 |
|
|
|
.. (parent) |
 |
- |
rw-r--r-- |
4,151 |
add_alpha_to_mapping_file.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
3,072 |
add_qiime_labels.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
1,199 |
adjust_seq_orientation.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
6,957 |
align_seqs.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
4,004 |
alpha_diversity.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
2,962 |
alpha_rarefaction.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
2,969 |
ampliconnoise.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
10,151 |
assign_taxonomy.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
4,406 |
beta_diversity.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
3,047 |
beta_diversity_through_plots.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
1,926 |
beta_significance.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
1,387 |
blast_wrapper.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
2,914 |
categorized_dist_scatterplot.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
1,591 |
clean_raxml_parsimony_tree.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
1,774 |
cluster_quality.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
3,265 |
collate_alpha.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
4,649 |
compare_3d_plots.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
6,836 |
compare_alpha_diversity.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
7,977 |
compare_categories.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
5,726 |
compare_distance_matrices.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
8,134 |
compare_taxa_summaries.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
2,063 |
compute_core_microbiome.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
3,632 |
conditional_uncovered_probability.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
1,085 |
consensus_tree.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
2,675 |
convert_fastaqual_fastq.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
4,335 |
core_diversity_analyses.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
1,223 |
count_seqs.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
263 |
cytoscape_usage.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
8,109 |
demultiplex_fasta.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
1,966 |
denoise_wrapper.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
4,457 |
denoiser.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
1,855 |
denoiser_preprocess.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
1,377 |
denoiser_worker.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
2,352 |
detrend.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
1,336 |
dissimilarity_mtx_stats.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
2,218 |
distance_matrix_from_mapping.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
5,552 |
estimate_observation_richness.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
4,351 |
exclude_seqs_by_blast.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
6,645 |
extract_barcodes.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
2,286 |
extract_seqs_by_sample_id.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
3,351 |
filter_alignment.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
1,881 |
filter_distance_matrix.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
3,047 |
filter_fasta.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
1,882 |
filter_otus_by_sample.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
2,516 |
filter_otus_from_otu_table.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
2,689 |
filter_samples_from_otu_table.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
1,868 |
filter_taxa_from_otu_table.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
1,845 |
filter_tree.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
1,211 |
fix_arb_fasta.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
13,835 |
group_significance.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
10,192 |
identify_chimeric_seqs.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
1,162 |
identify_missing_files.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
4,709 |
identify_paired_differences.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
120 |
index.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
2,056 |
inflate_denoiser_output.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
3,275 |
insert_seqs_into_tree.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
3,378 |
jackknifed_beta_diversity.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
4,959 |
join_paired_ends.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
2,367 |
load_remote_mapping_file.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
5,326 |
make_2d_plots.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
11,411 |
make_3d_plots.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
7,870 |
make_bipartite_network.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
1,157 |
make_bootstrapped_tree.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
7,484 |
make_distance_boxplots.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
6,937 |
make_distance_comparison_plots.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
4,702 |
make_distance_histograms.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
1,707 |
make_fastq.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
1,575 |
make_library_id_lists.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
3,604 |
make_otu_heatmap.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
3,647 |
make_otu_heatmap_html.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
5,922 |
make_otu_network.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
2,518 |
make_otu_table.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
1,625 |
make_per_library_sff.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
2,420 |
make_phylogeny.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
3,951 |
make_prefs_file.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
1,842 |
make_qiime_py_file.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
4,618 |
make_rarefaction_plots.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
1,553 |
make_tep.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
3,226 |
map_reads_to_reference.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
1,303 |
merge_mapping_files.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
2,221 |
merge_otu_maps.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
1,404 |
merge_otu_tables.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
2,987 |
multiple_rarefactions.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
2,385 |
multiple_rarefactions_even_depth.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
1,700 |
neighbor_joining.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
2,445 |
nmds.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
2,830 |
parallel_align_seqs_pynast.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
2,814 |
parallel_alpha_diversity.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
3,161 |
parallel_assign_taxonomy_blast.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
2,952 |
parallel_assign_taxonomy_rdp.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
3,066 |
parallel_assign_taxonomy_uclust.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
3,160 |
parallel_beta_diversity.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
2,779 |
parallel_blast.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
6,199 |
parallel_identify_chimeric_seqs.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
2,942 |
parallel_map_reads_to_reference.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
2,074 |
parallel_merge_otu_tables.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
3,814 |
parallel_multiple_rarefactions.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
3,076 |
parallel_pick_otus_blast.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
3,853 |
parallel_pick_otus_trie.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
4,000 |
parallel_pick_otus_uclust_ref.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
4,247 |
parallel_pick_otus_usearch61_ref.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
2,864 |
pick_closed_reference_otus.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
3,149 |
pick_de_novo_otus.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
5,497 |
pick_open_reference_otus.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
19,806 |
pick_otus.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
3,782 |
pick_rep_set.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
2,133 |
plot_rank_abundance_graph.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
4,185 |
plot_semivariogram.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
5,097 |
plot_taxa_summary.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
1,763 |
poller.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
2,484 |
poller_example.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
2,194 |
principal_coordinates.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
1,399 |
print_metadata_stats.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
1,076 |
print_qiime_config.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
1,564 |
process_iseq.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
1,343 |
process_qseq.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
1,852 |
process_sff.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
2,243 |
quality_scores_plot.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
2,325 |
relatedness.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
1,933 |
shared_phylotypes.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
2,475 |
simsam.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
2,336 |
single_rarefaction.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
1,422 |
sort_otu_table.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
1,429 |
split_fasta_on_sample_ids.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
14,758 |
split_libraries.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
5,184 |
split_libraries_fastq.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
996 |
split_otu_table.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
1,218 |
split_otu_table_by_taxonomy.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
1,209 |
start_parallel_jobs.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
1,299 |
start_parallel_jobs_sc.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
1,778 |
start_parallel_jobs_torque.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
1,802 |
submit_to_mgrast.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
954 |
subsample_fasta.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
1,924 |
summarize_otu_by_cat.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
5,093 |
summarize_taxa.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
2,407 |
summarize_taxa_through_plots.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
5,422 |
supervised_learning.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
3,021 |
transform_coordinate_matrices.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
2,117 |
tree_compare.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
1,027 |
trflp_file_to_otu_table.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
1,391 |
trim_sff_primers.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
1,712 |
truncate_fasta_qual_files.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
2,427 |
truncate_reverse_primer.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
1,197 |
unweight_fasta.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
1,823 |
upgma_cluster.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
2,677 |
validate_demultiplexed_fasta.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
5,360 |
validate_mapping_file.rst
|
