1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169
170
171
172
173
174
175
176
177
178
179
180
181
182
183
184
185
186
187
188
189
190
191
192
193
194
195
196
197
198
199
200
201
202
203
204
205
206
207
208
209
210
211
212
213
214
215
216
217
218
219
220
221
222
223
224
225
226
227
228
229
230
231
232
233
234
235
236
237
238
239
240
241
242
243
244
245
246
247
248
249
250
251
252
253
254
255
256
257
258
259
260
261
262
263
264
265
266
267
268
269
270
271
272
273
274
275
276
277
278
279
280
281
282
283
284
285
286
287
288
289
290
|
global_
_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
CIU CIU 'N-CYCLOHEXYL-N'-(4-IODOPHENYL)UREA ' non-polymer 34 17 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_CIU
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
CIU I4 I I 0.000 0.000 0.000 0.000
CIU C11 C CR6 0.000 -1.898 -0.033 0.885
CIU C10 C CR16 0.000 -2.924 -0.744 0.292
CIU H10 H H 0.000 -2.746 -1.282 -0.631
CIU C9 C CR16 0.000 -4.176 -0.768 0.874
CIU H9 H H 0.000 -4.980 -1.325 0.408
CIU C12 C CR16 0.000 -2.120 0.649 2.067
CIU H12 H H 0.000 -1.311 1.197 2.535
CIU C13 C CR16 0.000 -3.371 0.634 2.651
CIU H13 H H 0.000 -3.547 1.177 3.572
CIU C8 C CR6 0.000 -4.403 -0.079 2.057
CIU N2 N NH1 0.000 -5.671 -0.101 2.650
CIU HN2 H H 0.000 -5.758 -0.134 3.655
CIU C7 C C 0.000 -6.776 -0.078 1.878
CIU O2 O O 0.000 -6.675 0.067 0.676
CIU N1 N NH1 0.000 -7.993 -0.218 2.440
CIU HN1 H H 0.000 -8.077 -0.339 3.439
CIU C3 C CH1 0.000 -9.194 -0.194 1.602
CIU HC31 H H 0.000 -8.952 -0.585 0.604
CIU C2 C CH2 0.000 -10.280 -1.062 2.241
CIU HC22 H H 0.000 -10.519 -0.673 3.233
CIU HC21 H H 0.000 -9.918 -2.088 2.331
CIU C4 C CH2 0.000 -9.699 1.244 1.477
CIU HC41 H H 0.000 -8.923 1.863 1.022
CIU HC42 H H 0.000 -9.938 1.633 2.469
CIU C5 C CH2 0.000 -10.953 1.270 0.602
CIU HC51 H H 0.000 -10.713 0.881 -0.390
CIU HC52 H H 0.000 -11.313 2.297 0.511
CIU C6 C CH2 0.000 -12.039 0.402 1.241
CIU HC61 H H 0.000 -12.935 0.422 0.617
CIU HC62 H H 0.000 -12.279 0.792 2.233
CIU C1 C CH2 0.000 -11.534 -1.036 1.365
CIU HC12 H H 0.000 -11.295 -1.425 0.373
CIU HC11 H H 0.000 -12.310 -1.656 1.821
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
CIU I4 n/a C11 START
CIU C11 I4 C12 .
CIU C10 C11 C9 .
CIU H10 C10 . .
CIU C9 C10 H9 .
CIU H9 C9 . .
CIU C12 C11 C13 .
CIU H12 C12 . .
CIU C13 C12 C8 .
CIU H13 C13 . .
CIU C8 C13 N2 .
CIU N2 C8 C7 .
CIU HN2 N2 . .
CIU C7 N2 N1 .
CIU O2 C7 . .
CIU N1 C7 C3 .
CIU HN1 N1 . .
CIU C3 N1 C4 .
CIU HC31 C3 . .
CIU C2 C3 HC21 .
CIU HC22 C2 . .
CIU HC21 C2 . .
CIU C4 C3 C5 .
CIU HC41 C4 . .
CIU HC42 C4 . .
CIU C5 C4 C6 .
CIU HC51 C5 . .
CIU HC52 C5 . .
CIU C6 C5 C1 .
CIU HC61 C6 . .
CIU HC62 C6 . .
CIU C1 C6 HC11 .
CIU HC12 C1 . .
CIU HC11 C1 . END
CIU C1 C2 . ADD
CIU C8 C9 . ADD
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
CIU C1 C2 single 1.524 0.020
CIU C1 C6 single 1.524 0.020
CIU HC11 C1 single 1.092 0.020
CIU HC12 C1 single 1.092 0.020
CIU C2 C3 single 1.524 0.020
CIU HC21 C2 single 1.092 0.020
CIU HC22 C2 single 1.092 0.020
CIU C4 C3 single 1.524 0.020
CIU C3 N1 single 1.450 0.020
CIU HC31 C3 single 1.099 0.020
CIU C5 C4 single 1.524 0.020
CIU HC41 C4 single 1.092 0.020
CIU HC42 C4 single 1.092 0.020
CIU C6 C5 single 1.524 0.020
CIU HC51 C5 single 1.092 0.020
CIU HC52 C5 single 1.092 0.020
CIU HC61 C6 single 1.092 0.020
CIU HC62 C6 single 1.092 0.020
CIU N1 C7 single 1.330 0.020
CIU HN1 N1 single 1.010 0.020
CIU O2 C7 double 1.220 0.020
CIU C7 N2 single 1.330 0.020
CIU N2 C8 single 1.350 0.020
CIU HN2 N2 single 1.010 0.020
CIU C8 C9 double 1.390 0.020
CIU C8 C13 single 1.390 0.020
CIU C11 I4 single 2.090 0.020
CIU C9 C10 single 1.390 0.020
CIU H9 C9 single 1.083 0.020
CIU C10 C11 double 1.390 0.020
CIU H10 C10 single 1.083 0.020
CIU C12 C11 single 1.390 0.020
CIU C13 C12 double 1.390 0.020
CIU H12 C12 single 1.083 0.020
CIU H13 C13 single 1.083 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
CIU I4 C11 C10 120.000 3.000
CIU I4 C11 C12 120.000 3.000
CIU C10 C11 C12 120.000 3.000
CIU C11 C10 H10 120.000 3.000
CIU C11 C10 C9 120.000 3.000
CIU H10 C10 C9 120.000 3.000
CIU C10 C9 H9 120.000 3.000
CIU C10 C9 C8 120.000 3.000
CIU H9 C9 C8 120.000 3.000
CIU C11 C12 H12 120.000 3.000
CIU C11 C12 C13 120.000 3.000
CIU H12 C12 C13 120.000 3.000
CIU C12 C13 H13 120.000 3.000
CIU C12 C13 C8 120.000 3.000
CIU H13 C13 C8 120.000 3.000
CIU C13 C8 N2 120.000 3.000
CIU C13 C8 C9 120.000 3.000
CIU N2 C8 C9 120.000 3.000
CIU C8 N2 HN2 120.000 3.000
CIU C8 N2 C7 120.000 3.000
CIU HN2 N2 C7 120.000 3.000
CIU N2 C7 O2 123.000 3.000
CIU N2 C7 N1 120.000 3.000
CIU O2 C7 N1 123.000 3.000
CIU C7 N1 HN1 120.000 3.000
CIU C7 N1 C3 121.500 3.000
CIU HN1 N1 C3 118.500 3.000
CIU N1 C3 HC31 108.550 3.000
CIU N1 C3 C2 110.000 3.000
CIU N1 C3 C4 110.000 3.000
CIU HC31 C3 C2 108.340 3.000
CIU HC31 C3 C4 108.340 3.000
CIU C2 C3 C4 109.470 3.000
CIU C3 C2 HC22 109.470 3.000
CIU C3 C2 HC21 109.470 3.000
CIU C3 C2 C1 111.000 3.000
CIU HC22 C2 HC21 107.900 3.000
CIU HC22 C2 C1 109.470 3.000
CIU HC21 C2 C1 109.470 3.000
CIU C3 C4 HC41 109.470 3.000
CIU C3 C4 HC42 109.470 3.000
CIU C3 C4 C5 111.000 3.000
CIU HC41 C4 HC42 107.900 3.000
CIU HC41 C4 C5 109.470 3.000
CIU HC42 C4 C5 109.470 3.000
CIU C4 C5 HC51 109.470 3.000
CIU C4 C5 HC52 109.470 3.000
CIU C4 C5 C6 111.000 3.000
CIU HC51 C5 HC52 107.900 3.000
CIU HC51 C5 C6 109.470 3.000
CIU HC52 C5 C6 109.470 3.000
CIU C5 C6 HC61 109.470 3.000
CIU C5 C6 HC62 109.470 3.000
CIU C5 C6 C1 111.000 3.000
CIU HC61 C6 HC62 107.900 3.000
CIU HC61 C6 C1 109.470 3.000
CIU HC62 C6 C1 109.470 3.000
CIU C6 C1 HC12 109.470 3.000
CIU C6 C1 HC11 109.470 3.000
CIU C6 C1 C2 111.000 3.000
CIU HC12 C1 HC11 107.900 3.000
CIU HC12 C1 C2 109.470 3.000
CIU HC11 C1 C2 109.470 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
CIU CONST_1 I4 C11 C10 C9 180.000 0.000 0
CIU CONST_2 C11 C10 C9 C8 0.000 0.000 0
CIU CONST_3 I4 C11 C12 C13 180.000 0.000 0
CIU CONST_4 C11 C12 C13 C8 0.000 0.000 0
CIU CONST_5 C12 C13 C8 N2 180.000 0.000 0
CIU CONST_6 C13 C8 C9 C10 0.000 0.000 0
CIU var_1 C13 C8 N2 C7 142.642 20.000 1
CIU CONST_7 C8 N2 C7 N1 180.000 0.000 0
CIU CONST_8 N2 C7 N1 C3 180.000 0.000 0
CIU var_2 C7 N1 C3 C4 -89.982 20.000 3
CIU var_3 N1 C3 C2 C1 180.000 20.000 3
CIU var_4 N1 C3 C4 C5 180.000 20.000 3
CIU var_5 C3 C4 C5 C6 60.000 20.000 3
CIU var_6 C4 C5 C6 C1 -60.000 20.000 3
CIU var_7 C5 C6 C1 C2 60.000 20.000 3
CIU var_8 C6 C1 C2 C3 -60.000 20.000 3
loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
CIU chir_01 C3 C2 C4 N1 negativ
loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
CIU plan-1 N1 0.020
CIU plan-1 C3 0.020
CIU plan-1 C7 0.020
CIU plan-1 HN1 0.020
CIU plan-2 C7 0.020
CIU plan-2 N1 0.020
CIU plan-2 O2 0.020
CIU plan-2 N2 0.020
CIU plan-2 HN1 0.020
CIU plan-2 HN2 0.020
CIU plan-3 N2 0.020
CIU plan-3 C7 0.020
CIU plan-3 C8 0.020
CIU plan-3 HN2 0.020
CIU plan-4 C8 0.020
CIU plan-4 N2 0.020
CIU plan-4 C9 0.020
CIU plan-4 C13 0.020
CIU plan-4 C10 0.020
CIU plan-4 C11 0.020
CIU plan-4 C12 0.020
CIU plan-4 H9 0.020
CIU plan-4 H10 0.020
CIU plan-4 I4 0.020
CIU plan-4 H12 0.020
CIU plan-4 H13 0.020
CIU plan-4 HN2 0.020
# ------------------------------------------------------
|
