1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
|
parseAlignment <- function( alignFile, outFile, trSeqFile, inputFormat=NULL, trInfoFile=NULL, expressionFile=NULL, readsN=NULL, uniform=TRUE, limitA=NULL, lenMu=NULL, lenSigma=NULL, excludeSingletons=NULL, mateNamesDiffer=NULL, verbose=NULL, veryVerbose=NULL, procN=NULL, pretend=FALSE){
args <- c('parseAlignment', alignFile, '--outFile', outFile , '--trSeqFile', trSeqFile)
if (!is.null(inputFormat)) {
args <- c(args, '--format', inputFormat)
}
if (!is.null(trInfoFile)) {
args <- c(args, '--trInfoFile', trInfoFile)
}
if (!is.null(expressionFile)) {
args <- c(args, '--expressionFile', expressionFile)
}
if (!is.null(readsN)) {
args <- c(args, '--readsN', readsN)
}
if (!is.null(limitA)) {
args <- c(args, '--limitA', limitA)
}
if (!is.null(lenMu)) {
args <- c(args, '--lenMu', lenMu)
}
if (!is.null(lenSigma)) {
args <- c(args, '--lenSigma', lenSigma)
}
if ((!is.null(uniform)) && (uniform)) {
args <- c(args, '--uniform')
}
if ((!is.null(excludeSingletons)) && (excludeSingletons)) {
args <- c(args, '--excludeSingletons')
}
if ((!is.null(mateNamesDiffer)) && (mateNamesDiffer)) {
args <- c(args, '--mateNamesDiffer')
}
if (!is.null(verbose) && (verbose)) {
args <- c(args, '--verbose')
}
if (!is.null(veryVerbose) && (veryVerbose)) {
args <- c(args, '--veryVerbose')
}
if (!is.null(procN)) {
args <- c(args, '--procN', procN)
}
if(pretend){
writeLines(.specialPaste(args))
}else{
argc <- length(args);
##dyn.load(paste("src/parseAlignment", .Platform$dynlib.ext, sep=""));
result <- .C("_parseAlignment", as.integer(argc), as.character(args));
}
}
|
