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|
global_
_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
P6F P6F '1,6-di-O-phosphono-D-fructose ' non-polymer 30 20 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_P6F
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
P6F O6P O OP -0.666 0.000 0.000 0.000
P6F P2 P P 0.000 -1.280 0.722 -0.359
P6F O4P O OP -0.666 -1.336 0.934 -1.857
P6F O5P O OP -0.666 -1.316 2.063 0.341
P6F O6 O O2 0.000 -2.543 -0.161 0.106
P6F C6 C CH2 0.000 -3.895 0.201 -0.185
P6F H6 H H 0.000 -4.031 0.255 -1.267
P6F H6A H H 0.000 -4.113 1.175 0.257
P6F C5 C CH1 0.000 -4.841 -0.850 0.397
P6F H5 H H 0.000 -4.563 -1.844 0.020
P6F O5 O OH1 0.000 -4.745 -0.839 1.823
P6F HO5 H H 0.000 -4.991 0.036 2.156
P6F C4 C CH1 0.000 -6.278 -0.531 -0.019
P6F H4 H H 0.000 -6.557 0.463 0.358
P6F O4 O OH1 0.000 -6.374 -0.542 -1.445
P6F HO4 H H 0.000 -6.129 -1.416 -1.777
P6F C3 C CH1 0.000 -7.224 -1.581 0.564
P6F H3 H H 0.000 -7.218 -1.511 1.661
P6F O3 O OH1 0.000 -6.793 -2.885 0.167
P6F HO3 H H 0.000 -6.798 -2.945 -0.798
P6F C2 C C 0.000 -8.622 -1.339 0.053
P6F O2 O O 0.000 -9.087 -2.057 -0.798
P6F C1 C CH2 0.000 -9.438 -0.199 0.607
P6F H1 H H 0.000 -8.919 0.743 0.420
P6F H1A H H 0.000 -9.569 -0.334 1.682
P6F O1 O O2 0.000 -10.717 -0.175 -0.031
P6F P1 P P 0.000 -11.851 0.913 0.316
P6F O1P O OP -0.666 -12.308 0.727 1.746
P6F O2P O OP -0.666 -13.026 0.733 -0.619
P6F O3P O OP -0.666 -11.281 2.305 0.147
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
P6F O6P n/a P2 START
P6F P2 O6P O6 .
P6F O4P P2 . .
P6F O5P P2 . .
P6F O6 P2 C6 .
P6F C6 O6 C5 .
P6F H6 C6 . .
P6F H6A C6 . .
P6F C5 C6 C4 .
P6F H5 C5 . .
P6F O5 C5 HO5 .
P6F HO5 O5 . .
P6F C4 C5 C3 .
P6F H4 C4 . .
P6F O4 C4 HO4 .
P6F HO4 O4 . .
P6F C3 C4 C2 .
P6F H3 C3 . .
P6F O3 C3 HO3 .
P6F HO3 O3 . .
P6F C2 C3 C1 .
P6F O2 C2 . .
P6F C1 C2 O1 .
P6F H1 C1 . .
P6F H1A C1 . .
P6F O1 C1 P1 .
P6F P1 O1 O3P .
P6F O1P P1 . .
P6F O2P P1 . .
P6F O3P P1 . END
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
P6F O3P P1 deloc 1.510 0.020
P6F O1P P1 deloc 1.510 0.020
P6F P1 O1 single 1.610 0.020
P6F O2P P1 deloc 1.510 0.020
P6F O1 C1 single 1.426 0.020
P6F C1 C2 single 1.510 0.020
P6F H1 C1 single 1.092 0.020
P6F H1A C1 single 1.092 0.020
P6F C2 C3 single 1.500 0.020
P6F O2 C2 double 1.220 0.020
P6F C3 C4 single 1.524 0.020
P6F O3 C3 single 1.432 0.020
P6F H3 C3 single 1.099 0.020
P6F HO3 O3 single 0.967 0.020
P6F C4 C5 single 1.524 0.020
P6F O4 C4 single 1.432 0.020
P6F H4 C4 single 1.099 0.020
P6F HO4 O4 single 0.967 0.020
P6F O5 C5 single 1.432 0.020
P6F C5 C6 single 1.524 0.020
P6F H5 C5 single 1.099 0.020
P6F HO5 O5 single 0.967 0.020
P6F C6 O6 single 1.426 0.020
P6F H6 C6 single 1.092 0.020
P6F H6A C6 single 1.092 0.020
P6F O6 P2 single 1.610 0.020
P6F O4P P2 deloc 1.510 0.020
P6F P2 O6P deloc 1.510 0.020
P6F O5P P2 deloc 1.510 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
P6F O6P P2 O4P 119.900 3.000
P6F O6P P2 O5P 119.900 3.000
P6F O6P P2 O6 108.200 3.000
P6F O4P P2 O5P 119.900 3.000
P6F O4P P2 O6 108.200 3.000
P6F O5P P2 O6 108.200 3.000
P6F P2 O6 C6 120.500 3.000
P6F O6 C6 H6 109.470 3.000
P6F O6 C6 H6A 109.470 3.000
P6F O6 C6 C5 109.470 3.000
P6F H6 C6 H6A 107.900 3.000
P6F H6 C6 C5 109.470 3.000
P6F H6A C6 C5 109.470 3.000
P6F C6 C5 H5 108.340 3.000
P6F C6 C5 O5 109.470 3.000
P6F C6 C5 C4 111.000 3.000
P6F H5 C5 O5 109.470 3.000
P6F H5 C5 C4 108.340 3.000
P6F O5 C5 C4 109.470 3.000
P6F C5 O5 HO5 109.470 3.000
P6F C5 C4 H4 108.340 3.000
P6F C5 C4 O4 109.470 3.000
P6F C5 C4 C3 111.000 3.000
P6F H4 C4 O4 109.470 3.000
P6F H4 C4 C3 108.340 3.000
P6F O4 C4 C3 109.470 3.000
P6F C4 O4 HO4 109.470 3.000
P6F C4 C3 H3 108.340 3.000
P6F C4 C3 O3 109.470 3.000
P6F C4 C3 C2 109.470 3.000
P6F H3 C3 O3 109.470 3.000
P6F H3 C3 C2 108.810 3.000
P6F O3 C3 C2 109.470 3.000
P6F C3 O3 HO3 109.470 3.000
P6F C3 C2 O2 120.500 3.000
P6F C3 C2 C1 120.000 3.000
P6F O2 C2 C1 120.500 3.000
P6F C2 C1 H1 109.470 3.000
P6F C2 C1 H1A 109.470 3.000
P6F C2 C1 O1 109.470 3.000
P6F H1 C1 H1A 107.900 3.000
P6F H1 C1 O1 109.470 3.000
P6F H1A C1 O1 109.470 3.000
P6F C1 O1 P1 120.500 3.000
P6F O1 P1 O1P 108.200 3.000
P6F O1 P1 O2P 108.200 3.000
P6F O1 P1 O3P 108.200 3.000
P6F O1P P1 O2P 119.900 3.000
P6F O1P P1 O3P 119.900 3.000
P6F O2P P1 O3P 119.900 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
P6F var_1 O6P P2 O6 C6 -175.006 20.000 1
P6F var_2 P2 O6 C6 C5 179.985 20.000 1
P6F var_3 O6 C6 C5 C4 -175.002 20.000 3
P6F var_4 C6 C5 O5 HO5 60.087 20.000 1
P6F var_5 C6 C5 C4 C3 -179.974 20.000 3
P6F var_6 C5 C4 O4 HO4 60.045 20.000 1
P6F var_7 C5 C4 C3 C2 -174.966 20.000 3
P6F var_8 C4 C3 O3 HO3 -59.935 20.000 1
P6F var_9 C4 C3 C2 C1 -75.031 20.000 3
P6F var_10 C3 C2 C1 O1 179.956 20.000 3
P6F var_11 C2 C1 O1 P1 179.964 20.000 1
P6F var_12 C1 O1 P1 O3P 55.045 20.000 1
loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
P6F chir_01 C3 C2 O3 C4 negativ
P6F chir_02 C4 C3 O4 C5 positiv
P6F chir_03 C5 C4 O5 C6 positiv
loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
P6F plan-1 C2 0.020
P6F plan-1 C1 0.000
P6F plan-1 O2 0.000
P6F plan-1 C3 0.000
# ------------------------------------------------------
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