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285
|
global_
_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
2HI 2HI '(2S,3R)-2,7-DIHYDROXY-3-(4-HYDROXYPH' non-polymer 32 20 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_2HI
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
2HI O2 O O 0.000 0.000 0.000 0.000
2HI C7 C C 0.000 -1.045 -0.101 0.608
2HI C3 C CR6 0.000 -1.450 0.861 1.649
2HI C2 C CR16 0.000 -0.681 2.006 1.880
2HI H2 H H 0.000 0.196 2.202 1.275
2HI C8 C CH1 0.000 -2.033 -1.227 0.351
2HI H8 H H 0.000 -1.510 -2.101 -0.062
2HI C10 C CR6 0.000 -3.108 -0.768 -0.601
2HI C15 C CR16 0.000 -3.920 0.299 -0.261
2HI H15 H H 0.000 -3.787 0.799 0.690
2HI C14 C CR16 0.000 -4.902 0.726 -1.134
2HI H14 H H 0.000 -5.532 1.567 -0.871
2HI C13 C CR6 0.000 -5.081 0.077 -2.347
2HI O4 O OH1 0.000 -6.050 0.490 -3.204
2HI HO4 H H 0.000 -6.871 0.017 -3.014
2HI C12 C CR16 0.000 -4.269 -0.998 -2.682
2HI H12 H H 0.000 -4.407 -1.507 -3.628
2HI C11 C CR16 0.000 -3.285 -1.417 -1.808
2HI H11 H H 0.000 -2.651 -2.256 -2.069
2HI C9 C CH1 0.000 -2.645 -1.574 1.717
2HI H9 H H 0.000 -3.309 -2.443 1.609
2HI O3 O OH1 0.000 -1.599 -1.887 2.639
2HI HO3 H H 0.000 -1.983 -2.107 3.499
2HI O1 O O2 0.000 -3.390 -0.469 2.205
2HI C4 C CR6 0.000 -2.600 0.605 2.411
2HI C5 C CR16 0.000 -2.942 1.499 3.420
2HI H5 H H 0.000 -3.817 1.315 4.031
2HI C6 C CR6 0.000 -2.166 2.624 3.646
2HI O5 O OH1 0.000 -2.508 3.489 4.634
2HI HO5 H H 0.000 -2.078 3.223 5.457
2HI C1 C CR16 0.000 -1.037 2.876 2.869
2HI H1 H H 0.000 -0.443 3.763 3.050
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
2HI O2 n/a C7 START
2HI C7 O2 C8 .
2HI C3 C7 C2 .
2HI C2 C3 H2 .
2HI H2 C2 . .
2HI C8 C7 C9 .
2HI H8 C8 . .
2HI C10 C8 C15 .
2HI C15 C10 C14 .
2HI H15 C15 . .
2HI C14 C15 C13 .
2HI H14 C14 . .
2HI C13 C14 C12 .
2HI O4 C13 HO4 .
2HI HO4 O4 . .
2HI C12 C13 C11 .
2HI H12 C12 . .
2HI C11 C12 H11 .
2HI H11 C11 . .
2HI C9 C8 O1 .
2HI H9 C9 . .
2HI O3 C9 HO3 .
2HI HO3 O3 . .
2HI O1 C9 C4 .
2HI C4 O1 C5 .
2HI C5 C4 C6 .
2HI H5 C5 . .
2HI C6 C5 C1 .
2HI O5 C6 HO5 .
2HI HO5 O5 . .
2HI C1 C6 H1 .
2HI H1 C1 . END
2HI C1 C2 . ADD
2HI C3 C4 . ADD
2HI C10 C11 . ADD
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
2HI C1 C2 double 1.390 0.020
2HI C1 C6 single 1.390 0.020
2HI H1 C1 single 1.083 0.020
2HI C2 C3 single 1.390 0.020
2HI H2 C2 single 1.083 0.020
2HI C3 C4 double 1.487 0.020
2HI C3 C7 single 1.500 0.020
2HI C5 C4 single 1.390 0.020
2HI C4 O1 single 1.370 0.020
2HI C6 C5 double 1.390 0.020
2HI H5 C5 single 1.083 0.020
2HI O5 C6 single 1.362 0.020
2HI O1 C9 single 1.426 0.020
2HI C7 O2 double 1.220 0.020
2HI C8 C7 single 1.500 0.020
2HI C9 C8 single 1.524 0.020
2HI C10 C8 single 1.480 0.020
2HI H8 C8 single 1.099 0.020
2HI O3 C9 single 1.432 0.020
2HI H9 C9 single 1.099 0.020
2HI HO3 O3 single 0.967 0.020
2HI C10 C11 single 1.390 0.020
2HI C15 C10 double 1.390 0.020
2HI C11 C12 double 1.390 0.020
2HI H11 C11 single 1.083 0.020
2HI C12 C13 single 1.390 0.020
2HI H12 C12 single 1.083 0.020
2HI C13 C14 double 1.390 0.020
2HI O4 C13 single 1.362 0.020
2HI C14 C15 single 1.390 0.020
2HI H14 C14 single 1.083 0.020
2HI H15 C15 single 1.083 0.020
2HI HO4 O4 single 0.967 0.020
2HI HO5 O5 single 0.967 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
2HI O2 C7 C3 120.500 3.000
2HI O2 C7 C8 120.500 3.000
2HI C3 C7 C8 120.000 3.000
2HI C7 C3 C2 120.000 3.000
2HI C7 C3 C4 120.000 3.000
2HI C2 C3 C4 120.000 3.000
2HI C3 C2 H2 120.000 3.000
2HI C3 C2 C1 120.000 3.000
2HI H2 C2 C1 120.000 3.000
2HI C7 C8 H8 108.810 3.000
2HI C7 C8 C10 109.500 3.000
2HI C7 C8 C9 109.470 3.000
2HI H8 C8 C10 109.470 3.000
2HI H8 C8 C9 108.340 3.000
2HI C10 C8 C9 109.470 3.000
2HI C8 C10 C15 120.000 3.000
2HI C8 C10 C11 120.000 3.000
2HI C15 C10 C11 120.000 3.000
2HI C10 C15 H15 120.000 3.000
2HI C10 C15 C14 120.000 3.000
2HI H15 C15 C14 120.000 3.000
2HI C15 C14 H14 120.000 3.000
2HI C15 C14 C13 120.000 3.000
2HI H14 C14 C13 120.000 3.000
2HI C14 C13 O4 120.000 3.000
2HI C14 C13 C12 120.000 3.000
2HI O4 C13 C12 120.000 3.000
2HI C13 O4 HO4 109.470 3.000
2HI C13 C12 H12 120.000 3.000
2HI C13 C12 C11 120.000 3.000
2HI H12 C12 C11 120.000 3.000
2HI C12 C11 H11 120.000 3.000
2HI C12 C11 C10 120.000 3.000
2HI H11 C11 C10 120.000 3.000
2HI C8 C9 H9 108.340 3.000
2HI C8 C9 O3 109.470 3.000
2HI C8 C9 O1 109.470 3.000
2HI H9 C9 O3 109.470 3.000
2HI H9 C9 O1 109.470 3.000
2HI O3 C9 O1 109.470 3.000
2HI C9 O3 HO3 109.470 3.000
2HI C9 O1 C4 120.000 3.000
2HI O1 C4 C5 120.000 3.000
2HI O1 C4 C3 120.000 3.000
2HI C5 C4 C3 120.000 3.000
2HI C4 C5 H5 120.000 3.000
2HI C4 C5 C6 120.000 3.000
2HI H5 C5 C6 120.000 3.000
2HI C5 C6 O5 120.000 3.000
2HI C5 C6 C1 120.000 3.000
2HI O5 C6 C1 120.000 3.000
2HI C6 O5 HO5 109.470 3.000
2HI C6 C1 H1 120.000 3.000
2HI C6 C1 C2 120.000 3.000
2HI H1 C1 C2 120.000 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
2HI var_1 O2 C7 C3 C2 0.000 20.000 1
2HI CONST_1 C7 C3 C4 O1 0.000 0.000 0
2HI CONST_2 C7 C3 C2 C1 180.000 0.000 0
2HI var_2 O2 C7 C8 C9 150.000 20.000 3
2HI var_3 C7 C8 C10 C15 -60.315 20.000 1
2HI CONST_3 C8 C10 C11 C12 180.000 0.000 0
2HI CONST_4 C8 C10 C15 C14 180.000 0.000 0
2HI CONST_5 C10 C15 C14 C13 0.000 0.000 0
2HI CONST_6 C15 C14 C13 C12 0.000 0.000 0
2HI var_4 C14 C13 O4 HO4 -89.976 20.000 1
2HI CONST_7 C14 C13 C12 C11 0.000 0.000 0
2HI CONST_8 C13 C12 C11 C10 0.000 0.000 0
2HI var_5 C7 C8 C9 O1 60.000 20.000 3
2HI var_6 C8 C9 O3 HO3 -179.847 20.000 1
2HI var_7 C8 C9 O1 C4 -60.000 20.000 1
2HI var_8 C9 O1 C4 C5 -150.000 20.000 1
2HI CONST_9 O1 C4 C5 C6 180.000 0.000 0
2HI CONST_10 C4 C5 C6 C1 0.000 0.000 0
2HI var_9 C5 C6 O5 HO5 90.050 20.000 1
2HI CONST_11 C5 C6 C1 C2 0.000 0.000 0
2HI CONST_12 C6 C1 C2 C3 0.000 0.000 0
loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
2HI chir_01 C8 C7 C9 C10 negativ
2HI chir_02 C9 O1 C8 O3 negativ
loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
2HI plan-1 C1 0.020
2HI plan-1 C2 0.020
2HI plan-1 C6 0.020
2HI plan-1 H1 0.020
2HI plan-1 C3 0.020
2HI plan-1 C4 0.020
2HI plan-1 C5 0.020
2HI plan-1 H2 0.020
2HI plan-1 C7 0.020
2HI plan-1 O1 0.020
2HI plan-1 H5 0.020
2HI plan-1 O5 0.020
2HI plan-2 C7 0.020
2HI plan-2 C3 0.020
2HI plan-2 O2 0.020
2HI plan-2 C8 0.020
2HI plan-3 C10 0.020
2HI plan-3 C8 0.020
2HI plan-3 C11 0.020
2HI plan-3 C15 0.020
2HI plan-3 C12 0.020
2HI plan-3 C13 0.020
2HI plan-3 C14 0.020
2HI plan-3 H11 0.020
2HI plan-3 H12 0.020
2HI plan-3 O4 0.020
2HI plan-3 H14 0.020
2HI plan-3 H15 0.020
# ------------------------------------------------------
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