	.	A	AAG	.	PASS	FR=0.5;HP=6;NF=5;NR=8;PP=100.0;SC=GAAAGAAAGAAAAAAAGAAAG;TC=30;TR=13	GT:GL:GQ	0/1:-215.19,-78.8,-144.35:100
20	2527129	.	G	GTTGGGCATAAGCTGTAGATC	.	PASS	FR=0.5;HP=2;NF=3;NR=1;PP=100.0;SC=AACCTGCAGAGTTGGGCATAA;TC=18;TR=4	GT:GL:GQ	0/1:-243.57,-136.91,-199.82:100
20	2534184	.	T	TGTTTTGTGTGAC	.	PASS	FR=0.5;HP=1;NF=5;NR=9;PP=100.0;SC=GATACAGGTCTGTTTTTGTCT;TC=31;TR=14	GT:GL:GQ	0/1:-444.44,-61.75,-181.17:100
20	2546156	.	TGG	T	.	PASS	FR=0.5;HP=3;NF=4;NR=12;PP=100.0;SC=CCCAAAGTGCTGGGATTACAG;TC=31;TR=16	GT:GL:GQ	0/1:-172.01,-63.37,-146.93:100
20	2568176	.	G	GT	.	PASS	FR=1.0;HP=10;NF=12;NR=9;PP=100.0;SC=ATTTGGGAATGTTTTTTTTTA;TC=27;TR=21	GT:GL:GQ	1/1:-116.08,-18.72,-6.68:100
20	2577356	.	A	AAT	.	PASS	FR=0.5;HP=6;NF=1;NR=2;PP=100.0;SC=ATCAGAAAAAAATATATATGT;TC=26;TR=3	GT:GL:GQ	0/1:-199.48,-88.19,-98.9:49
20	2579040	.	C	CTTTATTTA	.	PASS	FR=0.5;HP=3;NF=1;NR=2;PP=100.0;SC=CTTGCCTCTACTTTATTTATT;TC=16;TR=3	GT:GL:GQ	0/1:-103.59,-10.59,-52.57:100
20	2586119	.	GGA	G	.	PASS	FR=0.5;HP=1;NF=2;NR=1;PP=30.0;SC=GCATGTGCATGGAGAGAGAGA;TC=23;TR=3	GT:GL:GQ	0/1:-35.49,-18.23,-170.44:77
20	2594696	.	A	AT	.	PASS	FR=0.5;HP=8;NF=2;NR=7;PP=100.0;SC=TTTCTGTCACATTTTTTTTCG;TC=24;TR=9	GT:GL:GQ	0/1:-70.9,-30.05,-77.99:100
20	2597210	.	TAAAG	T	.	PASS	FR=0.5;HP=7;NF=2;NR=2;PP=100.0;SC=GAAAGGAAAATAAAGAAGGAG;TC=20;TR=4	GT:GL:GQ	0/1:-85.33,-27.89,-144.98:100
20	2611781	.	A	ATATCT	.	PASS	FR=0.5;HP=1;NF=8;NR=8;PP=100.0;SC=ATTATAATTAATATAACAAAC;TC=31;TR=16	GT:GL:GQ	0/1:-408.96,-183.07,-309.58:100
20	2613623	.	T	TTTG	.	PASS	FR=0.5;HP=3;NF=2;NR=2;PP=100.0;SC=CTTCCATGGGTTTGTTGTTGT;TC=18;TR=4	GT:GL:GQ	0/1:-165.53,-112.66,-139.53:100
20	2613971	.	TA	T	.	PASS	FR=0.5;HP=4;NF=4;NR=7;PP=100.0;SC=CTTGGACACATAAACAGCCCT;TC=27;TR=11	GT:GL:GQ	0/1:-121.36,-29.89,-140.29:100
20	2614405	.	T	TGGGTAGG	.	PASS	FR=0.5;HP=3;NF=2;NR=2;PP=52.0;SC=ACTACAGAACTGGGTAGGGGA;TC=30;TR=4	GT:GL:GQ	0/1:-185.89,-156.26,-363.71:100
20	2616002	.	C	CT	.	PASS	FR=0.5;HP=4;NF=5;NR=5;PP=100.0;SC=ACCTCCACCTCCCCCTCTCAG;TC=22;TR=10	GT:GL:GQ	0/1:-182.46,-117.29,-171.16:100
20	2617861	.	C	CCT	.	PASS	FR=0.5;HP=2;NF=2;NR=5;PP=100.0;SC=ATGGTGAACCCGTCTCTACTA;TC=17;TR=7	GT:GL:GQ	0/1:-111.22,-36.32,-97.76:100
20	2625967	.	TGAG	T	.	PASS	FR=0.5;HP=1;NF=2;NR=3;PP=100.0;SC=CTGAGTAGGCTGAGGAGGAGG;TC=15;TR=5	GT:GL:GQ	0/1:-133.1,-85.47,-137.74:100
20	2627766	.	TTTTATTTA	T	.	PASS	FR=0.5;HP=3;NF=1;NR=1;PP=86.0;SC=ACTGAATTTATTTTATTTATT;TC=19;TR=2	GT:GL:GQ	0/1:-102.46,-70.95,-132.69:100
20	2630436	.	T	TACC	.	PASS	FR=0.5;HP=2;NF=6;NR=5;PP=100.0;SC=ACATGCCAGGTACACCATTGT;TC=23;TR=11	GT:GL:GQ	0/1:-159.47,-31.83,-143.4:100
20	2634285	.	CTG	C	.	PASS	FR=0.5;HP=1;NF=3;NR=15;PP=100.0;SC=CTTGTGGGCACTGTAGTGACA;TC=29;TR=18	GT:GL:GQ	0/1:-229.42,-26.07,-86.72:100
20	2641823	.	C	CTG	.	PASS	FR=0.5;HP=5;NF=2;NR=2;PP=100.0;SC=ATTGCATTTTCTGTGTGTGTG;TC=21;TR=4	GT:GL:GQ	0/1:-96.78,-48.19,-99.13:100
20	2643833	.	G	GAAATGCAAT	.	PASS	FR=0.5;HP=4;NF=9;NR=2;PP=100.0;SC=TGGTATTCCAGAAATGCAATG;TC=31;TR=11	GT:GL:GQ	0/1:-379.88,-109.48,-180.95:100
20	2650007	.	T	TACACACACACACACACAC	.	PASS	FR=1.0;HP=1;NF=3;NR=1;PP=100.0;SC=ACCCTTTTCTTACACACACAC;TC=19;TR=4	GT:GL:GQ	1/1:-231.82,-84.82,-75.66:76
20	2650235	.	C	CT	.	PASS	FR=1.0;HP=9;NF=12;NR=9;PP=100.0;SC=TTTATTGGGCCTTTTTTTTTG;TC=28;TR=21	GT:GL:GQ	1/1:-325.44,-296.08,-289.77:79
20	2656886	.	AT	A	.	PASS	FR=1.0;HP=6;NF=17;NR=6;PP=100.0;SC=ATAAATAATAATTTTTTAAAA;TC=29;TR=23	GT:GL:GQ	1/1:-339.94,-246.4,-231.12:100
20	2663020	.	G	GGAA	.	PASS	FR=1.0;HP=1;NF=8;NR=7;PP=100.0;SC=AAGAGGAAGAGGAAGAAGACA;TC=28;TR=15	GT:GL:GQ	1/1:-408.26,-206.61,-189.41:100
20	2665268	.	TA	T	.	PASS	FR=1.0;HP=8;NF=2;NR=1;PP=43.0;SC=TATGCAGCCATAAAAAAATGA;TC=4;TR=3	GT:GL:GQ	1/1:-20.74,-4.04,-1.38:43
20	2665956	.	AG	A	.	PASS	FR=1.0;HP=1;NF=9;NR=5;PP=100.0;SC=CCCAGGCTATAGTGCAGTGGC;TC=16;TR=14	GT:GL:GQ	1/1:-156.94,-33.67,-23.62:84
20	2666401	.	TA	T	.	PASS	FR=0.5;HP=2;NF=8;NR=7;PP=100.0;SC=ACTTTTCTATTAAGAAACGCA;TC=38;TR=15	GT:GL:GQ	0/1:-158.74,-28.32,-160.06:100
20	2668149	.	A	ATG	.	PASS	FR=0.5;HP=2;NF=1;NR=2;PP=100.0;SC=ATATATATATATGTGTGTGTG;TC=17;TR=3	GT:GL:GQ	0/1:-54.4,-18.57,-68.0:100
20	2671350	.	GTA	G	.	PASS	FR=1.0;HP=2;NF=8;NR=5;PP=100.0;SC=ATATATATGTGTATATATATA;TC=23;TR=13	GT:GL:GQ	1/1:-348.62,-348.37,-348.16:60
20	2676135	.	C	CAG	.	PASS	FR=0.5;HP=1;NF=6;NR=2;PP=100.0;SC=TGCTGGGATGCAGAGGGCTTC;TC=17;TR=8	GT:GL:GQ	0/1:-189.45,-108.27,-131.01:100
20	2678198	.	A	AAAAG	.	PASS	FR=1.0;HP=10;NF=1;NR=2;PP=100.0;SC=CTCAAAAAAAAAAAGAAAGAA;TC=16;TR=3	GT:GL:GQ	1/1:-113.89,-62.27,-58.08:51
20	2691794	.	AAAT	A	.	PASS	FR=1.0;HP=3;NF=2;NR=4;PP=100.0;SC=ACCCTGTCTAAAATAATAATA;TC=12;TR=6	GT:GL:GQ	1/1:-83.97,-10.76,-5.22:69
20	2713483	.	C	CAG	.	PASS	FR=0.5;HP=2;NF=7;NR=1;PP=100.0;SC=TTTTTTGAGACGGAATTATAA;TC=28;TR=8	GT:GL:GQ	0/1:-114.91,-36.16,-205.08:100
20	2717474	.	A	ACAAAGGTCTC	.	PASS	FR=1.0;HP=2;NF=9;NR=5;PP=100.0;SC=AGTCATAAGGACAAAGGACCC;TC=17;TR=14	GT:GL:GQ	1/1:-343.26,-32.05,-17.5:94
20	2724519	.	AG	A	.	PASS	FR=0.5;HP=3;NF=6;NR=7;PP=100.0;SC=CCAGATATTTAGGGTGTCCAT;TC=28;TR=13	GT:GL:GQ	0/1:-149.48,-35.03,-149.61:100
20	2734607	.	C	CCCCCTTGGTTTTGAAACTTT	.	PASS	FR=1.0;HP=4;NF=2;NR=4;PP=100.0;SC=TCTGTGGGCACCCCCTTGGGC;TC=12;TR=6	GT:GL:GQ	1/1:-301.3,-108.37,-98.31:100
20	2742852	.	C	CCAGCAATCCTCAGT	.	PASS	FR=0.5;HP=1;NF=1;NR=5;PP=100.0;SC=CTCAATAGCACCTGAGGATGA;TC=16;TR=6	GT:GL:GQ	0/1:-233.59,-35.77,-130.91:100
20	2766949	.	C	CT	.	PASS	FR=1.0;HP=10;NF=5;NR=10;PP=100.0;SC=ACTTCATTCCCTTTTTTTTTT;TC=28;TR=15	GT:GL:GQ	1/1:-134.68,-37.76,-21.4:100
20	2782855	.	AC	A	.	PASS	FR=1.0;HP=4;NF=3;NR=8;PP=100.0;SC=AATCACTTGTACCCCGGGGGC;TC=25;TR=11	GT:GL:GQ	1/1:-262.64,-187.36,-174.92:100
20	2789088	.	AC	A	.	PASS	FR=1.0;HP=9;NF=1;NR=4;PP=100.0;SC=CAAAAAAAAAACCAAAAAACA;TC=13;TR=5	GT:GL:GQ	1/1:-119.81,-36.46,-27.82:89
20	2796485	.	C	CCTTTT	.	PASS	FR=0.5;HP=4;NF=1;NR=4;PP=100.0;SC=CATCAGGCCCCCTTTTCTCCT;TC=18;TR=5	GT:GL:GQ	0/1:-128.25,-42.55,-123.81:100
20	2797764	.	AG	A	.	PASS	FR=1.0;HP=3;NF=1;NR=4;PP=100.0;SC=CTGCCTTGGCAGGGCCCAGAC;TC=14;TR=5	GT:GL:GQ	1/1:-134.46,-67.08,-59.42:63
20	2834884	.	T	TAC	.	PASS	FR=0.5;HP=1;NF=2;NR=1;PP=100.0;SC=ACCCCGTCTCTACACACACAC;TC=22;TR=3	GT:GL:GQ	0/1:-64.62,-28.32,-80.82:100
20	2849974	.	AT	A	.	PASS	FR=0.5;HP=10;NF=4;NR=6;PP=99.0;SC=TTGGTTTGCAATTTTTTTTTT;TC=36;TR=10	GT:GL:GQ	0/1:-66.95,-34.01,-107.66:100
20	2850721	.	ACT	A	.	PASS	FR=0.5;HP=1;NF=4;NR=4;PP=100.0;SC=CCAGTGAAAGACTCTTGGGGT;TC=17;TR=8	GT:GL:GQ	0/1:-88.06,-17.99,-74.67:100
20	2858849	.	GT	G	.	PASS	FR=0.5;HP=8;NF=1;NR=5;PP=52.0;SC=GACAGCTGTAGTTTTTTTTAA;TC=15;TR=6	GT:GL:GQ	0/1:-33.96,-11.94,-50.39:98
20	2867547	.	AT	A	.	PASS	FR=0.5;HP=6;NF=5;NR=6;PP=100.0;SC=AAATAAAAAAATGTAGTATCT;TC=32;TR=11	GT:GL:GQ	0/1:-115.49,-28.1,-161.94:100
20	2880787	.	C	CCT	.	PASS	FR=0.5;HP=1;NF=4;NR=5;PP=100.0;SC=GAAAAATCTGCCTCCTTTTTT;TC=27;TR=9	GT:GL:GQ	0/1:-140.77,-68.5,-172.28:100
20	2890657	.	C	CAT	.	PASS	FR=0.5003;HP=1;NF=2;NR=1;PP=100.0;SC=TATCATATATCATATATAATC;TC=5;TR=3	GT:GL:GQ	0/1:-44.82,-3.47,-10.33:32
20	2890805	.	CAT	C	.	PASS	FR=0.5017;HP=1;NF=1;NR=6;PP=100.0;SC=TACTATACGTCATATATAATA;TC=9;TR=7	GT:GL:GQ	0/1:-87.98,-14.06,-19.03:24
20	2894312	.	CTTATT	C	.	PASS	FR=0.5;HP=4;NF=3;NR=5;PP=100.0;SC=GTGCTGTGTTCTTATTTTATC;TC=22;TR=8	GT:GL:GQ	0/1:-141.94,-29.98,-159.98:100
20	2896142	.	T	TTATC	.	PASS	FR=1.0;HP=2;NF=9;NR=10;PP=100.0;SC=TAAGAGTTCTTTATTCTGATA;TC=30;TR=19	GT:GL:GQ	1/1:-399.17,-94.52,-74.73:100
20	2912364	.	T	TTG	.	PASS	FR=0.5004;HP=1;NF=1;NR=1;PP=75.0;SC=GGGTCTTGGCTTGTGTGTGTG;TC=20;TR=2	GT:GL:GQ	0/1:-121.99,-92.59,-99.11:31
20	2926228	.	GGTGTGTGT	G	.	PASS	FR=0.5;HP=1;NF=1;NR=9;PP=100.0;SC=ATAATTGGCAGGTGTGTGTGT;TC=27;TR=10	GT:GL:GQ	0/1:-233.62,-33.54,-77.33:100
20	2937307	.	AAAATAAAT	A	.	PASS	FR=0.5;HP=4;NF=3;NR=3;PP=100.0;SC=TCAGTAAATAAAAATAAATAA;TC=17;TR=6	GT:GL:GQ	0/1:-165.86,-12.93,-101.78:100
20	2950624	.	T	TAATA,TAATAAATAAATA	.	PASS	FR=0.5,0.5;HP=5;NF=5,2;NR=2,2;PP=100.0,100.0;SC=TCTAAATAAATAATAAATAAA;TC=24;TR=7,4	GT:GL:GQ	1/2:-1.0,-1.0,-1.0:100
20	2966530	.	CTTGTTTGT	CTTGT,C	.	PASS	FR=0.5,0.5;HP=2;NF=1,1;NR=2,1;PP=100.0,27.0;SC=CAGCTGTCTCCTTGTTTGTTT;TC=22;TR=3,2	GT:GL:GQ	1/2:-1.0,-1.0,-1.0:80
20	2973326	.	T	TTTAGGGTTTTTC	.	PASS	FR=0.5;HP=4;NF=1;NR=5;PP=100.0;SC=CATATCCAAATATTACGATTC;TC=15;TR=6	GT:GL:GQ	0/0:-275.74,-159.4,-213.4:3
20	2977781	.	CATAT	C	.	PASS	FR=0.5;HP=5;NF=3;NR=6;PP=100.0;SC=TGTGAGAAAACATATGTGGGA;TC=26;TR=9	GT:GL:GQ	0/1:-131.98,-30.22,-206.04:100
20	2979576	.	T	TTATTA	.	PASS	FR=0.5;HP=2;NF=2;NR=5;PP=100.0;SC=TATTTATAATTTATTATATAT;TC=21;TR=7	GT:GL:GQ	0/1:-148.89,-17.32,-97.42:100
20	2982245	.	CT	C	.	PASS	FR=0.5;HP=3;NF=8;NR=4;PP=100.0;SC=CTGTGGAAATCTTATGTGAAG;TC=27;TR=12	GT:GL:GQ	0/1:-126.56,-21.8,-132.46:100
20	2982823	.	CA	C	.	PASS	FR=1.0;HP=7;NF=10;NR=9;PP=100.0;SC=TTCCATCTGACAAAAAATTGG;TC=21;TR=19	GT:GL:GQ	1/1:-196.74,-95.2,-82.42:100
20	2989926	.	AT	A	.	PASS	FR=0.5;HP=10;NF=2;NR=5;PP=29.0;SC=GAGTTGTGTGATTTTTTTTTT;TC=36;TR=7	GT:GL:GQ	0/1:-66.0,-49.11,-118.97:76
20	3005541	.	TC	T	.	PASS	FR=0.5;HP=5;NF=7;NR=7;PP=100.0;SC=AGCAGTTTTTTCTGTAAGAGC;TC=32;TR=14	GT:GL:GQ	0/1:-167.85,-53.03,-186.47:100
20	3007694	.	A	AGGT	.	PASS	FR=0.5;HP=3;NF=4;NR=5;PP=100.0;SC=CCAGGGCCTGAGGTGGGAGCA;TC=22;TR=9	GT:GL:GQ	0/1:-162.22,-42.91,-117.4:100
20	3012419	.	C	CTGTT	.	PASS	FR=0.5;HP=2;NF=5;NR=3;PP=100.0;SC=CCTCCTTACTCTGTGTGTTTT;TC=26;TR=8	GT:GL:GQ	0/1:-154.4,-24.26,-143.38:100
20	3022136	.	GAATT	G	.	PASS	FR=0.5;HP=7;NF=8;NR=1;PP=100.0;SC=AAAAGAAAAAGAATTAATTAA;TC=20;TR=9	GT:GL:GQ	1/0:-190.17,-78.0,-90.9:100
20	3039218	.	GT	G	.	PASS	FR=1.0;HP=5;NF=12;NR=13;PP=100.0;SC=TGTTGTTGTTGTTTGTTTGTT;TC=29;TR=25	GT:GL:GQ	1/1:-226.7,-48.88,-31.11:100
20	3042034	.	T	TA	.	PASS	FR=1.0;HP=10;NF=5;NR=14;PP=100.0;SC=AAGACACTGATAAAAAAAAAT;TC=25;TR=19	GT:GL:GQ	1/1:-125.74,-31.3,-15.65:100
20	3047853	.	A	ATTCCCCCATT	.	PASS	FR=0.5;HP=2;NF=6;NR=1;PP=100.0;SC=ACTCCCTCTCATTCCCCCATT;TC=20;TR=7	GT:GL:GQ	0/1:-258.31,-36.83,-99.91:100
20	3050529	.	A	AT	.	PASS	FR=0.5;HP=10;NF=4;NR=1;PP=23.0;SC=GCAAAAAAAAAAATTTTTATT;TC=22;TR=5	GT:GL:GQ	0/1:-257.11,-262.46,-292.84:73
20	3050531	.	A	ATTT,T	.	PASS	FR=0.5,0.5;HP=10;NF=3,13;NR=0,6;PP=97.0,100.0;SC=AAAAAAAAAAATTTTTATTTT;TC=22;TR=3,19	GT:GL:GQ	1/2:-1.0,-1.0,-1.0:100
20	3051123	.	A	AT	.	PASS	FR=0.5;HP=6;NF=2;NR=1;PP=69.0;SC=TCAAGAAAAAAATATATATAT;TC=17;TR=3	GT:GL:GQ	0/1:-107.95,-81.12,-160.4:100
20	3058938	.	C	CTT	.	PASS	FR=1.0;HP=2;NF=19;NR=9;PP=100.0;SC=ACTGGATACTCTGAACTCCTA;TC=30;TR=28	GT:GL:GQ	1/1:-404.4,-115.7,-94.26:100
20	3060201	.	C	CAAT	.	PASS	FR=0.5;HP=4;NF=13;NR=9;PP=100.0;SC=ACAAAGTCAACAATAATTCAT;TC=44;TR=22	GT:GL:GQ	0/1:-325.42,-43.13,-189.79:100
20	3062903	.	T	TC	.	PASS	FR=0.5;HP=3;NF=1;NR=5;PP=94.0;SC=TCCAGGCCTTTCCCTCTCTGC;TC=19;TR=6	GT:GL:GQ	0/1:-95.35,-62.58,-147.62:100
20	3072606	.	A	AAGG	.	PASS	FR=1.0;HP=5;NF=4;NR=4;PP=100.0;SC=CCAAGTAAAAAAGGGCGGGGG;TC=22;TR=8	GT:GL:GQ	1/1:-220.94,-78.12,-65.62:100
20	3126086	.	CCT	TCT,C	.	PASS	FR=0.5,0.5;HP=7;NF=1,1;NR=3,1;PP=8.0,36.0;SC=GCCTTTTTTTCCTTTTTTTTT;TC=19;TR=4,2	GT:GL:GQ	2/1:-1.0,-1.0,-1.0:42
20	3159346	.	C	CA	.	PASS	FR=1.0;HP=2;NF=3;NR=12;PP=100.0;SC=GCTGGGACTACGGCATTTACT;TC=15;TR=15	GT:GL:GQ	1/1:-149.15,-11.32,-0.92:87
20	3161722	.	C	CAGAT,CAGATAGAT	.	PASS	FR=0.5,0.5;HP=2;NF=2,1;NR=2,2;PP=35.0,42.0;SC=GATAGATAGACAGATAGATAG;TC=18;TR=4,3	GT:GL:GQ	1/2:-1.0,-1.0,-1.0:99
20	3161783	.	CTA	C	.	PASS	FR=1.0;HP=2;NF=9;NR=7;PP=100.0;SC=TTTTATATATCTATATATATA;TC=25;TR=16	GT:GL:GQ	1/1:-263.89,-139.12,-127.54:97
20	3162560	.	CAT	C	.	PASS	FR=0.5369;HP=2;NF=1;NR=3;PP=100.0;SC=CACACACACACATGGTCCATG;TC=6;TR=4	GT:GL:GQ	0/1:-84.99,-50.52,-52.5:11
20	3169476	.	T	TTTG	.	PASS	FR=0.5;HP=3;NF=5;NR=9;PP=100.0;SC=AATGTTTACTTTTAATAAACT;TC=35;TR=14	GT:GL:GQ	0/1:-273.66,-64.07,-202.46:100
20	3169541	.	A	AT	.	PASS	FR=0.5;HP=7;NF=5;NR=9;PP=100.0;SC=AGGATCATAGATTTTTTTCCT;TC=23;TR=14	GT:GL:GQ	0/1:-204.2,-123.3,-145.94:100
20	3172618	.	GACAC	G	.	PASS	FR=0.7893;HP=1;NF=3;NR=1;PP=100.0;SC=TTGCTCCCCTGACACACACAC;TC=16;TR=4	GT:GL:GQ	1/1:-154.29,-100.95,-101.25:3
20	3172771	.	C	CAT	.	PASS	FR=1.0;HP=1;NF=13;NR=6;PP=100.0;SC=CCGAGACACACGAGTGGTAAT;TC=24;TR=19	GT:GL:GQ	1/1:-267.07,-44.87,-28.98:100
20	3177159	.	T	TA	.	PASS	FR=1.0;HP=5;NF=6;NR=3;PP=87.0;SC=CTGTCTCCACTAAAAATACAA;TC=15;TR=9	GT:GL:GQ	1/1:-169.92,-142.98,-139.57:56
20	3177517	.	C	CAT	.	PASS	FR=1.0;HP=2;NF=15;NR=10;PP=100.0;SC=TAATAAATAACGTTACTGGAT;TC=26;TR=25	GT:GL:GQ	1/1:-294.64,-37.59,-18.88:100
20	3188342	.	A	AAACAACAACAACAAC	.	PASS	FR=0.5;HP=3;NF=2;NR=2;PP=100.0;SC=CTCCATCTCAAAACAACAACA;TC=17;TR=4	GT:GL:GQ	0/1:-131.35,-46.51,-82.74:100
20	3192138	.	T	TTTTGTTTGTTTG	.	PASS	FR=0.5;HP=3;NF=3;NR=1;PP=99.0;SC=TTTTGTTTTGTTTTGTTTGTT;TC=17;TR=4	GT:GL:GQ	0/1:-79.23,-33.31,-124.52:100
20	3192798	.	C	CAG	.	PASS	FR=0.5;HP=2;NF=2;NR=6;PP=100.0;SC=GCCTGGGTGACAGAGAGAGAG;TC=20;TR=8	GT:GL:GQ	0/1:-108.84,-41.85,-123.5:100
20	3198551	.	G	GTT	.	PASS	FR=0.5;HP=2;NF=1;NR=2;PP=63.0;SC=AGTTTTTGTGGGTTTTTTTTT;TC=22;TR=3	GT:GL:GQ	0/1:-111.88,-112.41,-193.71:91
20	3202220	.	GTGGC	G	.	PASS	FR=0.5;HP=2;NF=2;NR=5;PP=100.0;SC=TGTCCCGGGTGTGGCTGGCGA;TC=19;TR=7	GT:GL:GQ	0/1:-150.53,-63.82,-136.14:100
20	3276659	.	CT	C	.	PASS	FR=1.0;HP=3;NF=5;NR=6;PP=100.0;SC=ACATCGGGAACTTTCGGTTTC;TC=16;TR=11	GT:GL:GQ	1/1:-135.26,-24.21,-14.73:79
20	3290980	.	A	AAAAG	.	PASS	FR=0.9998;HP=4;NF=1;NR=1;PP=30.0;SC=AAGAGAAAGAAAAAGAAAGAA;TC=7;TR=2	GT:GL:GQ	1/1:-37.89,-18.65,-17.26:34
20	3313547	.	G	GGTGT	.	PASS	FR=1.0;HP=1;NF=1;NR=3;PP=100.0;SC=GTGTGCGTGTGGTGTGTGTGT;TC=20;TR=4	GT:GL:GQ	1/1:-194.22,-148.74,-144.19:56
20	3314333	.	G	GT	.	PASS	FR=1.0;HP=10;NF=9;NR=9;PP=100.0;SC=CTTATTAAAGGTTTTTTTTTT;TC=34;TR=18	GT:GL:GQ	1/1:-126.24,-28.85,-19.8:75
20	3317061	.	G	GT	.	PASS	FR=1.0;HP=10;NF=5;NR=7;PP=100.0;SC=GTTTTGTTCAGTTTTTTTTTT;TC=20;TR=12	GT:GL:GQ	1/1:-81.13,-22.72,-13.12:80
20	3318622	.	TATAAAATATATAATAC	T	.	PASS	FR=0.5;HP=2;NF=3;NR=5;PP=100.0;SC=ATATATAATATATAAAATATA;TC=21;TR=8	GT:GL:GQ	1/0:-309.41,-50.93,-55.49:45
20	3320964	.	AGTTT	A	.	PASS	FR=1.0;HP=1;NF=6;NR=12;PP=100.0;SC=AATCATACCTAGTTTGTACTA;TC=22;TR=18	GT:GL:GQ	1/1:-403.07,-167.86,-153.33:100
20	3320971	.	A	AC	.	PASS	FR=1.0;HP=1;NF=6;NR=13;PP=100.0;SC=CCTAGTTTGTACTATAAAAAA;TC=19;TR=19	GT:GL:GQ	1/1:-403.07,-261.66,-248.63:100
20	3323678	.	AT	A	.	PASS	FR=1.0;HP=5;NF=3;NR=1;PP=100.0;SC=TCTGATGATTATTTCTATTGC;TC=28;TR=4	GT:GL:GQ	1/1:-575.25,-570.95,-570.67:100
20	3323683	.	T	TAAA	.	PASS	FR=1.0;HP=1;NF=13;NR=11;PP=100.0;SC=TGATTATTTCTATTGCTGTGC;TC=29;TR=24	GT:GL:GQ	1/1:-597.36,-560.99,-550.34:86
20	3323709	.	T	TA	.	PASS	FR=1.0;HP=2;NF=16;NR=21;PP=100.0;SC=CATGTTCATTTGTTAGGTCCC;TC=38;TR=37	GT:GL:GQ	1/1:-694.83,-570.91,-558.14:100
20	3325237	.	TACACACAC	T	.	PASS	FR=1.0;HP=2;NF=4;NR=2;PP=100.0;SC=TACACACACATACACACACAC;TC=33;TR=6	GT:GL:GQ	1/1:-276.44,-185.04,-177.42:63
20	3332481	.	TTTTA	T	.	PASS	FR=1.0;HP=3;NF=7;NR=10;PP=100.0;SC=GTTTGTGTTATTTTATTTATT;TC=28;TR=17	GT:GL:GQ	1/1:-276.75,-43.8,-27.83:100
20	3333166	.	TCA	T	.	PASS	FR=1.0;HP=1;NF=9;NR=10;PP=100.0;SC=TGGCTGTCATTCACATTCCAG;TC=22;TR=19	GT:GL:GQ	1/1:-222.99,-23.7,-9.78:100
20	3333493	.	T	TTA	.	PASS	FR=1.0;HP=2;NF=6;NR=7;PP=100.0;SC=TTCAAAATATTTATATATATA;TC=27;TR=13	GT:GL:GQ	1/1:-272.96,-96.81,-86.7:65
20	3336192	.	G	GC	.	PASS	FR=1.0;HP=2;NF=5;NR=10;PP=100.0;SC=CTGCACTCCAGCCTGGGTGAC;TC=18;TR=15	GT:GL:GQ	1/1:-163.64,-31.05,-19.12:100
20	3338276	.	G	GCTTAT	.	PASS	FR=1.0;HP=1;NF=8;NR=10;PP=100.0;SC=CACCCATCCAGCTTTATCTTT;TC=23;TR=18	GT:GL:GQ	1/1:-329.33,-26.75,-8.74:100
20	3345587	.	C	CT	.	PASS	FR=1.0;HP=6;NF=1;NR=10;PP=100.0;SC=CCTTCTTTTCCTTTTTTCTTT;TC=27;TR=11	GT:GL:GQ	1/1:-267.74,-155.91,-141.96:100
20	3346020	.	TTTTATTTA	T	.	PASS	FR=1.0;HP=3;NF=7;NR=6;PP=100.0;SC=TTTGATAACATTTTATTTATT;TC=29;TR=13	GT:GL:GQ	1/1:-347.46,-36.68,-23.65:100
20	3349612	.	T	TA	.	PASS	FR=1.0;HP=2;NF=8;NR=3;PP=100.0;SC=ACCCCATTTCTCTAAAAATAC;TC=11;TR=11	GT:GL:GQ	1/1:-135.85,-60.43,-52.97:61
20	3377965	.	G	GTTTTGTT	.	PASS	FR=1.0;HP=8;NF=3;NR=2;PP=100.0;SC=TTTTTGTTTTGTTTTGTTTTT;TC=16;TR=5	GT:GL:GQ	1/1:-157.49,-62.9,-56.59:79
20	3378366	.	TG	T	.	PASS	FR=1.0;HP=10;NF=6;NR=4;PP=100.0;SC=AGATTTTTTTTGGGGGGGGGG;TC=22;TR=10	GT:GL:GQ	1/1:-84.99,-30.32,-19.67:66
20	3382249	.	T	TA	.	PASS	FR=1.0;HP=2;NF=7;NR=9;PP=100.0;SC=AATTATTATCTTTCATTCAAT;TC=19;TR=16	GT:GL:GQ	1/1:-178.1,-44.13,-31.76:100
20	3382515	.	TC	T	.	PASS	FR=1.0;HP=6;NF=2;NR=10;PP=100.0;SC=TGGGGAGGGCTCCCCCGCCCC;TC=19;TR=12	GT:GL:GQ	1/1:-132.42,-42.62,-32.12:88
20	3398847	.	T	TAC	.	PASS	FR=0.5;HP=2;NF=2;NR=1;PP=82.0;SC=AATAACAACATACACACACAC;TC=26;TR=3	GT:GL:GQ	0/1:-87.09,-56.01,-103.69:100
20	3418279	.	TACACACACAC	T	.	PASS	FR=0.5;HP=3;NF=2;NR=1;PP=100.0;SC=CACACGAGGGTACACACACAC;TC=17;TR=3	GT:GL:GQ	0/1:-117.7,-66.19,-77.13:50
20	3419562	.	TACAC	T	.	PASS	FR=0.5;HP=2;NF=2;NR=2;PP=100.0;SC=TCAAAATACATACACACACAC;TC=29;TR=4	GT:GL:GQ	0/1:-141.17,-79.46,-166.16:100
20	3426771	.	T	TC	.	PASS	FR=1.0;HP=1;NF=13;NR=10;PP=100.0;SC=TTGCAGAAACTGACAAAATAG;TC=25;TR=23	GT:GL:GQ	1/1:-297.92,-207.29,-192.68:100
20	3439128	.	AT	A	.	PASS	FR=1.0;HP=4;NF=4;NR=3;PP=100.0;SC=TGTCTCAAAAATATATATATA;TC=13;TR=7	GT:GL:GQ	1/1:-127.06,-48.08,-43.43:57
20	3439712	.	CATTTATTTATTT	CATTTATTT,C	.	PASS	FR=0.5,0.5;HP=1;NF=2,5;NR=1,1;PP=100.0,100.0;SC=AACATAAAATCATTTATTTAT;TC=23;TR=3,6	GT:GL:GQ	1/2:-1.0,-1.0,-1.0:100
20	3441674	.	G	GA	.	PASS	FR=0.5;HP=7;NF=13;NR=3;PP=100.0;SC=TTCTTATTAGGAAAAAAACCA;TC=23;TR=16	GT:GL:GQ	0/1:-122.74,-20.86,-35.93:68
20	3456629	.	CA	C	.	PASS	FR=0.5;HP=8;NF=3;NR=5;PP=100.0;SC=TCCTCACTACCAAAAAAAAGA;TC=22;TR=8	GT:GL:GQ	0/1:-62.73,-25.03,-67.91:100
20	3462307	.	A	ATTC	.	PASS	FR=0.5;HP=2;NF=7;NR=2;PP=100.0;SC=TAAATTTTTAATTAAGTTTTC;TC=17;TR=9	GT:GL:GQ	0/1:-213.54,-117.72,-169.88:100
20	3465413	.	G	GTTA	.	PASS	FR=0.5;HP=3;NF=4;NR=7;PP=100.0;SC=TATATTTCCAGTTTAGGTCTC;TC=32;TR=11	GT:GL:GQ	0/1:-171.48,-39.39,-198.21:100
20	3465556	.	AATT	A	.	PASS	FR=0.5;HP=3;NF=3;NR=3;PP=100.0;SC=TGGATTTTAAAATTATTATTA;TC=23;TR=6	GT:GL:GQ	0/1:-128.2,-26.49,-64.94:100
20	3467027	.	TTTTCC	T	.	PASS	FR=0.5;HP=3;NF=3;NR=10;PP=100.0;SC=GTTGTTTTTCTTTTCCTTTTT;TC=35;TR=13	GT:GL:GQ	0/1:-205.57,-36.22,-212.27:100
20	3468732	.	AT	A	.	PASS	FR=0.5;HP=1;NF=7;NR=3;PP=100.0;SC=GTTGGCTAACATGTTCCCTGC;TC=24;TR=10	GT:GL:GQ	0/1:-129.57,-23.07,-107.21:100
20	3472426	.	T	TA	.	PASS	FR=0.5;HP=1;NF=4;NR=5;PP=100.0;SC=CCCCAAAACTTATCTAAGTAT;TC=30;TR=9	GT:GL:GQ	0/1:-164.9,-36.91,-163.8:100
20	3473769	.	TTGTGTGTGTG	TTGTGTGTG,T	.	PASS	FR=0.5,0.5;HP=2;NF=3,2;NR=1,0;PP=100.0,100.0;SC=GTACGTTTGTTTGTGTGTGTG;TC=10;TR=4,2	GT:GL:GQ	1/2:-1.0,-1.0,-1.0:100
20	3489906	.	C	CAG	.	PASS	FR=0.5;HP=3;NF=7;NR=5;PP=100.0;SC=TGTAATGAGTCAAATATTGAA;TC=30;TR=12	GT:GL:GQ	0/1:-218.47,-143.39,-285.84:100
20	3495915	.	T	TG	.	PASS	FR=0.5;HP=1;NF=8;NR=2;PP=100.0;SC=GTGTTACCATTCTAGAGATGA;TC=24;TR=10	GT:GL:GQ	0/1:-170.31,-150.44,-250.52:100
20	3509359	.	CTAAAA	C	.	PASS	FR=0.5;HP=1;NF=7;NR=9;PP=100.0;SC=CCCCTTGAACCTAAAATAAAA;TC=36;TR=16	GT:GL:GQ	0/1:-259.32,-75.45,-201.38:100
20	3516100	.	GA	G	.	PASS	FR=0.5;HP=2;NF=4;NR=5;PP=100.0;SC=AACATTACTTGATAACCTTTC;TC=24;TR=9	GT:GL:GQ	0/1:-89.87,-17.09,-134.48:100
20	3517232	.	T	TA	.	PASS	FR=0.5;HP=4;NF=5;NR=10;PP=100.0;SC=TTTATTCATTTAAAAGCAACA;TC=33;TR=15	GT:GL:GQ	0/1:-148.46,-23.56,-134.17:100
20	3518135	.	TTG	T	.	PASS	FR=0.5;HP=1;NF=2;NR=7;PP=100.0;SC=TATTTTTTTCTTGTTTTTTTT;TC=24;TR=9	GT:GL:GQ	0/1:-164.48,-76.63,-118.93:100
20	3520111	.	TGAGAAACAGAAA	T	.	PASS	FR=0.5;HP=1;NF=6;NR=4;PP=100.0;SC=GTCAAATACTTGAGAAACAGA;TC=30;TR=10	GT:GL:GQ	0/1:-291.42,-56.72,-205.51:100
20	3533082	.	C	CTA	.	PASS	FR=0.5;HP=6;NF=5;NR=7;PP=100.0;SC=CCAGATGTCCCCCCCAGTTAA;TC=28;TR=12	GT:GL:GQ	0/1:-172.54,-164.36,-281.23:100
20	3536203	.	CA	C	.	PASS	FR=0.5;HP=5;NF=5;NR=1;PP=100.0;SC=TGGTAGACCACAAAACAAAAT;TC=20;TR=6	GT:GL:GQ	0/1:-93.07,-22.5,-78.34:100
20	3549166	.	A	AT	.	PASS	FR=0.5;HP=7;NF=6;NR=5;PP=100.0;SC=ACTCAAAAAAAATATATTTCA;TC=27;TR=11	GT:GL:GQ	0/1:-132.66,-26.81,-119.92:100
20	3550790	.	AT	A	.	PASS	FR=0.5;HP=10;NF=9;NR=3;PP=100.0;SC=AATTGTCTCAATTTTTTTTTT;TC=36;TR=12	GT:GL:GQ	0/1:-95.8,-54.46,-109.39:100
20	3554405	.	TTTTA	T	.	PASS	FR=0.5;HP=3;NF=5;NR=3;PP=100.0;SC=TTTTATTTTATTTTATTTATT;TC=28;TR=8	GT:GL:GQ	0/1:-169.52,-76.02,-126.65:100
20	3557342	.	G	GTCTATCTATCTATCTATCTA,GTCTGTCTGTCTATCTA	.	PASS	FR=0.5,0.5;HP=2;NF=0,1;NR=2,1;PP=100.0,100.0;SC=CTGTCTGTCTGTCTATCTATC;TC=14;TR=2,2	GT:GL:GQ	1/2:-1.0,-1.0,-1.0:100
20	3577359	.	AACTTT	A	.	PASS	FR=0.5;HP=3;NF=8;NR=4;PP=100.0;SC=GTTCTCTTAAAACTTTACTTT;TC=28;TR=12	GT:GL:GQ	0/1:-187.21,-26.31,-190.0:100
20	3587084	.	A	ACT	.	PASS	FR=0.5;HP=2;NF=5;NR=2;PP=100.0;SC=TTCTCTCTTCACTGTTTCCTG;TC=27;TR=7	GT:GL:GQ	0/1:-175.39,-93.87,-225.08:100
20	3587106	.	TGTG	T	.	PASS	FR=0.5;HP=1;NF=4;NR=3;PP=100.0;SC=ATGTGGGACTTGTGGTGCCAC;TC=26;TR=7	GT:GL:GQ	0/1:-197.29,-142.58,-281.02:100
20	3597598	.	AT	A	.	PASS	FR=0.5;HP=5;NF=5;NR=7;PP=29.0;SC=CAAGGATCGCATTTTTATCCC;TC=39;TR=12	GT:GL:GQ	0/1:-225.54,-208.64,-370.51:76
20	3599489	.	G	GGTT	.	PASS	FR=0.5;HP=1;NF=6;NR=4;PP=100.0;SC=TGGTGGTGGTGGTTTTGTTTC;TC=28;TR=10	GT:GL:GQ	0/1:-173.69,-38.78,-110.57:100
20	3601166	.	T	TAC	.	PASS	FR=0.5;HP=1;NF=1;NR=5;PP=100.0;SC=GTACTGGGATTAGGCGTGAGC;TC=23;TR=6	GT:GL:GQ	0/1:-99.56,-38.65,-114.14:100
20	3607044	.	TAAAAA	T	.	PASS	FR=0.5;HP=5;NF=6;NR=1;PP=100.0;SC=TTTTCTCTCTTAAAAAGAAAA;TC=23;TR=7	GT:GL:GQ	0/1:-96.17,-24.47,-167.72:100
20	3608928	.	A	AAG	.	PASS	FR=0.5;HP=2;NF=6;NR=2;PP=100.0;SC=GAAAACTAGAAAGAAACTTCT;TC=32;TR=8	GT:GL:GQ	0/1:-96.19,-24.02,-201.47:100
20	3610589	.	G	GT	.	PASS	FR=0.5;HP=7;NF=7;NR=8;PP=100.0;SC=ATCATTCTGAGTTTTTTTATT;TC=36;TR=15	GT:GL:GQ	0/1:-148.28,-61.67,-123.51:100
20	3612124	.	A	AC	.	PASS	FR=0.5;HP=1;NF=5;NR=1;PP=100.0;SC=GTCTGTTGAGACTGTGTCCTA;TC=17;TR=6	GT:GL:GQ	0/1:-86.01,-27.19,-97.39:100
20	3627840	.	C	CA	.	PASS	FR=0.5;HP=6;NF=4;NR=7;PP=100.0;SC=CTCAACTGTGCAAAAAACAAA;TC=27;TR=11	GT:GL:GQ	0/1:-99.01,-25.59,-91.79:100
20	3627925	.	A	ATTAAC	.	PASS	FR=0.5;HP=2;NF=2;NR=9;PP=100.0;SC=AGTCAGATGAATTGTTTTCAT;TC=29;TR=11	GT:GL:GQ	0/1:-210.42,-38.37,-176.36:100
20	3635158	.	A	AT	.	PASS	FR=0.5;HP=2;NF=8;NR=5;PP=100.0;SC=CAAGAAAGCCATAGACCGGAA;TC=23;TR=13	GT:GL:GQ	0/1:-191.76,-111.36,-148.51:100
20	3642221	.	TTC	T	.	PASS	FR=1.0;HP=2;NF=12;NR=3;PP=100.0;SC=TCGCCACCATTTCTCCAGAAC;TC=20;TR=15	GT:GL:GQ	1/1:-312.08,-172.82,-161.67:43
20	3643129	.	TC	T	.	PASS	FR=1.0;HP=9;NF=4;NR=4;PP=100.0;SC=CGGGGTGGTATCCCCCCCCCA;TC=20;TR=8	GT:GL:GQ	1/1:-89.01,-45.99,-37.4:71
20	3645120	.	AAAAC	A	.	PASS	FR=1.0;HP=5;NF=1;NR=4;PP=100.0;SC=TTTTTTTTAAAAAACAAACAA;TC=18;TR=5	GT:GL:GQ	1/1:-88.2,-13.8,-7.58:77
20	3650540	.	A	ACACCACC	.	PASS	FR=1.0;HP=1;NF=3;NR=4;PP=100.0;SC=CCAGGCTCTGACAGCAGCCTG;TC=12;TR=7	GT:GL:GQ	1/1:-183.63,-21.64,-13.12:68
20	3664603	.	AG	A	.	PASS	FR=1.0;HP=6;NF=3;NR=9;PP=100.0;SC=TTCTGTAGACAGGGGGGTCTC;TC=16;TR=12	GT:GL:GQ	1/1:-110.02,-26.49,-16.31:85
20	3667748	.	C	CG	.	PASS	FR=1.0;HP=2;NF=12;NR=5;PP=100.0;SC=AAAGTTCACCCGCCCCCAACT;TC=24;TR=17	GT:GL:GQ	1/1:-221.42,-44.79,-28.21:100
20	3677095	.	T	TGCTG	.	PASS	FR=1.0;HP=1;NF=4;NR=13;PP=100.0;SC=GGAGGCCTTCTGCTGGCTGGA;TC=22;TR=17	GT:GL:GQ	1/1:-297.16,-58.83,-44.05:100
20	3685444	.	A	AT	.	PASS	FR=1.0;HP=7;NF=6;NR=4;PP=100.0;SC=TTGTTTTTTAATTTTTTTGTA;TC=15;TR=10	GT:GL:GQ	1/1:-93.4,-15.67,-6.68:75
20	3699376	.	AAAAT	A	.	PASS	FR=1.0;HP=5;NF=4;NR=2;PP=100.0;SC=CAAAAAATAAAAAATAAATAA;TC=21;TR=6	GT:GL:GQ	1/1:-124.16,-19.34,-11.28:66
20	3700024	.	TTTAC	T	.	PASS	FR=0.5;HP=2;NF=3;NR=4;PP=100.0;SC=TATTTATTTATTTACTTACTT;TC=22;TR=7	GT:GL:GQ	0/1:-142.54,-24.82,-34.29:44
20	3702676	.	C	CT	.	PASS	FR=1.0;HP=9;NF=9;NR=6;PP=100.0;SC=ATATGTTGAACTTTTTTTTTA;TC=20;TR=15	GT:GL:GQ	1/1:-102.25,-23.87,-11.51:100
20	3703373	.	GAATA	G	.	PASS	FR=1.0;HP=3;NF=3;NR=4;PP=100.0;SC=TATACATGGAGAATAAATAAA;TC=24;TR=7	GT:GL:GQ	1/1:-129.84,-26.73,-19.11:63
20	3705235	.	G	GGAAA	.	PASS	FR=1.0;HP=3;NF=3;NR=2;PP=100.0;SC=AAGAAAGAAAGGAAAGAAATA;TC=24;TR=5	GT:GL:GQ	1/1:-319.51,-157.83,-145.36:98
20	3717704	.	AAAATAAATAAATAAAT	AAAATAAATAAAT,A	.	PASS	FR=0.5,0.5;HP=4;NF=1,0;NR=1,2;PP=100.0,55.0;SC=CTCTGCCTCAAAAATAAATAA;TC=12;TR=2,2	GT:GL:GQ	1/2:-1.0,-1.0,-1.0:100
20	3719488	.	AGT	A	.	PASS	FR=0.5;HP=2;NF=4;NR=6;PP=100.0;SC=TCTGTGAGTGAGTGTGTGTGT;TC=28;TR=10	GT:GL:GQ	0/1:-149.53,-25.54,-102.21:100
20	3736407	.	CCCCCAGCCCAGTGG	C	.	PASS	FR=0.5;HP=4;NF=3;NR=1;PP=100.0;SC=AGCTGATCGACCCCCAGCCCA;TC=22;TR=4	GT:GL:GQ	0/1:-177.03,-114.74,-207.47:100
20	3740620	.	GCA	G	.	PASS	FR=1.0;HP=1;NF=4;NR=6;PP=100.0;SC=ACTCACACATGCACACACACA;TC=17;TR=10	GT:GL:GQ	1/1:-154.32,-36.11,-25.75:86
20	3751453	.	G	GT	.	PASS	FR=1.0;HP=6;NF=1;NR=1;PP=100.0;SC=CAAACACACGGTTTTTTGTTT;TC=25;TR=2	GT:GL:GQ	1/1:-234.3,-199.49,-191.92:62
20	3752464	.	A	AACAC,AACACAC	.	PASS	FR=0.5,0.5;HP=3;NF=4,3;NR=3,3;PP=100.0,100.0;SC=AAAAAGAGAAAACACACACAC;TC=29;TR=7,6	GT:GL:GQ	1/2:-1.0,-1.0,-1.0:100
20	3755004	.	G	GACA	.	PASS	FR=1.0;HP=2;NF=1;NR=7;PP=100.0;SC=GACAGAGTGAGACATCTCATA;TC=13;TR=8	GT:GL:GQ	1/1:-134.63,-25.28,-17.61:63
20	3768789	.	A	AAAAG	.	PASS	FR=0.5;HP=8;NF=4;NR=3;PP=100.0;SC=ATCTCAAAAAAAAAGAAAGAA;TC=28;TR=7	GT:GL:GQ	0/1:-141.47,-38.74,-119.72:100
20	3770324	.	T	TAATAATA	.	PASS	FR=0.5;HP=8;NF=1;NR=2;PP=29.0;SC=GGCCAAAAAATAATAATAAAT;TC=11;TR=3	GT:GL:GQ	0/1:-67.44,-43.02,-52.14:42
20	3774219	.	AATTTT	A	.	PASS	FR=0.5;HP=1;NF=2;NR=3;PP=100.0;SC=GGTTTTAGAGAATTTTATTTT;TC=20;TR=5	GT:GL:GQ	0/1:-126.4,-91.22,-154.58:100
20	3775162	.	GTT	G	.	PASS	FR=0.5;HP=10;NF=3;NR=6;PP=100.0;SC=TCTCGGGGCAGTTTTTTTTTT;TC=26;TR=9	GT:GL:GQ	0/1:-103.9,-68.26,-117.09:100
20	3776005	.	C	CA	.	PASS	FR=0.5;HP=8;NF=1;NR=4;PP=23.0;SC=GACTCCATCCCAAAAAAAACA;TC=14;TR=5	GT:GL:GQ	0/1:-145.51,-129.15,-148.62:73
20	3776021	.	AAAC	A	.	PASS	FR=0.5;HP=3;NF=3;NR=1;PP=100.0;SC=AAACAAAACAAAACAAAAAGA;TC=21;TR=4	GT:GL:GQ	0/1:-163.41,-119.44,-232.96:100
20	3780857	.	T	TGGACTGGAGACCTGGTGCTAG	.	PASS	FR=0.5;HP=6;NF=4;NR=1;PP=100.0;SC=TACTCCCCCCTGGACTGGGGG;TC=10;TR=5	GT:GL:GQ	0/1:-153.98,-19.16,-34.72:70
20	3786892	.	C	CT	.	PASS	FR=1.0;HP=4;NF=10;NR=2;PP=100.0;SC=CTTGTCCCTTCTTCTCCCAAT;TC=16;TR=12	GT:GL:GQ	1/1:-171.33,-64.44,-53.38:92
20	3787614	.	CAT	C	.	PASS	FR=1.0;HP=2;NF=11;NR=13;PP=100.0;SC=AGTGCACACACATGTCAGGCA;TC=30;TR=24	GT:GL:GQ	1/1:-451.43,-312.17,-297.5:100
20	3789927	.	C	CCCG	.	PASS	FR=1.0;HP=2;NF=2;NR=10;PP=100.0;SC=AGTTACCACGCGCTCTCTTTC;TC=17;TR=12	GT:GL:GQ	1/1:-241.99,-120.76,-110.7:78
20	3790246	.	ATATAT	A	.	PASS	FR=1.0;HP=8;NF=5;NR=2;PP=92.0;SC=TCAAAAAAAAATATATATATA;TC=14;TR=7	GT:GL:GQ	1/1:-198.37,-176.0,-172.1:52
20	3795480	.	AGGCGTGAGCCACCGCGCCC	A	.	PASS	FR=0.5;HP=2;NF=2;NR=2;PP=100.0;SC=CTGGGATTACAGGCGTGAGCC;TC=12;TR=4	GT:GL:GQ	0/1:-109.14,-46.17,-99.46:100
20	3824585	.	TTTTAC	T	.	PASS	FR=1.0;HP=3;NF=18;NR=4;PP=100.0;SC=AGATGATTTATTTTACTTTAT;TC=28;TR=22	GT:GL:GQ	1/1:-337.35,-36.39,-16.32:100
20	3843259	.	A	AT	.	PASS	FR=0.5;HP=10;NF=3;NR=7;PP=100.0;SC=AGTTTTCCAAATTTTTTTTTT;TC=31;TR=10	GT:GL:GQ	0/1:-80.23,-37.02,-73.45:100
20	3859483	.	TCACACACACA	TCA,T	.	PASS	FR=0.5,0.5;HP=1;NF=1,2;NR=1,1;PP=100.0,85.0;SC=TGAGACTCTGTCACACACACA;TC=21;TR=2,3	GT:GL:GQ	1/2:-1.0,-1.0,-1.0:100
20	3860757	.	AAAAC	A	.	PASS	FR=0.5;HP=4;NF=5;NR=2;PP=100.0;SC=GTCTCTACTAAAAACAAACAA;TC=18;TR=7	GT:GL:GQ	0/1:-108.81,-21.22,-75.5:100
20	3860858	.	GC	G	.	PASS	FR=0.5;HP=1;NF=5;NR=1;PP=100.0;SC=AACCCAGGAGGCGGAGCTTGT;TC=16;TR=6	GT:GL:GQ	0/1:-84.65,-31.03,-99.29:100
20	3865910	.	A	AGGC	.	PASS	FR=0.5;HP=3;NF=8;NR=4;PP=100.0;SC=TCTGTCACCCAGGCTCAAGTT;TC=27;TR=12	GT:GL:GQ	0/1:-249.42,-106.14,-180.19:100
20	3873092	.	TTTTA	T	.	PASS	FR=1.0;HP=5;NF=6;NR=8;PP=100.0;SC=ACTAAATCTTTTTTATTTATT;TC=25;TR=14	GT:GL:GQ	1/1:-225.87,-50.85,-37.99:100
20	3879882	.	AGT	A	.	PASS	FR=1.0;HP=1;NF=4;NR=4;PP=100.0;SC=GCAGTGATGTAGTGTAGGCTC;TC=17;TR=8	GT:GL:GQ	1/1:-213.63,-128.83,-121.45:61
20	3882311	.	TTTTG	T	.	PASS	FR=1.0;HP=3;NF=15;NR=11;PP=100.0;SC=AAGTCAGTACTTTTGTTTATT;TC=29;TR=26	GT:GL:GQ	1/1:-341.87,-21.25,-0.46:100
20	3883619	.	GACACACACACACACAC	G	.	PASS	FR=0.5013;HP=2;NF=4;NR=1;PP=100.0;SC=GATGTGTATAGACACACACAC;TC=14;TR=5	GT:GL:GQ	0/1:-204.43,-28.1,-33.39:25
20	3885810	.	GACTGCACC	G	.	PASS	FR=1.0;HP=1;NF=4;NR=7;PP=100.0;SC=CATCGCTTGTGACTGCACCAC;TC=19;TR=11	GT:GL:GQ	1/1:-301.58,-43.69,-32.0:95
20	3899973	.	T	TTGA	.	PASS	FR=1.0;HP=3;NF=18;NR=6;PP=100.0;SC=AGAAAAACCCTTGAACATTCC;TC=30;TR=24	GT:GL:GQ	1/1:-376.13,-29.44,-7.6:100
20	3900864	.	T	TA	.	PASS	FR=1.0;HP=10;NF=11;NR=11;PP=100.0;SC=AAGTTAACCTTAAAAAAAAAA;TC=30;TR=22	GT:GL:GQ	1/1:-160.94,-53.86,-35.6:100
20	3929292	.	G	GA	.	PASS	FR=1.0;HP=1;NF=16;NR=6;PP=100.0;SC=TACATACCAGGATAACTGTTG;TC=29;TR=22	GT:GL:GQ	1/1:-330.17,-190.24,-173.09:100
20	3930806	.	T	TGACTGG	.	PASS	FR=1.0;HP=2;NF=7;NR=14;PP=100.0;SC=CCTTGTATAGTGATGAATGTG;TC=26;TR=21	GT:GL:GQ	1/1:-450.24,-61.65,-40.95:100
20	3945171	.	A	AT	.	PASS	FR=1.0;HP=10;NF=7;NR=12;PP=100.0;SC=TTTTCAAGTAATTTTTTTTTT;TC=29;TR=19	GT:GL:GQ	1/1:-126.38,-32.45,-22.97:79
20	3956227	.	C	CA	.	PASS	FR=1.0;HP=5;NF=12;NR=13;PP=100.0;SC=ATTGTGTTCTCAAAAAGATAT;TC=28;TR=25	GT:GL:GQ	1/1:-249.31,-33.1,-13.35:100
20	3965697	.	AACC	A	.	PASS	FR=1.0;HP=1;NF=9;NR=9;PP=100.0;SC=GAACAACAACAACCACAACAA;TC=26;TR=18	GT:GL:GQ	1/1:-461.94,-340.35,-326.48:100
20	3971557	.	G	GTTCCATGATAACAT	.	PASS	FR=1.0;HP=2;NF=12;NR=8;PP=100.0;SC=ATTTGGCACAGTTCCATGATA;TC=27;TR=20	GT:GL:GQ	1/1:-553.38,-41.98,-23.08:100
20	3990695	.	CACAAACAA	C	.	PASS	FR=1.0;HP=1;NF=6;NR=4;PP=100.0;SC=GAGACCCTGTCACAAACAAAC;TC=23;TR=10	GT:GL:GQ	1/1:-176.37,-39.86,-31.94:65
20	3995386	.	GCACACA	G	.	PASS	FR=1.0;HP=2;NF=1;NR=1;PP=100.0;SC=ACTTGAATGCGCACACACACA;TC=18;TR=2	GT:GL:GQ	1/1:-95.82,-46.66,-41.67:61
20	4008931	.	C	CTCTT	.	PASS	FR=1.0;HP=2;NF=1;NR=4;PP=100.0;SC=TCTCATCTCTCTGTCTTTCTC;TC=9;TR=5	GT:GL:GQ	1/1:-127.43,-46.42,-40.22:77
20	4021562	.	C	CGA	.	PASS	FR=1.0;HP=2;NF=8;NR=2;PP=100.0;SC=GAAGAGAAAGCGAGAGAGAGA;TC=21;TR=10	GT:GL:GQ	1/1:-216.37,-85.41,-73.73:98
20	4025709	.	TGA	T	.	PASS	FR=1.0;HP=2;NF=12;NR=9;PP=100.0;SC=AAATACATAATGAGAGAGAGA;TC=26;TR=21	GT:GL:GQ	1/1:-247.4,-21.57,-4.6:100
20	4035810	.	T	TGTTTGTATTACA	.	PASS	FR=1.0;HP=2;NF=10;NR=4;PP=100.0;SC=TAGCTGGGCATGGTGGCGGGT;TC=15;TR=14	GT:GL:GQ	1/1:-361.94,-174.62,-163.57:92
20	4042278	.	A	AT	.	PASS	FR=1.0;HP=2;NF=7;NR=15;PP=100.0;SC=AAACACATAAATCTCTCTCTC;TC=29;TR=22	GT:GL:GQ	1/1:-269.48,-66.17,-47.18:100
20	4044153	.	C	CA	.	PASS	FR=1.0;HP=6;NF=8;NR=10;PP=100.0;SC=GCCCCAGGGACGGGGGGCTGG;TC=21;TR=18	GT:GL:GQ	1/1:-167.11,-27.75,-13.35:100
20	4048870	.	AGAGTTATCTTGCCTGAG	A	.	PASS	FR=0.5;HP=4;NF=9;NR=5;PP=100.0;SC=CACGTGCCCCAGAGTTATCTT;TC=24;TR=14	GT:GL:GQ	1/0:-626.63,-331.02,-449.96:74
20	4050067	.	A	AT	.	PASS	FR=1.0;HP=8;NF=14;NR=11;PP=100.0;SC=TAAGTTTTAAATTTTTTTTGT;TC=36;TR=25	GT:GL:GQ	1/1:-400.71,-316.84,-301.94:100
20	4052527	.	A	AT	.	PASS	FR=1.0;HP=1;NF=15;NR=9;PP=100.0;SC=CTAAGCATGAAGTGGTCTCAG;TC=27;TR=24	GT:GL:GQ	1/1:-335.51,-240.21,-229.69:88
20	4057207	.	G	GT	.	PASS	FR=1.0;HP=3;NF=17;NR=11;PP=100.0;SC=TAGATTATTTGGTTTTTTTTT;TC=40;TR=28	GT:GL:GQ	1/1:-398.27,-278.49,-261.61:100
20	4057861	.	T	TTTCC	.	PASS	FR=1.0;HP=4;NF=8;NR=13;PP=100.0;SC=CTGATGATTTTTATGTTTTCT;TC=33;TR=21	GT:GL:GQ	1/1:-430.04,-131.81,-113.85:100
20	4058335	.	T	TATTA	.	PASS	FR=1.0;HP=2;NF=14;NR=5;PP=100.0;SC=TTAATATGTTTATTATACATA;TC=19;TR=19	GT:GL:GQ	1/1:-424.99,-369.88,-364.34:69
20	4060198	.	CTCTT	C	.	PASS	FR=0.5;HP=3;NF=8;NR=6;PP=100.0;SC=TTCTATTGTTCTCTTTGTTTT;TC=37;TR=14	GT:GL:GQ	0/1:-273.47,-128.98,-306.0:100
20	4060592	.	C	CTTTA	.	PASS	FR=0.5;HP=3;NF=4;NR=8;PP=100.0;SC=ATAATTTTTGCTTTATTTATT;TC=31;TR=12	GT:GL:GQ	0/1:-163.9,-38.86,-129.26:100
20	4070170	.	GTA	G	.	PASS	FR=0.5;HP=2;NF=3;NR=2;PP=100.0;SC=GTGTGTGTGTGTATATATATA;TC=25;TR=5	GT:GL:GQ	0/1:-276.88,-237.9,-267.79:100
20	4070252	.	A	ATGTATATATG	.	PASS	FR=1.0;HP=2;NF=3;NR=1;PP=100.0;SC=GTGTGTATATATGTATATATG;TC=16;TR=4	GT:GL:GQ	1/1:-231.61,-30.38,-18.61:81
20	4070382	.	ATATGTGTGTGTG	A	.	PASS	FR=1.0;HP=2;NF=1;NR=2;PP=100.0;SC=ATGTGTATATATATGTGTGTG;TC=25;TR=3	GT:GL:GQ	1/1:-347.8,-231.66,-223.35:51
20	4070396	.	GTGTGTGTGTGTGTATATATATATATA	G	.	PASS	FR=0.5;HP=2;NF=4;NR=4;PP=100.0;SC=GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG;TC=18;TR=8	GT:GL:GQ	1/0:-384.34,-235.32,-225.8:62
20	4071341	.	CA	C	.	PASS	FR=0.5026;HP=9;NF=5;NR=5;PP=100.0;SC=CTGATTATGGCAAAAAAAAAC;TC=20;TR=10	GT:GL:GQ	0/1:-155.5,-119.13,-123.71:22
20	4071895	.	G	GT	.	PASS	FR=0.5;HP=8;NF=3;NR=3;PP=72.0;SC=TGGGACCTTTGTTTTTGCAAA;TC=22;TR=6	GT:GL:GQ	0/1:-127.95,-100.32,-170.75:100
20	4074739	.	G	GA	.	PASS	FR=0.5;HP=9;NF=2;NR=4;PP=75.0;SC=ACTACATCTCGAAAAAAAAAG;TC=16;TR=6	GT:GL:GQ	0/1:-104.75,-76.46,-99.49:100
20	4077346	.	ATATTAT	A	.	PASS	FR=0.5;HP=1;NF=2;NR=2;PP=100.0;SC=TATGAGGACAATATTATTATT;TC=23;TR=4	GT:GL:GQ	0/1:-62.56,-10.62,-98.18:100
20	4092195	.	G	GTCAGCCAGAGAGGCTC	.	PASS	FR=1.0;HP=1;NF=7;NR=5;PP=100.0;SC=AGGTAAGACAGTCAGCCAGAG;TC=21;TR=12	GT:GL:GQ	1/1:-408.88,-45.59,-29.88:100
20	4092421	.	A	AT	.	PASS	FR=0.5;HP=4;NF=5;NR=6;PP=100.0;SC=CTGGCAGCAGATTTTCCCTTA;TC=31;TR=11	GT:GL:GQ	0/1:-137.54,-52.61,-154.29:100
20	4095639	.	T	TATAC	.	PASS	FR=0.5;HP=2;NF=3;NR=6;PP=100.0;SC=TATATATATATACACACACAT;TC=30;TR=9	GT:GL:GQ	0/1:-239.61,-67.33,-166.02:100
20	4096614	.	T	TG	.	PASS	FR=0.5;HP=1;NF=3;NR=8;PP=100.0;SC=TTTGATGGCTTGTGAAGCCCA;TC=42;TR=11	GT:GL:GQ	0/1:-166.13,-48.49,-243.23:100
20	4099234	.	C	CTCT	.	PASS	FR=1.0;HP=1;NF=2;NR=7;PP=100.0;SC=CTTCTTCTTCCTCTTCTTCCT;TC=17;TR=9	GT:GL:GQ	1/1:-213.81,-121.18,-113.85:91
20	4106279	.	C	CA	.	PASS	FR=1.0;HP=4;NF=9;NR=14;PP=100.0;SC=ATGATCCACCCCCTTGGCCTC;TC=27;TR=23	GT:GL:GQ	1/1:-261.7,-33.57,-14.72:100
20	4106498	.	AC	A	.	PASS	FR=0.5;HP=3;NF=4;NR=6;PP=100.0;SC=ACCCGCCACCACGTCAAGCTA;TC=17;TR=10	GT:GL:GQ	0/1:-151.03,-63.2,-86.55:100
20	4107003	.	T	TCTAA	.	PASS	FR=0.5;HP=2;NF=4;NR=9;PP=100.0;SC=TGGAGGTAACTCTAGGACATA;TC=28;TR=13	GT:GL:GQ	0/1:-216.14,-60.6,-196.15:100
20	4108348	.	A	AC	.	PASS	FR=1.0;HP=3;NF=9;NR=6;PP=100.0;SC=TTCTATGGAAAAGAGCAGTCA;TC=22;TR=15	GT:GL:GQ	1/1:-263.65,-164.58,-152.76:96
20	4111438	.	CA	C	.	PASS	FR=1.0;HP=2;NF=13;NR=9;PP=100.0;SC=GGTGATCACACAGGGGCATGG;TC=27;TR=22	GT:GL:GQ	1/1:-393.14,-310.63,-301.96:68
20	4111530	.	T	TG	.	PASS	FR=1.0;HP=1;NF=13;NR=14;PP=100.0;SC=CATCAAAACTTGCAGAAGTAT;TC=30;TR=27	GT:GL:GQ	1/1:-576.34,-531.28,-526.81:55
20	4112367	.	TA	T	.	PASS	FR=0.5;HP=2;NF=7;NR=2;PP=100.0;SC=AGACTTTAGTTAATAATAATA;TC=25;TR=9	GT:GL:GQ	0/1:-105.53,-48.17,-185.05:100
20	4124037	.	TACAC	TAC,T	.	PASS	FR=0.5,0.5;HP=2;NF=0,1;NR=6,6;PP=100.0,100.0;SC=TGTATGTGTATACACACACAC;TC=29;TR=6,7	GT:GL:GQ	1/2:-1.0,-1.0,-1.0:100
20	4165244	.	C	CAG	.	PASS	FR=0.5;HP=3;NF=9;NR=7;PP=100.0;SC=TAAAACTCAACAGTTATATTT;TC=28;TR=16	GT:GL:GQ	0/1:-164.36,-34.34,-133.84:100
20	4189405	.	A	AGTGTTCT	.	PASS	FR=1.0;HP=1;NF=8;NR=19;PP=100.0;SC=TGATCACAGAAGTGTTGAATG;TC=31;TR=27	GT:GL:GQ	1/1:-510.65,-52.94,-31.94:100
20	4193006	.	T	TA	.	PASS	FR=1.0;HP=9;NF=5;NR=11;PP=100.0;SC=TGTGTTTGATTAAAAAAAAAT;TC=25;TR=16	GT:GL:GQ	1/1:-189.06,-113.86,-103.2:89
20	4204545	.	CAACAGGTTT	C	.	PASS	FR=0.5;HP=3;NF=5;NR=5;PP=100.0;SC=TTTCAATTTACAACAGGTTTA;TC=29;TR=10	GT:GL:GQ	0/1:-264.93,-66.16,-208.86:100
20	4210072	.	T	TA	.	PASS	FR=0.5;HP=5;NF=7;NR=3;PP=100.0;SC=GGAAGGAAGATGGGGGCGAGT;TC=33;TR=10	GT:GL:GQ	0/1:-169.78,-122.55,-232.56:100
20	4211685	.	T	TTTTCTTTC	.	PASS	FR=1.0;HP=4;NF=3;NR=1;PP=100.0;SC=CTTTCTTTCTTTTTCTTTCTT;TC=17;TR=4	GT:GL:GQ	1/1:-163.69,-62.85,-59.76:50
20	4222606	.	TG	T,AG	.	PASS	FR=0.5,0.5;HP=2;NF=14,3;NR=8,0;PP=72.0,7.0;SC=CAGCACAGCCTGATGGCTCTG;TC=29;TR=22,3	GT:GL:GQ	1/2:-1.0,-1.0,-1.0:41
20	4223993	.	CG	C	.	PASS	FR=1.0;HP=4;NF=10;NR=1;PP=100.0;SC=CTGGGCTCCTCGGGGCATCCG;TC=14;TR=11	GT:GL:GQ	1/1:-180.73,-119.68,-111.91:64
20	4255571	.	TGAAA	T	.	PASS	FR=1.0;HP=1;NF=5;NR=4;PP=100.0;SC=AGGTATGCTCTGAAAGGAAGA;TC=15;TR=9	GT:GL:GQ	1/1:-155.75,-66.2,-58.38:79
20	4260218	.	C	CA	.	PASS	FR=0.5;HP=3;NF=1;NR=9;PP=100.0;SC=CTGGTCTCCCCAGCATCTAGT;TC=27;TR=10	GT:GL:GQ	0/1:-138.73,-38.26,-150.01:100
20	4280077	.	G	GTGA	.	PASS	FR=0.5;HP=1;NF=2;NR=4;PP=100.0;SC=GATGTCTTTGGTGATGATGAT;TC=23;TR=6	GT:GL:GQ	0/1:-118.58,-26.45,-67.22:100
20	4300671	.	G	GT	.	PASS	FR=1.0;HP=9;NF=9;NR=7;PP=100.0;SC=TATTTTTTAAGTTTTTTTTTC;TC=22;TR=16	GT:GL:GQ	1/1:-112.49,-30.96,-17.5:100
20	4305010	.	C	CCTGT	.	PASS	FR=1.0;HP=1;NF=9;NR=14;PP=100.0;SC=AGGTTTGGCTCCTGTCTGACA;TC=27;TR=23	GT:GL:GQ	1/1:-478.98,-124.12,-105.32:100
20	4306264	.	GT	G	.	PASS	FR=0.5;HP=3;NF=7;NR=4;PP=100.0;SC=ACAATATAAGGTTTACTTCAA;TC=24;TR=11	GT:GL:GQ	0/1:-115.0,-27.63,-111.62:100
20	4310291	.	T	TC	.	PASS	FR=1.0;HP=1;NF=20;NR=9;PP=100.0;SC=CTCCTACGTGTCATGCCAGCT;TC=32;TR=29	GT:GL:GQ	1/1:-333.81,-66.33,-44.4:100
20	4310977	.	GC	G	.	PASS	FR=0.5;HP=1;NF=14;NR=6;PP=100.0;SC=CCTGAAACTGGCGTAATTTAT;TC=41;TR=20	GT:GL:GQ	0/1:-231.9,-39.91,-159.66:100
20	4321071	.	A	AG	.	PASS	FR=0.5;HP=5;NF=3;NR=2;PP=100.0;SC=AAGTCAAATCAGGGGGAGGAA;TC=19;TR=5	GT:GL:GQ	0/1:-50.11,-15.88,-71.26:100
20	4322091	.	CA	C	.	PASS	FR=0.5;HP=1;NF=11;NR=7;PP=100.0;SC=GCCGTGTGTCCAGCCAAAACT;TC=33;TR=18	GT:GL:GQ	0/1:-210.17,-46.06,-156.61:100
20	4329185	.	TC	T	.	PASS	FR=0.5;HP=1;NF=8;NR=2;PP=100.0;SC=AATTCTAGGTTCTTTCTCTCA;TC=28;TR=10	GT:GL:GQ	0/1:-148.46,-71.81,-182.2:100
20	4330761	.	GGTGTGTGT	G	.	PASS	FR=1.0;HP=3;NF=1;NR=3;PP=100.0;SC=TAATTCATGGGGTGTGTGTGT;TC=30;TR=4	GT:GL:GQ	1/1:-224.07,-44.24,-35.58:72
20	4332044	.	TG	T	.	PASS	FR=1.0;HP=6;NF=5;NR=2;PP=57.0;SC=TTTGTTTTTTTGTTTTTTTTT;TC=24;TR=7	GT:GL:GQ	1/1:-226.96,-113.86,-100.61:42
20	4343821	.	TA	T	.	PASS	FR=0.5;HP=8;NF=5;NR=8;PP=100.0;SC=CATTTTTTTTTAAAATTTTTG;TC=35;TR=13	GT:GL:GQ	1/0:-274.8,-111.87,-90.41:100
20	4349378	.	A	AT	.	PASS	FR=0.5;HP=3;NF=11;NR=7;PP=100.0;SC=TTTTGAAGGCATTTCCAGGGT;TC=27;TR=18	GT:GL:GQ	0/1:-181.47,-28.52,-69.89:100
20	4366637	.	AAAAC	A	.	PASS	FR=1.0;HP=3;NF=8;NR=10;PP=100.0;SC=AAAACAAAACAAAACAAACAA;TC=29;TR=18	GT:GL:GQ	1/1:-255.42,-38.69,-23.59:100
20	4378952	.	A	AAAC	.	PASS	FR=1.0;HP=2;NF=5;NR=8;PP=100.0;SC=CAAAACAAACAAACAACAACA;TC=26;TR=13	GT:GL:GQ	1/1:-242.03,-34.58,-19.38:100
20	4380979	.	CACAT	C	.	PASS	FR=1.0;HP=2;NF=6;NR=6;PP=100.0;SC=CACACACACACACATACAAGC;TC=29;TR=12	GT:GL:GQ	1/1:-310.99,-41.83,-21.18:100
20	4381267	.	T	TGTGTATTGTGGA	.	PASS	FR=1.0;HP=2;NF=4;NR=9;PP=100.0;SC=GACAGCCTCCTTCAACAAAAA;TC=23;TR=13	GT:GL:GQ	1/1:-573.3,-462.6,-447.82:96
20	4381268	.	TC	T	.	PASS	FR=1.0;HP=1;NF=4;NR=9;PP=100.0;SC=ACAGCCTCCTTCAACAAAAAA;TC=27;TR=13	GT:GL:GQ	1/1:-573.3,-567.48,-566.42:96
20	4384878	.	TAGAC	T	.	PASS	FR=0.5;HP=4;NF=7;NR=6;PP=100.0;SC=ATGGAAGAAATAGACAGAGAG;TC=32;TR=13	GT:GL:GQ	0/1:-215.18,-58.15,-186.03:100
20	4390996	.	ACT	A	.	PASS	FR=0.5;HP=1;NF=5;NR=4;PP=100.0;SC=AACACTCGAGACTCTCCAGCT;TC=25;TR=9	GT:GL:GQ	0/1:-160.6,-43.63,-115.25:100
20	4392384	.	T	TTG	.	PASS	FR=0.5;HP=1;NF=2;NR=1;PP=100.0;SC=GGGAATATAGTTGTGTGTGTG;TC=26;TR=3	GT:GL:GQ	0/1:-141.31,-92.22,-156.97:100
20	4403198	.	CGT	CGTGT,C	.	PASS	FR=0.5,0.5;HP=2;NF=3,3;NR=2,0;PP=100.0,91.0;SC=TGTGTGTGTGCGTGTGTGTGT;TC=16;TR=5,3	GT:GL:GQ	1/2:-1.0,-1.0,-1.0:100
20	4418283	.	TCC	T	.	PASS	FR=1.0;HP=5;NF=9;NR=17;PP=100.0;SC=TGAAAAATGCTCCCCAGGTTT;TC=26;TR=26	GT:GL:GQ	1/1:-235.22,-17.92,0.0:100
20	4422138	.	A	AAGAGGCAAGGCTTCCCCACATGCTCAGAATGG,G	.	PASS	FR=0.5,0.5;HP=1;NF=2,3;NR=0,5;PP=100.0,87.0;SC=CTACAGAAAGATGATGGAGGT;TC=14;TR=2,8	GT:GL:GQ	1/2:-1.0,-1.0,-1.0:23
20	4422142	.	T	TG	.	PASS	FR=1.0;HP=2;NF=8;NR=6;PP=100.0;SC=AGAAAGATGATGGAGGTACTA;TC=19;TR=14	GT:GL:GQ	1/1:-319.37,-289.62,-286.77:23
20	4427312	.	A	AGCTTCTAT	.	PASS	FR=0.5;HP=2;NF=1;NR=1;PP=100.0;SC=TGTATAATAGAGTCCAGAGTC;TC=11;TR=2	GT:GL:GQ	1/0:-513.43,-441.06,-437.62:42
20	4431651	.	TA	T	.	PASS	FR=0.5;HP=5;NF=9;NR=13;PP=100.0;SC=TCTAGACCCTTAAAAATAACA;TC=34;TR=22	GT:GL:GQ	0/1:-196.04,-30.01,-107.67:100
20	4438168	.	T	TTACACAAATGTAACCTATGTAACAA	.	PASS	FR=0.5;HP=1;NF=2;NR=3;PP=100.0;SC=CCTGCACATGTACCCTTGAAC;TC=16;TR=5	GT:GL:GQ	0/1:-418.07,-256.53,-367.22:100
20	4439599	.	GT	G	.	PASS	FR=0.5;HP=2;NF=11;NR=12;PP=100.0;SC=TGTGGGGAGAGTTAGCAAGAG;TC=36;TR=23	GT:GL:GQ	0/1:-329.81,-228.22,-300.4:100
20	4442338	.	CTTTATTTTATTTTAT	CTTTATTTTAT,C	.	PASS	FR=0.5,0.5;HP=3;NF=2,1;NR=0,3;PP=100.0,100.0;SC=AAGTATCTAACTTTATTTTAT;TC=21;TR=2,4	GT:GL:GQ	1/2:-1.0,-1.0,-1.0:100
20	4445547	.	T	TAA	.	PASS	FR=1.0;HP=1;NF=18;NR=22;PP=100.0;SC=TGTTTCCAGTTGTTATACTTT;TC=39;TR=40	GT:GL:GQ	1/1:-459.22,-244.89,-221.84:100
20	4452980	.	TACAC	T	.	PASS	FR=1.0;HP=2;NF=1;NR=2;PP=100.0;SC=TTAATTCTTATACACACACAC;TC=21;TR=3	GT:GL:GQ	1/1:-75.87,-32.41,-30.31:43
20	4460649	.	G	GA	.	PASS	FR=0.5;HP=9;NF=5;NR=8;PP=100.0;SC=TTTCCTCGGAGAAAAAAAACA;TC=39;TR=13	GT:GL:GQ	0/1:-191.57,-119.31,-159.65:100
20	4462152	.	GGTCAATGTTATAAACTTTGC	G	.	PASS	FR=0.5;HP=2;NF=6;NR=5;PP=100.0;SC=CTACTTCTTGGGTCAATGTTA;TC=18;TR=11	GT:GL:GQ	1/0:-501.72,-174.1,-171.31:67
20	4462516	.	T	TTC	.	PASS	FR=0.5;HP=1;NF=16;NR=1;PP=100.0;SC=GGGTTTAAAGTTCTCTAATGA;TC=41;TR=17	GT:GL:GQ	0/1:-181.56,-38.08,-223.18:100
20	4462799	.	C	CTT	.	PASS	FR=0.5;HP=1;NF=1;NR=1;PP=100.0;SC=TCTTCTTCGTCCTTTTTTTTT;TC=36;TR=2	GT:GL:GQ	0/1:-520.7,-504.74,-499.84:81
20	4465737	.	TG	T	.	PASS	FR=1.0;HP=2;NF=9;NR=18;PP=100.0;SC=CTCCTTGACATGGACTGAGAA;TC=27;TR=27	GT:GL:GQ	1/1:-258.03,-34.15,-15.14:100
20	4468340	.	TA	T	.	PASS	FR=0.5;HP=10;NF=5;NR=2;PP=57.0;SC=ATATATATATTAAAAAAAAAA;TC=21;TR=7	GT:GL:GQ	0/1:-41.89,-18.73,-52.45:100
20	4469569	.	C	CT	.	PASS	FR=0.5;HP=4;NF=3;NR=6;PP=100.0;SC=CAAGTAAAGACTTTTGATTGT;TC=23;TR=9	GT:GL:GQ	0/1:-113.7,-24.95,-84.55:100
20	4474613	.	GA	G	.	PASS	FR=0.5;HP=8;NF=4;NR=6;PP=100.0;SC=ATTAGGAACAGAAAAAAATTA;TC=37;TR=10	GT:GL:GQ	0/1:-311.99,-245.02,-353.92:100
20	4474629	.	A	AAAT	.	PASS	FR=0.5;HP=9;NF=11;NR=5;PP=100.0;SC=AATTAAAAAAAAAATATACAC;TC=32;TR=16	GT:GL:GQ	0/1:-322.36,-111.27,-187.62:100
20	4475883	.	AT	A	.	PASS	FR=0.5;HP=5;NF=1;NR=3;PP=100.0;SC=AAATATATATATTTTAATATA;TC=14;TR=4	GT:GL:GQ	0/1:-74.26,-40.07,-92.44:100
20	4481373	.	A	AG	.	PASS	FR=1.0;HP=1;NF=5;NR=6;PP=100.0;SC=TCTTTTTTCAAGTTTTTAGCT;TC=13;TR=11	GT:GL:GQ	1/1:-84.43,-9.42,-0.46:74
20	4484587	.	T	TA	.	PASS	FR=0.5;HP=9;NF=4;NR=9;PP=100.0;SC=TCTCTGATTTTAAAAAAAAAG;TC=46;TR=13	GT:GL:GQ	0/1:-163.36,-92.55,-141.98:100
20	4487527	.	TG	T	.	PASS	FR=0.5006;HP=5;NF=8;NR=7;PP=100.0;SC=TACTAGGGGCTGGGGGCAGGG;TC=34;TR=15	GT:GL:GQ	0/1:-421.09,-350.88,-356.92:29
20	4492336	.	C	CA	.	PASS	FR=1.0;HP=1;NF=11;NR=14;PP=100.0;SC=ACATTCTTGCCACCTTTGGTA;TC=27;TR=25	GT:GL:GQ	1/1:-281.59,-90.33,-72.03:100
20	4493592	.	C	CG	.	PASS	FR=1.0;HP=2;NF=20;NR=17;PP=100.0;SC=GCATTTTGGACATCTCACCCT;TC=39;TR=37	GT:GL:GQ	1/1:-454.89,-182.56,-157.87:100
20	4497462	.	TTA	T	.	PASS	FR=0.5;HP=2;NF=2;NR=2;PP=88.0;SC=TAAATCAACTTTATATATATA;TC=14;TR=4	GT:GL:GQ	1/0:-149.41,-117.69,-112.45:46
20	4500613	.	G	GC	.	PASS	FR=1.0;HP=2;NF=12;NR=13;PP=100.0;SC=ATGCCCAAGGGTGTCCCAGAG;TC=29;TR=25	GT:GL:GQ	1/1:-293.02,-49.83,-29.64:100
20	4502874	.	CT	C	.	PASS	FR=1.0;HP=4;NF=11;NR=7;PP=100.0;SC=TACAGCCCTTCTTGGGAGCCC;TC=24;TR=18	GT:GL:GQ	1/1:-204.97,-36.44,-20.43:100
20	4512447	.	AAAACAAAC	AAAAC,A	.	PASS	FR=0.5,0.5;HP=3;NF=3,4;NR=0,1;PP=100.0,100.0;SC=ACTCCATCTCAAAACAAACAA;TC=20;TR=3,5	GT:GL:GQ	1/2:-1.0,-1.0,-1.0:100
20	4519983	.	GA	G	.	PASS	FR=0.5;HP=3;NF=7;NR=13;PP=100.0;SC=TCCAAACTAAGACAGGTATTA;TC=36;TR=20	GT:GL:GQ	0/1:-201.76,-27.24,-148.43:100
20	4524299	.	AGTGTGT	A	.	PASS	FR=0.5;HP=3;NF=2;NR=1;PP=100.0;SC=TCTGTGCTTTAGTGTGTGTGT;TC=28;TR=3	GT:GL:GQ	0/1:-144.55,-75.64,-138.78:100
20	4530940	.	CTT	C	.	PASS	FR=0.5002;HP=6;NF=2;NR=9;PP=80.0;SC=TTCTTTCTTTCTTTCTCTCTC;TC=25;TR=11	GT:GL:GQ	0/1:-323.77,-294.9,-301.87:33
20	4541935	.	A	AGAG	.	PASS	FR=0.5;HP=2;NF=8;NR=4;PP=100.0;SC=GTGGCAGATTAGAGGAGACAT;TC=32;TR=12	GT:GL:GQ	0/1:-211.5,-48.19,-198.54:100
20	4547067	.	G	GA	.	PASS	FR=0.5116;HP=10;NF=5;NR=1;PP=100.0;SC=TATAGAGAGAGAAAAAAAAAC;TC=18;TR=6	GT:GL:GQ	0/1:-156.12,-119.31,-122.4:16
20	4553580	.	GT	G	.	PASS	FR=0.5;HP=10;NF=1;NR=1;PP=71.0;SC=TTTTGTTTTTGTTTTTGTTTT;TC=17;TR=2	GT:GL:GQ	1/0:-197.42,-152.57,-154.01:100
20	4553925	.	T	TC	.	PASS	FR=1.0;HP=1;NF=7;NR=5;PP=100.0;SC=CGGCCCCTCTTCACTTTTAAG;TC=16;TR=12	GT:GL:GQ	1/1:-135.25,-18.29,-7.82:87
20	4560578	.	C	CCTTA	.	PASS	FR=1.0;HP=1;NF=11;NR=12;PP=100.0;SC=ATGTTATATACCTTTTAGAGA;TC=32;TR=23	GT:GL:GQ	1/1:-416.23,-42.65,-19.11:100
20	4566007	.	G	GC	.	PASS	FR=0.5;HP=1;NF=9;NR=3;PP=100.0;SC=AGCTGGGGCTGACTCATCTGA;TC=27;TR=12	GT:GL:GQ	0/1:-150.18,-87.47,-213.89:100
20	4572622	.	T	TA	.	PASS	FR=0.5;HP=1;NF=5;NR=4;PP=100.0;SC=AAAGGGGTGCTAGGAATTCCA;TC=21;TR=9	GT:GL:GQ	0/1:-105.47,-33.77,-107.56:100
20	4580659	.	ATTG	A	.	PASS	FR=0.5;HP=3;NF=9;NR=11;PP=100.0;SC=AATAATTTATATTGTTATTAT;TC=41;TR=20	GT:GL:GQ	0/1:-343.69,-136.17,-313.1:100
20	4580822	.	AAC	A	.	PASS	FR=0.5;HP=1;NF=7;NR=7;PP=100.0;SC=TATCTTACATAACAGTGTATC;TC=27;TR=14	GT:GL:GQ	0/1:-159.59,-31.47,-183.78:100
20	4589159	.	TAC	T	.	PASS	FR=0.5;HP=1;NF=5;NR=5;PP=100.0;SC=CACACACACGTACACACACAC;TC=25;TR=10	GT:GL:GQ	0/1:-134.67,-33.29,-88.29:100
20	4590266	.	T	TCTGGCC	.	PASS	FR=0.5;HP=3;NF=3;NR=4;PP=100.0;SC=GCTGGCAGCCTCTGGCCCTGG;TC=20;TR=7	GT:GL:GQ	0/1:-180.62,-56.12,-103.3:100
20	4613873	.	T	TATA	.	PASS	FR=0.5;HP=3;NF=6;NR=2;PP=100.0;SC=CTCTTTCTTTTATAATAATAA;TC=26;TR=8	GT:GL:GQ	0/1:-121.23,-16.51,-65.45:100
20	4616453	.	G	GAGTAGA	.	PASS	FR=0.5;HP=3;NF=5;NR=7;PP=100.0;SC=CACAGAGTAGGGGTTCAATAA;TC=22;TR=12	GT:GL:GQ	0/1:-211.56,-25.38,-113.94:100
20	4617264	.	G	GAGAA	.	PASS	FR=0.5;HP=2;NF=3;NR=1;PP=100.0;SC=GAAAGCAAGAGAGAAAGAAGA;TC=22;TR=4	GT:GL:GQ	0/1:-126.22,-46.88,-138.67:100
20	4617272	.	AG	A	.	PASS	FR=0.5;HP=1;NF=1;NR=3;PP=20.0;SC=GAGAGAAAGAAGAGAAGAGAA;TC=22;TR=4	GT:GL:GQ	0/1:-134.04,-119.35,-223.11:66
20	4617303	.	G	GAGGA	.	PASS	FR=0.5;HP=2;NF=2;NR=3;PP=100.0;SC=GGGAGGGAGAGAGGAAGGAAG;TC=19;TR=5	GT:GL:GQ	0/1:-154.78,-90.63,-135.29:100
20	4655424	.	G	GA	.	PASS	FR=0.5;HP=8;NF=13;NR=4;PP=100.0;SC=GTTCTTTAGAGAAAAAAAGAT;TC=30;TR=17	GT:GL:GQ	0/1:-186.33,-114.25,-152.75:100
20	4668235	.	AT	A	.	PASS	FR=0.5;HP=10;NF=12;NR=5;PP=100.0;SC=TAGGAAATAGATTTTTTTTTT;TC=33;TR=17	GT:GL:GQ	0/1:-91.71,-31.87,-60.05:100
20	4673330	.	C	CTTT	.	PASS	FR=0.5;HP=5;NF=6;NR=8;PP=100.0;SC=TGAAGAAAATCTTTTCTTCCT;TC=24;TR=14	GT:GL:GQ	0/1:-183.35,-23.94,-71.42:100
20	4684173	.	TG	T	.	PASS	FR=0.5;HP=1;NF=5;NR=1;PP=100.0;SC=CAGGCACAGTTGCTCACGCCT;TC=17;TR=6	GT:GL:GQ	0/1:-81.87,-25.35,-94.89:100
20	4691383	.	CA	C	.	PASS	FR=1.0;HP=2;NF=14;NR=12;PP=100.0;SC=TGGGGTCATCCAAGCATGGCT;TC=29;TR=26	GT:GL:GQ	1/1:-259.65,-39.57,-19.54:100
20	4692075	.	C	CA	.	PASS	FR=0.5;HP=9;NF=5;NR=3;PP=95.0;SC=AGTAATTGGACAAAAAAAACA;TC=26;TR=8	GT:GL:GQ	0/1:-67.83,-34.9,-96.78:100
20	4704696	.	A	ATG	.	PASS	FR=0.5;HP=2;NF=5;NR=3;PP=100.0;SC=ATATGTATATATGTGTGTGTA;TC=30;TR=8	GT:GL:GQ	0/1:-168.25,-105.64,-257.19:100
20	4706654	.	GTGCCATCA	G	.	PASS	FR=1.0;HP=2;NF=7;NR=4;PP=100.0;SC=TTACAGGTGTGTGCCATCATG;TC=17;TR=11	GT:GL:GQ	1/1:-236.92,-30.58,-21.39:67
20	4727159	.	C	CATTTTATTTT	.	PASS	FR=1.0;HP=1;NF=2;NR=4;PP=100.0;SC=ATAGCATTTGCATTTTATTTT;TC=27;TR=6	GT:GL:GQ	1/1:-510.26,-402.24,-397.15:63
20	4735780	.	T	TTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTC,C	.	PASS	FR=0.5,0.5;HP=3;NF=0,5;NR=3,16;PP=100.0,100.0;SC=CCTTTCTTTCTTTTCTTTCTT;TC=27;TR=3,21	GT:GL:GQ	1/2:-1.0,-1.0,-1.0:100
20	4737530	.	T	TA	.	PASS	FR=1.0;HP=1;NF=11;NR=14;PP=100.0;SC=TTAAATGTATTGAGGCTCATT;TC=26;TR=25	GT:GL:GQ	1/1:-245.38,-21.97,-3.97:100
20	4737701	.	T	TTGA	.	PASS	FR=1.0;HP=1;NF=12;NR=7;PP=100.0;SC=ACTTTCTGTCTTGACCTGTCT;TC=19;TR=19	GT:GL:GQ	1/1:-227.02,-18.69,-5.52:100
20	4741155	.	G	GGA	.	PASS	FR=1.0;HP=1;NF=5;NR=11;PP=100.0;SC=AACACACCAGGTGTGTCAAAA;TC=22;TR=16	GT:GL:GQ	1/1:-218.41,-31.08,-15.98:100
20	4743693	.	G	GTTAA	.	PASS	FR=1.0;HP=2;NF=6;NR=7;PP=100.0;SC=AGCCCAGGAGGTTAAGTCTGC;TC=16;TR=13	GT:GL:GQ	1/1:-225.23,-59.89,-50.88:75
20	4743774	.	A	AAAATAAAT	.	PASS	FR=1.0;HP=5;NF=4;NR=3;PP=100.0;SC=AAAAGGAGAAAAAATAAATAA;TC=16;TR=7	GT:GL:GQ	1/1:-319.93,-209.77,-203.54:78
20	4748739	.	A	ACTAT	.	PASS	FR=1.0;HP=1;NF=12;NR=7;PP=100.0;SC=TCTTTCACCAACTATTTTCAC;TC=23;TR=19	GT:GL:GQ	1/1:-501.66,-334.66,-319.16:100
20	4761877	.	T	TG	.	PASS	FR=0.5;HP=8;NF=1;NR=4;PP=100.0;SC=ACAGATATTTTGGGGGGGGCA;TC=23;TR=5	GT:GL:GQ	0/1:-97.23,-58.4,-90.76:100
20	4768475	.	A	AAGGGACT	.	PASS	FR=1.0;HP=2;NF=7;NR=8;PP=100.0;SC=CAGGGGTCCAAAGGCACCTTA;TC=23;TR=15	GT:GL:GQ	1/1:-372.13,-36.56,-17.94:100
20	4783543	.	CATAT	C	.	PASS	FR=0.5;HP=2;NF=1;NR=2;PP=100.0;SC=TATATATATACATATATATAT;TC=23;TR=3	GT:GL:GQ	0/1:-115.71,-29.18,-62.14:100
20	4794428	.	CGT	C	.	PASS	FR=0.5;HP=3;NF=3;NR=2;PP=100.0;SC=CAGTGTGTGGCGTGTGTGTGT;TC=28;TR=5	GT:GL:GQ	0/1:-119.46,-68.74,-106.78:100
20	4796034	.	TACC	T	.	PASS	FR=0.5;HP=1;NF=7;NR=5;PP=100.0;SC=TATCTGAGGCTACCACCACCC;TC=27;TR=12	GT:GL:GQ	0/1:-222.6,-98.55,-189.77:100
20	4802486	.	G	GCC	.	PASS	FR=0.5;HP=2;NF=5;NR=4;PP=100.0;SC=GACTGCCACAGCCTAGGCATC;TC=24;TR=9	GT:GL:GQ	0/1:-135.36,-38.11,-126.44:100
20	4803072	.	CT	C	.	PASS	FR=0.5;HP=1;NF=1;NR=5;PP=100.0;SC=GTGCACGCAGCTGTTGAGAGG;TC=15;TR=6	GT:GL:GQ	0/1:-82.81,-37.85,-91.55:100
20	4823348	.	AT	A	.	PASS	FR=1.0;HP=8;NF=17;NR=7;PP=100.0;SC=AATATTTTCCATTTTTTTTGA;TC=32;TR=24	GT:GL:GQ	1/1:-298.64,-180.3,-160.97:100
20	4850186	.	GAC	G	.	PASS	FR=0.5;HP=1;NF=3;NR=2;PP=49.0;SC=ATCTCCAAATGACACACACAC;TC=34;TR=5	GT:GL:GQ	0/1:-186.75,-165.14,-349.63:96
20	4880132	.	AGCTCAATGCCTTCTGC	A	.	PASS	FR=1.0;HP=1;NF=3;NR=4;PP=100.0;SC=CAAACGGCGCAGCTCAATGCC;TC=17;TR=7	GT:GL:GQ	1/1:-255.52,-55.88,-53.61:44
20	4883735	.	G	GGA	.	PASS	FR=1.0;HP=1;NF=13;NR=18;PP=100.0;SC=GGTGAAAAGAGTAATTCTAAA;TC=34;TR=31	GT:GL:GQ	1/1:-361.9,-346.05,-342.67:97
20	4886527	.	GA	G	.	PASS	FR=0.5;HP=3;NF=5;NR=6;PP=100.0;SC=ACTCTACTGAGAAGAACAGAT;TC=19;TR=11	GT:GL:GQ	0/1:-166.67,-86.72,-123.24:100
20	4892485	.	AATTT	A	.	PASS	FR=0.5;HP=1;NF=2;NR=7;PP=100.0;SC=TTTATTTATGAATTTATTTAT;TC=34;TR=9	GT:GL:GQ	0/1:-148.07,-23.75,-121.86:100
20	4922648	.	CTAAACTAACT	C	.	PASS	FR=0.5;HP=5;NF=1;NR=10;PP=100.0;SC=TCTATATTTTCTAAACTAACT;TC=33;TR=11	GT:GL:GQ	0/1:-284.06,-37.14,-228.78:100
20	4942899	.	C	CA	.	PASS	FR=0.5;HP=7;NF=4;NR=3;PP=100.0;SC=ACCCCCGCCCCAAAAAAACAG;TC=28;TR=7	GT:GL:GQ	0/1:-99.42,-46.78,-95.55:100
20	4947451	.	G	GTTTGA	.	PASS	FR=0.5;HP=4;NF=4;NR=4;PP=100.0;SC=ACTTTTGATAGTTTTACACAC;TC=18;TR=8	GT:GL:GQ	0/1:-283.81,-185.62,-217.52:100
20	4947582	.	TG	T	.	PASS	FR=0.5;HP=4;NF=9;NR=4;PP=100.0;SC=GATTACATGATGGGGAGCAGG;TC=22;TR=13	GT:GL:GQ	0/1:-139.84,-55.72,-119.49:100
20	4947775	.	T	TA	.	PASS	FR=0.5;HP=6;NF=8;NR=4;PP=100.0;SC=GAAATCTAAATAAACACAGGG;TC=24;TR=12	GT:GL:GQ	0/1:-128.76,-21.0,-91.02:100
20	4949766	.	CTT	C	.	PASS	FR=0.5;HP=3;NF=8;NR=4;PP=100.0;SC=GAGTTTCCCTCTTGTTACCCA;TC=25;TR=12	GT:GL:GQ	0/1:-147.72,-32.95,-112.56:100
20	4954109	.	G	GGACTT	.	PASS	FR=0.5;HP=2;NF=4;NR=8;PP=100.0;SC=ATGGCTGGAAGGACTTAACTA;TC=30;TR=12	GT:GL:GQ	0/1:-203.74,-23.32,-169.48:100
20	4965192	.	C	CT	.	PASS	FR=0.5;HP=2;NF=5;NR=3;PP=100.0;SC=GAGCAAGACTCTGTCTCAAAA;TC=26;TR=8	GT:GL:GQ	0/1:-134.47,-59.87,-111.38:100
20	4969015	.	AG	A	.	PASS	FR=1.0;HP=8;NF=4;NR=5;PP=100.0;SC=TGGGAAACCGAGGGGGGGCCA;TC=12;TR=9	GT:GL:GQ	1/1:-67.79,-12.99,-5.52:61
20	4970270	.	C	CTTAATAT	.	PASS	FR=0.5;HP=1;NF=4;NR=1;PP=100.0;SC=TGCAGTGAGCCATGATCTTGC;TC=22;TR=5	GT:GL:GQ	0/1:-247.44,-164.56,-281.24:100
20	4972366	.	TCA	TCACACA,T	.	PASS	FR=0.5,0.5;HP=2;NF=1,0;NR=1,2;PP=100.0,49.0;SC=AGACTCCGTTTCACACACACA;TC=15;TR=2,2	GT:GL:GQ	1/2:-1.0,-1.0,-1.0:97
20	4979252	.	ATGAGG	A	.	PASS	FR=0.5;HP=1;NF=5;NR=2;PP=100.0;SC=AAATGAATTAATGAGGTGAGG;TC=24;TR=7	GT:GL:GQ	0/1:-146.48,-63.04,-172.38:100
20	4985646	.	A	AAAAT	.	PASS	FR=0.5;HP=4;NF=2;NR=1;PP=100.0;SC=CTCCGTCTCAAAAATAAATAA;TC=22;TR=3	GT:GL:GQ	0/1:-69.57,-20.73,-73.7:100
20	4987193	.	T	TTTTA	.	PASS	FR=1.0;HP=3;NF=5;NR=7;PP=100.0;SC=GTAAAAGCCATTTTATTTATT;TC=33;TR=12	GT:GL:GQ	1/1:-198.93,-19.38,-8.29:93
20	5003823	.	C	CA	.	PASS	FR=1.0;HP=2;NF=2;NR=1;PP=69.0;SC=CTCAGCCTCCCAGTAGCTGGG;TC=5;TR=3	GT:GL:GQ	1/1:-35.46,-12.52,-9.15:55
20	5006924	.	GTATATATATGTGTA	G	.	PASS	FR=0.5;HP=2;NF=3;NR=1;PP=100.0;SC=ATGTATATATGTATATATATG;TC=17;TR=4	GT:GL:GQ	0/1:-102.23,-17.74,-69.04:100
20	5019857	.	C	CT	.	PASS	FR=1.0;HP=1;NF=5;NR=1;PP=100.0;SC=CACCCCTGCACTCCAGCCTGG;TC=10;TR=6	GT:GL:GQ	1/1:-78.84,-38.79,-34.59:51
20	5021323	.	T	TC	.	PASS	FR=1.0;HP=10;NF=8;NR=5;PP=100.0;SC=CTTTTTTTTTTTCAATGGCAA;TC=18;TR=13	GT:GL:GQ	1/1:-164.3,-19.64,-6.44:82
20	5021471	.	G	GA	.	PASS	FR=1.0;HP=1;NF=11;NR=14;PP=100.0;SC=ACATAATGCTGGTTAAAGAGG;TC=33;TR=25	GT:GL:GQ	1/1:-406.51,-306.39,-293.23:100
20	5033824	.	G	GTATA	.	PASS	FR=1.0;HP=8;NF=6;NR=6;PP=100.0;SC=CCAAAAAAAAGTATATATATA;TC=19;TR=12	GT:GL:GQ	1/1:-293.31,-92.78,-80.65:100
20	5034013	.	GGCAT	G	.	PASS	FR=1.0;HP=1;NF=8;NR=10;PP=100.0;SC=ATGACAGCCAGGCATGGGGGC;TC=24;TR=18	GT:GL:GQ	1/1:-275.61,-34.13,-17.26:100
20	5044461	.	A	AAATTTTTAT	.	PASS	FR=1.0;HP=4;NF=13;NR=12;PP=100.0;SC=GTTAACTTGGAAAAATTTCTA;TC=29;TR=25	GT:GL:GQ	1/1:-660.59,-158.53,-137.22:100
20	5058110	.	G	GGGGGCT	.	PASS	FR=1.0;HP=2;NF=6;NR=6;PP=100.0;SC=CAACATTTTGGGAGGTGGGTG;TC=14;TR=12	GT:GL:GQ	1/1:-206.1,-87.92,-82.33:69
20	5062840	.	AAAG	A	.	PASS	FR=1.0;HP=4;NF=12;NR=4;PP=100.0;SC=AATTTTTTAAAAAGAAGAAGA;TC=21;TR=16	GT:GL:GQ	1/1:-217.23,-55.74,-43.97:99
20	5079870	.	AAATAAATAAATCAATC	A	.	PASS	FR=0.5;HP=2;NF=4;NR=6;PP=100.0;SC=ATAAATAAATAAATAAATAAA;TC=24;TR=10	GT:GL:GQ	1/0:-419.18,-202.82,-208.38:27
20	5094493	.	T	TA	.	PASS	FR=1.0;HP=1;NF=7;NR=16;PP=100.0;SC=AAAATGAACTTACTACTGGAC;TC=26;TR=23	GT:GL:GQ	1/1:-300.98,-148.38,-131.87:100
20	5097837	.	AC	A	.	PASS	FR=1.0;HP=1;NF=15;NR=5;PP=100.0;SC=TAAAGGTTATACGCCTAACTT;TC=25;TR=20	GT:GL:GQ	1/1:-243.65,-32.97,-15.65:100
20	5100990	.	AAG	A	.	PASS	FR=1.0;HP=1;NF=10;NR=6;PP=100.0;SC=TTGCAGCCTGAAGAGAGTACA;TC=18;TR=16	GT:GL:GQ	1/1:-198.64,-18.46,-5.29:100
20	5105482	.	C	CATTTTAGG	.	PASS	FR=1.0;HP=2;NF=6;NR=11;PP=100.0;SC=GTTCAGACCACATGTTATCCA;TC=22;TR=17	GT:GL:GQ	1/1:-471.45,-181.5,-164.38:100
20	5118209	.	A	AT	.	PASS	FR=0.5;HP=8;NF=3;NR=2;PP=100.0;SC=TTTAAGTCTTATTTTTTCAAA;TC=16;TR=5	GT:GL:GQ	0/1:-55.51,-21.15,-68.35:100
20	5145860	.	A	AC	.	PASS	FR=0.5;HP=5;NF=6;NR=2;PP=100.0;SC=TTTTTTGGAAACCCCCGTATT;TC=29;TR=8	GT:GL:GQ	0/1:-81.29,-28.9,-130.37:100
20	5150896	.	G	GC	.	PASS	FR=0.5;HP=3;NF=2;NR=5;PP=100.0;SC=ACCTCGCTGTGCCCAGAGGAG;TC=17;TR=7	GT:GL:GQ	0/1:-79.22,-17.13,-53.13:100
20	5156258	.	CCT	C	.	PASS	FR=0.5093;HP=2;NF=6;NR=6;PP=100.0;SC=ATGGTGAAACCCTGTCTCTAC;TC=16;TR=12	GT:GL:GQ	0/1:-101.9,-26.13,-29.44:17
20	5156432	.	AAAAC	A	.	PASS	FR=0.5;HP=3;NF=5;NR=3;PP=100.0;SC=ACTCCATCTCAAAACAAACAA;TC=23;TR=8	GT:GL:GQ	0/1:-98.71,-15.69,-97.38:100
20	5173014	.	C	CA	.	PASS	FR=1.0;HP=2;NF=8;NR=13;PP=100.0;SC=GAAGGGGGGTCTAGGAAGCCG;TC=22;TR=21	GT:GL:GQ	1/1:-250.84,-61.97,-47.15:100
20	5178081	.	C	CCT	.	PASS	FR=0.5;HP=1;NF=5;NR=6;PP=100.0;SC=AGAGGTCAGCCGTGTCTGCCC;TC=22;TR=11	GT:GL:GQ	0/1:-193.35,-72.27,-102.13:100
20	5181165	.	C	CA	.	PASS	FR=0.5;HP=8;NF=1;NR=6;PP=91.0;SC=TTAGACACAACAAAAAAGAGA;TC=22;TR=7	GT:GL:GQ	0/1:-61.45,-29.38,-90.08:100
20	5187401	.	A	AC	.	PASS	FR=0.5;HP=6;NF=4;NR=3;PP=100.0;SC=TTTTCATGTCACCCCCGAGGT;TC=17;TR=7	GT:GL:GQ	0/1:-139.03,-104.99,-121.15:73
20	5187831	.	G	GAATC	.	PASS	FR=0.5;HP=5;NF=5;NR=3;PP=100.0;SC=TGAAAGGAAAGAAGCATGTTT;TC=22;TR=8	GT:GL:GQ	0/1:-144.73,-26.29,-132.63:100
20	5192127	.	A	AATT	.	PASS	FR=0.5;HP=3;NF=2;NR=7;PP=100.0;SC=AATGTGTTAAAATTATATAAG;TC=32;TR=9	GT:GL:GQ	0/1:-228.5,-119.37,-283.27:100
20	5212592	.	TA	T	.	PASS	FR=1.0;HP=9;NF=20;NR=10;PP=100.0;SC=CCTGCCATATTAAAAAAAAAC;TC=39;TR=30	GT:GL:GQ	1/1:-191.03,-64.37,-41.93:100
20	5223122	.	TA	T	.	PASS	FR=0.5;HP=2;NF=2;NR=4;PP=100.0;SC=GAATAAGACCTAGTATTTGCT;TC=11;TR=6	GT:GL:GQ	0/1:-63.8,-25.4,-69.29:100
20	5234499	.	AAC	A	.	PASS	FR=0.5;HP=1;NF=1;NR=1;PP=25.0;SC=GTGCCTTCACAACACACACAC;TC=26;TR=2	GT:GL:GQ	0/1:-75.14,-59.09,-216.84:72
20	5236854	.	A	AATTAT	.	PASS	FR=1.0;HP=1;NF=17;NR=9;PP=100.0;SC=AAAAGACATGAATTATCATTA;TC=29;TR=26	GT:GL:GQ	1/1:-427.74,-26.55,-5.07:100
20	5240296	.	CT	C	.	PASS	FR=0.5;HP=1;NF=7;NR=6;PP=100.0;SC=AATTGATACACTACAATGGCC;TC=39;TR=13	GT:GL:GQ	0/1:-220.75,-129.27,-297.86:100
20	5242946	.	A	AC	.	PASS	FR=0.5;HP=3;NF=6;NR=5;PP=100.0;SC=AGCTGGAACCACTGTTGTGGA;TC=22;TR=11	GT:GL:GQ	0/1:-141.29,-37.29,-109.65:100
20	5246342	.	GC	G	.	PASS	FR=0.5;HP=7;NF=6;NR=8;PP=100.0;SC=AACCGAGACAGCCCCCCCTTT;TC=21;TR=14	GT:GL:GQ	0/1:-107.74,-25.34,-35.96:49
20	5247531	.	T	TTGCAGTAGAGAAACTCCC	.	PASS	FR=0.5;HP=1;NF=3;NR=5;PP=100.0;SC=TTGCAGGTTATTGCAGTAGAG;TC=31;TR=8	GT:GL:GQ	0/1:-296.8,-101.13,-189.63:100
20	5251109	.	ACTCTCTCTCTCTCTCTCT	A	.	PASS	FR=0.5;HP=1;NF=3;NR=2;PP=37.0;SC=CATCCAGTGTACTCTCTCTCT;TC=27;TR=5	GT:GL:GQ	0/1:-322.05,-299.54,-356.33:100
20	5251154	.	G	GTGTA	.	PASS	FR=0.5;HP=2;NF=1;NR=4;PP=100.0;SC=CTCTGTGTGTGTGTATGTGTG;TC=19;TR=5	GT:GL:GQ	0/1:-297.98,-257.24,-280.47:100
20	5256228	.	GAAAAAC	G	.	PASS	FR=0.5;HP=5;NF=8;NR=3;PP=100.0;SC=CAAATGTTTTGAAAAACAAAA;TC=29;TR=11	GT:GL:GQ	0/1:-159.47,-21.9,-134.38:100
20	5256836	.	CT	C	.	PASS	FR=0.5;HP=10;NF=4;NR=7;PP=58.0;SC=TCTCAACTCACTTTTTTTTTT;TC=23;TR=11	GT:GL:GQ	0/1:-145.3,-121.72,-154.45:100
20	5260631	.	G	GA	.	PASS	FR=0.5;HP=9;NF=6;NR=2;PP=100.0;SC=TTTAATGAAGGAAAAAAAAAT;TC=25;TR=8	GT:GL:GQ	0/1:-133.97,-86.93,-109.55:100
20	5261161	.	ACT	A	.	PASS	FR=0.5;HP=2;NF=9;NR=8;PP=100.0;SC=CTTGAATGAAACTTATCTAAC;TC=33;TR=17	GT:GL:GQ	0/1:-246.04,-189.54,-319.81:100
20	5275657	.	CAAAATAACTATTACAAATAACA	C	.	PASS	FR=0.5;HP=6;NF=2;NR=1;PP=100.0;SC=TCAAACATAACAAAATAACTA;TC=27;TR=3	GT:GL:GQ	0/1:-135.83,-52.75,-276.31:100
20	5277471	.	C	CCTT	.	PASS	FR=0.5;HP=1;NF=11;NR=5;PP=100.0;SC=GTATCCATGTCCTAGGGTACA;TC=27;TR=16	GT:GL:GQ	0/1:-278.16,-87.4,-130.16:100
20	5278336	.	TA	T	.	PASS	FR=0.5;HP=4;NF=3;NR=6;PP=100.0;SC=TTGAACTCTTTAAAAGTTTGA;TC=24;TR=9	GT:GL:GQ	0/1:-132.29,-83.79,-178.99:100
20	5280465	.	TTG	T	.	PASS	FR=0.5;HP=4;NF=6;NR=8;PP=100.0;SC=GATGGGGTTTTTGGCCATGTT;TC=30;TR=14	GT:GL:GQ	0/1:-161.14,-49.68,-168.09:100
20	5280839	.	T	TATA	.	PASS	FR=0.5;HP=1;NF=9;NR=3;PP=100.0;SC=ACCACAAATGTATAATACAAA;TC=30;TR=12	GT:GL:GQ	0/1:-228.47,-89.38,-201.59:100
20	5285786	.	T	TG	.	PASS	FR=0.5;HP=1;NF=3;NR=2;PP=21.0;SC=GGCTAATCAGTTCACTCTAAG;TC=24;TR=5	GT:GL:GQ	0/1:-80.46,-64.62,-184.45:71
20	5289619	.	GA	G	.	PASS	FR=0.5;HP=1;NF=9;NR=5;PP=100.0;SC=GAAGATCTAGGATGAAGCTGG;TC=22;TR=14	GT:GL:GQ	0/1:-219.59,-148.82,-190.02:100
20	5291220	.	TGATCA	T	.	PASS	FR=0.5;HP=2;NF=6;NR=6;PP=100.0;SC=GTTTAGAACCTGATCAGAGAA;TC=27;TR=12	GT:GL:GQ	0/1:-284.71,-179.16,-294.64:100
20	5291304	.	G	GACTTATGGGGAGCTGGGGTATAAATACCCCAGCTCCCTCCT	.	PASS	FR=0.5;HP=1;NF=1;NR=1;PP=100.0;SC=CCTCATCAATGACCTCCCACC;TC=8;TR=2	GT:GL:GQ	0/1:-488.84,-441.13,-506.41:71
20	5293792	.	ATG	A	.	PASS	FR=0.5;HP=3;NF=6;NR=12;PP=100.0;SC=TACAATTATTATGTGTCAATT;TC=42;TR=18	GT:GL:GQ	0/1:-201.09,-30.39,-231.82:100
20	5303337	.	CAGCT	C	.	PASS	FR=0.5;HP=2;NF=7;NR=7;PP=100.0;SC=AAATGTCACACAGCTAGCTGG;TC=32;TR=14	GT:GL:GQ	0/1:-273.85,-111.21,-258.62:100
20	5313928	.	TA	T	.	PASS	FR=0.5;HP=10;NF=9;NR=8;PP=100.0;SC=ATACAGTTGATAAAAAAAAAC;TC=39;TR=17	GT:GL:GQ	0/1:-100.8,-36.94,-107.23:100
20	5316589	.	GT	G	.	PASS	FR=1.0;HP=2;NF=7;NR=11;PP=100.0;SC=GAATATCTGGGTAAAATTTAA;TC=22;TR=18	GT:GL:GQ	1/1:-227.4,-66.98,-52.55:100
20	5320851	.	AT	A	.	PASS	FR=0.5;HP=6;NF=5;NR=10;PP=100.0;SC=ATCTCAATAGATTTTTTAAAA;TC=39;TR=15	GT:GL:GQ	0/1:-177.77,-103.88,-250.39:100
20	5323468	.	GA	G	.	PASS	FR=0.5;HP=10;NF=2;NR=4;PP=85.0;SC=GGCAACAAAAGAAAAAATAGA;TC=23;TR=6	GT:GL:GQ	0/1:-61.27,-31.53,-121.44:100
20	5326511	.	G	GT	.	PASS	FR=0.5;HP=9;NF=11;NR=2;PP=100.0;SC=TTGATTCAAAGTTTTTTTTTA;TC=29;TR=13	GT:GL:GQ	0/1:-178.07,-139.61,-153.82:64
20	5326660	.	T	TA	.	PASS	FR=0.5;HP=8;NF=4;NR=6;PP=100.0;SC=CTTTATCCTTTAAAAAAAATC;TC=26;TR=10	GT:GL:GQ	0/1:-181.43,-128.15,-159.02:100
20	5328799	.	CA	C	.	PASS	FR=1.0;HP=4;NF=10;NR=6;PP=100.0;SC=AACCACCTTCCAAAATGTGGA;TC=20;TR=16	GT:GL:GQ	1/1:-179.33,-21.23,-7.37:100
20	5351875	.	T	TACACACAC	.	PASS	FR=0.5;HP=6;NF=1;NR=1;PP=38.0;SC=ATCTTAAAAATACACACACAC;TC=12;TR=2	GT:GL:GQ	0/1:-48.31,-20.86,-63.23:100
20	5354510	.	G	GGC	.	PASS	FR=0.5;HP=1;NF=5;NR=5;PP=100.0;SC=CCTCCTCCCTGCAGAGCTCCT;TC=28;TR=10	GT:GL:GQ	0/1:-148.18,-38.3,-173.54:100
20	5373349	.	A	AATTT	.	PASS	FR=0.5;HP=6;NF=1;NR=2;PP=96.0;SC=CTAATTTTTTAATTTTTTTTT;TC=20;TR=3	GT:GL:GQ	0/1:-100.6,-64.12,-96.6:100
20	5390447	.	C	CA	.	PASS	FR=0.5;HP=6;NF=4;NR=5;PP=100.0;SC=CATTAGCATACAAAAACCATC;TC=26;TR=9	GT:GL:GQ	0/1:-88.65,-28.46,-120.44:100
20	5408475	.	AAAAC	A	.	PASS	FR=0.5;HP=4;NF=4;NR=5;PP=100.0;SC=CTCTGTCTCAAAAACAAACAA;TC=29;TR=9	GT:GL:GQ	0/1:-128.94,-29.02,-144.52:100
20	5410361	.	G	GA	.	PASS	FR=1.0;HP=9;NF=6;NR=7;PP=100.0;SC=CTGGGTTGGGGAAAAAAAAAG;TC=25;TR=13	GT:GL:GQ	1/1:-119.78,-34.18,-19.33:100
20	5419440	.	CTCCCTGTG	C	.	PASS	FR=0.5;HP=3;NF=1;NR=4;PP=100.0;SC=TGTTGTTCCCCTCCCTGTGTC;TC=19;TR=5	GT:GL:GQ	0/1:-128.97,-30.52,-125.82:100
20	5432204	.	A	AG	.	PASS	FR=0.5;HP=8;NF=2;NR=3;PP=100.0;SC=AAAGAAAGAGAAAAAAAAAGG;TC=19;TR=5	GT:GL:GQ	0/1:-83.51,-76.05,-116.49:100
20	5432394	.	G	GT	.	PASS	FR=1.0;HP=5;NF=9;NR=14;PP=100.0;SC=TTCCTCAATTGAAAAATCTTA;TC=26;TR=23	GT:GL:GQ	1/1:-328.05,-211.91,-196.14:100
20	5435136	.	GAGAAAA	G	.	PASS	FR=0.5;HP=3;NF=3;NR=6;PP=44.0;SC=AAAAAAAGGGGAGAAAAAGAA;TC=24;TR=9	GT:GL:GQ	0/1:-190.59,-169.15,-271.82:96
20	5435153	.	A	ATTT	.	PASS	FR=0.5;HP=8;NF=4;NR=10;PP=100.0;SC=AGAAAAAAAAATTTTAATGTT;TC=22;TR=14	GT:GL:GQ	0/1:-325.96,-275.2,-333.88:100
20	5435908	.	G	GTTAAT	.	PASS	FR=0.5;HP=2;NF=5;NR=2;PP=100.0;SC=ACCAGGCCCAGTTATTTTTTG;TC=16;TR=7	GT:GL:GQ	0/1:-176.12,-112.78,-176.63:100
20	5443418	.	A	ACAGGGGCAC	.	PASS	FR=0.5;HP=4;NF=3;NR=1;PP=100.0;SC=GCTTTGTCCCACAGCCTGATG;TC=15;TR=4	GT:GL:GQ	0/1:-94.87,-42.4,-160.11:100
20	5443724	.	C	CT	.	PASS	FR=0.5;HP=3;NF=6;NR=4;PP=38.0;SC=GTTACCTTTCCCCTGAGATGC;TC=20;TR=10	GT:GL:GQ	0/1:-163.73,-143.91,-199.73:89
20	5452897	.	G	GA	.	PASS	FR=0.5;HP=10;NF=2;NR=2;PP=26.0;SC=TCAGTCAGAAGAAAAAAAATT;TC=15;TR=4	GT:GL:GQ	0/1:-34.37,-17.3,-53.75:77
20	5460271	.	C	CA	.	PASS	FR=0.5;HP=10;NF=2;NR=2;PP=67.0;SC=ACCCCTGTCTCAAAAAAAAAA;TC=21;TR=4	GT:GL:GQ	0/1:-56.83,-30.33,-56.83:100
20	5473577	.	A	AGT	.	PASS	FR=0.5;HP=2;NF=2;NR=8;PP=100.0;SC=AACTGAGCAGAGTTCCTTTTT;TC=29;TR=10	GT:GL:GQ	0/1:-165.26,-86.94,-217.65:100
20	5475853	.	CTTATTTAT	CTTATTTATTTAT,C	.	PASS	FR=0.5,0.5;HP=4;NF=1,1;NR=2,2;PP=100.0,100.0;SC=GAAGGCTCTTCTTATTTATTT;TC=18;TR=3,3	GT:GL:GQ	1/2:-1.0,-1.0,-1.0:100
20	5485434	.	C	CT	.	PASS	FR=0.5001;HP=10;NF=4;NR=1;PP=63.0;SC=TTTTTATCTTCTTTTTTTTCC;TC=9;TR=5	GT:GL:GQ	0/1:-37.99,-12.58,-20.26:36
20	5518456	.	C	CG	.	PASS	FR=0.5;HP=7;NF=7;NR=6;PP=100.0;SC=GTGACAAATGCGGGGGGTCTT;TC=27;TR=13	GT:GL:GQ	0/1:-115.32,-28.55,-76.08:100
20	5546352	.	A	AAG	.	PASS	FR=1.0;HP=1;NF=13;NR=12;PP=100.0;SC=AAGTAGTCACAAGCTGTGATT;TC=26;TR=25	GT:GL:GQ	1/1:-322.1,-20.79,0.0:100
20	5596481	.	TTATG	T	.	PASS	FR=1.0;HP=2;NF=4;NR=4;PP=100.0;SC=TGCTACTGGTTTATGTATGTA;TC=20;TR=8	GT:GL:GQ	1/1:-167.17,-32.77,-22.47:86
20	5596891	.	ATGTGTGTG	A	.	PASS	FR=1.0;HP=2;NF=3;NR=4;PP=100.0;SC=AATTTGGGGTATGTGTGTGTG;TC=23;TR=7	GT:GL:GQ	1/1:-241.36,-45.12,-34.38:90
20	5600458	.	A	AG	.	PASS	FR=1.0;HP=2;NF=3;NR=3;PP=100.0;SC=TCTTGACCTGAGTGATACACC;TC=16;TR=6	GT:GL:GQ	1/1:-146.08,-65.05,-55.59:79
20	5613790	.	GA	G	.	PASS	FR=1.0;HP=4;NF=11;NR=9;PP=100.0;SC=CATGATTTCTGAAAACAAGCT;TC=26;TR=20	GT:GL:GQ	1/1:-222.44,-43.9,-26.57:100
20	5624959	.	C	CCTCCTTACCCT	.	PASS	FR=0.5;HP=1;NF=1;NR=1;PP=100.0;SC=AACTTGTCCACCTCCATTACC;TC=28;TR=2	GT:GL:GQ	0/1:-225.26,-176.16,-303.27:100
20	5627592	.	AT	A	.	PASS	FR=0.5;HP=6;NF=4;NR=3;PP=100.0;SC=TCTCAAAAAAATAATAAAGTT;TC=19;TR=7	GT:GL:GQ	0/1:-112.89,-28.55,-78.51:100
20	5629324	.	T	TTAC	.	PASS	FR=0.5;HP=1;NF=3;NR=3;PP=100.0;SC=ATTATTACTATTATTATTATT;TC=26;TR=6	GT:GL:GQ	1/0:-227.05,-75.82,-72.8:100
20	5635153	.	TGGAATATGAAAGAG	T	.	PASS	FR=1.0;HP=2;NF=7;NR=11;PP=100.0;SC=CAAGCCTGTTTGGAATATGAA;TC=27;TR=18	GT:GL:GQ	1/1:-490.0,-56.65,-38.89:100
20	5635246	.	T	TTGTGTG,TTGTGTGTG	.	PASS	FR=0.5,0.5;HP=1;NF=2,0;NR=2,3;PP=100.0,100.0;SC=AAAATGAATATTGTGTGTGTG;TC=22;TR=4,3	GT:GL:GQ	1/2:-1.0,-1.0,-1.0:100
20	5644716	.	GTCTCTCTCTCTC	G	.	PASS	FR=1.0;HP=1;NF=1;NR=6;PP=100.0;SC=ATGAGACCTCGTCTCTCTCTC;TC=22;TR=7	GT:GL:GQ	1/1:-261.18,-61.24,-58.02:52
20	5654462	.	C	CGTGTGTGTGTGTGT	.	PASS	FR=0.5;HP=1;NF=3;NR=1;PP=100.0;SC=TATACATATACGTGTGTGTGT;TC=16;TR=4	GT:GL:GQ	0/1:-129.11,-28.26,-136.2:100
20	5654661	.	AAAAAAATTTTTTTTGCTT	A	.	PASS	FR=0.5;HP=6;NF=7;NR=3;PP=100.0;SC=ATTTTTTGCCAAAAAAATTTT;TC=21;TR=10	GT:GL:GQ	0/1:-264.68,-158.41,-268.38:100
20	5655925	.	ACG	A	.	PASS	FR=0.5047;HP=2;NF=4;NR=3;PP=100.0;SC=TTGCATGCGCACGCGCGCACA;TC=34;TR=7	GT:GL:GQ	0/1:-234.34,-106.46,-110.43:20
20	5674501	.	T	TTTTG	.	PASS	FR=0.5;HP=4;NF=2;NR=2;PP=100.0;SC=AGATTTAGATTTTTGTTTGTT;TC=22;TR=4	GT:GL:GQ	0/1:-64.3,-21.33,-64.69:100
20	5691054	.	A	AC	.	PASS	FR=0.5;HP=6;NF=4;NR=5;PP=100.0;SC=GTATAGTGAGACCCCCCATCT;TC=18;TR=9	GT:GL:GQ	0/1:-137.75,-89.82,-120.86:100
20	5696589	.	AAAG	A	.	PASS	FR=0.5;HP=2;NF=3;NR=9;PP=100.0;SC=AGAAAACCATAAAGAAGAGAA;TC=35;TR=12	GT:GL:GQ	0/1:-142.07,-32.31,-238.04:100
20	5706639	.	T	TA	.	PASS	FR=0.5;HP=9;NF=5;NR=2;PP=98.0;SC=TTGTCTCAATTAAAAAAAAAT;TC=31;TR=7	GT:GL:GQ	0/1:-60.75,-27.2,-75.24:100
20	5707109	.	A	ATTTTTCCC	.	PASS	FR=0.5;HP=7;NF=2;NR=2;PP=100.0;SC=TGCCCAGCTGATTTTTTTAAA;TC=15;TR=4	GT:GL:GQ	0/1:-95.63,-40.43,-104.52:100
20	5740635	.	T	TAC,TACAC	.	PASS	FR=0.5,0.5;HP=2;NF=3,1;NR=7,4;PP=100.0,100.0;SC=TGTATTTTTATACACACACAC;TC=23;TR=10,5	GT:GL:GQ	1/2:-1.0,-1.0,-1.0:100
20	5747768	.	ATTTTC	ATTTTCTTTTC,A	.	PASS	FR=0.5,0.5;HP=4;NF=1,4;NR=1,1;PP=100.0,100.0;SC=CTCCATTCACATTTTCTTTTC;TC=17;TR=2,5	GT:GL:GQ	1/2:-1.0,-1.0,-1.0:100
20	5754003	.	A	AT	.	PASS	FR=0.5;HP=9;NF=6;NR=4;PP=100.0;SC=AGAGAGTGGAATTTTTTTTTG;TC=33;TR=10	GT:GL:GQ	0/1:-69.42,-30.04,-87.94:100
20	5762289	.	A	AT	.	PASS	FR=0.5;HP=8;NF=2;NR=3;PP=95.0;SC=CTGCCCAGCTATTTTTTTGTA;TC=13;TR=5	GT:GL:GQ	0/1:-43.82,-10.94,-28.53:79
20	5767540	.	AGATCATTT	A	.	PASS	FR=1.0;HP=2;NF=5;NR=6;PP=100.0;SC=TTCTCAAGCCAGATCATTTGA;TC=16;TR=11	GT:GL:GQ	1/1:-333.85,-224.08,-215.75:69
20	5768941	.	AGTT	A	.	PASS	FR=0.5;HP=1;NF=4;NR=9;PP=100.0;SC=TATATTCAGTAGTTGTTGTTT;TC=21;TR=13	GT:GL:GQ	0/1:-159.07,-13.83,-29.97:73
20	5771896	.	CAAATAAATA	C	.	PASS	FR=1.0;HP=3;NF=11;NR=5;PP=100.0;SC=AAAATCTTAGCAAATAAATAA;TC=26;TR=16	GT:GL:GQ	1/1:-433.86,-58.29,-43.98:62
20	5778212	.	AAAG	A	.	PASS	FR=1.0;HP=5;NF=6;NR=12;PP=100.0;SC=CCATCTCAAAAAAGAAGAAGA;TC=23;TR=18	GT:GL:GQ	1/1:-251.53,-37.12,-21.87:100
20	5781503	.	GCGTA	G	.	PASS	FR=1.0;HP=1;NF=9;NR=6;PP=100.0;SC=GTGTGTGTGTGCGTATGTCTA;TC=23;TR=15	GT:GL:GQ	1/1:-450.31,-256.77,-243.2:93
20	5788895	.	C	CAGCCTGGGTGACAG	.	PASS	FR=1.0;HP=1;NF=3;NR=6;PP=100.0;SC=CACTGCACTCCAGCAAGACTC;TC=11;TR=9	GT:GL:GQ	1/1:-304.26,-23.03,-12.43:73
20	5798352	.	CTGGCATTA	C	.	PASS	FR=0.5;HP=1;NF=1;NR=3;PP=100.0;SC=CTGGCTGTGCCTGGCATTATG;TC=29;TR=4	GT:GL:GQ	1/0:-390.33,-302.72,-305.99:100
20	5798359	.	T	TGC	.	PASS	FR=0.5;HP=1;NF=6;NR=6;PP=100.0;SC=TGCCTGGCATTATGACTTAGT;TC=26;TR=12	GT:GL:GQ	0/1:-390.33,-366.98,-362.46:100
20	5807781	.	T	TG	.	PASS	FR=1.0;HP=3;NF=7;NR=3;PP=100.0;SC=TGAGTGGGCGTGGCACCCACA;TC=10;TR=10	GT:GL:GQ	1/1:-98.15,-11.06,-4.14:57
20	5808542	.	C	CT	.	PASS	FR=1.0;HP=3;NF=16;NR=16;PP=100.0;SC=ATCATTCACTCTTGTGGGTAG;TC=33;TR=32	GT:GL:GQ	1/1:-408.08,-203.57,-182.32:100
20	5808967	.	T	TGTGTAGTAG	.	PASS	FR=1.0;HP=2;NF=7;NR=18;PP=100.0;SC=CTTAGAACAGTGTGATAGGTC;TC=28;TR=25	GT:GL:GQ	1/1:-678.96,-93.79,-70.92:100
20	5809144	.	TTGA	T	.	PASS	FR=1.0;HP=1;NF=10;NR=16;PP=100.0;SC=GAGTCATTTCTTGATGACTCC;TC=34;TR=26	GT:GL:GQ	1/1:-408.43,-70.02,-46.73:100
20	5809747	.	CCTGGGCTCA	C	.	PASS	FR=1.0;HP=1;NF=13;NR=15;PP=100.0;SC=GGTCTCAACTCCTGGGCTCAA;TC=33;TR=28	GT:GL:GQ	1/1:-583.71,-71.8,-56.82:48
20	5810527	.	G	GA	.	PASS	FR=1.0;HP=9;NF=9;NR=9;PP=100.0;SC=TCTTCTTTAGGAAAAAAAAAC;TC=26;TR=18	GT:GL:GQ	1/1:-296.92,-216.99,-203.12:100
20	5820132	.	A	AAGATAGAT,AAGATAGATAGAT	.	PASS	FR=0.5,0.5;HP=2;NF=4,2;NR=2,6;PP=100.0,100.0;SC=ATTAGATAGAAAGATAGATAG;TC=36;TR=6,8	GT:GL:GQ	1/2:-1.0,-1.0,-1.0:100
20	5822610	.	A	AAAG	.	PASS	FR=0.5;HP=2;NF=4;NR=6;PP=100.0;SC=GACTATGGAGAAAGAGAACAT;TC=30;TR=10	GT:GL:GQ	0/1:-160.25,-33.5,-176.54:100
20	5830758	.	C	CAATAATAAT	.	PASS	FR=1.0;HP=2;NF=2;NR=2;PP=100.0;SC=GACCCCGTCTCAATAATAATA;TC=8;TR=4	GT:GL:GQ	1/1:-112.77,-19.78,-14.93:60
20	5848219	.	C	CAAAAT	.	PASS	FR=1.0;HP=7;NF=10;NR=13;PP=100.0;SC=ATTAAACACTCAAAAAAATAA;TC=29;TR=23	GT:GL:GQ	1/1:-431.75,-125.0,-103.09:100
20	5848530	.	A	AAT	.	PASS	FR=1.0;HP=1;NF=13;NR=10;PP=100.0;SC=ATATATATAGAATATATATAT;TC=33;TR=23	GT:GL:GQ	1/1:-409.72,-328.74,-317.3:96
20	5850230	.	A	AT	.	PASS	FR=1.0;HP=6;NF=1;NR=1;PP=100.0;SC=TAATTTTTGCATTTTTTGTTT;TC=22;TR=2	GT:GL:GQ	1/1:-134.01,-105.23,-98.33:86
20	5854908	.	A	AATTTTATTTT	.	PASS	FR=1.0;HP=3;NF=3;NR=7;PP=100.0;SC=CATATACTTTAATTTTATTTT;TC=28;TR=10	GT:GL:GQ	1/1:-352.01,-27.1,-12.2:100
20	5856355	.	CTAAA	C	.	PASS	FR=1.0;HP=4;NF=2;NR=2;PP=100.0;SC=GACCCTATTTCTAAATAAATA;TC=15;TR=4	GT:GL:GQ	1/1:-57.0,-6.23,-2.76:42
20	5860647	.	TGAG	T	.	PASS	FR=1.0;HP=4;NF=8;NR=6;PP=100.0;SC=AGAAAGAAAATGAGGAGCGAA;TC=18;TR=14	GT:GL:GQ	1/1:-182.28,-15.91,-4.13:99
20	5879792	.	CAA	C	.	PASS	FR=1.0;HP=10;NF=14;NR=15;PP=100.0;SC=ACAATAACATCAAAAAAAAAA;TC=39;TR=29	GT:GL:GQ	1/1:-170.66,-28.34,-5.76:100
20	5898748	.	GAA	G	.	PASS	FR=1.0;HP=2;NF=5;NR=5;PP=100.0;SC=AGCCAAGATTGAACTCCATTG;TC=13;TR=10	GT:GL:GQ	1/1:-132.95,-97.25,-91.93:66
20	5900669	.	G	GC	.	PASS	FR=0.5;HP=1;NF=4;NR=2;PP=100.0;SC=CATGACAGATGCATTTCCCTG;TC=15;TR=6	GT:GL:GQ	0/1:-72.42,-12.46,-72.17:100
20	5911588	.	TCA	T	.	PASS	FR=0.5;HP=2;NF=6;NR=1;PP=100.0;SC=CTGGCAAATCTCACACACACA;TC=19;TR=7	GT:GL:GQ	0/1:-115.11,-26.04,-76.51:100
20	5923828	.	CAGAGAGAATACATGCTTA	C	.	PASS	FR=0.5;HP=1;NF=3;NR=5;PP=100.0;SC=TGTATTCTTCCAGAGAGAATA;TC=22;TR=8	GT:GL:GQ	0/1:-297.99,-115.43,-361.46:100
20	5928403	.	T	TA	.	PASS	FR=0.5;HP=2;NF=3;NR=2;PP=100.0;SC=ACCTAGGTGCTTTGAAACACT;TC=18;TR=5	GT:GL:GQ	0/1:-52.7,-18.59,-121.61:100
20	5930573	.	A	AG	.	PASS	FR=0.5;HP=3;NF=4;NR=4;PP=100.0;SC=ACAGGTGATTAGGGTGTGGAG;TC=26;TR=8	GT:GL:GQ	0/1:-121.38,-46.04,-144.61:100
20	5932104	.	C	CT	.	PASS	FR=0.5;HP=2;NF=5;NR=6;PP=100.0;SC=TCTTTATTTACTTGTATACTT;TC=20;TR=11	GT:GL:GQ	0/1:-138.34,-48.83,-107.16:100
20	5934084	.	GGTGT	GGT,G	.	PASS	FR=0.5,0.5;HP=3;NF=1,2;NR=3,2;PP=100.0,100.0;SC=TCTCATGAGGGGTGTGTGTGT;TC=32;TR=4,4	GT:GL:GQ	1/2:-1.0,-1.0,-1.0:100
20	5938650	.	A	AT	.	PASS	FR=0.5;HP=3;NF=3;NR=6;PP=100.0;SC=TTTTCCTTAAATTTCTTTTTT;TC=36;TR=9	GT:GL:GQ	0/1:-182.01,-137.8,-289.15:100
20	5939638	.	G	GT	.	PASS	FR=0.5;HP=7;NF=8;NR=7;PP=100.0;SC=ATTAGTGTCTGTTTTTTACCT;TC=37;TR=15	GT:GL:GQ	0/1:-244.24,-166.31,-240.23:100
20	5946414	.	TTTTACTTCTTAGAGTATGC	T	.	PASS	FR=0.5;HP=3;NF=2;NR=4;PP=100.0;SC=TAAGTGCTGGTTTTACTTCTT;TC=34;TR=6	GT:GL:GQ	0/1:-213.07,-102.23,-466.92:100
20	5948421	.	CATT	C	.	PASS	FR=0.5;HP=1;NF=6;NR=8;PP=100.0;SC=CTAGTTGAGTCATTGTAGGGA;TC=25;TR=14	GT:GL:GQ	0/1:-180.5,-26.28,-114.93:100
20	5958367	.	TATA	T	.	PASS	FR=0.5;HP=2;NF=1;NR=12;PP=100.0;SC=TAAATCAGGATATAATAATAC;TC=28;TR=13	GT:GL:GQ	0/1:-168.03,-21.02,-138.69:100
20	5958971	.	AT	A	.	PASS	FR=0.5;HP=8;NF=7;NR=10;PP=100.0;SC=ATTTGTGATCATTTTTTTTAA;TC=36;TR=17	GT:GL:GQ	0/1:-190.15,-122.85,-187.1:100
20	5972522	.	TC	T	.	PASS	FR=0.5;HP=2;NF=3;NR=8;PP=100.0;SC=AGTTTTCATCTCTTCAGCTTC;TC=35;TR=11	GT:GL:GQ	0/1:-138.05,-67.95,-261.75:100
20	5974701	.	T	TTTTG	.	PASS	FR=0.5;HP=6;NF=12;NR=8;PP=100.0;SC=TTAGCTTGATTTTTTTCAGCT;TC=40;TR=20	GT:GL:GQ	0/1:-282.01,-46.13,-199.33:100
20	5979818	.	CTA	C	.	PASS	FR=0.5;HP=1;NF=4;NR=2;PP=100.0;SC=CACACACACACTATATAGAGT;TC=23;TR=6	GT:GL:GQ	0/1:-148.54,-97.12,-217.3:100
20	5979861	.	T	TAG	.	PASS	FR=0.5;HP=1;NF=1;NR=6;PP=100.0;SC=GTATATATACTAGTGTGTATA;TC=23;TR=7	GT:GL:GQ	0/1:-206.33,-148.87,-246.11:100
20	5979921	.	ATATATATTATATATAC	A	.	PASS	FR=0.5;HP=2;NF=2;NR=3;PP=100.0;SC=TCTATAAAGTATATATATTAT;TC=15;TR=5	GT:GL:GQ	0/1:-143.6,-52.22,-114.36:100
20	5980041	.	CTATA	C	.	PASS	FR=0.5;HP=1;NF=6;NR=4;PP=100.0;SC=TATATATACACTATATATAGT;TC=35;TR=10	GT:GL:GQ	0/1:-130.29,-26.74,-240.87:100
20	5982833	.	CTT	C	.	PASS	FR=0.5;HP=5;NF=2;NR=5;PP=100.0;SC=GCAATGCACTCTTTTGCTTAC;TC=22;TR=7	GT:GL:GQ	0/1:-154.07,-87.47,-142.2:100
20	5984269	.	CTT	C	.	PASS	FR=0.5;HP=5;NF=6;NR=7;PP=100.0;SC=AATCCTTTCTCTTTTCACGTT;TC=31;TR=13	GT:GL:GQ	0/1:-161.92,-47.17,-162.99:100
20	5986173	.	A	ATAATT	.	PASS	FR=0.5;HP=3;NF=9;NR=5;PP=100.0;SC=AAAATTTAAAATAAAAACTAT;TC=31;TR=14	GT:GL:GQ	0/1:-275.95,-89.41,-205.85:100
20	5997120	.	T	TGTGTGA	.	PASS	FR=0.5;HP=2;NF=2;NR=2;PP=100.0;SC=TGTGTGTGTGTGAGTTTTCTT;TC=20;TR=4	GT:GL:GQ	0/1:-128.89,-41.21,-139.69:100
20	5999929	.	G	GTTA	.	PASS	FR=0.5;HP=5;NF=7;NR=6;PP=100.0;SC=CTTTTGACCAGTTTTTAAGTT;TC=34;TR=13	GT:GL:GQ	0/1:-145.72,-26.46,-192.55:100
20	6013970	.	C	CG	.	PASS	FR=0.5;HP=4;NF=4;NR=1;PP=100.0;SC=TTAGTAGAGACGGGGTTTCAC;TC=18;TR=5	GT:GL:GQ	0/1:-76.07,-30.4,-70.18:100
20	6019907	.	TTGTGTGTGTGTGTGTG	T	.	PASS	FR=0.5;HP=2;NF=1;NR=1;PP=100.0;SC=GCAGTTTTGTTTGTGTGTGTG;TC=27;TR=2	GT:GL:GQ	0/1:-146.39,-89.3,-170.65:100
20	6052252	.	CT	C	.	PASS	FR=1.0;HP=2;NF=5;NR=9;PP=100.0;SC=ATCCCCAGCCCTTCCTGGCTT;TC=21;TR=14	GT:GL:GQ	1/1:-166.42,-15.59,-2.3:100
20	6054897	.	T	TG	.	PASS	FR=1.0;HP=3;NF=4;NR=7;PP=100.0;SC=TGGGCAAGGCTGGGAAGGAAG;TC=16;TR=11	GT:GL:GQ	1/1:-170.6,-33.42,-22.33:90
20	6056042	.	T	TA	.	PASS	FR=1.0;HP=2;NF=8;NR=17;PP=100.0;SC=ACATCAAGTATATACGGTACA;TC=29;TR=25	GT:GL:GQ	1/1:-301.61,-48.56,-28.73:100
20	6163149	.	CATTT	C	.	PASS	FR=1.0;HP=1;NF=11;NR=10;PP=100.0;SC=AACCTCTGAGCATTTATTTCA;TC=24;TR=21	GT:GL:GQ	1/1:-265.47,-16.86,-0.92:100
20	6169158	.	C	CT	.	PASS	FR=1.0;HP=1;NF=11;NR=21;PP=100.0;SC=AATTGCAAGACCTTAAGAACC;TC=38;TR=32	GT:GL:GQ	1/1:-377.27,-55.22,-28.98:100
20	6186522	.	G	GC	.	PASS	FR=1.0;HP=6;NF=10;NR=10;PP=100.0;SC=TAAAAAATGTGTTTTTAATCA;TC=21;TR=20	GT:GL:GQ	1/1:-309.42,-177.87,-163.8:100
20	6186628	.	C	CA	.	PASS	FR=0.5;HP=3;NF=5;NR=12;PP=100.0;SC=TTCATCACCTCAAACATTTAT;TC=33;TR=17	GT:GL:GQ	0/1:-173.72,-30.0,-131.16:100
20	6189872	.	C	CCTT	.	PASS	FR=0.5;HP=1;NF=1;NR=10;PP=100.0;SC=CTTCCTCCCTCCTTTCCCTCT;TC=26;TR=11	GT:GL:GQ	0/1:-217.8,-111.28,-184.18:100
20	6190124	.	C	CTT	.	PASS	FR=0.5;HP=2;NF=2;NR=4;PP=92.0;SC=TCCTGCCTCTCTCTTTCCTCC;TC=16;TR=6	GT:GL:GQ	0/1:-129.79,-96.5,-151.55:100
20	6190921	.	A	AT	.	PASS	FR=0.5;HP=2;NF=5;NR=4;PP=100.0;SC=CCATAAGTACATTAAAAAAAA;TC=24;TR=9	GT:GL:GQ	0/1:-121.19,-85.53,-104.7:86
20	6202427	.	C	CT	.	PASS	FR=1.0;HP=6;NF=6;NR=13;PP=100.0;SC=GAAATCCTTTCTTTCCCCCTA;TC=20;TR=19	GT:GL:GQ	1/1:-165.74,-14.09,-0.92:100
20	6211244	.	GT	G	.	PASS	FR=0.5;HP=10;NF=5;NR=6;PP=100.0;SC=TTGATTTCCAGTTTTTTTTTT;TC=33;TR=11	GT:GL:GQ	0/1:-97.67,-63.78,-117.4:100
20	6217057	.	T	TA	.	PASS	FR=0.5;HP=2;NF=4;NR=7;PP=100.0;SC=TCTCTACAACTAACCATCAAC;TC=33;TR=11	GT:GL:GQ	0/1:-151.16,-56.84,-189.09:100
20	6227811	.	TTTTTCTTTTC	T	.	PASS	FR=0.5;HP=6;NF=3;NR=2;PP=100.0;SC=TATACTGCTTTTTTTCTTTTC;TC=28;TR=5	GT:GL:GQ	0/1:-171.28,-80.47,-279.48:100
20	6228139	.	TA	T	.	PASS	FR=0.5;HP=8;NF=6;NR=7;PP=100.0;SC=ACTGGTTGTTTAAAAAAAACA;TC=27;TR=13	GT:GL:GQ	0/1:-101.53,-37.68,-71.46:100
20	6229361	.	G	GTA	.	PASS	FR=0.5;HP=2;NF=7;NR=5;PP=100.0;SC=TGCTTTTGAAGTATACCTTTA;TC=28;TR=12	GT:GL:GQ	0/1:-168.24,-128.05,-263.48:100
20	6232719	.	T	TA	.	PASS	FR=1.0;HP=4;NF=10;NR=14;PP=100.0;SC=CGTACCTCAATAAGTACTGTT;TC=26;TR=24	GT:GL:GQ	1/1:-246.13,-19.86,-1.84:100
20	6235756	.	T	TA	.	PASS	FR=0.5;HP=10;NF=4;NR=2;PP=51.0;SC=ATATAAAAGTTAAAAAAAAAA;TC=22;TR=6	GT:GL:GQ	0/1:-59.89,-37.16,-67.02:100
20	6242610	.	GCAGACC	G	.	PASS	FR=0.5;HP=1;NF=7;NR=3;PP=100.0;SC=ACTGGGAGAGGCAGACCCACC;TC=27;TR=10	GT:GL:GQ	0/1:-180.6,-46.65,-174.85:100
20	6245977	.	A	AT	.	PASS	FR=0.5;HP=6;NF=7;NR=5;PP=100.0;SC=CTTAGTTTTCATTTTTTAGCA;TC=29;TR=12	GT:GL:GQ	0/1:-149.75,-66.4,-136.45:100
20	6258987	.	CT	C	.	PASS	FR=0.5;HP=6;NF=4;NR=10;PP=100.0;SC=GTATGTTCTTCTTTTGTCCCC;TC=34;TR=14	GT:GL:GQ	0/1:-185.84,-121.45,-268.81:100
20	6272029	.	T	TA	.	PASS	FR=0.5;HP=3;NF=4;NR=9;PP=100.0;SC=TAATAGCTGGTAAACCCAACC;TC=39;TR=13	GT:GL:GQ	0/1:-151.49,-56.11,-226.05:100
20	6293812	.	G	GA	.	PASS	FR=1.0;HP=7;NF=15;NR=12;PP=100.0;SC=GGAAAAGAAAGAAAAGAAAAA;TC=35;TR=27	GT:GL:GQ	1/1:-393.29,-260.24,-242.04:100
20	6296458	.	T	TA	.	PASS	FR=1.0;HP=8;NF=5;NR=17;PP=100.0;SC=GAAAGCACAATTTTTTTTTCT;TC=39;TR=22	GT:GL:GQ	1/1:-284.36,-128.48,-104.71:100
20	6304002	.	A	ATG	.	PASS	FR=1.0;HP=2;NF=6;NR=5;PP=100.0;SC=ATATATATATATATGTGTGTG;TC=30;TR=11	GT:GL:GQ	1/1:-328.64,-256.07,-245.8:100
20	6307745	.	GTA	G	.	PASS	FR=1.0;HP=3;NF=4;NR=7;PP=100.0;SC=TATATATGTTGTATATATATA;TC=16;TR=11	GT:GL:GQ	1/1:-114.94,-15.25,-6.19:75
20	6307849	.	TATATATATGGTATATATATC	T	.	PASS	FR=0.5034;HP=1;NF=2;NR=2;PP=100.0;SC=ATATATGGTGTATATATATGG;TC=11;TR=4	GT:GL:GQ	0/1:-108.24,-70.67,-74.96:21
20	6307908	.	TG	T	.	PASS	FR=0.5;HP=2;NF=3;NR=4;PP=100.0;SC=ATATCATATATGGTGTATATA;TC=21;TR=7	GT:GL:GQ	0/1:-127.13,-92.55,-148.07:100
20	6308166	.	G	GTA,GTATA	.	PASS	FR=0.5,0.5;HP=2;NF=2,1;NR=0,3;PP=86.0,100.0;SC=GTGTGTGTGTGTATATATATA;TC=16;TR=2,4	GT:GL:GQ	1/2:-1.0,-1.0,-1.0:100
20	6308279	.	G	GTA	.	PASS	FR=1.0;HP=2;NF=5;NR=4;PP=100.0;SC=TATATATGGTGTATATATATA;TC=12;TR=9	GT:GL:GQ	1/1:-129.24,-92.18,-87.75:54
20	6308322	.	GTGTGTGTATATATATATATATATA	G	.	PASS	FR=1.0;HP=2;NF=1;NR=2;PP=88.0;SC=ATGTATGTGTGTGTGTGTATA;TC=16;TR=3	GT:GL:GQ	1/1:-227.62,-141.11,-132.99:40
20	6319701	.	G	GGT	.	PASS	FR=0.5;HP=1;NF=1;NR=5;PP=100.0;SC=GAGTCTATGTGGTGTGTGTGT;TC=19;TR=6	GT:GL:GQ	0/1:-99.44,-38.84,-115.36:100
20	6345189	.	G	GT	.	PASS	FR=0.5;HP=8;NF=8;NR=3;PP=100.0;SC=ATTGTTTTCAGTTTTTTTTCT;TC=31;TR=11	GT:GL:GQ	0/1:-92.31,-34.03,-73.88:100
20	6346428	.	C	CTCTGTATG	.	PASS	FR=0.5;HP=4;NF=5;NR=1;PP=45.0;SC=TATTCTCTATCTTTAATTTAA;TC=31;TR=6	GT:GL:GQ	0/1:-234.84,-191.03,-405.18:86
20	6349738	.	TAC	T	.	PASS	FR=0.5;HP=1;NF=2;NR=1;PP=86.0;SC=GACACATACGTACACACACAC;TC=15;TR=3	GT:GL:GQ	0/1:-95.85,-65.71,-99.67:100
20	6364214	.	ACTCTT	A	.	PASS	FR=0.5;HP=3;NF=5;NR=10;PP=100.0;SC=TCTTTACAAAACTCTTCTAGA;TC=36;TR=15	GT:GL:GQ	0/1:-210.3,-34.68,-236.21:100
20	6373382	.	TCTACCTAC	T	.	PASS	FR=1.0;HP=1;NF=9;NR=8;PP=100.0;SC=ATTTCCTCTATCTACCTACCT;TC=38;TR=17	GT:GL:GQ	1/1:-510.97,-41.39,-20.72:100
20	6384835	.	TACACACAC	TAC,T	.	PASS	FR=0.5,0.5;HP=2;NF=2,2;NR=7,1;PP=100.0,51.0;SC=GGATGACACATACACACACAC;TC=32;TR=9,3	GT:GL:GQ	1/2:-1.0,-1.0,-1.0:100
20	6390974	.	TAA	T	.	PASS	FR=1.0;HP=3;NF=19;NR=16;PP=100.0;SC=CTGCCTACCTTAAACACATAA;TC=42;TR=35	GT:GL:GQ	1/1:-376.88,-34.87,-5.52:100
20	6401100	.	A	AT	.	PASS	FR=1.0;HP=9;NF=15;NR=9;PP=100.0;SC=TTCAAAAAGCATTTTTTTTTG;TC=34;TR=24	GT:GL:GQ	1/1:-148.27,-28.49,-8.51:100
20	6406758	.	C	CT	.	PASS	FR=1.0;HP=7;NF=4;NR=16;PP=100.0;SC=TCTCTCCCCTCTTTTTTCTCC;TC=31;TR=20	GT:GL:GQ	1/1:-235.73,-83.65,-66.42:100
20	6410888	.	CAGGGCTTGGCCCTGGAGT	C	.	PASS	FR=0.5;HP=1;NF=2;NR=4;PP=100.0;SC=TTCTCCACTCCAGGGCTTGGC;TC=24;TR=6	GT:GL:GQ	0/1:-188.53,-25.15,-199.92:100
20	6426272	.	T	TCTC,TTTC	.	PASS	FR=0.5,0.5;HP=1;NF=11,6;NR=5,5;PP=100.0,100.0;SC=TTAAAAATTATCTCATTTCCT;TC=28;TR=16,11	GT:GL:GQ	1/2:-1.0,-1.0,-1.0:100
20	6428681	.	CA	C	.	PASS	FR=0.5009;HP=2;NF=4;NR=5;PP=100.0;SC=GGTGGGCCACCAACAGTGTCT;TC=20;TR=9	GT:GL:GQ	0/1:-312.7,-243.18,-248.77:27
20	6430456	.	A	AT	.	PASS	FR=0.5;HP=10;NF=10;NR=6;PP=100.0;SC=TAATATTTAAATTTTTTTTTT;TC=35;TR=16	GT:GL:GQ	0/1:-143.54,-83.39,-119.6:100
20	6438083	.	TA	T	.	PASS	FR=0.5;HP=7;NF=2;NR=8;PP=100.0;SC=AACAGATATATAAAAAATGCT;TC=21;TR=10	GT:GL:GQ	0/1:-86.86,-14.54,-78.87:100
20	6441903	.	C	CT	.	PASS	FR=0.5;HP=9;NF=10;NR=11;PP=100.0;SC=AAATTAAATACTTTTTTTTTA;TC=43;TR=21	GT:GL:GQ	0/1:-221.48,-121.14,-137.31:73
20	6443155	.	TTA	T	.	PASS	FR=0.5005;HP=5;NF=2;NR=2;PP=100.0;SC=AAACAGTTTTTTATATATATA;TC=14;TR=4	GT:GL:GQ	0/1:-162.1,-119.94,-126.23:30
20	6443546	.	G	GTA	.	PASS	FR=0.5;HP=2;NF=1;NR=2;PP=100.0;SC=ATATATATGTGTATATATATA;TC=14;TR=3	GT:GL:GQ	0/1:-156.72,-103.24,-116.61:61
20	6447485	.	C	CA	.	PASS	FR=0.5;HP=3;NF=4;NR=13;PP=100.0;SC=TTTTGAATTTCAAATATTTTC;TC=38;TR=17	GT:GL:GQ	0/1:-255.09,-105.01,-200.26:100
20	6448179	.	TAATAA	T	.	PASS	FR=0.5;HP=5;NF=3;NR=4;PP=100.0;SC=TATCTCGAAATAATAAAATAA;TC=36;TR=7	GT:GL:GQ	0/1:-185.97,-96.1,-256.82:100
20	6456952	.	ATT	AT,A	.	PASS	FR=0.5,0.5;HP=10;NF=7,8;NR=4,5;PP=100.0,100.0;SC=CAATGATGTCATTTTTTTTTT;TC=27;TR=11,13	GT:GL:GQ	1/2:-1.0,-1.0,-1.0:100
20	6458185	.	GA	G	.	PASS	FR=0.5;HP=10;NF=11;NR=4;PP=100.0;SC=AAATAAAAATGAAAAAAAAAA;TC=48;TR=15	GT:GL:GQ	0/1:-255.96,-202.85,-273.91:100
20	6459292	.	G	GA	.	PASS	FR=0.5;HP=10;NF=2;NR=6;PP=49.0;SC=TATCCTATCAGAAAAAAAAAC;TC=30;TR=8	GT:GL:GQ	0/1:-83.74,-61.52,-111.1:99
20	6473904	.	TAGGTGAAATTTTCTTTTCTGTTTTTTTAA	T	.	PASS	FR=0.5;HP=1;NF=2;NR=1;PP=100.0;SC=TCCCTAATTCTAGGTGAAATT;TC=25;TR=3	GT:GL:GQ	0/1:-202.85,-99.33,-502.66:100
20	6481086	.	T	TTGTC	.	PASS	FR=1.0;HP=2;NF=7;NR=5;PP=100.0;SC=TTGTTCCTCTTTGTCAGAGCA;TC=21;TR=12	GT:GL:GQ	1/1:-268.34,-19.84,-4.6:100
20	6488178	.	CTTG	C	.	PASS	FR=1.0;HP=2;NF=13;NR=13;PP=100.0;SC=AAGCTACTTGCTTGTTGTTGA;TC=32;TR=26	GT:GL:GQ	1/1:-335.98,-26.27,-4.81:100
20	6520175	.	C	CTT	.	PASS	FR=1.0;HP=3;NF=12;NR=17;PP=100.0;SC=TTACTTAAGACTTTCTATTGA;TC=35;TR=29	GT:GL:GQ	1/1:-362.42,-32.47,-7.59:100
20	6524976	.	GACTAC	G	.	PASS	FR=1.0;HP=2;NF=12;NR=13;PP=100.0;SC=CTATGAAATTGACTACACTAC;TC=32;TR=25	GT:GL:GQ	1/1:-403.49,-65.81,-45.47:100
20	6531643	.	GT	G	.	PASS	FR=1.0;HP=4;NF=17;NR=11;PP=100.0;SC=CAGATAAAGTGTTTAATTCAT;TC=31;TR=28	GT:GL:GQ	1/1:-281.56,-58.08,-38.11:100
20	6544912	.	CAGAT	CAGATAGATAGATAGAT,C	.	PASS	FR=0.5,0.5;HP=1;NF=1,1;NR=4,1;PP=100.0,100.0;SC=TATTCACTGCCAGATAGATAG;TC=24;TR=5,2	GT:GL:GQ	1/2:-1.0,-1.0,-1.0:100
20	6548435	.	A	AAGAG	.	PASS	FR=1.0;HP=2;NF=5;NR=8;PP=100.0;SC=GAGAAACAGAAAGAGAGAGAG;TC=33;TR=13	GT:GL:GQ	1/1:-316.58,-47.12,-29.98:100
20	6549783	.	C	CTT	.	PASS	FR=1.0;HP=9;NF=3;NR=10;PP=100.0;SC=TGGTCCAGGCCTTTTTTTTTG;TC=24;TR=13	GT:GL:GQ	1/1:-145.52,-61.65,-53.62:66
20	6553955	.	TTATA	T	.	PASS	FR=1.0;HP=3;NF=12;NR=6;PP=100.0;SC=ATTTTACATTTTATATATATA;TC=30;TR=18	GT:GL:GQ	1/1:-272.92,-35.6,-20.34:100
20	6563467	.	CTAGGTAGGTAGG	C	.	PASS	FR=1.0;HP=1;NF=3;NR=6;PP=100.0;SC=ACATGCATTCCTAGGTAGGTA;TC=22;TR=9	GT:GL:GQ	1/1:-367.98,-150.14,-139.95:85
20	6565618	.	CGTGT	C	.	PASS	FR=1.0;HP=2;NF=4;NR=3;PP=100.0;SC=TGTGTGTGTTCGTGTGTGTGT;TC=19;TR=7	GT:GL:GQ	1/1:-220.73,-126.68,-119.85:85
20	6565651	.	G	GTA	.	PASS	FR=0.5286;HP=2;NF=3;NR=2;PP=100.0;SC=GTGTATATGTGTATATATATA;TC=16;TR=5	GT:GL:GQ	0/1:-258.66,-193.34,-195.57:12
20	6585232	.	C	CT	.	PASS	FR=1.0;HP=2;NF=15;NR=16;PP=100.0;SC=ACAAACCCATCTCCTAAAATC;TC=33;TR=31	GT:GL:GQ	1/1:-314.24,-29.76,-6.91:100
20	6590623	.	C	CCTGCTT	.	PASS	FR=1.0;HP=1;NF=17;NR=14;PP=100.0;SC=AGAGTTATCTCCTGCTGTCAT;TC=32;TR=31	GT:GL:GQ	1/1:-527.33,-38.07,-14.51:100
20	6603635	.	C	CA	.	PASS	FR=1.0;HP=4;NF=12;NR=8;PP=100.0;SC=TTAGTCAAGCCAAAATCACAT;TC=27;TR=20	GT:GL:GQ	1/1:-325.58,-214.53,-199.34:100
20	6609608	.	CTT	C	.	PASS	FR=1.0;HP=3;NF=10;NR=9;PP=100.0;SC=TGTTTTGATGCTTTCTGGCTT;TC=27;TR=19	GT:GL:GQ	1/1:-576.75,-576.47,-576.51:100
20	6609611	.	T	TGGAGGAGGA	.	PASS	FR=1.0;HP=2;NF=9;NR=9;PP=100.0;SC=TTTGATGCTTTCTGGCTTGGA;TC=23;TR=18	GT:GL:GQ	1/1:-576.75,-311.9,-294.35:100
20	6644452	.	C	CTGTAG	.	PASS	FR=1.0;HP=1;NF=14;NR=16;PP=100.0;SC=ATAAAAGGCACTGTAGCATAG;TC=35;TR=30	GT:GL:GQ	1/1:-563.91,-35.77,-9.44:100
20	6647434	.	A	ATC	.	PASS	FR=1.0;HP=2;NF=4;NR=14;PP=100.0;SC=GGATACTGAGATTCTAAGTAG;TC=21;TR=18	GT:GL:GQ	1/1:-241.28,-23.07,-7.83:100
20	6655343	.	T	TG	.	PASS	FR=1.0;HP=6;NF=6;NR=9;PP=100.0;SC=AGTCTAAAGATTTTTTTCTGG;TC=18;TR=15	GT:GL:GQ	1/1:-141.83,-27.31,-14.91:95
20	6655876	.	GTATATA	GTA,G	.	PASS	FR=0.5,0.5;HP=1;NF=8,2;NR=11,1;PP=100.0,58.0;SC=TACATATATAGTATATATATA;TC=31;TR=19,3	GT:GL:GQ	1/2:-1.0,-1.0,-1.0:100
20	6664331	.	C	CTG	.	PASS	FR=1.0;HP=5;NF=5;NR=10;PP=100.0;SC=GGTTTAAAAACTGTGTGTGTG;TC=30;TR=15	GT:GL:GQ	1/1:-232.49,-35.13,-29.16:74
20	6668238	.	CT	C	.	PASS	FR=1.0;HP=10;NF=7;NR=15;PP=100.0;SC=ACTGGAGAAACTTTTTTTTTT;TC=30;TR=22	GT:GL:GQ	1/1:-332.94,-279.88,-269.29:89
20	6677392	.	CTGTGTG	C	.	PASS	FR=0.5;HP=2;NF=1;NR=6;PP=100.0;SC=GTGTGTGGCCCTGTGTGTGTG;TC=24;TR=7	GT:GL:GQ	0/1:-156.67,-56.12,-128.5:100
20	6687137	.	CAT	C	.	PASS	FR=1.0;HP=2;NF=12;NR=13;PP=100.0;SC=ATAAGATCCACATGAGACAAT;TC=26;TR=25	GT:GL:GQ	1/1:-279.85,-22.16,-4.14:100
20	6690400	.	T	TG	.	PASS	FR=1.0;HP=2;NF=22;NR=8;PP=100.0;SC=TTAATACATTTGTATGCCCTG;TC=31;TR=30	GT:GL:GQ	1/1:-315.1,-40.57,-19.1:100
20	6694813	.	GAA	G	.	PASS	FR=1.0;HP=6;NF=5;NR=4;PP=100.0;SC=AAGAAAGAAAGAAAGAGAAAG;TC=13;TR=9	GT:GL:GQ	1/1:-119.78,-18.28,-9.43:64
20	6717401	.	G	GA	.	PASS	FR=1.0;HP=10;NF=14;NR=6;PP=100.0;SC=CTCTCTTAAGGAAAAAAAAAA;TC=27;TR=20	GT:GL:GQ	1/1:-134.21,-33.86,-20.0:100
20	6723994	.	A	AAC	.	PASS	FR=1.0;HP=4;NF=10;NR=3;PP=100.0;SC=CACATACAAAAACACACACAC;TC=23;TR=13	GT:GL:GQ	1/1:-174.48,-22.71,-13.76:74
20	6746236	.	C	CTTAT	.	PASS	FR=0.5;HP=2;NF=2;NR=4;PP=100.0;SC=CTGGAGACTACTTATTTATTT;TC=23;TR=6	GT:GL:GQ	0/1:-115.46,-26.87,-109.86:100
20	6759758	.	A	AAT	.	PASS	FR=0.5;HP=2;NF=2;NR=3;PP=100.0;SC=TAAATACATAAATATATATAT;TC=21;TR=5	GT:GL:GQ	0/1:-98.2,-23.97,-51.3:100
20	6765134	.	A	AACAC	.	PASS	FR=0.5;HP=1;NF=2;NR=5;PP=100.0;SC=TTGAGAATCTAACACACACAC;TC=25;TR=7	GT:GL:GQ	0/1:-145.56,-56.64,-151.12:100