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// Writing molecules - example3.cpp
#include <iostream>
#include <string>
#include <GraphMol/SmilesParse/SmilesParse.h>
#include <GraphMol/SmilesParse/SmilesWrite.h>
#include <GraphMol/FileParsers/FileParsers.h>
#include <GraphMol/GraphMol.h>
#include <GraphMol/MolOps.h>
int main(int argc, char **argv) {
std::string file_root = getenv("RDBASE");
file_root += "/Docs/Book";
std::string mol_file = file_root + "/data/chiral.mol";
RDKit::ROMOL_SPTR mol(RDKit::MolFileToMol(mol_file));
std::cout << RDKit::MolToSmiles(*mol, true) << std::endl;
// 2nd parameter doIsomericSmiles defaults to true
std::cout << RDKit::MolToSmiles(*mol, false) << std::endl;
RDKit::ROMOL_SPTR mol1(RDKit::SmilesToMol("C1=CC=CN=C1"));
std::cout << RDKit::MolToSmiles(*mol1) << std::endl;
RDKit::ROMOL_SPTR mol2(RDKit::SmilesToMol("c1cccnc1"));
std::cout << RDKit::MolToSmiles(*mol2) << std::endl;
RDKit::ROMOL_SPTR mol3(RDKit::SmilesToMol("n1ccccc1"));
std::cout << RDKit::MolToSmiles(*mol3) << std::endl;
RDKit::RWMOL_SPTR mol4(new RDKit::RWMol(*mol));
RDKit::MolOps::Kekulize(*mol4);
std::cout << RDKit::MolToSmiles(*mol4) << std::endl;
mol1.reset(RDKit::SmilesToMol("C1CCC1"));
std::cout << RDKit::MolToMolBlock(*mol1) << std::endl;
mol1->setProp("_Name", "cyclobutane");
std::cout << RDKit::MolToMolBlock(*mol1) << std::endl;
}
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