1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169
170
171
172
|
global_
_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
PRI PRI 'PYRROLIDINE-2-CARBALDEHYDE ' non-polymer 16 7 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_PRI
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
PRI OT1 O O 0.000 0.000 0.000 0.000
PRI C C C1 0.000 -0.469 0.560 0.960
PRI "HO'T" H H 0.000 0.181 0.961 1.719
PRI CA C CH1 0.000 -1.963 0.697 1.099
PRI HCA H H 0.000 -2.248 1.758 1.130
PRI CB C CH2 0.000 -2.455 -0.029 2.368
PRI HCB2 H H 0.000 -2.602 0.666 3.197
PRI HCB1 H H 0.000 -1.765 -0.818 2.673
PRI N N NH1 0.000 -2.651 0.009 -0.022
PRI HN H H 0.000 -2.276 -0.228 -0.929
PRI CD C CH2 0.000 -4.020 -0.251 0.497
PRI HCD1 H H 0.000 -4.508 -1.068 -0.038
PRI HCD2 H H 0.000 -4.648 0.641 0.448
PRI CG C CH2 0.000 -3.809 -0.653 1.972
PRI HCG2 H H 0.000 -3.760 -1.737 2.090
PRI HCG1 H H 0.000 -4.597 -0.253 2.614
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
PRI OT1 n/a C START
PRI C OT1 CA .
PRI "HO'T" C . .
PRI CA C N .
PRI HCA CA . .
PRI CB CA HCB1 .
PRI HCB2 CB . .
PRI HCB1 CB . .
PRI N CA CD .
PRI HN N . .
PRI CD N CG .
PRI HCD1 CD . .
PRI HCD2 CD . .
PRI CG CD HCG1 .
PRI HCG2 CG . .
PRI HCG1 CG . END
PRI CB CG . ADD
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
PRI CB CG single 1.524 0.020
PRI CB CA single 1.524 0.020
PRI HCB1 CB single 1.092 0.020
PRI HCB2 CB single 1.092 0.020
PRI CG CD single 1.524 0.020
PRI HCG1 CG single 1.092 0.020
PRI HCG2 CG single 1.092 0.020
PRI C OT1 double 1.220 0.020
PRI CA C single 1.510 0.020
PRI "HO'T" C single 1.077 0.020
PRI CD N single 1.450 0.020
PRI N CA single 1.450 0.020
PRI HN N single 1.010 0.020
PRI HCD1 CD single 1.092 0.020
PRI HCD2 CD single 1.092 0.020
PRI HCA CA single 1.099 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
PRI OT1 C "HO'T" 123.000 3.000
PRI OT1 C CA 120.500 3.000
PRI "HO'T" C CA 120.000 3.000
PRI C CA HCA 108.810 3.000
PRI C CA CB 109.470 3.000
PRI C CA N 111.600 3.000
PRI HCA CA CB 108.340 3.000
PRI HCA CA N 108.550 3.000
PRI CB CA N 110.000 3.000
PRI CA CB HCB2 109.470 3.000
PRI CA CB HCB1 109.470 3.000
PRI CA CB CG 111.000 3.000
PRI HCB2 CB HCB1 107.900 3.000
PRI HCB2 CB CG 109.470 3.000
PRI HCB1 CB CG 109.470 3.000
PRI CA N HN 118.500 3.000
PRI CA N CD 120.000 3.000
PRI HN N CD 118.500 3.000
PRI N CD HCD1 109.470 3.000
PRI N CD HCD2 109.470 3.000
PRI N CD CG 112.000 3.000
PRI HCD1 CD HCD2 107.900 3.000
PRI HCD1 CD CG 109.470 3.000
PRI HCD2 CD CG 109.470 3.000
PRI CD CG HCG2 109.470 3.000
PRI CD CG HCG1 109.470 3.000
PRI CD CG CB 111.000 3.000
PRI HCG2 CG HCG1 107.900 3.000
PRI HCG2 CG CB 109.470 3.000
PRI HCG1 CG CB 109.470 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
PRI var_1 OT1 C CA N 3.037 20.000 1
PRI var_2 C CA CB CG -150.000 20.000 3
PRI var_3 CA CB CG CD 0.000 20.000 3
PRI var_4 C CA N CD 150.000 20.000 3
PRI var_5 CA N CD CG -30.000 20.000 3
PRI var_6 N CD CG CB 30.000 20.000 3
loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
PRI chir_01 CA CB C N negativ
loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
PRI plan-1 C 0.020
PRI plan-1 OT1 0.020
PRI plan-1 CA 0.020
PRI plan-1 "HO'T" 0.020
PRI plan-2 N 0.020
PRI plan-2 CD 0.020
PRI plan-2 CA 0.020
PRI plan-2 HN 0.020
# ------------------------------------------------------
|
