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#include <math.h>
#include <time.h>
#include <string.h>
#include <stdlib.h>
#include "adesub.h"
void gearymoran (int *param, double *data, double *bilis,
double *obs, double *result, double *obstot, double *restot);
void VarianceDecompInOrthoBasis (int *param, double *z, double *matvp,
double *phylogram, double *phylo95,double *sig025, double *sig975,
double *test1, double *test2, double*test3, double *test4, double *test5);
void gearymoran (int *param, double *data, double *bilis,
double *obs, double *result, double *obstot, double *restot)
{
/* Declarations des variables C locales */
int nobs, nvar, nrepet, i, j, k, krepet, kvar ;
int *numero;
double provi;
double *poili;
double **mat, **tab, **tabperm;
/* Allocation memoire pour les variables C locales */
nobs = param[0];
nvar = param [1];
nrepet = param [2];
vecalloc(&poili,nobs);
taballoc(&mat,nobs,nobs);
taballoc(&tab,nobs,nvar);
taballoc(&tabperm,nobs,nvar);
vecintalloc (&numero, nobs);
/* Dfinitions des variables C locales */
k = 0;
for (i=1; i<=nvar; i++) {
for (j=1; j<=nobs; j++) {
tab[j][i] = data[k] ;
k = k+1 ;
}
}
k = 0;
provi = 0;
for (j=1; j<=nobs; j++) {
for (i=1; i<=nobs; i++) {
mat[i][j] = bilis[k] ;
provi = provi + bilis[k];
k = k+1 ;
}
}
for (j=1; j<=nobs; j++) {
for (i=1; i<=nobs; i++) {
mat[i][j] = mat[i][j]/provi ;
}
}
/* mat contient une distribution de frquence bivarie */
for (j=1; j<=nobs; j++) {
provi = 0;
for (i=1; i<=nobs; i++) {
provi = provi + mat[i][j] ;
}
poili[j] = provi;
}
/* poili contient la distribution marginale
le test sera du type xtPx avec x centr norm pour la pondration
marginale et A = QtFQ soit la matrice des pij-pi.p.j */
matmodifcn(tab,poili);
/* le tableau est normalis pour la pondration marginale de la forme*/
for (j=1; j<=nobs; j++) {
for (i=1; i<=nobs; i++) {
mat[i][j] = mat[i][j] -poili[i]*poili[j] ;
}
}
for (kvar=1; kvar<=nvar; kvar++) {
provi = 0;
for (j=1; j<=nobs; j++) {
for (i=1; i<=nobs; i++) {
provi = provi + tab[i][kvar]*tab[j][kvar]*mat[i][j] ;
}
}
obs[kvar-1] = provi;
}
k=0;
/* les rsultats se suivent par simulation */
for (krepet=1; krepet<=nrepet; krepet++) {
getpermutation (numero, krepet);
matpermut (tab, numero, tabperm);
matmodifcn (tabperm,poili);
for (kvar=1; kvar<=nvar; kvar++) {
provi = 0;
for (j=1; j<=nobs; j++) {
for (i=1; i<=nobs; i++) {
provi = provi + tabperm[i][kvar]*tabperm[j][kvar]*mat[i][j] ;
}
}
result[k] = provi;
k = k+1;
}
}
/* libration mmoire locale */
freevec(poili);
freetab(mat);
freeintvec(numero);
freetab(tab);
freetab(tabperm);
}
void VarianceDecompInOrthoBasis (int *param, double *z, double *matvp,
double *phylogram, double *phylo95,double *sig025, double *sig975,
double *R2Max, double *SkR2k, double*Dmax, double *SCE, double *ratio)
{
/* param contient 4 entiers : nobs le nombre de points, npro le nombre de vecteurs
nrepet le nombre de permutations, posinega la nombre de vecteurs de la classe posi
qui est nul si cette notion n'existe pas. Exemple : la base Bscores d'une phylognie a posinega = 0
mais la base Ascores a posinega prendre dans Adim
z est un vecteur nobs composantes de norme 1
pour la pondration uniforme. matvp est une matrice nobsxnpro contenant en
colonnes des vecteurs orthonorms pour la pondration uniforme. En gn
La procdure placera
dans phylogram les R2 de la dcomposition de z dans la base matvp
dans phylo95 les quantiles 0.95 des R2
dans sig025 les quantiles 0.025 des R2 cumuls
dans sig975 les quantiles 0.975 des R2 cumuls
Ecrit l'origine pour les phylognies
peut servir pour une base de vecteurs propres de voisinage */
/* Declarations des variables C locales */
int nobs, npro, nrepet, i, j, k, n1, n2, n3, n4;
int irepet, posinega, *numero, *vecrepet;
double **vecpro, *zperm, *znorm;
double *locphylogram, *modelnul;
double a1, provi, **simul, *copivec, *copicol;
/* Allocation memoire pour les variables C locales */
nobs = param[0];
npro = param [1];
nrepet = param [2];
posinega = param[3];
vecalloc (&znorm, nobs);
vecalloc (&zperm, nobs);
vecalloc (&copivec, npro);
vecalloc (&copicol, nrepet);
taballoc (&vecpro, nobs, npro);
taballoc (&simul, nrepet, npro);
vecalloc (&locphylogram, npro);
vecalloc (&modelnul, npro);
vecintalloc (&numero, nobs);
vecintalloc (&vecrepet, nrepet);
/* Dfinitions des variables C locales */
for (i = 1 ; i<= nobs; i++) znorm[i] = z[i-1];
for (i = 1 ; i<= npro; i++) modelnul[i] = (double) i/ (double) npro;
k = 0;
for (j=1; j<=npro; j++) {
for (i=1; i<=nobs; i++) {
vecpro[i][j] = matvp[k] ;
k = k+1 ;
}
}
/* calcul du phylogramme observ */
for (j = 1; j<= npro; j++) {
provi = 0;
for (i=1; i<=nobs; i++) provi = provi + vecpro[i][j]*znorm[i];
provi = provi*provi/nobs/nobs;
locphylogram[j] = provi;
}
for (i =1 ; i<= npro ; i++) phylogram[i-1] = locphylogram[i];
/* calcul des simulations
Chaque ligne de simul est un phylogramme aprs permutation des donnes */
for (irepet=1; irepet<=nrepet; irepet++) {
getpermutation (numero, irepet);
vecpermut (znorm, numero, zperm);
provi = 0;
for (j = 1; j<= npro; j++) {
provi = 0;
for (i=1; i<=nobs; i++) provi = provi + vecpro[i][j]*zperm[i];
provi = provi*provi/nobs/nobs;
simul[irepet][j] = provi;
}
}
/* calcul du test sur le max du phylogramme */
for (irepet=1; irepet<=nrepet; irepet++) {
for (j=1; j<=npro; j++) copivec[j] = simul[irepet][j];
R2Max[irepet] = maxvec(copivec);
provi=0;
for (j=1; j<=npro; j++) provi = provi + j*simul[irepet][j];
SkR2k[irepet] =provi;
if (posinega>0) {
provi=0;
for (j=1; j<posinega; j++) provi = provi + simul[irepet][j];
ratio[irepet] = provi;
}
}
R2Max[0] = maxvec(locphylogram);
provi=0;
for (j=1; j<=npro; j++) provi = provi + j*locphylogram[j];
SkR2k[0] =provi;
if (posinega>0) {
provi=0;
for (j=1; j<posinega; j++) provi = provi + locphylogram[j];
ratio[0] = provi;
}
/* quantiles 95 du sup */
n1 = (int) floor (nrepet*0.95);
n2 = (int) ceil (nrepet*0.95);
for (i =1; i<=npro; i++) {
for (irepet = 1; irepet<= nrepet; irepet++) {
copicol[irepet] = simul [irepet][i];
}
trirap (copicol, vecrepet);
phylo95[i-1] = 0.5*(copicol[n1]+copicol[n2]);
}
for (irepet=1; irepet<=nrepet; irepet++) {
provi = 0;
for (j=1; j<=npro; j++) {
provi = provi + simul[irepet][j];
copivec[j] = provi;
}
for (j=1; j<=npro; j++) simul[irepet][j] = copivec[j];
}
n1 = (int) floor (nrepet*0.025);
n2 = (int) ceil (nrepet*0.025);
n3 = (int) floor (nrepet*0.975);
n4 = (int) ceil (nrepet*0.975);
/* quantiles 2.5 du cumul */
for (i =1; i<=npro; i++) {
for (irepet = 1; irepet<= nrepet; irepet++) {
copicol[irepet] = simul [irepet][i];
}
trirap (copicol, vecrepet);
sig025[i-1] = 0.5*(copicol[n1]+copicol[n2]);
sig975[i-1] = 0.5*(copicol[n3]+copicol[n4]);
}
provi = 0;
for (j=1; j<=npro; j++) {
a1 = modelnul[j];
provi = provi + locphylogram[j];
locphylogram[j] = provi-a1;
for (irepet = 1; irepet<= nrepet; irepet++) {
simul [irepet][j] = simul [irepet][j]-a1;
}
}
/* simul contient maintenant les cumuls simuls en carts */
/* locphylogram contient maintenant les cumuls observs en cart*/
/* Dmax */
for (j=1; j<=npro; j++) {
for (irepet=1; irepet<=nrepet; irepet++) {
for (j=1; j<=npro; j++) copivec[j] = simul[irepet][j];
Dmax[irepet] = maxvec(copivec);
provi=0;
for (j=1; j<=npro; j++) provi = provi + copivec[j]* copivec[j];
SCE[irepet] =provi;
}
}
Dmax[0] = maxvec (locphylogram);
provi=0;
for (j=1; j<=npro; j++) provi = provi +locphylogram[j]*locphylogram[j];
SCE[0] =provi;
/* retour */
freevec (znorm);
freevec (modelnul);
freevec(copivec);
freevec(copicol);
freevec (zperm);
freetab (vecpro);
freetab (simul);
freevec (locphylogram);
freeintvec (numero);
freeintvec (vecrepet);
}
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