1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
|
estimateVBExpression <- function(probFile, outFile, outputType=NULL, trInfoFile=NULL, seed=NULL, samples=NULL, optLimit=1e-5, optMethod="FR", procN=4, verbose=FALSE, veryVerbose=FALSE, pretend=FALSE){
args <- c('estimateExpression ',probFile, '--outPrefix', outFile)
if (!is.null(outputType)) {
args <- c(args, '--outType', outputType)
}
if (!is.null(trInfoFile)) {
args <- c(args, '--trInfoFile', trInfoFile )
}
if (!is.null(seed)) {
args <- c(args, '--seed', seed)
}
if (!is.null( samples)) {
args <- c(args, '--samples',samples )
}
if (!is.null( optLimit)) {
args <- c(args, '--optLimit',optLimit )
}
if (!is.null( optMethod)) {
args <- c(args, '--method',optMethod )
}
if (!is.null(procN)) {
args <- c(args, '--procN', procN)
}
if (!is.null(verbose) && (verbose)) {
args <- c(args, '--verbose')
}
if (!is.null(veryVerbose) && (veryVerbose)) {
args <- c(args, '--veryVerbose')
}
## print(args)
if(pretend){
writeLines(.specialPaste(args))
}else{
argc <- length(args);
result <- .C('_estimateVBExpression', as.integer(argc), as.character(args));
}
}
|
