File: dbs_COSMIC_v3.2_reference_GRCh37.txt

package info (click to toggle)
r-bioc-mutationalpatterns 3.8.1%2Bdfsg-1
  • links: PTS, VCS
  • area: main
  • in suites: bookworm
  • size: 5,336 kB
  • sloc: sh: 8; makefile: 2
file content (79 lines) | stat: -rw-r--r-- 17,758 bytes parent folder | download | duplicates (2) 
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
 
Type	DBS1	DBS2	DBS3	DBS4	DBS5	DBS6	DBS7	DBS8	DBS9	DBS10	DBS11
AC>CA	4.97126349633023e-05	0.000374079158890813	0.0063473232068572	0.00414185748142889	0.0021398219882088	0.00266057088135458	0.0458801320676095	0.214923551692663	0.0245918183020509	0.00963041738228935	0.00136990659976803
AC>CG	2.64067115298024e-05	3.17067094567882e-05	4.64803982864346e-05	4.96222538837858e-05	0.00046196156941704	0.000146031334089387	0.00624729467151545	0.000972654026962609	0.00206931154005063	1.77007671512483e-05	0.00019398677398175
AC>CT	0.00429109062359289	0.000126026668503322	0.00301872694247382	8.32373290953826e-18	0.0020198319701784	0.000240051508092143	0.0135941132052176	0.317886927619846	0.0284905212035956	0.0135005851153589	0.000755948459434036
AC>GA	0.000127032286525943	0.00023705016218482	0.00584753397797081	0.00440197413485197	0.00055795358384136	0.0085818414142941	0.00972578834461525	0.0011595875347139	0.0252915854895076	0.00535023187904964	0.000441969866494502
AC>GG	5.71145162254439e-05	4.17088260046709e-18	0.000449810305997754	7.01314515575279e-18	1.1099076667812e-17	0.000104022320173262	0.00253890055450388	0.000809711985446776	0.00712762863795216	0.000590025571708278	0.00224984660545844
AC>GT	0.00296075250485663	0.000280059263340716	0.0100957424235052	1.12050250705323e-08	0.00082193162350824	0.000132028329450679	0.00449805216349112	0.000150946308398103	0.012095975668895	0.0287012439119112	0.00570961071874119
AC>TA	0.00120030506953647	0.00148031324908664	0.00100957424235052	0.001270569807105	0.0014798768890416	0.010102167632211	0.0054176539391382	0.012395590888321	0.041186297318882	0.000105004550897236	0.000263982001707124
AC>TG	0.000172043726633561	6.3613461244534e-06	1.10953208812779e-17	5.31238242183271e-05	0.0011199068349504	0.000449096363055717	0.000997568013147587	0.00256908617604718	0.0178940466506793	7.66033199878883e-06	0.000238983706090919
AC>TT	0.0265067369522638	0.00292061803198175	1.77924965483556e-06	0.000161072235388901	0.0074693786223924	0.00318068248222089	0.00117948923398212	0.00026790470629597	0.0443852330329699	0.000710030772733691	0.00281980774550791
AT>CA	0.000482122536263817	3.78080005509966e-05	0.00703703234272043	0.000916410978982818	0.00010799101622736	0.000114024466343768	0.0110951953366114	2.77901150560745e-05	0.0126957761152864	0.00353015299683088	0.00947935369766489
AT>CC	0.000297075504710277	4.17088260046709e-18	0.00907617239657691	7.00314066908267e-18	2.1298228200396e-05	6.3913714029533e-05	0.00625729034298987	0.000142949152986283	0.00177940799096141	0.00116005027657899	0.00189987046683157
AT>CG	3.98101181396264e-06	4.17088260046709e-18	0.0145938454834827	9.46424438993173e-18	1.049912657766e-17	1.82039060303208e-06	0.00110951953366114	0.000265905417443015	9.21693352621583e-18	0.00259011225546515	1.73988137488786e-05
AT>GA	0.0021205389561811	0.000168035558004429	0.00180923700856875	0.000324145368111827	0.0011099076667812	0.00162034767962196	0.0143937669231716	0.000161942397089355	0.00636788140585627	8.0603493355402e-05	0.0111992364360598
AT>GC	0.000174044235082789	5.85123818051138e-06	0.00524778690330714	1.76078965394079e-05	1.049912657766e-17	1.72036914132702e-05	0.00928597879974056	0.000225919640383915	0.00180939801328098	0.00408017683486402	0.00417971502702946
AT>TA	0.00234059488559612	0.000458096937893028	0.00234900937576605	0.0045320324615635	0.00079293403581756	0.00220047215751131	0.033985283013044	0.000314887994340413	0.00919694017800278	0.00293012699170382	0.00383973820664907
CC>AA	1.06026947809055e-05	0.724153238066708	0.00908616818115464	7.00314066908267e-18	1.049912657766e-17	8.30178132151993e-18	9.03608701287993e-18	0.0380864526487928	9.01700004408534e-18	0.0137005937837346	7.34949891116424e-18
CC>AG	1.23031269627489e-05	0.0726153661376284	1.10953208812779e-17	0.00543243626187413	0.024297978651156	0.0616132204103166	8.29640732377251e-05	0.0154944886104013	0.0263912196412254	7.13030902759326e-05	0.000971933733558046
CC>AT	0.0187047540002767	0.100021165478827	0.00588751711628172	0.0157070440720854	0.0024297978651156	0.000438094002268161	0.000851631209620986	0.028789759482552	0.0194935145077233	0.0105004550897236	0.0344976479503627
CC>GA	0.00013403406609824	0.0177037462897524	0.00063473232068572	0.00355159276789193	6.7594376823792e-05	0.0355076189052961	0.000301869278527626	0.000808712341020299	0.0109963415171772	0.0033901469289679	0.00095293502888973
CC>GG	9.82249648570681e-05	0.000450095244654721	7.24694381885271e-05	7.30327526918622e-05	1.1899010121348e-05	0.0181038845686158	0.00204911265225707	5.59800878827401e-05	0.00305898227659658	7.41032116331922e-18	0.00344976479503627
CC>GT	0.006921759234327	0.0011002328202671	1.13951944186098e-17	7.99358484942436e-05	2.4797937059616e-05	0.00344073828265405	0.000162929445033123	0.000228918573663348	0.0178940466506793	0.00108004680922871	0.0694952618130496
CC>TA	0.0104026439359828	0.0160033864766123	0.020791231921674	0.000170076273392008	0.0012698943574884	0.00222047644985232	9.03608701287993e-18	0.000715745409357891	0.000686771511118251	0.0239010358708947	0.0587959912893139
CC>TG	0.00255064827276501	0.00023705016218482	2.89877752754108e-05	8.30372393619803e-06	0.0048095998893852	0.00687147441913758	0.000235897846796423	0.00420850303547028	0.0154948448651134	7.41032116331922e-18	0.0322977979361367
CC>TT	0.858218124718579	4.17088260046709e-18	1.10953208812779e-17	7.00314066908267e-18	1.049912657766e-17	8.30178132151993e-18	9.03608701287993e-18	0.00437844258797146	9.01700004408534e-18	0.0206008928426958	0.331977365783201
CG>AT	6.03153297442078e-07	0.00115024340300651	0.000283880282007472	0.000290130113433425	0.0016398635797488	0.00754161821256148	6.20731198561775e-05	0.000321885505325756	0.000218927162932892	7.41032116331922e-18	0.00181987592085972
CG>GC	5.42137789740641e-06	0.000369078100616872	1.10953208812779e-17	5.10228820176023e-06	9.9191748238464e-05	0.00059012662405985	0.000186919056571742	1.12959820191958e-17	1.19960089278297e-05	1.90008234956903e-05	0.0001659886828916
CG>GT	1.70043218184334e-06	0.00128027091812899	1.10953208812779e-17	7.00314066908267e-18	0.0064794609736416	0.00322069106690292	2.06910399520592e-05	0.00120956975603778	9.93669406188561e-05	1.02004420871601e-05	0.00117991955308487
CG>TA	0.000356090503962487	4.17088260046709e-18	0.0978587310159559	7.00314066908267e-18	1.049912657766e-17	8.30178132151993e-18	9.03608701287993e-18	0.000505820079797616	9.01700004408533e-18	0.35801551639248	7.37949686590368e-18
CG>TC	1.2603203230133e-05	0.00215045505779478	0.000721695646511953	7.00314066908267e-18	2.9797521144216e-05	0.00891191223792079	4.86789200804484e-05	0.000904678205962139	0.000132955765616779	0.00265011485597786	0.000684953299884014
CG>TT	0.000124031523852102	0.00556117680062278	0.00716697754223089	0.000361161968791264	0.0022198153335624	0.0187040133388461	3.12864517149494e-05	0.000328883016311098	8.28724283430903e-05	0.00777033676639546	0.000698952345429089
CT>AA	2.77070420218003e-05	0.00321067941187035	0.000102956581150597	7.00314066908267e-18	0.46596123668472	0.00448096148438667	9.03608701287993e-18	0.0205926751854365	9.01700004408534e-18	0.00393017033358226	0.00439970002845206
CT>AC	0.000419106520113152	4.17088260046709e-18	0.0290877331211881	7.00314066908267e-18	0.20898261473628	0.00195041850324866	1.0095628189169e-17	0.013995021970685	9.01700004408534e-18	0.0130005634444197	0.00234983978792326
CT>AG	2.85072454014913e-18	0.000587124241360715	0.113951944186098	0.000363162866125287	0.026697779011764	0.0395084773734985	0.00125945460577751	0.020392746300141	0.000581806432999741	0.0265011485597786	0.000495966185025505
CT>GA	8.92226768355445e-05	1.81038309516677e-05	1.7192749473692e-05	0.000673301952898948	0.016098660752412	0.00734157528915136	0.00186919056571742	0.00556801945547969	0.00283905544625303	7.41032116331922e-18	0.0115992091659191
CT>GC	0.000252064064602659	0.000134028361741628	2.6888660514088e-05	7.22323937582527e-05	0.004849596562062	0.00179038416452057	0.0155932475001026	0.000236915729075168	0.0031089656471292	7.41032116331922e-18	0.00610958344860047
CT>GG	1.08027456258283e-05	8.98190065999866e-05	5.987474962059e-05	0.000926415465652936	0.0005699525856444	0.00681146154211454	0.00399826858976989	0.000305891194502116	0.0103965410707858	7.41032116331922e-18	0.00401972593508575
CT>TA	0.00781198549423322	0.00338071539318435	0.000183922436230193	7.00314066908267e-18	0.0033397221685128	8.84189721472725e-05	9.03608701287993e-18	0.0108961242486048	9.01700004408534e-18	0.0040301746677701	0.0416971570878297
CT>TC	0.0105026693584441	3.84081275438696e-05	0.00633732742227948	7.00314066908267e-18	0.00023698028561004	8.30178132151993e-18	0.0631726437183642	0.0177936707912995	2.99900223195743e-05	0.0027501191901657	0.0029897961556981
CT>TG	0.00224056946313475	0.000390082545367425	0.0521779954957395	3.08138189439638e-05	0.00087392729798808	0.0112024037109667	9.03608701287993e-18	0.000965656515977267	9.45685370477243e-18	0.0457019807238446	0.00147989910047933
GC>AA	0.00158040167488969	0.00508107520632441	2.15908946878922e-05	0.328147162779874	0.00013298893665036	8.30178132151993e-18	9.03608701287993e-18	0.0128954131015598	9.01700004408534e-18	0.00408017683486402	0.000999931824648195
GC>AG	0.000107027202033669	0.000325068787806188	0.000521779954957395	0.0113050699372335	0.0026597787330072	0.00366078549840518	7.29684017633004e-05	0.00851697051358832	0.123958758920907	7.41032116331922e-18	0.00328977570309256
GC>AT	4.87123807386885e-05	0.00095320170701322	0.00398831804651342	0.00924414568318913	0.0015698694025644	0.00188040348005512	0.000349848501604865	0.00550804078989103	0.125958093742212	0.00775033589955789	0.0271981456304309
GC>CA	5.76146433377507e-05	0.00106022435407557	0.000236900094492151	0.0119053391374405	0.0045796190214936	0.00869186502216966	0.000669709988786456	0.00482828257988633	0.0273908870518779	0.000105004550897236	0.00210985615000769
GC>CG	5.1513092567607e-06	6.69141597053353e-05	1.10953208812779e-17	9.8344103967261e-07	0.00032297313186516	9.04194013813737e-18	0.00264885294072255	0.000241913951207555	0.00249916852663119	7.41032116331922e-18	0.00403972457157871
GC>TA	8.27210243755553e-07	0.000736155777924166	0.00422821687637889	0.017707941406109	0.00022198153335624	0.000829177917534942	6.23729900004102e-06	0.00855695629064741	0.0139953437491347	0.00281012179067841	0.000242983433389511
TA>AT	0.000505128383429933	0.00275058205066774	0.00144938876377054	0.030413639477159	0.0018698444476404	0.00857183926812359	0.0557758468272899	0.00969655093683177	0.0154948448651134	0.0104004507555357	0.00222984796896548
TA>CG	7.55191939583364e-06	1.89040002754983e-05	0.00333859204896111	0.000389174531467594	7.8893436854988e-06	0.000259055585816104	0.00304867979969954	2.08925685133798e-05	0.00134955100438084	0.00411017813512038	0.000583960185594546
TA>CT	0.000702178465678837	0.000280059263340716	0.000343854989473839	0.00872391237634299	0.0022698111744084	0.0261056015050205	0.0290874039905759	0.00409854214855776	0.0141952772312652	0.00162007021384307	0.0033797695673109
TA>GC	2.01051099147359e-05	8.22173980235957e-05	0.00198916113096785	7.02314964242291e-05	5.2195657843224e-05	0.000264056658901357	0.00150934639263813	0.000788719452490749	0.000578807430767784	7.41032116331922e-18	0.00101993046114116
TA>GG	7.03178719903451e-05	7.89166995627944e-05	0.00545769837943942	0.00222099604076622	0.0016298644115796	0.00021804678651703	0.00430813440547705	0.000216922840545618	0.00324891908462055	0.00859037230673578	0.000374974434243073
TA>GT	0.00115029235830579	0.00130027515122475	0.000361847401713749	0.00806361625611519	0.0019098411203172	6.25134135656621e-05	0.026288615977737	0.000152945597251058	0.00777741245487626	0.00361015646418116	0.00266981797181068
TC>AA	1.09027710482896e-05	0.00145030689944299	0.00548768573317261	0.379170044797476	0.040396639403568	0.0458098294609173	0.0195915160898724	0.0387862037473271	0.00368877274530764	0.00756032766460099	0.000216985205948658
TC>AG	3.09078555405642e-06	0.000200042330957654	6.13741173072492e-06	0.00187083900731209	0.014898760572108	0.00828177702917892	3.99826858976989e-06	0.011595875347139	0.0466844680774706	0.000271011745649056	0.0473967684883245
TC>AT	0.00246062539254977	4.17088260046709e-18	0.00111952787270552	0.00841377328956933	0.00074793777905616	0.000594127482528053	0.00228900876764326	0.0184934218898338	0.0517827718717983	0.00309013392640437	0.0845942323652373
TC>CA	4.42112367279268e-06	0.0006821443485656	0.0654723889841176	0.0846379572291992	0.0014298810481956	0.011802532481197	0.0027088269695691	0.017593741906004	0.0487837696398408	0.0252010922153366	0.000281980774550791
TC>CG	3.3008389412253e-05	3.89082333712637e-06	0.000115951101101643	0.000400179466804724	1.0599118259352e-17	0.000862184999897612	0.00162929445033123	0.0108961242486048	0.00778740912898279	0.000842036493861644	0.00323977911186015
TC>CT	0.00190048302676608	0.00335070904354071	0.0193918220807921	8.28371496285779e-06	0.001049912657766	0.00939201525410508	0.00918602208499631	0.00875688517594292	0.0513829049075373	0.0262011355572151	0.0200986296754287
TC>GA	6.42163212202013e-05	0.000885187314487618	0.0777672040147229	0.0364163314792299	2.4597953696232e-05	0.00734157528915136	9.03608701287993e-18	0.00960658293844879	0.0172942462042878	0.0438018983742756	0.000234983978792326
TC>GG	0.000411104486316242	9.87208903276022e-06	0.000176925387025783	1.04046661369228e-05	3.4797105228816e-05	0.0015103240717464	0.000705694406094385	0.00190932085457203	0.00372875944173374	7.41032116331922e-18	0.00732950027467127
TC>GT	0.00510129654553001	8.57181388153546e-05	0.043381705067339	7.00314066908267e-18	3.8596789133112e-05	8.30178132151993e-18	9.03608701287993e-18	0.00027590186170779	9.14695680747015e-18	0.0459019893922203	0.0151989637346526
TG>AA	0.00137034828772081	0.00296062649817328	6.67718409792222e-05	0.00763342332930011	0.01799850270456	0.0255054727347902	0.0225902175321999	0.00864692428903039	0.0157947450883091	0.00142006154546738	0.00782946618699537
TG>AC	0.000237060251233454	0.000220046564053419	8.03661080049321e-05	0.000118052942707394	0.0014598785527032	0.010102167632211	0.00261886592629928	0.00384863104193838	0.0072675820754435	0.000207008971768837	0.000865940960145337
TG>AT	0.00241061268131908	0.00429090799904168	0.000957596162546331	7.00314066908267e-18	0.020398303065168	0.221047430368182	0.00128944162020079	0.00821707718564506	0.000745751888346747	0.00250010835469609	0.0104992841588061
TG>CA	0.00027907092866723	0.000144030478289511	0.0158932974785873	0.000804360728277496	0.00047596040485392	0.0114024466343768	0.0238896548238751	0.00505820079797616	0.0227924169628765	0.0292012655828504	0.0560961753627638
TG>CC	0.000103026185135214	5.94125722944232e-05	0.000483795973562029	0.000120053840041417	0.00050595790936152	0.00789169332852919	0.0010495455048146	0.00124955553309688	0.0117960754456992	0.000190008234956903	0.00312978661114885
TG>CT	0.0018504703155354	0.00307064978019999	0.00606744123868082	8.21368355616696e-05	0.00032797271594976	0.275059019688914	9.03608701287993e-18	0.0194930663163113	0.000967678053511597	0.00433018767033363	0.00557961958153693
TG>GA	0.000407103469417787	0.00147031113253876	0.000522779533415168	0.00785352203604271	0.0032697279913284	0.00744159675085642	0.00824642896640039	0.000270903639575403	0.0061779445978323	2.02008755059444e-05	0.00730950163817831
TG>GC	8.89226005681604e-05	0.000272057570102409	0.000497790071970848	0.000604270994875134	0.00029197571054064	0.00560120185548332	0.00387832053207679	0.00353874126973036	0.00390869957565118	7.41032116331922e-18	0.00611958276684695
TG>GT	0.00190048302676608	0.00640135459064493	0.0102956581150597	3.23144919444815e-05	0.082693120759284	0.0274058805071863	0.00870622985422393	0.00785720519211316	0.00333888915157927	0.00217009405187621	0.00523964276115654
TT>AA	0.00549139569312937	0.00431091223213744	0.00321864263402838	1.80080760062126e-05	0.0049195907392464	0.000193041421090765	0.234898279648981	0.00357872704678946	0.000340886587032494	0.0145006284572373	0.00476967480357189
TT>AC	0.000720183041721884	0.000345073020901953	0.00242897565238787	6.60296120227795e-07	0.00096591964514472	0.000128027470982476	0.0399826858976989	1.12959820191958e-17	0.00665778495494549	7.41032116331922e-18	0.00103992909763412
TT>AG	0.000418106265888538	0.000215045505779478	0.0228903466829968	7.00314066908267e-18	0.00089292571750956	0.00212045498814726	0.0538766692471492	0.0145948086265715	0.000917694682978973	0.00696030165947392	0.00126991341730321
TT>CA	0.000725184312844953	4.17088260046709e-18	0.000693707449694315	7.00314066908267e-18	1.049912657766e-17	8.30178132151993e-18	0.0976577103051295	0.00628776344254349	9.02699671819186e-18	0.00129005591102318	0.00201986228578935
TT>CC	0.00542137789740641	2.98063073126904e-06	0.00815656021542595	7.00314066908267e-18	0.00077293569947916	8.30178132151993e-18	0.0353846770194635	0.000293895461384385	0.00515828383896678	0.0028801248246099	0.00399972729859278
TT>CG	8.38213040226304e-05	1.52032171527817e-05	0.0317865949571747	7.25325283583563e-18	1.049912657766e-17	1.12024037109667e-05	0.0026688442836714	0.00011595875347139	1.9793414730919e-05	0.00858037187331699	9.95932097349603e-18
TT>GA	0.00186047285778153	4.79101382643581e-05	0.0122948150306053	7.00314066908267e-18	2.9897512825908e-05	8.30178132151993e-18	0.0435811276284918	0.00362870926811333	9.16695015568321e-18	0.00869037664092362	0.000706951800026274
TT>GC	0.00106026947809055	1.54032594837394e-06	0.0664719674418904	7.00314066908267e-18	5.6595291837672e-05	4.09087778373693e-07	0.00366841143111387	0.000285898305972566	3.55881598192282e-05	0.0258011182204637	5.77960594646657e-06
TT>GG	0.0016104093016281	4.17088260046709e-18	0.170927916279147	7.00314066908267e-18	1.049912657766e-17	8.30178132151993e-18	9.03608701287993e-18	0.000537808701444896	9.01700004408534e-18	0.0847036710571036	7.33949959291775e-18