File: dbs_COSMIC_v3.2_reference_mm10.txt

package info (click to toggle)
r-bioc-mutationalpatterns 3.16.0%2Bdfsg-2
  • links: PTS, VCS
  • area: main
  • in suites: forky, sid, trixie
  • size: 5,360 kB
  • sloc: sh: 8; makefile: 2
file content (79 lines) | stat: -rw-r--r-- 17,834 bytes parent folder | download | duplicates (2) 
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
 
Type	DBS1	DBS2	DBS3	DBS4	DBS5	DBS6	DBS7	DBS8	DBS9	DBS10	DBS11
AC>CA	5.22348709862679e-05	0.000394185454191177	0.00684354238374204	0.00434638407350548	0.00217371209289916	0.00276529650471842	0.050084885281999	0.218746268162254	0.0257556175307157	0.0107608534040435	0.00142967679241396
AC>CG	2.77464908257036e-05	3.34109061440116e-05	5.01141292667724e-05	5.2072620784027e-05	0.000469278031270753	0.000151779432213869	0.00681983732053362	0.000989954041497083	0.00216724098734072	1.97785156024475e-05	0.000202450582283437
AC>CT	0.00450880475917684	0.000132800447133926	0.00325472409431511	8.73476219603034e-18	0.00205182169516649	0.000249500436515948	0.0148399660094811	0.32354099197952	0.0298388251880243	0.0150853085103414	0.000788931135083908
AC>GA	0.00013347743692668	0.000249791317228099	0.00630468077872298	0.00461934539213144	0.000566790349456883	0.00891964060544514	0.0106171227406067	0.00118021242357309	0.0264885009563864	0.00597825189113528	0.000461253388501438
AC>GG	6.00122964449878e-05	4.39506241705136e-18	0.000484975444517152	7.35945709064576e-18	1.12748617902713e-17	0.000108116855823578	0.00277158188706487	0.000824113847495002	0.00746494117861802	0.000659283853414919	0.00234800933060687
AC>GT	0.00311097018348798	0.000295112104742058	0.010885004421385	1.17583337254255e-08	0.000834949224468742	0.000137225240083772	0.0049102828707842	0.000153631099965118	0.0126684135008805	0.0320702484627258	0.00595872590122898
AC>TA	0.00126120412844107	0.0015598782679223	0.0010885004421385	0.00133331105636521	0.00150331490536951	0.0104998100367128	0.00591416292436676	0.0126160638381951	0.0431354244823369	0.000117330177302655	0.000275499761457873
AC>TG	0.00018077259174322	6.70326066485531e-06	1.1962727631423e-17	5.57471000732225e-05	0.00113764371217152	0.000466773733315253	0.00108899162334281	0.00261478097291624	0.018740876170724	8.55951579179369e-06	0.000249410768895574
AC>TT	0.0278515911697404	0.0030775976637386	1.91834731386785e-06	0.000169026047302991	0.00758767725885827	0.00330588078383631	0.00128758528611675	0.000272669766825506	0.0464857487139747	0.000793375484617954	0.00294283836102727
AT>CA	0.000455697356068481	3.58381947328358e-05	0.00682504042531984	0.000865064651508526	9.86818622440473e-05	0.000106608112041097	0.0108953781875669	2.54432345540232e-05	0.0119609565850707	0.00354830110278758	0.00889920006924941
AT>CC	0.000280792769195723	3.95357862528903e-18	0.00880275100311138	6.61075607048e-18	1.94622561647982e-05	5.97566522756673e-05	0.00614460067154673	0.000130877069828249	0.00167641753712016	0.00116601396012283	0.00178359495058796
AT>CG	3.76281219326256e-06	3.95357862528903e-18	0.0141542031547826	8.93396463239155e-18	9.59406994039348e-18	1.70198915714733e-06	0.00108953781875669	0.000243449654365834	8.68346611924035e-18	0.00260342772130873	1.63339748106477e-05
AT>GA	0.00200431202254186	0.00015928086547927	0.00175473340480525	0.000305983566690789	0.0010142302508416	0.00151495738163663	0.0141345446757625	0.00014826633085438	0.00599931444463785	8.10178665395691e-05	0.0105138228666238
AT>GC	0.000164504854680323	5.54638728008173e-06	0.00508969633990471	1.66213295486355e-05	9.59406994039348e-18	1.60847326939198e-05	0.00911874444707175	0.000206840683784505	0.00170467176527386	0.00410115254939754	0.00392390889129352
AT>TA	0.00221230666639055	0.000434229978508963	0.0022782450283383	0.00427810357132491	0.000724580710736384	0.00205734953061765	0.0333732304844391	0.000288295643327962	0.00866462996713788	0.00294519043375853	0.00360473926855672
CC>AA	1.05861371683443e-05	0.725095270558379	0.00930890575178413	6.98318123740184e-18	1.01345638053791e-17	8.19909039483746e-18	9.37324442865412e-18	0.0368344918122886	8.97368688355158e-18	0.014546834876626	7.28839922794515e-18
CC>AG	1.22839138840223e-05	0.0727098296167656	1.13673106539938e-17	0.00541695344558457	0.0234542762353059	0.0608510805207214	8.60596557055634e-05	0.0149851607110361	0.0262644494152729	7.57072501243383e-05	0.000963853612185399
CC>AT	0.0186755438724565	0.100151280463864	0.00603184322090303	0.0156622779181727	0.00234542762353059	0.00043267489071552	0.000883407550134218	0.0278433953856669	0.0193998774090084	0.0111490340295309	0.0342108535189262
CC>GA	0.000133824752882844	0.017726776642104	0.000650292095971718	0.00354147048468236	6.52472869755835e-05	0.0350683986767145	0.00031313272316964	0.000782128710659881	0.010943520589697	0.0035995452723914	0.000945012852276425
CC>GG	9.80715726350392e-05	0.00045068076208739	7.42459479652749e-05	7.28246043329049e-05	1.14858389794296e-05	0.0178799441140432	0.00212556980959524	5.41399354721302e-05	0.00304428845495209	7.86803258655465e-18	0.00342108535189262
CC>GT	0.00691094992499462	0.00110166408510251	1.16745352662639e-17	7.97080258383438e-05	2.39368745117525e-05	0.00339817722388445	0.000169008721445866	0.000221393664698533	0.0178080925959615	0.0011467577858946	0.0689175165091412
CC>TA	0.0103863987312058	0.0160242048742183	0.0213009064507272	0.000169591544336902	0.00122579962217442	0.00219300972006496	9.37324442865412e-18	0.000692217746393665	0.000683472604101988	0.0253773250767418	0.0583071938235612
CC>TG	0.00254666507351681	0.000237358534699359	2.96983791861099e-05	8.28005775291933e-06	0.00464259541941652	0.00678647602560643	0.000244699743933891	0.00407016300602979	0.0154204153763913	7.86803258655465e-18	0.0320292918452555
CC>TT	0.856877895324478	4.17630839534315e-18	1.13673106539938e-17	6.98318123740184e-18	1.01345638053791e-17	8.19909039483746e-18	9.37324442865412e-18	0.00423451638157019	8.97368688355158e-18	0.0218733429531749	0.329217488935754
CG>AT	5.06200281207227e-07	0.000968116818256124	0.000244470526781585	0.000243179347992745	0.00133055560398615	0.00626083626612708	5.41235818755068e-05	0.000261673050145285	0.000183139450699038	6.61362502836214e-18	0.00151701411106935
CG>GC	4.54992624236016e-06	0.000310639222553487	9.55501002561825e-18	4.27660232676896e-06	8.04823877533089e-05	0.000489906286076256	0.000162980834311107	9.18293623180661e-18	1.00350383944678e-05	1.69580128932362e-05	0.000138365023317313
CG>GT	1.42709863690263e-06	0.00107755611075465	9.55501002561825e-18	5.86984633085936e-18	0.00525731726453066	0.00267372583248398	1.80411939585023e-05	0.000983305561104955	8.31235680341753e-05	9.10377534268476e-06	0.000983558599484518
CG>TA	0.000298851243963139	3.51047576706786e-18	0.0842734668025253	5.86984633085936e-18	8.51880112308209e-18	6.89190199056429e-18	7.87885958380967e-18	0.000411200507371162	7.54300385984166e-18	0.319524663988346	6.1514088679625e-18
CG>TC	1.05773193088078e-05	0.00180995752978319	0.000621506057522199	5.86984633085936e-18	2.41771689016996e-05	0.00739841526938889	4.24447413419836e-05	0.00073544754776858	0.000111221675538685	0.00236519653510927	0.000570964102243132
CG>TT	0.00010409425351525	0.00468063435609048	0.00617201998952101	0.000302716360777176	0.00180111795173736	0.0155275382197051	2.72796797536774e-05	0.000267361594713661	6.93253902417821e-05	0.00693493474633925	0.00058263344155905
CT>AA	2.89170496739541e-05	0.00336050154094335	0.000110259123312126	7.29954640516554e-18	0.470158442607783	0.00462602692711215	9.79788871975156e-18	0.0208180231623547	9.38022966969156e-18	0.0043619737988441	0.00456078974075558
CT>AC	0.00043740952394898	4.36551134758062e-18	0.0311508785279891	7.29954640516554e-18	0.210865052585894	0.00201356082764926	1.09467562023773e-17	0.0141481710812119	9.38022966969156e-18	0.0144289209630976	0.00243587633881264
CT>AG	2.97521991230214e-18	0.000614521621350077	0.122034369491091	0.000378533620725013	0.0269382626987721	0.0407875142011004	0.00136563493217776	0.0206159064326231	0.000605243200416905	0.0294128004247758	0.000514125388957902
CT>GA	9.31191635710001e-05	1.89486223959734e-05	1.84122031161998e-05	0.000701799247239487	0.0162436715149899	0.00757924947433105	0.00202677565331144	0.00562895092302505	0.00295342042815122	8.2244849489656e-18	0.0120239002256284
CT>GC	0.000263072076456188	0.000140282618843118	2.87958292921961e-05	7.52896072075646e-05	0.00489327992842864	0.0018483455802524	0.0169078610650581	0.000239508324731946	0.00323420335617968	8.2244849489656e-18	0.00633327848091286
CT>GG	1.12745175624081e-05	9.4010292329194e-05	6.4121567829091e-05	0.000965625710169042	0.000575086507052438	0.00703197396732894	0.00433534899104052	0.000309238596489348	0.0108153424129482	8.2244849489656e-18	0.00416690335405397
CT>TA	0.00815314649651919	0.00353847202753536	0.000196967754266323	7.29954640516554e-18	0.00336980514658797	9.12814241867663e-05	9.79788871975156e-18	0.0110153617703722	9.38022966969156e-18	0.00447296549856023	0.043223848224888
CT>TC	0.0109613365190078	4.02003922654906e-05	0.00678682370678526	7.29954640516554e-18	0.000239114916090224	8.57054095871222e-18	0.0684985140584402	0.0179883889461123	3.11981031142735e-05	0.00305227174219371	0.00309926393746799
CT>TG	0.00233841845738834	0.000408285233946388	0.0558788955038155	3.21180041827284e-05	0.000881799310813738	0.0115650673177804	9.79788871975156e-18	0.000976223804603626	9.83780184870091e-18	0.0507232067702737	0.00153408382189051
GC>AA	0.0015049404004636	0.00485233504998247	2.10969203692239e-05	0.312075503379614	0.000122432851808267	7.81981064647291e-18	8.93964977155681e-18	0.0118946037697811	8.55857526272608e-18	0.00413179406470316	0.000945747880678904
GC>AG	0.000101916849904814	0.000310434821111083	0.000509842242256245	0.0107513816713099	0.00244865703616535	0.00344825385133625	7.21896497039433e-05	0.00785597086190192	0.117656688755879	7.50406716163e-18	0.00311151052743359
GC>AT	4.63864541155552e-05	0.00091029041390419	0.00389707001264831	0.00879139527813302	0.00144525997999233	0.00177123421871917	0.000346114758854523	0.00508056331561966	0.1195543772842	0.0078483833336886	0.0257243423544662
GC>CA	5.48636500422173e-05	0.00101249510885461	0.000231480098495652	0.0113222514945652	0.00421610873144259	0.00818724753227103	0.000662562538378658	0.00445356094635988	0.0259983328379928	0.000106332935488684	0.00199552802823249
GC>CG	4.90534371037186e-06	6.39018139456353e-05	1.08414729675178e-17	9.35275060433415e-07	0.000297336925820078	8.51699858362832e-18	0.00262058317418425	0.000223139078471861	0.0023721106604008	7.50406716163e-18	0.00382082143794278
GC>TA	7.8771247543253e-07	0.000703015471808483	0.00413148023897302	0.016840659786034	0.000204361602266431	0.000781038918786269	6.17073170072064e-06	0.00789285335421131	0.0132838196982445	0.00284567189260193	0.000229816735004973
TA>AT	0.000485929626879327	0.00265362499239527	0.00143071490316506	0.0292199323374712	0.00173903257627713	0.00815678007287415	0.0557450179423308	0.00903549166887834	0.0148575233373795	0.0106397550575072	0.00213059069577522
TA>CG	7.26488848106716e-06	1.82376408568257e-05	0.00329557777694572	0.000373899792081457	7.33741552236713e-06	0.000246511789833653	0.00304699470831737	1.94682243174801e-05	0.00129404235519111	0.00420474935445718	0.000557966352615572
TA>CT	0.00067549029320651	0.000270187271952974	0.000339424777026745	0.00838150690732728	0.00211101815409042	0.0248415355778314	0.029071326561323	0.00381912534457744	0.0136114084768251	0.00165734646088093	0.00322932580794629
TA>GC	1.93409613866821e-05	7.93192634090513e-05	0.00196353286710239	6.74749753319237e-05	4.85441179046343e-05	0.000251270704695307	0.00150851213428171	0.000734948755334537	0.000555000387893078	7.58082547847389e-18	0.000974530273403912
TA>GG	6.7645253009142e-05	7.6134913418177e-05	0.00538738163536636	0.00213382400622323	0.00151584122958915	0.000207488687968094	0.0043057531779829	0.00020213419506666	0.00311528715138602	0.0087880284561526	0.000358283188751438
TA>GT	0.001106572417646	0.00125444090549595	0.000357185375824656	0.00774712679736902	0.00177623113405846	5.94864357706691e-05	0.0262740855176219	0.000142518579931793	0.00745751816547175	0.0036932226690001	0.00255097630391024
TC>AA	1.13459015269383e-05	0.0015135799591519	0.00585986964095734	0.394071787476342	0.0406422728898124	0.0471556700657598	0.0211815844463469	0.0390968972250247	0.00382623465258288	0.00836663065965266	0.000224277346132756
TC>AG	3.21640694662748e-06	0.000208769649538194	6.55366112850237e-06	0.00194436475614976	0.0149893531202526	0.00852508620402818	4.32277233598918e-06	0.011688763087894	0.0484241621343144	0.00029991493502194	0.0489896138557265
TC>AT	0.00256063465653838	4.35284719287134e-18	0.00119545610161606	0.00874444256642753	0.000752485646573754	0.000611582271158543	0.0024747871623538	0.0186415618212102	0.0537124539305672	0.00341969427755644	0.0874371589070561
TC>CA	4.60081511459336e-06	0.00071190450492524	0.0699128345141539	0.0879643092889143	0.00143857550080276	0.0121492774405232	0.00292867825763267	0.0177346750299081	0.0506016940504185	0.0278887688655088	0.000291457196356854
TC>CG	3.43499770999051e-05	4.06056968351786e-06	0.000123815096238807	0.000415906899711178	1.06635666493072e-17	0.000887515013028054	0.00176152972691559	0.010983406694659	0.00807760648878607	0.0009318390232047	0.00334865714963193
TC>CT	0.00197772595423696	0.00349689162976475	0.0207070074744212	8.6092728240214e-06	0.00105629669639364	0.00966794196326384	0.00993156944193512	0.00882703143534063	0.0532976859465474	0.0289954660427116	0.0207740767616055
TC>GA	6.682631908527e-05	0.000923805699206506	0.0830415042015447	0.0378475278737173	2.47475226012224e-05	0.0075572624079187	9.76946547933552e-18	0.00968353562712596	0.0179387153088574	0.0484733363614797	0.000242880996964045
TC>GG	0.000427813351153364	1.03027822047098e-05	0.00018892475891611	1.08135793924906e-05	3.50086905090463e-05	0.00155469567247374	0.000762969317302089	0.00192461530154117	0.00386771145098486	8.20062608307224e-18	0.00757582003296361
TC>GT	0.00530863282453079	8.94577948271158e-05	0.0463239239376226	7.27837074494562e-18	3.88314785531376e-05	8.54567819969008e-18	9.76946547933552e-18	0.000278111949332649	9.48781763445347e-18	0.0507974004336054	0.0157097495908659
TG>AA	0.00139794933058722	0.00302891739162004	6.98956944407839e-05	0.00777712399348155	0.0177511902606205	0.0257375364188094	0.0239424816164798	0.00854446796468702	0.0160605595756868	0.00154054893440184	0.00793315222831027
TG>AC	0.000241835030181877	0.000225122238566354	8.41259555844165e-05	0.00012027531208792	0.00143981876558366	0.0101940830521559	0.00277563282456536	0.00380302909410925	0.00738989038704072	0.000224572978465621	0.000877408662799066
TG>AT	0.00245916634066802	0.0043898836520439	0.00100239633644118	7.13497614080876e-18	0.0201180156287032	0.223058648963015	0.00136662837545393	0.00811971406586443	0.000758302369839391	0.00271223403943985	0.0106383267429449
TG>CA	0.000284691870973601	0.000147352737970705	0.0166368494252764	0.000819502973887179	0.000469420364669742	0.0115061927519383	0.0253197040103481	0.00499826680940073	0.0231759973623836	0.0316788935806576	0.0568390600265909
TG>CC	0.000105101300036849	6.07830044129155e-05	0.000506429881876338	0.000122313876699579	0.000499005681770776	0.00796349656252572	0.00111237193350902	0.00123474970587963	0.0119945951261458	0.000206129786997429	0.00317123454337307
TG>CT	0.00188774179677836	0.00314147851090321	0.00635130037807722	8.36830773086285e-05	0.000323466133637973	0.27756166726167	9.57699264659189e-18	0.0192620954117222	0.000983963396788915	0.00469758935630983	0.00565351078339352
TG>GA	0.000415303195291239	0.00150422586678428	0.000547237248391167	0.00800136610076411	0.00322479956401272	0.00750930474337026	0.00874006519185655	0.000267693736234703	0.0062819150745408	2.1914851038674e-05	0.00740630176104062
TG>GC	9.07136463424844e-05	0.000278332949500219	0.00052107868011243	0.000615646512721214	0.000287963753116732	0.00565216486060126	0.00411047914477617	0.00349681116705111	0.0039744802494263	8.03906169289974e-18	0.00620062473017354
TG>GT	0.00193876184533993	0.00654901057647575	0.0107773301308394	3.29228184783033e-05	0.0815568574751842	0.0276552352107991	0.00922739003891765	0.00776410615057109	0.00339508031536671	0.0023542191462338	0.00530903163171721
TT>AA	0.00506487644617206	0.00398748108327821	0.00304617943001896	1.65879469607628e-05	0.00438677868216746	0.00017612043543071	0.225088980202321	0.00319725733813593	0.00031338890182313	0.0142226591951383	0.00436946286522138
TT>AC	0.000664246091301253	0.000319183520587235	0.00229882484936213	6.08224721894636e-07	0.000861306546132879	0.000116805262876325	0.0383130179067781	1.00919016538927e-17	0.00612073339044589	7.26826928523965e-18	0.000952671148811368
TT>AG	0.000385631758561005	0.000198911469351465	0.0216638226544826	6.45086826251886e-18	0.000796218163247061	0.00193458716638914	0.0516267916293834	0.0130390941722861	0.00084366865652092	0.00682687641366639	0.00116335803749081
TT>CA	0.000668858911379734	3.85795733579354e-18	0.000656536808830174	6.45086826251886e-18	9.36202767535738e-18	7.57409126463672e-18	0.0935795462373053	0.00561752755778631	8.29883220956853e-18	0.00126532623184334	0.00185038050057593
TT>CC	0.00500029696507333	2.75700548217379e-06	0.00771951060526545	6.45086826251886e-18	0.000689223561242977	7.57409126463672e-18	0.0339070208474985	0.000262568060729598	0.00474218983403916	0.00282491437806885	0.00366411980312066
TT>CG	7.73108645153403e-05	1.40625782983361e-05	0.0300833869175786	6.68125641475169e-18	9.36202767535738e-18	1.02204605016785e-05	0.00255739394527743	0.000103598282464739	1.81967749445688e-05	0.00841589075133012	9.12365830977044e-18
TT>GA	0.0017159690691949	4.43156250322567e-05	0.0116360270152898	6.45086826251886e-18	2.66594883326844e-05	7.57409126463672e-18	0.0417611895183881	0.00324191177023279	8.42749627483316e-18	0.00852378678660359	0.000647633175201576
TT>GC	0.000977917856637954	1.42476122233143e-06	0.0629102273590873	6.45086826251886e-18	5.04657872785931e-05	3.73229316534508e-07	0.00351521939294688	0.000255423351594099	3.27174337387198e-05	0.0253065246368668	5.29465311550935e-06
TT>GG	0.00148532806527086	3.85795733579354e-18	0.161769156066225	6.45086826251886e-18	9.36202767535738e-18	7.57409126463672e-18	8.65874204693182e-18	0.000480481689362326	8.28964191919249e-18	0.0830799471605666	6.7236598387264e-18