1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
|
"""Tests of FCBasisSetO3."""
from pathlib import Path
import numpy as np
import pytest
from symfc.basis_sets import FCBasisSetO4
from symfc.utils.utils import SymfcAtoms
cwd = Path(__file__).parent
def test_fc_basis_set_o4():
"""Test symmetry adapted basis sets of FCBasisSetO4."""
a = 5.4335600299999998
lattice = np.array([[a, 0, 0], [0, a, 0], [0, 0, a]])
positions = np.array(
[
[0.875, 0.875, 0.875],
[0.875, 0.375, 0.375],
[0.375, 0.875, 0.375],
[0.375, 0.375, 0.875],
[0.125, 0.125, 0.125],
[0.125, 0.625, 0.625],
[0.625, 0.125, 0.625],
[0.625, 0.625, 0.125],
]
)
numbers = [1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1]
supercell = SymfcAtoms(cell=lattice, scaled_positions=positions, numbers=numbers)
sbs = FCBasisSetO4(supercell, log_level=1).run()
assert sbs.basis_set.shape[0] == 115
assert sbs.basis_set.shape[1] == 72
compact_basis = sbs.compact_compression_matrix @ sbs.basis_set
assert np.linalg.norm(compact_basis) ** 2 == pytest.approx(18.0)
sbs = FCBasisSetO4(supercell, cutoff=3.5, log_level=1).run()
assert sbs.basis_set.shape[0] == 11
assert sbs.basis_set.shape[1] == 2
compact_basis = sbs.compact_compression_matrix @ sbs.basis_set
assert np.linalg.norm(compact_basis) ** 2 == pytest.approx(0.5)
def test_fc_basis_set_o4_wurtzite():
"""Test symmetry adapted basis sets of FCBasisSetO4."""
lattice = np.array(
[
[3.786186160293827, 0, 0],
[-1.893093080146913, 3.278933398271515, 0],
[0, 0, 6.212678269409001],
]
)
positions = np.array(
[
[0.333333333333333, 0.666666666666667, 0.002126465711614],
[0.666666666666667, 0.333333333333333, 0.502126465711614],
[0.333333333333333, 0.666666666666667, 0.376316514288389],
[0.666666666666667, 0.333333333333333, 0.876316514288389],
]
)
numbers = [1, 1, 2, 2]
supercell = SymfcAtoms(cell=lattice, scaled_positions=positions, numbers=numbers)
sbs = FCBasisSetO4(supercell, log_level=1).run()
assert sbs.basis_set.shape[0] == 120
assert sbs.basis_set.shape[1] == 34
compact_basis = sbs.compact_compression_matrix @ sbs.basis_set
assert np.linalg.norm(compact_basis) ** 2 == pytest.approx(34.0)
sbs = FCBasisSetO4(supercell, cutoff=3.0, log_level=1).run()
assert sbs.basis_set.shape[0] == 34
assert sbs.basis_set.shape[1] == 2
compact_basis = sbs.compact_compression_matrix @ sbs.basis_set
assert np.linalg.norm(compact_basis) ** 2 == pytest.approx(2.0)
def test_fc_basis_set_o3_wurtzite_221():
"""Test symmetry adapted basis sets of FCBasisSetO3."""
lattice = np.array(
[
[7.572372320587654, 0.0, 0.0],
[-3.786186160293826, 6.55786679654303, 0.0],
[0.0, 0.0, 6.212678269409001],
]
)
positions = np.array(
[
[0.166666666666666, 0.333333333333333, 0.002126465711614],
[0.666666666666667, 0.333333333333333, 0.002126465711614],
[0.166666666666666, 0.833333333333333, 0.002126465711614],
[0.666666666666667, 0.833333333333333, 0.002126465711614],
[0.333333333333333, 0.166666666666666, 0.502126465711614],
[0.833333333333333, 0.166666666666666, 0.502126465711614],
[0.333333333333333, 0.666666666666667, 0.502126465711614],
[0.833333333333333, 0.666666666666667, 0.502126465711614],
[0.166666666666666, 0.333333333333333, 0.376316514288389],
[0.666666666666667, 0.333333333333333, 0.376316514288389],
[0.166666666666666, 0.833333333333333, 0.376316514288389],
[0.666666666666667, 0.833333333333333, 0.376316514288389],
[0.333333333333333, 0.166666666666666, 0.876316514288389],
[0.833333333333333, 0.166666666666666, 0.876316514288389],
[0.333333333333333, 0.666666666666667, 0.876316514288389],
[0.833333333333333, 0.666666666666667, 0.876316514288389],
]
)
numbers = [1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2]
supercell = SymfcAtoms(cell=lattice, scaled_positions=positions, numbers=numbers)
"""
sbs = FCBasisSetO4(supercell, cutoff=4.5, log_level=1).run()
assert sbs.basis_set.shape[0] == 3733
assert sbs.basis_set.shape[1] == 2749
"""
sbs = FCBasisSetO4(supercell, cutoff=4.0, log_level=1).run()
assert sbs.basis_set.shape[0] == 948
assert sbs.basis_set.shape[1] == 515
sbs = FCBasisSetO4(supercell, cutoff=3.5, log_level=1).run()
assert sbs.basis_set.shape[0] == 61
assert sbs.basis_set.shape[1] == 4
|
