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291
292
293
|
global_
_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
PNA PNA '4'-NITROPHENYL-ALPHA-D-MANNOPYRANOSI' pyranose 36 21 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_PNA
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
PNA C1 C CH1 0.000 0.000 0.000 0.000
PNA H1 H H 0.000 0.819 0.139 -0.720
PNA O1 O O2 0.000 -0.599 -1.282 -0.202
PNA C7 C CR6 0.000 -0.951 -1.349 -1.513
PNA C12 C CR16 0.000 -1.661 -2.442 -1.987
PNA H12 H H 0.000 -1.933 -3.245 -1.313
PNA C11 C CR16 0.000 -2.022 -2.505 -3.319
PNA H11 H H 0.000 -2.584 -3.354 -3.688
PNA C10 C CR6 0.000 -1.665 -1.486 -4.182
PNA C9 C CR16 0.000 -0.952 -0.398 -3.714
PNA H9 H H 0.000 -0.674 0.399 -4.392
PNA C8 C CR16 0.000 -0.593 -0.327 -2.381
PNA H8 H H 0.000 -0.034 0.525 -2.015
PNA N1 N N 1.000 -2.049 -1.559 -5.609
PNA O7 O O 0.000 -1.736 -0.661 -6.371
PNA O8 O O -1.000 -2.677 -2.516 -6.023
PNA O5 O O2 0.000 -0.981 1.017 -0.195
PNA C5 C CH1 0.000 -2.101 0.700 0.627
PNA H5 H H 0.000 -2.419 -0.333 0.429
PNA C6 C CH2 0.000 -3.252 1.656 0.309
PNA H61 H H 0.000 -2.910 2.687 0.421
PNA H62 H H 0.000 -4.079 1.472 0.999
PNA O6 O OH1 0.000 -3.693 1.442 -1.033
PNA HO6 H H 0.000 -4.420 2.046 -1.234
PNA C4 C CH1 0.000 -1.717 0.840 2.103
PNA H4 H H 0.000 -1.375 1.866 2.298
PNA O4 O OH1 0.000 -2.850 0.549 2.922
PNA HO4 H H 0.000 -2.603 0.631 3.853
PNA C3 C CH1 0.000 -0.587 -0.147 2.419
PNA H3 H H 0.000 -0.959 -1.176 2.325
PNA O3 O OH1 0.000 -0.114 0.073 3.750
PNA HO3 H H 0.000 0.606 -0.543 3.942
PNA C2 C CH1 0.000 0.555 0.081 1.424
PNA H2 H H 0.000 1.324 -0.692 1.563
PNA O2 O OH1 0.000 1.130 1.371 1.640
PNA HO2 H H 0.000 1.846 1.515 1.006
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
PNA C1 n/a O5 START
PNA H1 C1 . .
PNA O1 C1 C7 .
PNA C7 O1 C12 .
PNA C12 C7 C11 .
PNA H12 C12 . .
PNA C11 C12 C10 .
PNA H11 C11 . .
PNA C10 C11 N1 .
PNA C9 C10 C8 .
PNA H9 C9 . .
PNA C8 C9 H8 .
PNA H8 C8 . .
PNA N1 C10 O8 .
PNA O7 N1 . .
PNA O8 N1 . .
PNA O5 C1 . END
PNA C5 O5 C4 .
PNA H5 C5 . .
PNA C6 C5 O6 .
PNA H61 C6 . .
PNA H62 C6 . .
PNA O6 C6 HO6 .
PNA HO6 O6 . .
PNA C4 C5 C3 .
PNA H4 C4 . .
PNA O4 C4 HO4 .
PNA HO4 O4 . .
PNA C3 C4 C2 .
PNA H3 C3 . .
PNA O3 C3 HO3 .
PNA HO3 O3 . .
PNA C2 C3 O2 .
PNA H2 C2 . .
PNA O2 C2 HO2 .
PNA HO2 O2 . .
PNA C1 C2 . ADD
PNA C7 C8 . ADD
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
PNA C1 C2 single 1.524 0.020
PNA O1 C1 single 1.426 0.020
PNA O5 C1 single 1.426 0.020
PNA H1 C1 single 1.099 0.020
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PNA H2 C2 single 1.099 0.020
PNA C3 C4 single 1.524 0.020
PNA O3 C3 single 1.432 0.020
PNA H3 C3 single 1.099 0.020
PNA C4 C5 single 1.524 0.020
PNA O4 C4 single 1.432 0.020
PNA H4 C4 single 1.099 0.020
PNA C6 C5 single 1.524 0.020
PNA C5 O5 single 1.426 0.020
PNA H5 C5 single 1.099 0.020
PNA O6 C6 single 1.432 0.020
PNA H61 C6 single 1.092 0.020
PNA H62 C6 single 1.092 0.020
PNA C7 C8 double 1.390 0.020
PNA C12 C7 single 1.390 0.020
PNA C7 O1 single 1.370 0.020
PNA C8 C9 single 1.390 0.020
PNA H8 C8 single 1.083 0.020
PNA C9 C10 double 1.390 0.020
PNA H9 C9 single 1.083 0.020
PNA C10 C11 single 1.390 0.020
PNA N1 C10 single 1.400 0.020
PNA C11 C12 double 1.390 0.020
PNA H11 C11 single 1.083 0.020
PNA H12 C12 single 1.083 0.020
PNA O7 N1 double 1.220 0.020
PNA O8 N1 single 1.400 0.020
PNA HO2 O2 single 0.967 0.020
PNA HO3 O3 single 0.967 0.020
PNA HO4 O4 single 0.967 0.020
PNA HO6 O6 single 0.967 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
PNA H1 C1 O1 109.470 3.000
PNA H1 C1 O5 109.470 3.000
PNA O1 C1 O5 109.470 3.000
PNA H1 C1 C2 108.340 3.000
PNA O1 C1 C2 109.470 3.000
PNA O5 C1 C2 109.470 3.000
PNA C1 O1 C7 120.000 3.000
PNA O1 C7 C12 120.000 3.000
PNA O1 C7 C8 120.000 3.000
PNA C12 C7 C8 120.000 3.000
PNA C7 C12 H12 120.000 3.000
PNA C7 C12 C11 120.000 3.000
PNA H12 C12 C11 120.000 3.000
PNA C12 C11 H11 120.000 3.000
PNA C12 C11 C10 120.000 3.000
PNA H11 C11 C10 120.000 3.000
PNA C11 C10 C9 120.000 3.000
PNA C11 C10 N1 120.000 3.000
PNA C9 C10 N1 120.000 3.000
PNA C10 C9 H9 120.000 3.000
PNA C10 C9 C8 120.000 3.000
PNA H9 C9 C8 120.000 3.000
PNA C9 C8 H8 120.000 3.000
PNA C9 C8 C7 120.000 3.000
PNA H8 C8 C7 120.000 3.000
PNA C10 N1 O7 120.000 3.000
PNA C10 N1 O8 120.000 3.000
PNA O7 N1 O8 120.000 3.000
PNA C1 O5 C5 111.800 3.000
PNA O5 C5 H5 109.470 3.000
PNA O5 C5 C6 109.470 3.000
PNA O5 C5 C4 109.470 3.000
PNA H5 C5 C6 108.340 3.000
PNA H5 C5 C4 108.340 3.000
PNA C6 C5 C4 111.000 3.000
PNA C5 C6 H61 109.470 3.000
PNA C5 C6 H62 109.470 3.000
PNA C5 C6 O6 109.470 3.000
PNA H61 C6 H62 107.900 3.000
PNA H61 C6 O6 109.470 3.000
PNA H62 C6 O6 109.470 3.000
PNA C6 O6 HO6 109.470 3.000
PNA C5 C4 H4 108.340 3.000
PNA C5 C4 O4 109.470 3.000
PNA C5 C4 C3 111.000 3.000
PNA H4 C4 O4 109.470 3.000
PNA H4 C4 C3 108.340 3.000
PNA O4 C4 C3 109.470 3.000
PNA C4 O4 HO4 109.470 3.000
PNA C4 C3 H3 108.340 3.000
PNA C4 C3 O3 109.470 3.000
PNA C4 C3 C2 111.000 3.000
PNA H3 C3 O3 109.470 3.000
PNA H3 C3 C2 108.340 3.000
PNA O3 C3 C2 109.470 3.000
PNA C3 O3 HO3 109.470 3.000
PNA C3 C2 H2 108.340 3.000
PNA C3 C2 O2 109.470 3.000
PNA C3 C2 C1 111.000 3.000
PNA H2 C2 O2 109.470 3.000
PNA H2 C2 C1 108.340 3.000
PNA O2 C2 C1 109.470 3.000
PNA C2 O2 HO2 109.470 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
PNA var_1 O5 C1 O1 C7 65.730 20.000 1
PNA var_2 C1 O1 C7 C12 -174.611 20.000 1
PNA CONST_1 O1 C7 C8 C9 180.000 0.000 0
PNA CONST_2 O1 C7 C12 C11 180.000 0.000 0
PNA CONST_3 C7 C12 C11 C10 0.000 0.000 0
PNA CONST_4 C12 C11 C10 N1 180.000 0.000 0
PNA CONST_5 C11 C10 C9 C8 0.000 0.000 0
PNA CONST_6 C10 C9 C8 C7 0.000 0.000 0
PNA var_3 C11 C10 N1 O8 0.001 20.000 1
PNA var_4 C1 O5 C5 C4 60.000 20.000 1
PNA var_5 O5 C5 C6 O6 64.877 20.000 3
PNA var_6 C5 C6 O6 HO6 -179.985 20.000 1
PNA var_7 O5 C5 C4 C3 -60.000 20.000 3
PNA var_8 C5 C4 O4 HO4 179.557 20.000 1
PNA var_9 C5 C4 C3 C2 60.000 20.000 3
PNA var_10 C4 C3 O3 HO3 -179.231 20.000 1
PNA var_11 C4 C3 C2 O2 60.000 20.000 3
PNA var_12 C3 C2 C1 O5 60.000 20.000 3
PNA var_13 C3 C2 O2 HO2 -179.576 20.000 1
PNA var_1 C5 O5 C1 C2 -60.000 20.000 1
loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
PNA chir_01 C1 C2 O1 O5 negativ
PNA chir_02 C2 C1 C3 O2 positiv
PNA chir_03 C3 C2 C4 O3 positiv
PNA chir_04 C4 C3 C5 O4 negativ
PNA chir_05 C5 C4 C6 O5 negativ
loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
PNA plan-1 C7 0.020
PNA plan-1 C8 0.020
PNA plan-1 C12 0.020
PNA plan-1 O1 0.020
PNA plan-1 C9 0.020
PNA plan-1 C10 0.020
PNA plan-1 C11 0.020
PNA plan-1 H8 0.020
PNA plan-1 H9 0.020
PNA plan-1 N1 0.020
PNA plan-1 H11 0.020
PNA plan-1 H12 0.020
PNA plan-2 N1 0.020
PNA plan-2 C10 0.020
PNA plan-2 O7 0.020
PNA plan-2 O8 0.020
# ------------------------------------------------------
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