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Folder: R
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.. (parent) | |||
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- | rw-r--r-- | 4,724 | DGEList.R |
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- | rw-r--r-- | 3,577 | S3methods.R |
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- | rw-r--r-- | 1,277 | SE2DGEList.R |
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- | rw-r--r-- | 980 | addPriorCount.R |
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- | rw-r--r-- | 1,652 | adjustedProfileLik.R |
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- | rw-r--r-- | 3,142 | aveLogCPM.R |
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- | rw-r--r-- | 1,445 | binomTest.R |
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- | rw-r--r-- | 8,131 | calcNormFactors.R |
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- | rw-r--r-- | 862 | calcNormOffsets.R |
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- | rw-r--r-- | 2,269 | catchKallisto.R |
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- | rw-r--r-- | 3,025 | catchSalmon.R |
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- | rw-r--r-- | 745 | classes.R |
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- | rw-r--r-- | 1,025 | combine.R |
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- | rw-r--r-- | 340 | commonCondLogLikDerDelta.R |
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- | rw-r--r-- | 741 | condLogLikDerDelta.R |
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- | rw-r--r-- | 652 | condLogLikDerSize.R |
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- | rw-r--r-- | 2,662 | cpm.R |
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- | rw-r--r-- | 1,474 | cpmByGroup.R |
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- | rw-r--r-- | 2,138 | cutWithMinN.R |
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- | rw-r--r-- | 1,638 | decidetestsDGE.R |
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- | rw-r--r-- | 1,477 | dglmStdResid.R |
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- | rw-r--r-- | 10,999 | diffSpliceDGE.R |
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- | rw-r--r-- | 3,126 | dispBinTrend.R |
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- | rw-r--r-- | 1,622 | dispCoxReid.R |
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- | rw-r--r-- | 2,303 | dispCoxReidInterpolateTagwise.R |
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- | rw-r--r-- | 1,392 | dispCoxReidPowerTrend.R |
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- | rw-r--r-- | 1,985 | dispCoxReidSplineTrend.R |
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- | rw-r--r-- | 1,935 | dispDeviance.R |
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- | rw-r--r-- | 1,899 | dispPearson.R |
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- | rw-r--r-- | 318 | dropEmptyLevels.R |
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- | rw-r--r-- | 334 | edgeRUsersGuide.R |
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- | rw-r--r-- | 904 | effectiveLibSizes.R |
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- | rw-r--r-- | 1,938 | equalizeLibSizes.R |
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- | rw-r--r-- | 2,093 | estimateCommonDisp.R |
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- | rw-r--r-- | 12,320 | estimateDisp.R |
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- | rw-r--r-- | 1,843 | estimateGLMCommonDisp.R |
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- | rw-r--r-- | 2,982 | estimateGLMRobustDisp.R |
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- | rw-r--r-- | 2,111 | estimateGLMTagwiseDisp.R |
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- | rw-r--r-- | 2,081 | estimateGLMTrendedDisp.R |
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- | rw-r--r-- | 4,110 | estimateTagwiseDisp.R |
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- | rw-r--r-- | 2,549 | estimateTrendedDisp.R |
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- | rw-r--r-- | 3,839 | exactTest.R |
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- | rw-r--r-- | 1,170 | exactTestBetaApprox.R |
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- | rw-r--r-- | 1,514 | exactTestByDeviance.R |
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- | rw-r--r-- | 1,672 | exactTestBySmallP.R |
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- | rw-r--r-- | 2,150 | exactTestDoubleTail.R |
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- | rw-r--r-- | 1,141 | expandAsMatrix.R |
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- | rw-r--r-- | 4,972 | featureCounts2DGEList.R |
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- | rw-r--r-- | 2,208 | filterByExpr.R |
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- | rw-r--r-- | 5,001 | geneset-DGEList.R |
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- | rw-r--r-- | 46 | getCounts.R |
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- | rw-r--r-- | 604 | getDispersion.R |
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- | rw-r--r-- | 520 | getOffset.R |
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- | rw-r--r-- | 578 | getPriorN.R |
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- | rw-r--r-- | 372 | gini.R |
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- | rw-r--r-- | 5,669 | glmQLFTest.R |
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- | rw-r--r-- | 6,110 | glmTreat.R |
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- | rw-r--r-- | 8,107 | glmfit.R |
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- | rw-r--r-- | 2,523 | goana.R |
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- | rw-r--r-- | 852 | gof.R |
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- | rw-r--r-- | 2,203 | goodTuring.R |
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- | rw-r--r-- | 2,482 | kegga.R |
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- | rw-r--r-- | 367 | locfitByCol.R |
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- | rw-r--r-- | 1,200 | loessByCol.R |
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- | rw-r--r-- | 1,732 | maPlot.R |
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- | rw-r--r-- | 12,097 | makeCompressedMatrix.R |
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- | rw-r--r-- | 944 | maximizeInterpolant.R |
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- | rw-r--r-- | 1,215 | maximizeQuadratic.R |
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- | rw-r--r-- | 6,624 | meanvar.R |
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- | rw-r--r-- | 1,809 | mglmLevenberg.R |
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- | rw-r--r-- | 1,009 | mglmOneGroup.R |
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- | rw-r--r-- | 2,839 | mglmOneWay.R |
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- | rw-r--r-- | 920 | modelMatrixMeth.R |
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- | rw-r--r-- | 830 | movingAverageByCol.R |
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- | rw-r--r-- | 2,137 | nbinomDeviance.R |
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- | rw-r--r-- | 324 | nearestReftoX.R |
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- | rw-r--r-- | 3,772 | nearestTSS.R |
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- | rw-r--r-- | 3,884 | normalizeChIPtoInput.R |
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- | rw-r--r-- | 1,550 | plotBCV.R |
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- | rw-r--r-- | 3,592 | plotMD.R |
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- | rw-r--r-- | 3,877 | plotMDS.DGEList.R |
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- | rw-r--r-- | 2,392 | plotSmear.R |
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- | rw-r--r-- | 1,450 | predFC.R |
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- | rw-r--r-- | 12,837 | processAmplicons.R |
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- | rw-r--r-- | 2,937 | q2qnbinom.R |
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- | rw-r--r-- | 2,511 | read10X.R |
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- | rw-r--r-- | 2,472 | readBismark2DGE.R |
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- | rw-r--r-- | 1,871 | readDGE.R |
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- | rw-r--r-- | 1,919 | residDF.R |
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- | rw-r--r-- | 1,025 | rowsum.R |
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- | rw-r--r-- | 3,060 | rpkm.R |
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- | rw-r--r-- | 2,049 | rpkmByGroup.R |
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- | rw-r--r-- | 1,287 | scaleOffset.R |
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- | rw-r--r-- | 8,813 | spliceVariants.R |
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- | rw-r--r-- | 764 | splitIntoGroups.R |
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- | rw-r--r-- | 2,829 | subsetting.R |
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- | rw-r--r-- | 1,463 | sumTechReps.R |
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- | rw-r--r-- | 379 | systematicSubset.R |
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- | rw-r--r-- | 2,255 | topTags.R |
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- | rw-r--r-- | 443 | validDGEList.R |
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- | rw-r--r-- | 9,476 | voomLmFit.R |
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- | rw-r--r-- | 445 | weightedCondLogLikDerDelta.R |
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- | rw-r--r-- | 1,699 | zscoreNBinom.R |
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- | rw-r--r-- | 1,392 | zscoreNBinomRand.R |
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- | rw-r--r-- | 337 | zzz.R |