1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169
170
171
172
173
174
175
176
177
178
179
180
181
182
183
184
185
186
187
188
189
190
191
192
193
194
195
196
197
198
199
200
201
202
203
204
205
206
207
208
209
210
211
212
213
214
215
216
217
218
219
220
221
222
223
224
225
226
227
228
229
230
231
232
233
234
235
236
237
238
239
240
241
242
243
244
245
246
247
248
249
250
251
252
253
254
255
256
257
258
259
260
261
262
263
264
265
266
267
268
269
270
271
272
273
274
275
276
277
278
279
280
281
282
283
284
285
286
287
288
289
290
291
292
293
294
295
296
297
298
299
300
301
302
303
304
305
306
307
308
309
310
311
312
313
314
315
316
317
318
319
320
321
322
323
324
325
326
327
328
329
330
331
332
333
334
335
336
337
338
339
340
341
342
343
344
345
346
347
348
349
350
351
352
353
354
355
356
357
358
359
360
361
362
363
364
365
366
367
368
369
370
371
372
373
374
375
376
377
378
379
380
381
382
383
384
385
386
387
388
389
390
391
392
393
394
395
396
397
398
399
400
401
402
403
404
405
406
407
408
409
410
411
412
413
414
415
416
417
418
419
420
421
422
423
424
425
426
427
428
429
430
431
432
433
434
435
436
437
438
439
440
441
442
443
444
445
446
447
448
449
450
451
452
453
454
455
456
457
458
459
460
461
462
463
464
465
466
467
468
469
470
471
472
473
474
475
476
477
478
479
480
481
482
483
484
485
486
487
488
489
490
491
492
493
494
495
496
497
498
499
500
501
502
503
504
505
506
507
508
509
510
511
512
513
514
515
516
517
518
519
520
521
522
523
524
525
526
527
528
529
530
531
532
533
534
535
536
537
538
539
540
541
542
543
544
545
546
547
548
549
550
551
552
553
554
555
556
557
558
559
560
561
562
563
564
565
566
567
568
569
570
571
572
573
574
575
576
577
578
579
580
581
582
583
584
585
586
587
588
589
590
591
592
593
594
595
596
597
598
599
600
601
602
603
604
605
606
607
608
609
610
611
612
613
614
615
616
617
618
619
620
621
622
623
624
625
626
627
628
629
630
631
632
633
634
635
636
637
638
639
640
641
642
643
644
645
646
647
648
649
650
651
652
653
|
STAR version=STAR_2.4.0e
STAR compilation time,server,dir=Fri Oct 24 11:14:19 EDT 2014 verona.cshl.edu:/sonas-hs/gingeras/nlsas_norepl/user/dobin/STAR/Releases/STAR_2.4.0e/source
##### DEFAULT parameters:
versionSTAR 20201
versionGenome 20101 20200
parametersFiles -
runMode alignReads
runThreadN 1
genomeDir ./GenomeDir/
genomeLoad NoSharedMemory
genomeFastaFiles -
genomeSAindexNbases 14
genomeChrBinNbits 18
genomeSAsparseD 1
readFilesIn Read1 Read2
readFilesCommand -
readMatesLengthsIn NotEqual
readMapNumber 18446744073709551615
inputBAMfile -
bamRemoveDuplicatesType -
bamRemoveDuplicatesMate2basesN 0
limitGenomeGenerateRAM 31000000000
limitIObufferSize 150000000
limitOutSAMoneReadBytes 100000
limitOutSJcollapsed 1000000
limitOutSJoneRead 1000
limitBAMsortRAM 0
outFileNamePrefix ./
outTmpDir -
outStd Log
outReadsUnmapped None
outQSconversionAdd 0
outSAMtype SAM
outSAMmode Full
outSAMstrandField None
outSAMattributes Standard
outSAMunmapped None
outSAMorder Paired
outSAMprimaryFlag OneBestScore
outSAMreadID Standard
outSAMmapqUnique 255
outSAMattrRGline -
outSAMheaderHD -
outSAMheaderPG -
outSAMheaderCommentFile -
outBAMcompression -1
outSJfilterReads All
outSJfilterCountUniqueMin 3 1 1 1
outSJfilterCountTotalMin 3 1 1 1
outSJfilterOverhangMin 30 12 12 12
outSJfilterDistToOtherSJmin 10 0 5 10
outSJfilterIntronMaxVsReadN 50000 100000 200000
outWigType None
outWigStrand Stranded
outWigReferencesPrefix -
outWigNorm RPM
outFilterType Normal
outFilterMultimapNmax 10
outFilterMultimapScoreRange 1
outFilterScoreMin 0
outFilterScoreMinOverLread 0.66
outFilterMatchNmin 0
outFilterMatchNminOverLread 0.66
outFilterMismatchNmax 10
outFilterMismatchNoverLmax 0.3
outFilterMismatchNoverReadLmax 1
outFilterIntronMotifs None
clip5pNbases 0
clip3pNbases 0
clip3pAfterAdapterNbases 0
clip3pAdapterSeq -
clip3pAdapterMMp 0.1
winBinNbits 16
winAnchorDistNbins 9
winFlankNbins 4
winAnchorMultimapNmax 50
scoreGap 0
scoreGapNoncan -8
scoreGapGCAG -4
scoreGapATAC -8
scoreStitchSJshift 1
scoreGenomicLengthLog2scale -0.25
scoreDelBase -2
scoreDelOpen -2
scoreInsOpen -2
scoreInsBase -2
seedSearchLmax 0
seedSearchStartLmax 50
seedSearchStartLmaxOverLread 1
seedPerReadNmax 1000
seedPerWindowNmax 50
seedNoneLociPerWindow 10
seedMultimapNmax 10000
alignIntronMin 21
alignIntronMax 0
alignMatesGapMax 0
alignTranscriptsPerReadNmax 10000
alignSJoverhangMin 5
alignSJDBoverhangMin 3
alignSplicedMateMapLmin 0
alignSplicedMateMapLminOverLmate 0.66
alignWindowsPerReadNmax 10000
alignTranscriptsPerWindowNmax 100
alignEndsType Local
chimSegmentMin 0
chimScoreMin 0
chimScoreDropMax 20
chimScoreSeparation 10
chimScoreJunctionNonGTAG -1
chimJunctionOverhangMin 20
sjdbFileChrStartEnd -
sjdbGTFfile -
sjdbGTFchrPrefix -
sjdbGTFfeatureExon exon
sjdbGTFtagExonParentTranscript transcript_id
sjdbOverhang 0
sjdbScore 2
quantMode -
twopass1readsN 0
twopassSJlimit 1000000
##### Command Line:
STAR --genomeDir star --genomeFastaFiles genome.fa --runMode genomeGenerate --genomeSAindexNbases 3
##### Initial USER parameters from Command Line:
###### All USER parameters from Command Line:
genomeDir star ~RE-DEFINED
genomeFastaFiles genome.fa ~RE-DEFINED
runMode genomeGenerate ~RE-DEFINED
genomeSAindexNbases 3 ~RE-DEFINED
##### Finished reading parameters from all sources
##### Final user re-defined parameters-----------------:
runMode genomeGenerate
genomeDir star
genomeFastaFiles genome.fa
genomeSAindexNbases 3
-------------------------------
##### Final effective command line:
STAR --runMode genomeGenerate --genomeDir star --genomeFastaFiles genome.fa --genomeSAindexNbases 3
##### Final parameters after user input--------------------------------:
versionSTAR 20201
versionGenome 20101 20200
parametersFiles -
runMode genomeGenerate
runThreadN 1
genomeDir star
genomeLoad NoSharedMemory
genomeFastaFiles genome.fa
genomeSAindexNbases 3
genomeChrBinNbits 18
genomeSAsparseD 1
readFilesIn Read1 Read2
readFilesCommand -
readMatesLengthsIn NotEqual
readMapNumber 18446744073709551615
inputBAMfile -
bamRemoveDuplicatesType -
bamRemoveDuplicatesMate2basesN 0
limitGenomeGenerateRAM 31000000000
limitIObufferSize 150000000
limitOutSAMoneReadBytes 100000
limitOutSJcollapsed 1000000
limitOutSJoneRead 1000
limitBAMsortRAM 0
outFileNamePrefix ./
outTmpDir -
outStd Log
outReadsUnmapped None
outQSconversionAdd 0
outSAMtype SAM
outSAMmode Full
outSAMstrandField None
outSAMattributes Standard
outSAMunmapped None
outSAMorder Paired
outSAMprimaryFlag OneBestScore
outSAMreadID Standard
outSAMmapqUnique 255
outSAMattrRGline -
outSAMheaderHD -
outSAMheaderPG -
outSAMheaderCommentFile -
outBAMcompression -1
outSJfilterReads All
outSJfilterCountUniqueMin 3 1 1 1
outSJfilterCountTotalMin 3 1 1 1
outSJfilterOverhangMin 30 12 12 12
outSJfilterDistToOtherSJmin 10 0 5 10
outSJfilterIntronMaxVsReadN 50000 100000 200000
outWigType None
outWigStrand Stranded
outWigReferencesPrefix -
outWigNorm RPM
outFilterType Normal
outFilterMultimapNmax 10
outFilterMultimapScoreRange 1
outFilterScoreMin 0
outFilterScoreMinOverLread 0.66
outFilterMatchNmin 0
outFilterMatchNminOverLread 0.66
outFilterMismatchNmax 10
outFilterMismatchNoverLmax 0.3
outFilterMismatchNoverReadLmax 1
outFilterIntronMotifs None
clip5pNbases 0
clip3pNbases 0
clip3pAfterAdapterNbases 0
clip3pAdapterSeq -
clip3pAdapterMMp 0.1
winBinNbits 16
winAnchorDistNbins 9
winFlankNbins 4
winAnchorMultimapNmax 50
scoreGap 0
scoreGapNoncan -8
scoreGapGCAG -4
scoreGapATAC -8
scoreStitchSJshift 1
scoreGenomicLengthLog2scale -0.25
scoreDelBase -2
scoreDelOpen -2
scoreInsOpen -2
scoreInsBase -2
seedSearchLmax 0
seedSearchStartLmax 50
seedSearchStartLmaxOverLread 1
seedPerReadNmax 1000
seedPerWindowNmax 50
seedNoneLociPerWindow 10
seedMultimapNmax 10000
alignIntronMin 21
alignIntronMax 0
alignMatesGapMax 0
alignTranscriptsPerReadNmax 10000
alignSJoverhangMin 5
alignSJDBoverhangMin 3
alignSplicedMateMapLmin 0
alignSplicedMateMapLminOverLmate 0.66
alignWindowsPerReadNmax 10000
alignTranscriptsPerWindowNmax 100
alignEndsType Local
chimSegmentMin 0
chimScoreMin 0
chimScoreDropMax 20
chimScoreSeparation 10
chimScoreJunctionNonGTAG -1
chimJunctionOverhangMin 20
sjdbFileChrStartEnd -
sjdbGTFfile -
sjdbGTFchrPrefix -
sjdbGTFfeatureExon exon
sjdbGTFtagExonParentTranscript transcript_id
sjdbOverhang 0
sjdbScore 2
quantMode -
twopass1readsN 0
twopassSJlimit 1000000
----------------------------------------
Finished loading and checking parameters
Apr 03 09:52:00 ... Starting to generate Genome files
genome.fa : chr # 0 "1_41222971_41223032" chrStart: 0
genome.fa : chr # 1 "1_48087402_48087423" chrStart: 262144
genome.fa : chr # 2 "1_52439082_52439117" chrStart: 524288
genome.fa : chr # 3 "1_65154802_65154830" chrStart: 786432
genome.fa : chr # 4 "1_68041953_68041969" chrStart: 1048576
genome.fa : chr # 5 "1_72642647_72642675" chrStart: 1310720
genome.fa : chr # 6 "1_74215239_74215271" chrStart: 1572864
genome.fa : chr # 7 "1_74272630_74272666" chrStart: 1835008
genome.fa : chr # 8 "1_75313345_75313361" chrStart: 2097152
genome.fa : chr # 9 "1_78560518_78560546" chrStart: 2359296
genome.fa : chr # 10 "1_80365643_80365658" chrStart: 2621440
genome.fa : chr # 11 "1_92676576_92676591" chrStart: 2883584
genome.fa : chr # 12 "1_97018451_97018478" chrStart: 3145728
genome.fa : chr # 13 "1_108413719_108413733" chrStart: 3407872
genome.fa : chr # 14 "1_117575797_117575816" chrStart: 3670016
genome.fa : chr # 15 "1_149298575_149298628" chrStart: 3932160
genome.fa : chr # 16 "1_149684088_149684162" chrStart: 4194304
genome.fa : chr # 17 "1_161369489_161369563" chrStart: 4456448
genome.fa : chr # 18 "1_166975297_166975318" chrStart: 4718592
genome.fa : chr # 19 "1_180184320_180184348" chrStart: 4980736
genome.fa : chr # 20 "1_182913550_182913589" chrStart: 5242880
genome.fa : chr # 21 "1_186341790_186341821" chrStart: 5505024
genome.fa : chr # 22 "1_204531539_204531604" chrStart: 5767168
genome.fa : chr # 23 "1_225304958_225304986" chrStart: 6029312
genome.fa : chr # 24 "1_227746050_227746074" chrStart: 6291456
genome.fa : chr # 25 "1_227748881_227749005" chrStart: 6553600
genome.fa : chr # 26 "1_228743548_228743580" chrStart: 6815744
genome.fa : chr # 27 "1_228746006_228746133" chrStart: 7077888
genome.fa : chr # 28 "1_228748247_228748374" chrStart: 7340032
genome.fa : chr # 29 "1_228750488_228750615" chrStart: 7602176
genome.fa : chr # 30 "1_228752729_228752856" chrStart: 7864320
genome.fa : chr # 31 "1_228754970_228755097" chrStart: 8126464
genome.fa : chr # 32 "1_228757185_228757312" chrStart: 8388608
genome.fa : chr # 33 "1_228759405_228759532" chrStart: 8650752
genome.fa : chr # 34 "1_228761647_228761774" chrStart: 8912896
genome.fa : chr # 35 "1_228763886_228764013" chrStart: 9175040
genome.fa : chr # 36 "1_228766128_228766255" chrStart: 9437184
genome.fa : chr # 37 "1_228768369_228768496" chrStart: 9699328
genome.fa : chr # 38 "1_228770609_228770736" chrStart: 9961472
genome.fa : chr # 39 "1_228772834_228772961" chrStart: 10223616
genome.fa : chr # 40 "1_228775075_228775202" chrStart: 10485760
genome.fa : chr # 41 "1_228777306_228777433" chrStart: 10747904
genome.fa : chr # 42 "1_228779547_228779674" chrStart: 11010048
genome.fa : chr # 43 "1_228781778_228781905" chrStart: 11272192
genome.fa : chr # 44 "1_232768928_232768943" chrStart: 11534336
genome.fa : chr # 45 "1_234912589_234912605" chrStart: 11796480
genome.fa : chr # 46 "2_9620276_9620290" chrStart: 12058624
genome.fa : chr # 47 "2_11657584_11657603" chrStart: 12320768
genome.fa : chr # 48 "2_11701786_11701812" chrStart: 12582912
genome.fa : chr # 49 "2_18991651_18991667" chrStart: 12845056
genome.fa : chr # 50 "2_20601457_20601485" chrStart: 13107200
genome.fa : chr # 51 "2_22561756_22561783" chrStart: 13369344
genome.fa : chr # 52 "2_23307834_23307850" chrStart: 13631488
genome.fa : chr # 53 "2_26669341_26669358" chrStart: 13893632
genome.fa : chr # 54 "2_32183415_32183430" chrStart: 14155776
genome.fa : chr # 55 "2_47507894_47507932" chrStart: 14417920
genome.fa : chr # 56 "2_47881833_47881848" chrStart: 14680064
genome.fa : chr # 57 "2_59496123_59496144" chrStart: 14942208
genome.fa : chr # 58 "2_59549321_59549393" chrStart: 15204352
genome.fa : chr # 59 "2_73089948_73089961" chrStart: 15466496
genome.fa : chr # 60 "2_81723388_81723420" chrStart: 15728640
genome.fa : chr # 61 "2_86564516_86564531" chrStart: 15990784
genome.fa : chr # 62 "2_115695363_115695382" chrStart: 16252928
genome.fa : chr # 63 "2_127129309_127129324" chrStart: 16515072
genome.fa : chr # 64 "2_162669984_162670001" chrStart: 16777216
genome.fa : chr # 65 "2_169127418_169127433" chrStart: 17039360
genome.fa : chr # 66 "2_170568551_170568566" chrStart: 17301504
genome.fa : chr # 67 "2_171278465_171278481" chrStart: 17563648
genome.fa : chr # 68 "2_176684081_176684099" chrStart: 17825792
genome.fa : chr # 69 "2_185612450_185612466" chrStart: 18087936
genome.fa : chr # 70 "2_200185317_200185338" chrStart: 18350080
genome.fa : chr # 71 "3_12196530_12196571" chrStart: 18612224
genome.fa : chr # 72 "3_13806303_13806322" chrStart: 18874368
genome.fa : chr # 73 "3_14436235_14436259" chrStart: 19136512
genome.fa : chr # 74 "3_29899254_29899290" chrStart: 19398656
genome.fa : chr # 75 "3_48642132_48642150" chrStart: 19660800
genome.fa : chr # 76 "3_51728477_51728503" chrStart: 19922944
genome.fa : chr # 77 "3_61684877_61684912" chrStart: 20185088
genome.fa : chr # 78 "3_72794947_72794976" chrStart: 20447232
genome.fa : chr # 79 "3_81795769_81795784" chrStart: 20709376
genome.fa : chr # 80 "3_125058716_125058742" chrStart: 20971520
genome.fa : chr # 81 "3_127844988_127845005" chrStart: 21233664
genome.fa : chr # 82 "3_134502335_134502397" chrStart: 21495808
genome.fa : chr # 83 "3_142099332_142099358" chrStart: 21757952
genome.fa : chr # 84 "3_149225568_149225589" chrStart: 22020096
genome.fa : chr # 85 "3_150905885_150905964" chrStart: 22282240
genome.fa : chr # 86 "3_152916213_152916229" chrStart: 22544384
genome.fa : chr # 87 "3_155093810_155093838" chrStart: 22806528
genome.fa : chr # 88 "3_160683084_160683100" chrStart: 23068672
genome.fa : chr # 89 "3_162464368_162464384" chrStart: 23330816
genome.fa : chr # 90 "3_169490016_169490091" chrStart: 23592960
genome.fa : chr # 91 "3_175584517_175584531" chrStart: 23855104
genome.fa : chr # 92 "3_179879686_179879765" chrStart: 24117248
genome.fa : chr # 93 "3_181540661_181540778" chrStart: 24379392
genome.fa : chr # 94 "3_189598992_189599007" chrStart: 24641536
genome.fa : chr # 95 "4_8394810_8394834" chrStart: 24903680
genome.fa : chr # 96 "4_22934562_22934578" chrStart: 25165824
genome.fa : chr # 97 "4_28160158_28160175" chrStart: 25427968
genome.fa : chr # 98 "4_56963581_56963645" chrStart: 25690112
genome.fa : chr # 99 "4_79822301_79822318" chrStart: 25952256
genome.fa : chr # 100 "4_83459137_83459157" chrStart: 26214400
genome.fa : chr # 101 "4_86420245_86420260" chrStart: 26476544
genome.fa : chr # 102 "4_86789518_86789539" chrStart: 26738688
genome.fa : chr # 103 "4_97991974_97991999" chrStart: 27000832
genome.fa : chr # 104 "4_106679390_106679406" chrStart: 27262976
genome.fa : chr # 105 "4_108569301_108569319" chrStart: 27525120
genome.fa : chr # 106 "4_131427821_131427841" chrStart: 27787264
genome.fa : chr # 107 "4_178378292_178378327" chrStart: 28049408
genome.fa : chr # 108 "4_185419802_185419819" chrStart: 28311552
genome.fa : chr # 109 "5_18789240_18789257" chrStart: 28573696
genome.fa : chr # 110 "5_30228993_30229021" chrStart: 28835840
genome.fa : chr # 111 "5_33277981_33278009" chrStart: 29097984
genome.fa : chr # 112 "5_33556617_33556632" chrStart: 29360128
genome.fa : chr # 113 "5_34802409_34802473" chrStart: 29622272
genome.fa : chr # 114 "5_54437397_54437412" chrStart: 29884416
genome.fa : chr # 115 "5_101466819_101466845" chrStart: 30146560
genome.fa : chr # 116 "5_103105117_103105133" chrStart: 30408704
genome.fa : chr # 117 "5_112146426_112146441" chrStart: 30670848
genome.fa : chr # 118 "5_116153783_116153826" chrStart: 30932992
genome.fa : chr # 119 "5_118408212_118408229" chrStart: 31195136
genome.fa : chr # 120 "5_129450114_129450185" chrStart: 31457280
genome.fa : chr # 121 "5_138348087_138348109" chrStart: 31719424
genome.fa : chr # 122 "5_155272446_155272516" chrStart: 31981568
genome.fa : chr # 123 "5_159974329_159974349" chrStart: 32243712
genome.fa : chr # 124 "5_162571742_162571757" chrStart: 32505856
genome.fa : chr # 125 "5_170716930_170716947" chrStart: 32768000
genome.fa : chr # 126 "5_172643285_172643310" chrStart: 33030144
genome.fa : chr # 127 "5_180524068_180524142" chrStart: 33292288
genome.fa : chr # 128 "5_180529252_180529326" chrStart: 33554432
genome.fa : chr # 129 "5_180591152_180591226" chrStart: 33816576
genome.fa : chr # 130 "5_180596608_180596682" chrStart: 34078720
genome.fa : chr # 131 "5_180600648_180600724" chrStart: 34340864
genome.fa : chr # 132 "5_180615415_180615488" chrStart: 34603008
genome.fa : chr # 133 "5_180645269_180645342" chrStart: 34865152
genome.fa : chr # 134 "5_180649393_180649468" chrStart: 35127296
genome.fa : chr # 135 "6_3080072_3080101" chrStart: 35389440
genome.fa : chr # 136 "6_4428196_4428317" chrStart: 35651584
genome.fa : chr # 137 "6_17722015_17722043" chrStart: 35913728
genome.fa : chr # 138 "6_18879765_18879782" chrStart: 36175872
genome.fa : chr # 139 "6_26538280_26538355" chrStart: 36438016
genome.fa : chr # 140 "6_27173887_27173939" chrStart: 36700160
genome.fa : chr # 141 "6_27203286_27203353" chrStart: 36962304
genome.fa : chr # 142 "6_27248048_27248121" chrStart: 37224448
genome.fa : chr # 143 "6_27258404_27258438" chrStart: 37486592
genome.fa : chr # 144 "6_27618739_27618779" chrStart: 37748736
genome.fa : chr # 145 "6_27648405_27648433" chrStart: 38010880
genome.fa : chr # 146 "6_27648885_27648957" chrStart: 38273024
genome.fa : chr # 147 "6_27696365_27696399" chrStart: 38535168
genome.fa : chr # 148 "6_27721178_27721252" chrStart: 38797312
genome.fa : chr # 149 "6_27740108_27740132" chrStart: 39059456
genome.fa : chr # 150 "6_67679401_67679417" chrStart: 39321600
genome.fa : chr # 151 "6_72086665_72086729" chrStart: 39583744
genome.fa : chr # 152 "6_97360391_97360407" chrStart: 39845888
genome.fa : chr # 153 "6_100269162_100269177" chrStart: 40108032
genome.fa : chr # 154 "6_110074368_110074432" chrStart: 40370176
genome.fa : chr # 155 "6_116499409_116499444" chrStart: 40632320
genome.fa : chr # 156 "6_126301030_126301080" chrStart: 40894464
genome.fa : chr # 157 "6_126448904_126448925" chrStart: 41156608
genome.fa : chr # 158 "6_129093911_129093928" chrStart: 41418752
genome.fa : chr # 159 "6_134578257_134578282" chrStart: 41680896
genome.fa : chr # 160 "6_143296745_143296761" chrStart: 41943040
genome.fa : chr # 161 "6_151002339_151002355" chrStart: 42205184
genome.fa : chr # 162 "6_152611109_152611137" chrStart: 42467328
genome.fa : chr # 163 "6_152731480_152731502" chrStart: 42729472
genome.fa : chr # 164 "6_153741608_153741651" chrStart: 42991616
genome.fa : chr # 165 "6_162473083_162473108" chrStart: 43253760
genome.fa : chr # 166 "6_165823057_165823140" chrStart: 43515904
genome.fa : chr # 167 "7_2624551_2624584" chrStart: 43778048
genome.fa : chr # 168 "7_28396159_28396177" chrStart: 44040192
genome.fa : chr # 169 "7_74011128_74011163" chrStart: 44302336
genome.fa : chr # 170 "7_77547258_77547276" chrStart: 44564480
genome.fa : chr # 171 "7_126159707_126159732" chrStart: 44826624
genome.fa : chr # 172 "7_128337505_128337612" chrStart: 45088768
genome.fa : chr # 173 "7_128337749_128337798" chrStart: 45350912
genome.fa : chr # 174 "7_128444746_128444766" chrStart: 45613056
genome.fa : chr # 175 "7_129667116_129667144" chrStart: 45875200
genome.fa : chr # 176 "7_132283726_132283742" chrStart: 46137344
genome.fa : chr # 177 "7_134660549_134660582" chrStart: 46399488
genome.fa : chr # 178 "7_140086578_140086607" chrStart: 46661632
genome.fa : chr # 179 "7_141107342_141107368" chrStart: 46923776
genome.fa : chr # 180 "7_158707438_158707459" chrStart: 47185920
genome.fa : chr # 181 "8_2204749_2204766" chrStart: 47448064
genome.fa : chr # 182 "8_10544145_10544172" chrStart: 47710208
genome.fa : chr # 183 "8_13393537_13393562" chrStart: 47972352
genome.fa : chr # 184 "8_20147725_20147754" chrStart: 48234496
genome.fa : chr # 185 "8_28387964_28388006" chrStart: 48496640
genome.fa : chr # 186 "8_33499463_33499479" chrStart: 48758784
genome.fa : chr # 187 "8_35636155_35636169" chrStart: 49020928
genome.fa : chr # 188 "8_35764554_35764569" chrStart: 49283072
genome.fa : chr # 189 "8_60368457_60368489" chrStart: 49545216
genome.fa : chr # 190 "8_61156161_61156203" chrStart: 49807360
genome.fa : chr # 191 "8_91523443_91523469" chrStart: 50069504
genome.fa : chr # 192 "8_93179688_93179772" chrStart: 50331648
genome.fa : chr # 193 "8_108039360_108039375" chrStart: 50593792
genome.fa : chr # 194 "8_109723215_109723230" chrStart: 50855936
genome.fa : chr # 195 "8_111907142_111907157" chrStart: 51118080
genome.fa : chr # 196 "8_119539228_119539246" chrStart: 51380224
genome.fa : chr # 197 "8_122114334_122114350" chrStart: 51642368
genome.fa : chr # 198 "8_135812815_135812834" chrStart: 51904512
genome.fa : chr # 199 "8_139815642_139815695" chrStart: 52166656
genome.fa : chr # 200 "8_141873117_141873133" chrStart: 52428800
genome.fa : chr # 201 "9_9632269_9632289" chrStart: 52690944
genome.fa : chr # 202 "9_36857825_36857842" chrStart: 52953088
genome.fa : chr # 203 "9_66458231_66458251" chrStart: 53215232
genome.fa : chr # 204 "9_76365914_76365943" chrStart: 53477376
genome.fa : chr # 205 "9_90063913_90063929" chrStart: 53739520
genome.fa : chr # 206 "9_95168761_95168777" chrStart: 54001664
genome.fa : chr # 207 "9_104328710_104328743" chrStart: 54263808
genome.fa : chr # 208 "9_111165845_111165865" chrStart: 54525952
genome.fa : chr # 209 "9_115014592_115014627" chrStart: 54788096
genome.fa : chr # 210 "10_327975_328065" chrStart: 55050240
genome.fa : chr # 211 "10_672175_672189" chrStart: 55312384
genome.fa : chr # 212 "10_5895690_5895746" chrStart: 55574528
genome.fa : chr # 213 "10_5942291_5942322" chrStart: 55836672
genome.fa : chr # 214 "10_19922610_19922638" chrStart: 56098816
genome.fa : chr # 215 "10_26102760_26102779" chrStart: 56360960
genome.fa : chr # 216 "10_50387904_50387927" chrStart: 56623104
genome.fa : chr # 217 "10_55654121_55654145" chrStart: 56885248
genome.fa : chr # 218 "10_67030893_67030908" chrStart: 57147392
genome.fa : chr # 219 "10_70877248_70877266" chrStart: 57409536
genome.fa : chr # 220 "10_87812297_87812325" chrStart: 57671680
genome.fa : chr # 221 "10_91369106_91369120" chrStart: 57933824
genome.fa : chr # 222 "10_95270408_95270437" chrStart: 58195968
genome.fa : chr # 223 "10_95952619_95952645" chrStart: 58458112
genome.fa : chr # 224 "10_108729812_108729831" chrStart: 58720256
genome.fa : chr # 225 "10_117403602_117403619" chrStart: 58982400
genome.fa : chr # 226 "10_123281089_123281112" chrStart: 59244544
genome.fa : chr # 227 "10_127208455_127208470" chrStart: 59506688
genome.fa : chr # 228 "11_8739141_8739166" chrStart: 59768832
genome.fa : chr # 229 "11_19423438_19423473" chrStart: 60030976
genome.fa : chr # 230 "11_21022425_21022475" chrStart: 60293120
genome.fa : chr # 231 "11_22709930_22709949" chrStart: 60555264
genome.fa : chr # 232 "11_28346826_28346841" chrStart: 60817408
genome.fa : chr # 233 "11_44784466_44784504" chrStart: 61079552
genome.fa : chr # 234 "11_49312721_49312737" chrStart: 61341696
genome.fa : chr # 235 "11_59318101_59318174" chrStart: 61603840
genome.fa : chr # 236 "11_59318458_59318516" chrStart: 61865984
genome.fa : chr # 237 "11_71193837_71193859" chrStart: 62128128
genome.fa : chr # 238 "11_95232825_95232841" chrStart: 62390272
genome.fa : chr # 239 "11_108290588_108290603" chrStart: 62652416
genome.fa : chr # 240 "11_109283607_109283632" chrStart: 62914560
genome.fa : chr # 241 "11_110910906_110910932" chrStart: 63176704
genome.fa : chr # 242 "11_124506391_124506444" chrStart: 63438848
genome.fa : chr # 243 "11_125023195_125023219" chrStart: 63700992
genome.fa : chr # 244 "12_13199085_13199175" chrStart: 63963136
genome.fa : chr # 245 "12_17919500_17919514" chrStart: 64225280
genome.fa : chr # 246 "12_28658326_28658382" chrStart: 64487424
genome.fa : chr # 247 "12_28971820_28971835" chrStart: 64749568
genome.fa : chr # 248 "12_30846809_30846834" chrStart: 65011712
genome.fa : chr # 249 "12_34356838_34356857" chrStart: 65273856
genome.fa : chr # 250 "12_34358727_34358755" chrStart: 65536000
genome.fa : chr # 251 "12_38555264_38555302" chrStart: 65798144
genome.fa : chr # 252 "12_61936982_61937004" chrStart: 66060288
genome.fa : chr # 253 "12_66799903_66799919" chrStart: 66322432
genome.fa : chr # 254 "12_71892271_71892290" chrStart: 66584576
genome.fa : chr # 255 "12_89012669_89012688" chrStart: 66846720
genome.fa : chr # 256 "12_99477625_99477657" chrStart: 67108864
genome.fa : chr # 257 "12_102173591_102173617" chrStart: 67371008
genome.fa : chr # 258 "12_104519013_104519103" chrStart: 67633152
genome.fa : chr # 259 "12_105198645_105198664" chrStart: 67895296
genome.fa : chr # 260 "12_110986817_110986834" chrStart: 68157440
genome.fa : chr # 261 "12_121198590_121198605" chrStart: 68419584
genome.fa : chr # 262 "12_131784232_131784260" chrStart: 68681728
genome.fa : chr # 263 "12_132145643_132145671" chrStart: 68943872
genome.fa : chr # 264 "12_132285887_132285916" chrStart: 69206016
genome.fa : chr # 265 "12_133624135_133624172" chrStart: 69468160
genome.fa : chr # 266 "13_21920154_21920182" chrStart: 69730304
genome.fa : chr # 267 "13_30980376_30980391" chrStart: 69992448
genome.fa : chr # 268 "13_58565494_58565513" chrStart: 70254592
genome.fa : chr # 269 "13_69387157_69387172" chrStart: 70516736
genome.fa : chr # 270 "13_70982604_70982619" chrStart: 70778880
genome.fa : chr # 271 "13_85679058_85679075" chrStart: 71041024
genome.fa : chr # 272 "14_20883156_20883182" chrStart: 71303168
genome.fa : chr # 273 "14_56973136_56973160" chrStart: 71565312
genome.fa : chr # 274 "14_68123847_68123869" chrStart: 71827456
genome.fa : chr # 275 "14_69570351_69570379" chrStart: 72089600
genome.fa : chr # 276 "14_76070554_76070605" chrStart: 72351744
genome.fa : chr # 277 "14_76529559_76529589" chrStart: 72613888
genome.fa : chr # 278 "14_76693874_76693890" chrStart: 72876032
genome.fa : chr # 279 "14_77870247_77870282" chrStart: 73138176
genome.fa : chr # 280 "14_78644200_78644230" chrStart: 73400320
genome.fa : chr # 281 "14_90894659_90894673" chrStart: 73662464
genome.fa : chr # 282 "14_92630849_92630868" chrStart: 73924608
genome.fa : chr # 283 "14_94883072_94883100" chrStart: 74186752
genome.fa : chr # 284 "14_99531803_99531818" chrStart: 74448896
genome.fa : chr # 285 "14_103783283_103783318" chrStart: 74711040
genome.fa : chr # 286 "14_104401618_104401637" chrStart: 74973184
genome.fa : chr # 287 "14_105590094_105590122" chrStart: 75235328
genome.fa : chr # 288 "14_107092676_107092766" chrStart: 75497472
genome.fa : chr # 289 "15_24942471_24942486" chrStart: 75759616
genome.fa : chr # 290 "15_40623824_40623849" chrStart: 76021760
genome.fa : chr # 291 "15_44218570_44218598" chrStart: 76283904
genome.fa : chr # 292 "15_50755596_50755613" chrStart: 76546048
genome.fa : chr # 293 "15_86681524_86681552" chrStart: 76808192
genome.fa : chr # 294 "15_93963509_93963538" chrStart: 77070336
genome.fa : chr # 295 "16_4864565_4864579" chrStart: 77332480
genome.fa : chr # 296 "16_14929245_14929273" chrStart: 77594624
genome.fa : chr # 297 "16_47484342_47484361" chrStart: 77856768
genome.fa : chr # 298 "16_50903363_50903388" chrStart: 78118912
genome.fa : chr # 299 "16_59765258_59765347" chrStart: 78381056
genome.fa : chr # 300 "16_66335766_66335801" chrStart: 78643200
genome.fa : chr # 301 "16_68776381_68776458" chrStart: 78905344
genome.fa : chr # 302 "16_74607783_74607797" chrStart: 79167488
genome.fa : chr # 303 "16_76097123_76097138" chrStart: 79429632
genome.fa : chr # 304 "17_2092245_2092278" chrStart: 79691776
genome.fa : chr # 305 "17_8744443_8744462" chrStart: 79953920
genome.fa : chr # 306 "17_9491435_9491450" chrStart: 80216064
genome.fa : chr # 307 "17_36888052_36888077" chrStart: 80478208
genome.fa : chr # 308 "17_39874405_39874440" chrStart: 80740352
genome.fa : chr # 309 "17_41530795_41530810" chrStart: 81002496
genome.fa : chr # 310 "17_43635032_43635051" chrStart: 81264640
genome.fa : chr # 311 "17_62900695_62900714" chrStart: 81526784
genome.fa : chr # 312 "17_64263914_64263949" chrStart: 81788928
genome.fa : chr # 313 "17_65822072_65822093" chrStart: 82051072
genome.fa : chr # 314 "17_70071167_70071183" chrStart: 82313216
genome.fa : chr # 315 "18_8354232_8354250" chrStart: 82575360
genome.fa : chr # 316 "18_9923926_9923968" chrStart: 82837504
genome.fa : chr # 317 "18_20771776_20771791" chrStart: 83099648
genome.fa : chr # 318 "18_21750466_21750500" chrStart: 83361792
genome.fa : chr # 319 "18_57835954_57835971" chrStart: 83623936
genome.fa : chr # 320 "18_68181215_68181230" chrStart: 83886080
genome.fa : chr # 321 "19_4724667_4724719" chrStart: 84148224
genome.fa : chr # 322 "19_5352672_5352686" chrStart: 84410368
genome.fa : chr # 323 "19_7951860_7951910" chrStart: 84672512
genome.fa : chr # 324 "19_21295931_21296011" chrStart: 84934656
genome.fa : chr # 325 "19_32734868_32734891" chrStart: 85196800
genome.fa : chr # 326 "19_54485793_54485813" chrStart: 85458944
genome.fa : chr # 327 "19_58378660_58378704" chrStart: 85721088
genome.fa : chr # 328 "20_3048546_3048568" chrStart: 85983232
genome.fa : chr # 329 "20_6029746_6029761" chrStart: 86245376
genome.fa : chr # 330 "20_9197571_9197599" chrStart: 86507520
genome.fa : chr # 331 "20_19495656_19495672" chrStart: 86769664
genome.fa : chr # 332 "20_30596178_30596240" chrStart: 87031808
genome.fa : chr # 333 "20_30638459_30638481" chrStart: 87293952
genome.fa : chr # 334 "20_41270012_41270029" chrStart: 87556096
genome.fa : chr # 335 "20_43951000_43951033" chrStart: 87818240
genome.fa : chr # 336 "20_46501971_46501993" chrStart: 88080384
genome.fa : chr # 337 "20_49329332_49329348" chrStart: 88342528
genome.fa : chr # 338 "20_52040722_52040738" chrStart: 88604672
genome.fa : chr # 339 "20_53710960_53710975" chrStart: 88866816
genome.fa : chr # 340 "20_57002039_57002393" chrStart: 89128960
genome.fa : chr # 341 "20_57002857_57003099" chrStart: 89391104
genome.fa : chr # 342 "21_42499012_42499026" chrStart: 89653248
genome.fa : chr # 343 "22_24253654_24253684" chrStart: 89915392
genome.fa : chr # 344 "22_25149146_25149162" chrStart: 90177536
genome.fa : chr # 345 "22_39043646_39043662" chrStart: 90439680
genome.fa : chr # 346 "22_48751985_48752005" chrStart: 90701824
genome.fa : chr # 347 "X_10253784_10253821" chrStart: 90963968
genome.fa : chr # 348 "X_12176379_12176394" chrStart: 91226112
genome.fa : chr # 349 "X_18693007_18693101" chrStart: 91488256
genome.fa : chr # 350 "X_29000964_29000995" chrStart: 91750400
genome.fa : chr # 351 "X_41152087_41152140" chrStart: 92012544
genome.fa : chr # 352 "X_42966962_42966978" chrStart: 92274688
genome.fa : chr # 353 "X_45571706_45571720" chrStart: 92536832
genome.fa : chr # 354 "X_45727927_45727945" chrStart: 92798976
genome.fa : chr # 355 "X_53119742_53119759" chrStart: 93061120
genome.fa : chr # 356 "X_57612705_57612729" chrStart: 93323264
genome.fa : chr # 357 "X_68892368_68892443" chrStart: 93585408
genome.fa : chr # 358 "X_69945684_69945698" chrStart: 93847552
genome.fa : chr # 359 "X_71941011_71941028" chrStart: 94109696
genome.fa : chr # 360 "X_80798444_80798466" chrStart: 94371840
genome.fa : chr # 361 "X_84565079_84565098" chrStart: 94633984
genome.fa : chr # 362 "X_116134859_116134882" chrStart: 94896128
genome.fa : chr # 363 "X_128896294_128896320" chrStart: 95158272
genome.fa : chr # 364 "X_131072902_131072939" chrStart: 95420416
genome.fa : chr # 365 "Y_9113467_9113482" chrStart: 95682560
genome.fa : chr # 366 "Y_19671737_19671770" chrStart: 95944704
genome.fa : chr # 367 "Y_20508007_20508040" chrStart: 96206848
genome.fa : chr # 368 "GL000220.1_116564_116589" chrStart: 96468992
genome.fa : chr # 369 "GL000220.1_160536_160561" chrStart: 96731136
genome.fa : chr # 370 "GL000223.1_58492_58529" chrStart: 96993280
Writing genome to disk...Writing 97255424 bytes into star/Genome ; empty space on disk = 257384607744 bytes ... done
done.
Number of SA indices: 27312
SA size in bytes: 112663
Apr 03 09:52:01 ... starting to sort Suffix Array. This may take a long time...
Number of chunks: 1; chunks size limit: 18483281488 bytes
Apr 03 09:52:01 ... sorting Suffix Array chunks and saving them to disk...
Writing 218496 bytes into star/SA_0 ; empty space on disk = 257287065600 bytes ... done
Apr 03 09:52:01 ... loading chunks from disk, packing SA...
Apr 03 09:52:01 ... writing Suffix Array to disk ...
Writing 112663 bytes into star/SA ; empty space on disk = 257287065600 bytes ... done
Apr 03 09:52:01 ... Finished generating suffix array
Apr 03 09:52:01 ... starting to generate Suffix Array index...
0% done
Apr 03 09:52:01 ... writing SAindex to disk
Writing 8 bytes into star/SAindex ; empty space on disk = 257286946816 bytes ... done
Writing 32 bytes into star/SAindex ; empty space on disk = 257286946816 bytes ... done
Writing 368 bytes into star/SAindex ; empty space on disk = 257286946816 bytes ... done
Apr 03 09:52:01 ..... Finished successfully
DONE: Genome generation, EXITING
|
