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|
global_
_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
PA3 PA3 'PAROMOMYCIN (RING 3) ' non-polymer 18 8 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_PA3
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
PA3 O5 O OH1 0.000 0.000 0.000 0.000
PA3 HO5 H H 0.000 0.869 0.418 -0.070
PA3 C5 C CH2 0.000 -0.809 0.401 -1.106
PA3 H51 H H 0.000 -0.329 0.093 -2.037
PA3 H52 H H 0.000 -0.922 1.487 -1.098
PA3 C4 C CH1 0.000 -2.186 -0.258 -0.998
PA3 H4 H H 0.000 -2.086 -1.352 -0.992
PA3 O4 O O2 0.000 -2.866 0.190 0.193
PA3 C1 C CH2 0.000 -4.266 -0.068 -0.048
PA3 H12 H H 0.000 -4.905 0.543 0.592
PA3 H11 H H 0.000 -4.512 -1.123 0.094
PA3 C3 C CH2 0.000 -3.090 0.191 -2.165
PA3 H31 H H 0.000 -3.122 -0.548 -2.968
PA3 H32 H H 0.000 -2.785 1.157 -2.573
PA3 C2 C CH1 0.000 -4.491 0.320 -1.526
PA3 H2 H H 0.000 -4.854 1.355 -1.600
PA3 O2 O OH1 0.000 -5.411 -0.578 -2.149
PA3 HO2 H H 0.000 -6.281 -0.485 -1.738
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
PA3 O5 n/a C5 START
PA3 HO5 O5 . .
PA3 C5 O5 C4 .
PA3 H51 C5 . .
PA3 H52 C5 . .
PA3 C4 C5 C3 .
PA3 H4 C4 . .
PA3 O4 C4 C1 .
PA3 C1 O4 H11 .
PA3 H12 C1 . .
PA3 H11 C1 . .
PA3 C3 C4 C2 .
PA3 H31 C3 . .
PA3 H32 C3 . .
PA3 C2 C3 O2 .
PA3 H2 C2 . .
PA3 O2 C2 HO2 .
PA3 HO2 O2 . END
PA3 C1 C2 . ADD
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
PA3 C1 C2 single 1.524 0.020
PA3 C1 O4 single 1.426 0.020
PA3 H11 C1 single 1.092 0.020
PA3 H12 C1 single 1.092 0.020
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PA3 C2 C3 single 1.524 0.020
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PA3 HO2 O2 single 0.967 0.020
PA3 C3 C4 single 1.524 0.020
PA3 H31 C3 single 1.092 0.020
PA3 H32 C3 single 1.092 0.020
PA3 O4 C4 single 1.426 0.020
PA3 C4 C5 single 1.524 0.020
PA3 H4 C4 single 1.099 0.020
PA3 C5 O5 single 1.432 0.020
PA3 H51 C5 single 1.092 0.020
PA3 H52 C5 single 1.092 0.020
PA3 HO5 O5 single 0.967 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
PA3 HO5 O5 C5 109.470 3.000
PA3 O5 C5 H51 109.470 3.000
PA3 O5 C5 H52 109.470 3.000
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PA3 H51 C5 H52 107.900 3.000
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PA3 C4 O4 C1 111.800 3.000
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PA3 O4 C1 C2 109.470 3.000
PA3 H12 C1 H11 107.900 3.000
PA3 H12 C1 C2 109.470 3.000
PA3 H11 C1 C2 109.470 3.000
PA3 C4 C3 H31 109.470 3.000
PA3 C4 C3 H32 109.470 3.000
PA3 C4 C3 C2 111.000 3.000
PA3 H31 C3 H32 107.900 3.000
PA3 H31 C3 C2 109.470 3.000
PA3 H32 C3 C2 109.470 3.000
PA3 C3 C2 H2 108.340 3.000
PA3 C3 C2 O2 109.470 3.000
PA3 C3 C2 C1 109.470 3.000
PA3 H2 C2 O2 109.470 3.000
PA3 H2 C2 C1 108.340 3.000
PA3 O2 C2 C1 109.470 3.000
PA3 C2 O2 HO2 109.470 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
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_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
PA3 var_1 HO5 O5 C5 C4 -179.962 20.000 1
PA3 var_2 O5 C5 C4 C3 178.514 20.000 3
PA3 var_3 C5 C4 O4 C1 150.000 20.000 1
PA3 var_4 C4 O4 C1 C2 -30.000 20.000 1
PA3 var_5 O4 C1 C2 C3 30.000 20.000 3
PA3 var_6 C5 C4 C3 C2 -150.000 20.000 3
PA3 var_7 C4 C3 C2 O2 -120.000 20.000 3
PA3 var_8 C3 C2 O2 HO2 -179.995 20.000 1
loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
PA3 chir_01 C2 C1 O2 C3 positiv
PA3 chir_02 C4 C3 O4 C5 positiv
# ------------------------------------------------------
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