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### R code from vignette source 'query.Rnw'
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### code chunk number 1: data
###################################################
library("annotate")
data(sample.ExpressionSet)
affys <- featureNames(sample.ExpressionSet)[490:500]
affys
###################################################
### code chunk number 2: annotation
###################################################
library("hgu95av2.db")
ids <- getPMID(affys,"hgu95av2")
ids <- unlist(ids,use.names=FALSE)
ids <- unique(ids[!is.na(as.numeric(ids))])
length(ids)
ids[1:10]
###################################################
### code chunk number 3: getabsts
###################################################
x <- pubmed(ids[1:10])
a <- xmlRoot(x)
numAbst <- length(xmlChildren(a))
numAbst
###################################################
### code chunk number 4: query.Rnw:170-179
###################################################
arts <- vector("list", length=numAbst)
absts <- rep(NA, numAbst)
for (i in 1:numAbst) {
## Generate the PubMedAbst object for this abstract
arts[[i]] <- buildPubMedAbst(a[[i]])
## Retrieve the abstract text for this abstract
absts[i] <- abstText(arts[[i]])
}
arts[[7]]
###################################################
### code chunk number 5: query.Rnw:203-206
###################################################
found <- grep("cDNA",absts)
goodAbsts <- arts[found]
length(goodAbsts)
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### code chunk number 6: query.Rnw:222-224
###################################################
y <- genbank(ids[1:10], type="uid")
b <- xmlRoot(y)
###################################################
### code chunk number 7: abst2HTML
###################################################
fname <- tempfile()
pmAbst2HTML(goodAbsts, filename=fname)
fnameBase <- tempfile()
pmAbst2HTML(goodAbsts, filename=fnameBase, frames=TRUE)
###################################################
### code chunk number 8: query.Rnw:267-268
###################################################
sessionInfo()
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