1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 97 98 99 100 101 102 103 104 105 106 107 108 109 110 111 112 113 114 115 116 117 118 119 120 121 122 123 124 125 126 127 128 129 130 131 132 133 134 135 136 137 138 139 140 141 142 143 144 145 146 147 148 149 150 151 152 153 154 155 156 157 158 159 160 161 162 163 164 165 166 167 168 169 170 171 172 173 174 175 176 177 178 179 180 181 182 183 184 185 186 187 188 189 190 191 192 193 194 195 196 197 198 199 200 201 202 203 204 205 206 207 208 209 210 211 212 213 214 215 216 217 218 219 220 221 222 223 224 225 226 227 228 229 230 231 232 233 234 235 236 237 238 239 240 241 242 243 244 245 246 247 248 249 250 251 252 253 254 255 256 257 258 259 260 261 262 263 264 265 266 267 268 269 270 271 272 273 274 275 276 277 278 279 280 281 282 283 284 285 286 287 288 289 290 291 292 293 294 295 296 297 298 299 300 301 302 303 304 305 306 307 308 309 310 311 312 313 314 315 316 317 318 319 320 321 322 323 324 325 326 327 328 329 330 331 332 333 334 335 336 337 338 339 340 341 342 343 344 345 346 347 348 349 350
|
global_
_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
2A5 2A5 '. ' non-polymer 45 29 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_2A5
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
2A5 O3B O OP -0.666 0.000 0.000 0.000
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2A5 O2B O OP -0.666 -0.138 0.537 2.408
2A5 O1B O OP -0.666 0.390 -1.765 1.684
2A5 O3A O O2 0.000 -1.977 -0.880 1.350
2A5 PA P P 0.000 -2.941 -1.655 0.320
2A5 O2A O OP -0.500 -2.782 -3.118 0.501
2A5 O1A O OP -0.500 -2.576 -1.287 -1.070
2A5 "O5'" O O2 0.000 -4.471 -1.243 0.602
2A5 "C5'" C CH2 0.000 -5.559 -1.683 -0.215
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2A5 "H5'A" H H 0.000 -5.407 -1.338 -1.239
2A5 "C4'" C CH1 0.000 -6.869 -1.111 0.329
2A5 "H4'" H H 0.000 -6.978 -1.371 1.392
2A5 "C3'" C CH1 0.000 -8.059 -1.673 -0.471
2A5 "H3'" H H 0.000 -7.704 -2.320 -1.285
2A5 "O3'" O OH1 0.000 -8.949 -2.391 0.385
2A5 "HO3'" H H 0.000 -8.499 -3.173 0.733
2A5 "C2'" C CH1 0.000 -8.756 -0.412 -1.045
2A5 "H2'" H H 0.000 -8.435 -0.222 -2.079
2A5 C01 C CH2 0.000 -10.278 -0.547 -0.962
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2A5 C02 C CH2 0.000 -10.757 -1.564 -2.000
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2A5 H02A H H 0.000 -10.475 -1.225 -2.999
2A5 O01 O OH1 0.000 -12.179 -1.690 -1.923
2A5 HO01 H H 0.000 -12.481 -2.333 -2.579
2A5 "C1'" C CH1 0.000 -8.248 0.700 -0.094
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2A5 HN6 H H 0.000 -8.592 6.239 -2.844
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2A5 C8 C CR15 0.000 -7.300 2.581 -1.484
2A5 H8 H H 0.000 -6.330 2.135 -1.669
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
2A5 O3B n/a PB START
2A5 PB O3B O3A .
2A5 O2B PB . .
2A5 O1B PB . .
2A5 O3A PB PA .
2A5 PA O3A "O5'" .
2A5 O2A PA . .
2A5 O1A PA . .
2A5 "O5'" PA "C5'" .
2A5 "C5'" "O5'" "C4'" .
2A5 "H5'" "C5'" . .
2A5 "H5'A" "C5'" . .
2A5 "C4'" "C5'" "C3'" .
2A5 "H4'" "C4'" . .
2A5 "C3'" "C4'" "C2'" .
2A5 "H3'" "C3'" . .
2A5 "O3'" "C3'" "HO3'" .
2A5 "HO3'" "O3'" . .
2A5 "C2'" "C3'" "C1'" .
2A5 "H2'" "C2'" . .
2A5 C01 "C2'" C02 .
2A5 H01 C01 . .
2A5 H01A C01 . .
2A5 C02 C01 O01 .
2A5 H02 C02 . .
2A5 H02A C02 . .
2A5 O01 C02 HO01 .
2A5 HO01 O01 . .
2A5 "C1'" "C2'" N9 .
2A5 "H1'" "C1'" . .
2A5 "O4'" "C1'" . .
2A5 N9 "C1'" C4 .
2A5 C4 N9 N3 .
2A5 N3 C4 C2 .
2A5 C2 N3 N1 .
2A5 H2 C2 . .
2A5 N1 C2 C6 .
2A5 C6 N1 C5 .
2A5 N6 C6 HN6 .
2A5 HN6A N6 . .
2A5 HN6 N6 . .
2A5 C5 C6 N7 .
2A5 N7 C5 C8 .
2A5 C8 N7 H8 .
2A5 H8 C8 . END
2A5 "C4'" "O4'" . ADD
2A5 N9 C8 . ADD
2A5 C5 C4 . ADD
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
2A5 O2A PA deloc 1.510 0.020
2A5 O1A PA deloc 1.510 0.020
2A5 PA O3A single 1.610 0.020
2A5 "O5'" PA single 1.610 0.020
2A5 O3A PB single 1.610 0.020
2A5 PB O3B deloc 1.510 0.020
2A5 O2B PB deloc 1.510 0.020
2A5 O1B PB deloc 1.510 0.020
2A5 "C5'" "O5'" single 1.426 0.020
2A5 "C4'" "C5'" single 1.524 0.020
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2A5 "H5'A" "C5'" single 1.092 0.020
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2A5 N9 "C1'" single 1.485 0.020
2A5 "C1'" "C2'" single 1.524 0.020
2A5 "H1'" "C1'" single 1.099 0.020
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2A5 C02 C01 single 1.524 0.020
2A5 H01 C01 single 1.092 0.020
2A5 H01A C01 single 1.092 0.020
2A5 O01 C02 single 1.432 0.020
2A5 H02 C02 single 1.092 0.020
2A5 H02A C02 single 1.092 0.020
2A5 HO01 O01 single 0.967 0.020
2A5 "O3'" "C3'" single 1.432 0.020
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2A5 C4 N9 single 1.337 0.020
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2A5 C5 C4 single 1.490 0.020
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2A5 C6 N1 single 1.350 0.020
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2A5 C2 N3 single 1.337 0.020
2A5 H2 C2 single 1.083 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
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2A5 O1B PB O3A 108.200 3.000
2A5 PB O3A PA 120.500 3.000
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loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
2A5 var_1 O3B PB O3A PA 44.913 20.000 1
2A5 var_2 PB O3A PA "O5'" -159.957 20.000 1
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2A5 var_8 "C4'" "C3'" "O3'" "HO3'" -65.300 20.000 1
2A5 var_9 "C4'" "C3'" "C2'" "C1'" -30.000 20.000 3
2A5 var_10 "C3'" "C2'" C01 C02 -72.373 20.000 3
2A5 var_11 "C2'" C01 C02 O01 -179.984 20.000 3
2A5 var_12 C01 C02 O01 HO01 -179.956 20.000 1
2A5 var_13 "C3'" "C2'" "C1'" N9 150.000 20.000 3
2A5 var_14 "C2'" "C1'" "O4'" "C4'" -30.000 20.000 1
2A5 var_15 "C2'" "C1'" N9 C4 89.216 20.000 1
2A5 CONST_1 "C1'" N9 C8 N7 180.000 0.000 0
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loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
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_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
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loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
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