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Folder: R
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- | rw-r--r-- | 44,812 | PureCN-internal.R |
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- | rw-r--r-- | 3,223 | annotateTargets.R |
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- | rw-r--r-- | 3,017 | bootstrapResults.R |
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- | rw-r--r-- | 3,793 | calculateBamCoverageByInterval.R |
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- | rw-r--r-- | 295 | calculateIntervalWeights.R |
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- | rw-r--r-- | 2,973 | calculateLogRatio.R |
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- | rw-r--r-- | 12,215 | calculateMappingBiasVcf.R |
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- | rw-r--r-- | 5,725 | callAlterations.R |
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- | rw-r--r-- | 7,129 | callAmplificationsInLowPurity.R |
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- | rw-r--r-- | 5,902 | callLOH.R |
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- | rw-r--r-- | 7,019 | callMutationBurden.R |
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- | rw-r--r-- | 12,261 | correctCoverageBias.R |
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- | rw-r--r-- | 2,839 | createCurationFile.R |
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- | rw-r--r-- | 16,353 | createNormalDatabase.R |
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- | rw-r--r-- | 9,081 | filterIntervals.R |
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- | rw-r--r-- | 27,098 | filterVcf.R |
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- | rw-r--r-- | 2,375 | findFocal.R |
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- | rw-r--r-- | 8,070 | getSex.R |
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- | rw-r--r-- | 28,010 | plotAbs.R |
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- | rw-r--r-- | 1,793 | poolCoverage.R |
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- | rw-r--r-- | 6,186 | processMultipleSamples.R |
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- | rw-r--r-- | 8,180 | readCoverageFile.R |
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- | rw-r--r-- | 1,751 | readLogRatioFile.R |
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- | rw-r--r-- | 4,246 | readSegmentationFile.R |
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- | rw-r--r-- | 56,604 | runAbsoluteCN.R |
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- | rw-r--r-- | 18,099 | segmentationCBS.R |
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- | rw-r--r-- | 2,794 | segmentationHclust.R |
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- | rw-r--r-- | 6,236 | setMappingBiasVcf.R |
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- | rw-r--r-- | 3,930 | setPriorVcf.R |