1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
|
Description: rearrange linking order to fix FTBFS with ld --as-needed
Thanks to Logan Rosen <logan@ubuntu.com> for the patch.
Author: Sascha Steinbiss <satta@debian.org>
--- a/src/Makefile
+++ b/src/Makefile
@@ -73,7 +73,7 @@
$(CC) $(CPPFLAGS) $(CFLAGS) -c bam2perfect.cpp
bam2fcdEstimate: bam2fcdEstimate.o $(BAM2FCDESTIMATE_OBJS)
- $(CC) $(CPPFLAGS) $(CFLAGS) bam2fcdEstimate.o -lbamtools $(TABIX) $(BAM2FCDESTIMATE_OBJS) -o bam2fcdEstimate $(LDFLAGS)
+ $(CC) $(CPPFLAGS) $(CFLAGS) bam2fcdEstimate.o -lbamtools $(BAM2FCDESTIMATE_OBJS) $(TABIX) -o bam2fcdEstimate $(LDFLAGS)
bam2fcdEstimate.o: bam2fcdEstimate.cpp $(BAM2FCDESTIMATE_OBJS)
$(CC) $(CPPFLAGS) $(CFLAGS) -c bam2fcdEstimate.cpp
@@ -109,13 +109,13 @@
$(CC) $(CPPFLAGS) $(CFLAGS) -c scaff2contig.cpp
task_gapresize: task_gapresize.o $(GAPRESIZE_OBJS)
- $(CC) $(CPPFLAGS) $(CFLAGS) task_gapresize.o -lbamtools $(TABIX) $(GAPRESIZE_OBJS) -o task_gapresize $(LDFLAGS)
+ $(CC) $(CPPFLAGS) $(CFLAGS) task_gapresize.o -lbamtools $(GAPRESIZE_OBJS) $(TABIX) -o task_gapresize $(LDFLAGS)
task_gapresize.o: task_gapresize.cpp $(GAPRESIZE_OBJS)
$(CC) $(CPPFLAGS) $(CFLAGS) -c task_gapresize.cpp
task_fcdrate: task_fcdrate.o $(FCDRATE_OBJS)
- $(CC) $(CPPFLAGS) $(CFLAGS) task_fcdrate.o -lbamtools $(TABIX) $(FCDRATE_OBJS) -o task_fcdrate $(LDFLAGS)
+ $(CC) $(CPPFLAGS) $(CFLAGS) task_fcdrate.o $(TABIX) $(FCDRATE_OBJS) -lbamtools -o task_fcdrate $(LDFLAGS)
task_fcdrate.o: task_fcdrate.cpp $(FCDRATE_OBJS)
$(CC) $(CPPFLAGS) $(CFLAGS) -c task_fcdrate.cpp
|
