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|
### R code from vignette source 'networkVignette.Rnw'
###################################################
### code chunk number 1: networkVignette.Rnw:151-153
###################################################
library(network)
set.seed(1702)
###################################################
### code chunk number 2: networkVignette.Rnw:171-173
###################################################
data("flo")
data("emon")
###################################################
### code chunk number 3: networkVignette.Rnw:184-186
###################################################
net <- network.initialize(5)
net
###################################################
### code chunk number 4: networkVignette.Rnw:213-216
###################################################
nmat <- matrix(rbinom(25, 1, 0.5), nr = 5, nc = 5)
net <- network(nmat, loops = TRUE)
net
###################################################
### code chunk number 5: networkVignette.Rnw:218-219
###################################################
summary(net)
###################################################
### code chunk number 6: networkVignette.Rnw:221-222
###################################################
all(nmat == net[,])
###################################################
### code chunk number 7: networkVignette.Rnw:234-236
###################################################
net <- as.network(nmat, loops = TRUE)
all(nmat == net[,])
###################################################
### code chunk number 8: networkVignette.Rnw:242-244
###################################################
nflo <- network(flo, directed = FALSE)
nflo
###################################################
### code chunk number 9: networkVignette.Rnw:248-253
###################################################
nflo[9,]
nflo[9,1]
nflo[9,4]
is.adjacent(nflo, 9, 1)
is.adjacent(nflo, 9, 4)
###################################################
### code chunk number 10: networkVignette.Rnw:260-268
###################################################
network.size(nflo) #Number of vertices
network.edgecount(nflo) #Number of edges
network.density(nflo) #Network density
has.loops(nflo) #Can nflo have loops?
is.bipartite(nflo) #Is nflo coded as bipartite?
is.directed(nflo) #Is nflo directed?
is.hyper(nflo) #Is nflo hypergraphic?
is.multiplex(nflo) #Are multiplex edges allowed?
###################################################
### code chunk number 11: networkVignette.Rnw:274-278
###################################################
as.sociomatrix(nflo)
all(nflo[,]==as.sociomatrix(nflo))
all(as.matrix(nflo)==as.sociomatrix(nflo))
as.matrix(nflo,matrix.type="edgelist")
###################################################
### code chunk number 12: networkVignette.Rnw:287-305
###################################################
#Add edges to an empty network
net <- network.initialize(5,loops=TRUE)
net[nmat>0] <- 1 #One way to add edges
all(nmat==net[,]) #Should be TRUE
net[,] <- 0 #Remove the edges
net[,] <- nmat #Not quite kosher, but _will_ work....
all(nmat==net[,]) #Should still be TRUE
net[,] <- 0 #Remove the edges
for(i in 1:5) #Add the hard way!
for(j in 1:5)
if(nmat[i,j])
net[i,j] <- 1
all(nmat==net[,]) #Should STILL be TRUE
net[,] <- 0 #Remove the edges
add.edges(net,row(nmat)[nmat>0],col(nmat)[nmat>0])
all(nmat==net[,]) #When will it all end??
net[,] <- as.numeric(nmat[,])
all(nmat==net[,]) #When will it all end??
###################################################
### code chunk number 13: networkVignette.Rnw:309-317
###################################################
#Add edges (redux)
net<-network.initialize(5) #Create empty graph
add.edge(net,2,3) #Create 2->3 edge
net[,] #Trust, but verify
add.edges(net,c(3,5),c(4,4)) #3 and 5 send ties to 4
net[,] #Again, verify edges
net[,2]<-1 #Everyone sends ties to 2
net[,] #Note that loops are not created!
###################################################
### code chunk number 14: networkVignette.Rnw:323-328
###################################################
#Deleting vertices
delete.vertices(net,4) #Remove vertex 4
net[,] #It's gone!
add.vertices(net,2) #Add two new vertices
net[,] #Both are isolates
###################################################
### code chunk number 15: networkVignette.Rnw:334-338
###################################################
#Retrieving edges
get.edges(net,1) #Out-edges sent by vertex 1
get.edges(net,2,neighborhood="in") #In-edges to vertex 2
get.edges(net,1,alter=2) #Out-edges from 1 to 2
###################################################
### code chunk number 16: networkVignette.Rnw:343-347
###################################################
#Retrieving edge IDs
get.edgeIDs(net,1) #Same as above, but gets ID numbers
get.edgeIDs(net,2,neighborhood="in")
get.edgeIDs(net,1,alter=2)
###################################################
### code chunk number 17: networkVignette.Rnw:351-354
###################################################
#Vertex neighborhoods
get.neighborhood(net,1) #1's out-neighbors
get.neighborhood(net,2,type="in") #2's in-neighbors
###################################################
### code chunk number 18: networkVignette.Rnw:358-364
###################################################
#Deleting edges
net[2,3]<-0 #This deletes the 2->3
#edge
net[2,3]==0 #Should be TRUE
delete.edges(net,get.edgeIDs(net,2,neighborhood="in")) #Remove all->2
net[,]
###################################################
### code chunk number 19: networkVignette.Rnw:376-379
###################################################
net <- network.initialize(5)
set.network.attribute(net, "boo", 1:10)
net %n% "hoo" <- letters[1:7]
###################################################
### code chunk number 20: networkVignette.Rnw:382-388
###################################################
#List attributes
list.network.attributes(net)
#Retrieve attributes
get.network.attribute(net,"boo")
net %n% "hoo"
###################################################
### code chunk number 21: networkVignette.Rnw:392-395
###################################################
#Delete attributes
delete.network.attribute(net,"boo")
list.network.attributes(net)
###################################################
### code chunk number 22: networkVignette.Rnw:403-417
###################################################
#Add vertex attributes
set.vertex.attribute(net,"boo",1:5) #Create a numeric attribute
net %v% "hoo" <- letters[1:5] #Now, a character attribute
#Listing attributes
list.vertex.attributes(net) #List all vertex attributes
#Retrieving attributes
get.vertex.attribute(net,"boo") #Retrieve 'em
net %v% "hoo"
#Deleting attributes
delete.vertex.attribute(net,"boo") #Remove one
list.vertex.attributes(net) #Check to see that it's gone
###################################################
### code chunk number 23: networkVignette.Rnw:426-447
###################################################
#Create a network with some edges
net <- network(nmat)
#Add attributes
set.edge.attribute(net,"boo",sum(nmat):1)
set.edge.value(net,"hoo",matrix(1:25,5,5)) #Note: only sets for extant edges!
net %e% "woo" <- matrix(rnorm(25),5,5) #Ditto
net[,,names.eval="zoo"] <- nmat*6 #Ditto if add.edges!=TRUE
#List attributes
list.edge.attributes(net)
#Retrieving attributes
get.edge.attribute(get.edges(net,1),"boo") #Get the attribute for 1's out-edges
get.edge.value(net,"hoo")
net %e% "woo"
as.sociomatrix(net,"zoo")
#Deleting attributes
delete.edge.attribute(net,"boo")
list.edge.attributes(net)
###################################################
### code chunk number 24: networkVignette.Rnw:462-477
###################################################
#Extract location information
MtSHloc<-emon$MtStHelens%v%"Location"
#Build an incidence matrix based on Local/Non-local/Both placement
MtSHimat<-cbind(MtSHloc%in%c("L","B"),MtSHloc%in%c("NL","B"))
#Convert incidence matrix to a hypergraph
MtSHbyloc<-network(MtSHimat,matrix="incidence",hyper=TRUE,directed=FALSE,
loops=TRUE)
#Set vertex names, for convenience
MtSHbyloc%v%"vertex.names"<-emon$MtStHelens%v%"vertex.names"
#Examine the result
MtSHbyloc
###################################################
### code chunk number 25: networkVignette.Rnw:489-491
###################################################
plot(nflo, displaylabels = TRUE, boxed.labels = FALSE)
plot(nflo, displaylabels = TRUE, mode = "circle")
###################################################
### code chunk number 26: networkVignette.Rnw:502-507
###################################################
op<-par(no.readonly=TRUE) # cache the plot params
par(mfcol=c(1,2),mar=c(1,1,1,1),cex=0.5) # adjust margins and text size to fit two panels
plot(nflo, displaylabels = TRUE,boxed.labels = TRUE)
plot(nflo, displaylabels = TRUE, mode = "circle")
par(op) # reset the plot params
###################################################
### code chunk number 27: networkVignette.Rnw:513-514
###################################################
plot(emon$MtSi)
###################################################
### code chunk number 28: networkVignette.Rnw:521-522
###################################################
plot(emon$MtSi)
###################################################
### code chunk number 29: networkVignette.Rnw:532-541
###################################################
library(sna)
network.layout.degree <- function(d, layout.par){
id <- degree(d, cmode = "indegree")
od <- degree(d, cmode = "outdegree")
cbind(id, od)
}
plot(emon$MtStHelens, mode = "degree", displaylabels = TRUE,
boxed.labels = FALSE, suppress.axes = FALSE, label.cex = 0.5,
xlab = "Indegree", ylab = "Outdegree", label.col = 3)
###################################################
### code chunk number 30: networkVignette.Rnw:548-551
###################################################
plot(emon$MtStHelens, mode = "degree", displaylabels = TRUE,
boxed.labels = FALSE, suppress.axes = FALSE, label.cex = 0.5,
xlab = "Indegree", ylab = "Outdegree", label.col = 3)
###################################################
### code chunk number 31: networkVignette.Rnw:559-564
###################################################
plot(MtSHbyloc, displaylabels = TRUE, label =
c(network.vertex.names(MtSHbyloc), "Local", "Non-Local"),
boxed.labels = FALSE, label.cex = rep(c(0.5, 1), times = c(27, 2)),
label.col = rep(c(3, 4), times = c(27, 2)), vertex.col = rep(c(2, 5),
times = c(27, 2)))
###################################################
### code chunk number 32: networkVignette.Rnw:573-578
###################################################
plot(MtSHbyloc, displaylabels = TRUE, label =
c(network.vertex.names(MtSHbyloc), "Local", "Non-Local"),
boxed.labels = FALSE, label.cex = rep(c(0.5, 1), times = c(27, 2)),
label.col = rep(c(3, 4), times = c(27, 2)), vertex.col = rep(c(2, 5),
times = c(27, 2)))
###################################################
### code chunk number 33: networkVignette.Rnw:718-730
###################################################
rnbernexp <- function(n, nv, p = 0.5, onset.hazard = 1,
termination.hazard = 1){
nets <- list()
for(i in 1:n)
nets[[i]] <- .Call("rnbernexp_R", network.initialize(nv,
directed = FALSE), p, onset.hazard, termination.hazard,
PACKAGE = "networkapi.example")
if(i > 1)
nets
else
nets[[1]]
}
|
