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|
global_
_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
PSJ PSJ 'D-psicose ' non-polymer 24 12 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_PSJ
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
PSJ O2 O O 0.000 0.000 0.000 0.000
PSJ C2 C C 0.000 -1.102 -0.182 -0.458
PSJ C1 C CH2 0.000 -1.395 -1.438 -1.236
PSJ H1 H H 0.000 -1.706 -1.174 -2.249
PSJ H1A H H 0.000 -2.198 -1.991 -0.743
PSJ O1 O OH1 0.000 -0.222 -2.250 -1.292
PSJ HO1 H H 0.000 -0.411 -3.056 -1.791
PSJ C3 C CH1 0.000 -2.183 0.848 -0.253
PSJ H3 H H 0.000 -2.770 0.952 -1.176
PSJ O3 O OH1 0.000 -1.588 2.105 0.078
PSJ HO3 H H 0.000 -1.072 2.013 0.890
PSJ C4 C CH1 0.000 -3.101 0.403 0.887
PSJ H4 H H 0.000 -2.514 0.299 1.811
PSJ O4 O OH1 0.000 -3.696 -0.854 0.557
PSJ HO4 H H 0.000 -4.212 -0.762 -0.255
PSJ C5 C CH1 0.000 -4.199 1.449 1.096
PSJ H5 H H 0.000 -4.785 1.553 0.173
PSJ O5 O OH1 0.000 -3.604 2.704 1.426
PSJ HO5 H H 0.000 -3.087 2.612 2.238
PSJ C6 C CH2 0.000 -5.117 1.003 2.236
PSJ H6 H H 0.000 -4.553 0.984 3.171
PSJ H6A H H 0.000 -5.501 0.003 2.024
PSJ O6 O OH1 0.000 -6.207 1.919 2.354
PSJ HO6 H H 0.000 -6.787 1.637 3.075
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
PSJ O2 n/a C2 START
PSJ C2 O2 C3 .
PSJ C1 C2 O1 .
PSJ H1 C1 . .
PSJ H1A C1 . .
PSJ O1 C1 HO1 .
PSJ HO1 O1 . .
PSJ C3 C2 C4 .
PSJ H3 C3 . .
PSJ O3 C3 HO3 .
PSJ HO3 O3 . .
PSJ C4 C3 C5 .
PSJ H4 C4 . .
PSJ O4 C4 HO4 .
PSJ HO4 O4 . .
PSJ C5 C4 C6 .
PSJ H5 C5 . .
PSJ O5 C5 HO5 .
PSJ HO5 O5 . .
PSJ C6 C5 O6 .
PSJ H6 C6 . .
PSJ H6A C6 . .
PSJ O6 C6 HO6 .
PSJ HO6 O6 . END
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
PSJ O1 C1 single 1.432 0.020
PSJ C1 C2 single 1.510 0.020
PSJ H1 C1 single 1.092 0.020
PSJ H1A C1 single 1.092 0.020
PSJ HO1 O1 single 0.967 0.020
PSJ C3 C2 single 1.500 0.020
PSJ C2 O2 double 1.220 0.020
PSJ C4 C3 single 1.524 0.020
PSJ O3 C3 single 1.432 0.020
PSJ H3 C3 single 1.099 0.020
PSJ HO3 O3 single 0.967 0.020
PSJ O4 C4 single 1.432 0.020
PSJ C5 C4 single 1.524 0.020
PSJ H4 C4 single 1.099 0.020
PSJ HO4 O4 single 0.967 0.020
PSJ C6 C5 single 1.524 0.020
PSJ O5 C5 single 1.432 0.020
PSJ H5 C5 single 1.099 0.020
PSJ HO5 O5 single 0.967 0.020
PSJ O6 C6 single 1.432 0.020
PSJ H6 C6 single 1.092 0.020
PSJ H6A C6 single 1.092 0.020
PSJ HO6 O6 single 0.967 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
PSJ O2 C2 C1 120.500 3.000
PSJ O2 C2 C3 120.500 3.000
PSJ C1 C2 C3 120.000 3.000
PSJ C2 C1 H1 109.470 3.000
PSJ C2 C1 H1A 109.470 3.000
PSJ C2 C1 O1 109.500 3.000
PSJ H1 C1 H1A 107.900 3.000
PSJ H1 C1 O1 109.470 3.000
PSJ H1A C1 O1 109.470 3.000
PSJ C1 O1 HO1 109.470 3.000
PSJ C2 C3 H3 108.810 3.000
PSJ C2 C3 O3 109.470 3.000
PSJ C2 C3 C4 109.470 3.000
PSJ H3 C3 O3 109.470 3.000
PSJ H3 C3 C4 108.340 3.000
PSJ O3 C3 C4 109.470 3.000
PSJ C3 O3 HO3 109.470 3.000
PSJ C3 C4 H4 108.340 3.000
PSJ C3 C4 O4 109.470 3.000
PSJ C3 C4 C5 111.000 3.000
PSJ H4 C4 O4 109.470 3.000
PSJ H4 C4 C5 108.340 3.000
PSJ O4 C4 C5 109.470 3.000
PSJ C4 O4 HO4 109.470 3.000
PSJ C4 C5 H5 108.340 3.000
PSJ C4 C5 O5 109.470 3.000
PSJ C4 C5 C6 111.000 3.000
PSJ H5 C5 O5 109.470 3.000
PSJ H5 C5 C6 108.340 3.000
PSJ O5 C5 C6 109.470 3.000
PSJ C5 O5 HO5 109.470 3.000
PSJ C5 C6 H6 109.470 3.000
PSJ C5 C6 H6A 109.470 3.000
PSJ C5 C6 O6 109.470 3.000
PSJ H6 C6 H6A 107.900 3.000
PSJ H6 C6 O6 109.470 3.000
PSJ H6A C6 O6 109.470 3.000
PSJ C6 O6 HO6 109.470 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
PSJ var_1 O2 C2 C1 O1 0.024 20.000 3
PSJ var_2 C2 C1 O1 HO1 179.991 20.000 1
PSJ var_3 O2 C2 C3 C4 -100.005 20.000 3
PSJ var_4 C2 C3 O3 HO3 -60.032 20.000 1
PSJ var_5 C2 C3 C4 C5 -179.984 20.000 3
PSJ var_6 C3 C4 O4 HO4 -59.991 20.000 1
PSJ var_7 C3 C4 C5 C6 179.971 20.000 3
PSJ var_8 C4 C5 O5 HO5 -59.999 20.000 1
PSJ var_9 C4 C5 C6 O6 -175.004 20.000 3
PSJ var_10 C5 C6 O6 HO6 -179.979 20.000 1
loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
PSJ chir_01 C3 C2 O3 C4 positiv
PSJ chir_02 C4 C3 O4 C5 positiv
PSJ chir_03 C5 C4 O5 C6 positiv
loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
PSJ plan-1 C2 0.020
PSJ plan-1 C1 0.000
PSJ plan-1 O2 0.000
PSJ plan-1 C3 0.000
# ------------------------------------------------------
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