1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
|
effectiveLibSizes <- function(y, log=FALSE, ...)
UseMethod("effectiveLibSizes")
effectiveLibSizes.DGEList <- function(y, log=FALSE, ...)
# Effective (normalized) library size
# Gordon Smyth.
# Created 19 Apr 2020. Last modified.
{
if(is.null(y$offset)) {
els <- y$samples$lib.size*y$samples$norm.factors
if(log) els <- log(els)
} else {
els <- y$offset[1,]
if(!log) els <- exp(els)
}
els
}
effectiveLibSizes.DGELRT <- effectiveLibSizes.DGEGLM <- function(y, log=FALSE, ...)
# Effective (normalized) library size from DGEGLM fit.
# Gordon Smyth.
# Created 19 Apr 2020. Last modified.
{
els <- y$offset[1,]
if(!log) els <- exp(els)
els
}
effectiveLibSizes.default <- function(y, log=FALSE, ...)
# Effective library sizes for a matrix, i.e., just the column sums
# Gordon Smyth.
# Created 19 Apr 2020. Last modified.
{
y <- as.matrix(y)
els <- colSums(y)
if(log) els <- log(els)
els
}
|
