1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169
170
171
172
173
174
175
176
177
178
179
180
181
182
183
184
185
186
187
188
189
190
191
192
193
194
195
196
197
198
199
200
201
202
203
204
205
206
207
208
209
210
211
212
213
214
215
216
217
218
219
220
221
222
223
224
225
226
227
228
229
230
231
232
233
234
235
236
237
238
239
240
241
242
243
244
245
246
247
248
249
250
251
252
253
254
255
256
257
258
259
260
261
262
263
264
265
266
267
268
269
270
271
272
273
274
275
276
277
278
279
280
281
282
283
284
285
286
287
288
289
290
291
292
293
294
295
296
297
298
299
300
301
302
303
304
|
global_
_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
DUT DUT 'DEOXYURIDINE-5'-TRIPHOSPHATE ' non-polymer 39 28 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_DUT
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
DUT O3G O OP -0.666 0.000 0.000 0.000
DUT PG P P 0.000 -0.782 0.234 -1.274
DUT O1G O OP -0.666 -1.152 -1.096 -1.892
DUT O2G O OP -0.666 0.066 1.024 -2.248
DUT O3B O O2 0.000 -2.122 1.061 -0.938
DUT PB P P 0.000 -2.972 0.167 0.097
DUT O1B O OP -0.500 -3.301 -1.136 -0.530
DUT O2B O OP -0.500 -2.172 -0.061 1.325
DUT O3A O O2 0.000 -4.333 0.938 0.480
DUT PA P P 0.000 -5.129 -0.007 1.510
DUT O1A O OP -0.500 -4.296 -0.234 2.716
DUT O2A O OP -0.500 -5.425 -1.308 0.863
DUT "O5'" O O2 0.000 -6.507 0.704 1.937
DUT "C5'" C CH2 0.000 -7.164 -0.178 2.849
DUT "H5'1" H H 0.000 -6.526 -0.342 3.719
DUT "H5'2" H H 0.000 -7.356 -1.133 2.355
DUT "C4'" C CH1 0.000 -8.489 0.442 3.295
DUT "H4'" H H 0.000 -8.310 1.398 3.805
DUT "C3'" C CH1 0.000 -9.260 -0.524 4.221
DUT "H3'" H H 0.000 -8.950 -1.562 4.037
DUT "O3'" O OH1 0.000 -9.053 -0.177 5.591
DUT "HO3'" H H 0.000 -9.566 -0.772 6.155
DUT "C2'" C CH2 0.000 -10.741 -0.326 3.828
DUT "H2'2" H H 0.000 -11.340 0.046 4.662
DUT "H2'1" H H 0.000 -11.189 -1.242 3.440
DUT "O4'" O O2 0.000 -9.363 0.635 2.159
DUT "C1'" C CH1 0.000 -10.693 0.740 2.711
DUT "H1'" H H 0.000 -10.855 1.743 3.132
DUT N1 N NR6 0.000 -11.698 0.450 1.687
DUT C6 C CR16 0.000 -12.680 1.366 1.423
DUT H6 H H 0.000 -12.714 2.300 1.969
DUT C5 C CR16 0.000 -13.606 1.099 0.477
DUT H5 H H 0.000 -14.388 1.815 0.258
DUT C4 C CR6 0.000 -13.541 -0.130 -0.223
DUT O4 O O 0.000 -14.365 -0.392 -1.081
DUT N3 N NR16 0.000 -12.558 -1.005 0.067
DUT HN3 H H 0.000 -12.504 -1.911 -0.441
DUT C2 C CR6 0.000 -11.644 -0.711 1.011
DUT O2 O O 0.000 -10.763 -1.511 1.263
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
DUT O3G n/a PG START
DUT PG O3G O3B .
DUT O1G PG . .
DUT O2G PG . .
DUT O3B PG PB .
DUT PB O3B O3A .
DUT O1B PB . .
DUT O2B PB . .
DUT O3A PB PA .
DUT PA O3A "O5'" .
DUT O1A PA . .
DUT O2A PA . .
DUT "O5'" PA "C5'" .
DUT "C5'" "O5'" "C4'" .
DUT "H5'1" "C5'" . .
DUT "H5'2" "C5'" . .
DUT "C4'" "C5'" "O4'" .
DUT "H4'" "C4'" . .
DUT "C3'" "C4'" "C2'" .
DUT "H3'" "C3'" . .
DUT "O3'" "C3'" "HO3'" .
DUT "HO3'" "O3'" . .
DUT "C2'" "C3'" "H2'1" .
DUT "H2'2" "C2'" . .
DUT "H2'1" "C2'" . .
DUT "O4'" "C4'" "C1'" .
DUT "C1'" "O4'" N1 .
DUT "H1'" "C1'" . .
DUT N1 "C1'" C6 .
DUT C6 N1 C5 .
DUT H6 C6 . .
DUT C5 C6 C4 .
DUT H5 C5 . .
DUT C4 C5 N3 .
DUT O4 C4 . .
DUT N3 C4 C2 .
DUT HN3 N3 . .
DUT C2 N3 O2 .
DUT O2 C2 . END
DUT N1 C2 . ADD
DUT "C1'" "C2'" . ADD
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
DUT N1 C2 single 1.410 0.020
DUT C6 N1 single 1.337 0.020
DUT N1 "C1'" single 1.465 0.020
DUT C2 N3 single 1.337 0.020
DUT O2 C2 double 1.250 0.020
DUT N3 C4 single 1.337 0.020
DUT HN3 N3 single 1.040 0.020
DUT C4 C5 single 1.390 0.020
DUT O4 C4 double 1.250 0.020
DUT C5 C6 double 1.390 0.020
DUT H5 C5 single 1.083 0.020
DUT H6 C6 single 1.083 0.020
DUT "C1'" "C2'" single 1.524 0.020
DUT "C1'" "O4'" single 1.426 0.020
DUT "H1'" "C1'" single 1.099 0.020
DUT "C2'" "C3'" single 1.524 0.020
DUT "H2'1" "C2'" single 1.092 0.020
DUT "H2'2" "C2'" single 1.092 0.020
DUT "C3'" "C4'" single 1.524 0.020
DUT "O3'" "C3'" single 1.432 0.020
DUT "H3'" "C3'" single 1.099 0.020
DUT "O4'" "C4'" single 1.426 0.020
DUT "C4'" "C5'" single 1.524 0.020
DUT "H4'" "C4'" single 1.099 0.020
DUT "HO3'" "O3'" single 0.967 0.020
DUT "C5'" "O5'" single 1.426 0.020
DUT "H5'1" "C5'" single 1.092 0.020
DUT "H5'2" "C5'" single 1.092 0.020
DUT "O5'" PA single 1.610 0.020
DUT O1A PA deloc 1.510 0.020
DUT O2A PA deloc 1.510 0.020
DUT PA O3A single 1.610 0.020
DUT O3A PB single 1.610 0.020
DUT O1B PB deloc 1.510 0.020
DUT O2B PB deloc 1.510 0.020
DUT PB O3B single 1.610 0.020
DUT O3B PG single 1.610 0.020
DUT O1G PG deloc 1.510 0.020
DUT O2G PG deloc 1.510 0.020
DUT PG O3G deloc 1.510 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
DUT O3G PG O1G 119.900 3.000
DUT O3G PG O2G 119.900 3.000
DUT O3G PG O3B 108.200 3.000
DUT O1G PG O2G 119.900 3.000
DUT O1G PG O3B 108.200 3.000
DUT O2G PG O3B 108.200 3.000
DUT PG O3B PB 120.500 3.000
DUT O3B PB O1B 108.200 3.000
DUT O3B PB O2B 108.200 3.000
DUT O3B PB O3A 102.600 3.000
DUT O1B PB O2B 119.900 3.000
DUT O1B PB O3A 108.200 3.000
DUT O2B PB O3A 108.200 3.000
DUT PB O3A PA 120.500 3.000
DUT O3A PA O1A 108.200 3.000
DUT O3A PA O2A 108.200 3.000
DUT O3A PA "O5'" 102.600 3.000
DUT O1A PA O2A 119.900 3.000
DUT O1A PA "O5'" 108.200 3.000
DUT O2A PA "O5'" 108.200 3.000
DUT PA "O5'" "C5'" 120.500 3.000
DUT "O5'" "C5'" "H5'1" 109.470 3.000
DUT "O5'" "C5'" "H5'2" 109.470 3.000
DUT "O5'" "C5'" "C4'" 109.470 3.000
DUT "H5'1" "C5'" "H5'2" 107.900 3.000
DUT "H5'1" "C5'" "C4'" 109.470 3.000
DUT "H5'2" "C5'" "C4'" 109.470 3.000
DUT "C5'" "C4'" "H4'" 108.340 3.000
DUT "C5'" "C4'" "C3'" 111.000 3.000
DUT "C5'" "C4'" "O4'" 109.470 3.000
DUT "H4'" "C4'" "C3'" 108.340 3.000
DUT "H4'" "C4'" "O4'" 109.470 3.000
DUT "C3'" "C4'" "O4'" 109.470 3.000
DUT "C4'" "C3'" "H3'" 108.340 3.000
DUT "C4'" "C3'" "O3'" 109.470 3.000
DUT "C4'" "C3'" "C2'" 111.000 3.000
DUT "H3'" "C3'" "O3'" 109.470 3.000
DUT "H3'" "C3'" "C2'" 108.340 3.000
DUT "O3'" "C3'" "C2'" 109.470 3.000
DUT "C3'" "O3'" "HO3'" 109.470 3.000
DUT "C3'" "C2'" "H2'2" 109.470 3.000
DUT "C3'" "C2'" "H2'1" 109.470 3.000
DUT "C3'" "C2'" "C1'" 111.000 3.000
DUT "H2'2" "C2'" "H2'1" 107.900 3.000
DUT "H2'2" "C2'" "C1'" 109.470 3.000
DUT "H2'1" "C2'" "C1'" 109.470 3.000
DUT "C4'" "O4'" "C1'" 111.800 3.000
DUT "O4'" "C1'" "H1'" 109.470 3.000
DUT "O4'" "C1'" N1 109.470 3.000
DUT "O4'" "C1'" "C2'" 109.470 3.000
DUT "H1'" "C1'" N1 109.470 3.000
DUT "H1'" "C1'" "C2'" 108.340 3.000
DUT N1 "C1'" "C2'" 109.470 3.000
DUT "C1'" N1 C6 120.000 3.000
DUT "C1'" N1 C2 120.000 3.000
DUT C6 N1 C2 120.000 3.000
DUT N1 C6 H6 120.000 3.000
DUT N1 C6 C5 120.000 3.000
DUT H6 C6 C5 120.000 3.000
DUT C6 C5 H5 120.000 3.000
DUT C6 C5 C4 120.000 3.000
DUT H5 C5 C4 120.000 3.000
DUT C5 C4 O4 120.000 3.000
DUT C5 C4 N3 120.000 3.000
DUT O4 C4 N3 120.000 3.000
DUT C4 N3 HN3 120.000 3.000
DUT C4 N3 C2 120.000 3.000
DUT HN3 N3 C2 120.000 3.000
DUT N3 C2 O2 120.000 3.000
DUT N3 C2 N1 120.000 3.000
DUT O2 C2 N1 120.000 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
DUT var_1 O3G PG O3B PB -60.033 20.000 1
DUT var_2 PG O3B PB O3A 179.972 20.000 1
DUT var_3 O3B PB O3A PA 179.973 20.000 1
DUT var_4 PB O3A PA "O5'" -179.995 20.000 1
DUT var_5 O3A PA "O5'" "C5'" -179.960 20.000 1
DUT var_6 PA "O5'" "C5'" "C4'" -179.955 20.000 1
DUT var_7 "O5'" "C5'" "C4'" "O4'" 61.424 20.000 3
DUT var_8 "C5'" "C4'" "C3'" "C2'" -150.000 20.000 3
DUT var_9 "C4'" "C3'" "O3'" "HO3'" 178.122 20.000 1
DUT var_10 "C4'" "C3'" "C2'" "C1'" 0.000 20.000 3
DUT var_11 "C5'" "C4'" "O4'" "C1'" 150.000 20.000 1
DUT var_12 "C4'" "O4'" "C1'" N1 -150.000 20.000 1
DUT var_13 "O4'" "C1'" "C2'" "C3'" 30.000 20.000 3
DUT var_14 "O4'" "C1'" N1 C6 -124.622 20.000 1
DUT CONST_1 "C1'" N1 C2 N3 180.000 0.000 0
DUT CONST_2 "C1'" N1 C6 C5 180.000 0.000 0
DUT CONST_3 N1 C6 C5 C4 0.000 0.000 0
DUT CONST_4 C6 C5 C4 N3 0.000 0.000 0
DUT CONST_5 C5 C4 N3 C2 0.000 0.000 0
DUT CONST_6 C4 N3 C2 O2 180.000 0.000 0
loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
DUT chir_01 "C1'" N1 "C2'" "O4'" negativ
DUT chir_02 "C3'" "C2'" "C4'" "O3'" negativ
DUT chir_03 "C4'" "C3'" "O4'" "C5'" positiv
loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
DUT plan-1 N1 0.020
DUT plan-1 C2 0.020
DUT plan-1 C6 0.020
DUT plan-1 "C1'" 0.020
DUT plan-1 N3 0.020
DUT plan-1 C4 0.020
DUT plan-1 C5 0.020
DUT plan-1 O2 0.020
DUT plan-1 HN3 0.020
DUT plan-1 O4 0.020
DUT plan-1 H5 0.020
DUT plan-1 H6 0.020
# ------------------------------------------------------
|
