1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 97 98 99 100 101 102 103 104 105 106 107 108 109 110 111 112 113 114 115 116 117 118 119 120 121 122 123 124 125 126 127 128 129 130 131 132 133 134 135 136 137 138 139 140 141 142 143 144 145 146 147 148 149 150 151 152 153 154 155 156 157 158 159 160 161 162 163 164 165 166 167 168 169 170 171 172 173 174 175 176 177 178 179 180 181 182 183 184 185 186 187 188 189 190 191 192 193 194 195 196 197 198 199 200 201 202 203 204 205 206 207 208 209 210 211 212 213 214 215 216 217 218 219 220 221 222 223 224 225 226 227 228 229 230 231 232 233 234 235 236
|
global_
_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
2FP 2FP '1,6-FRUCTOSE DIPHOSPHATE (LINEAR FOR' non-polymer 30 20 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_2FP
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
2FP O13 O OP -0.666 0.000 0.000 0.000
2FP P1 P P 0.000 -1.222 0.371 0.812
2FP O11 O OP -0.666 -1.541 1.835 0.601
2FP O12 O OP -0.666 -0.947 0.121 2.279
2FP O1 O O2 0.000 -2.473 -0.525 0.340
2FP C1 C CH2 0.000 -3.798 -0.339 0.843
2FP H11 H H 0.000 -4.134 0.674 0.614
2FP H12A H H 0.000 -3.799 -0.486 1.925
2FP C2 C C 0.000 -4.724 -1.336 0.197
2FP O2 O O 0.000 -4.296 -2.124 -0.610
2FP C3 C CH1 0.000 -6.187 -1.349 0.561
2FP H3 H H 0.000 -6.298 -1.184 1.642
2FP O3 O OH1 0.000 -6.753 -2.614 0.212
2FP HO3 H H 0.000 -6.656 -2.759 -0.739
2FP C4 C CH1 0.000 -6.913 -0.238 -0.201
2FP H4 H H 0.000 -6.539 0.740 0.133
2FP O4 O OH1 0.000 -6.671 -0.387 -1.603
2FP HO4 H H 0.000 -7.000 -1.247 -1.897
2FP C5 C CH1 0.000 -8.416 -0.331 0.070
2FP H5 H H 0.000 -8.609 -0.128 1.132
2FP O5 O OH1 0.000 -8.879 -1.643 -0.256
2FP HO5 H H 0.000 -8.709 -1.821 -1.191
2FP C6 C CH2 0.000 -9.153 0.699 -0.788
2FP H61 H H 0.000 -9.033 0.445 -1.843
2FP H62 H H 0.000 -8.735 1.691 -0.604
2FP O6 O O2 0.000 -10.541 0.694 -0.451
2FP P6 P P 0.000 -11.620 1.656 -1.159
2FP O61 O OP -0.666 -11.737 1.291 -2.623
2FP O62 O OP -0.666 -12.965 1.488 -0.488
2FP O63 O OP -0.666 -11.171 3.096 -1.034
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
2FP O13 n/a P1 START
2FP P1 O13 O1 .
2FP O11 P1 . .
2FP O12 P1 . .
2FP O1 P1 C1 .
2FP C1 O1 C2 .
2FP H11 C1 . .
2FP H12A C1 . .
2FP C2 C1 C3 .
2FP O2 C2 . .
2FP C3 C2 C4 .
2FP H3 C3 . .
2FP O3 C3 HO3 .
2FP HO3 O3 . .
2FP C4 C3 C5 .
2FP H4 C4 . .
2FP O4 C4 HO4 .
2FP HO4 O4 . .
2FP C5 C4 C6 .
2FP H5 C5 . .
2FP O5 C5 HO5 .
2FP HO5 O5 . .
2FP C6 C5 O6 .
2FP H61 C6 . .
2FP H62 C6 . .
2FP O6 C6 P6 .
2FP P6 O6 O63 .
2FP O61 P6 . .
2FP O62 P6 . .
2FP O63 P6 . END
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
2FP P6 O6 single 1.610 0.020
2FP O61 P6 deloc 1.510 0.020
2FP O62 P6 deloc 1.510 0.020
2FP O63 P6 deloc 1.510 0.020
2FP O6 C6 single 1.426 0.020
2FP C6 C5 single 1.524 0.020
2FP H61 C6 single 1.092 0.020
2FP H62 C6 single 1.092 0.020
2FP O5 C5 single 1.432 0.020
2FP C5 C4 single 1.524 0.020
2FP H5 C5 single 1.099 0.020
2FP HO5 O5 single 0.967 0.020
2FP O4 C4 single 1.432 0.020
2FP C4 C3 single 1.524 0.020
2FP H4 C4 single 1.099 0.020
2FP HO4 O4 single 0.967 0.020
2FP O3 C3 single 1.432 0.020
2FP C3 C2 single 1.500 0.020
2FP H3 C3 single 1.099 0.020
2FP HO3 O3 single 0.967 0.020
2FP O2 C2 double 1.220 0.020
2FP C2 C1 single 1.510 0.020
2FP C1 O1 single 1.426 0.020
2FP H11 C1 single 1.092 0.020
2FP H12A C1 single 1.092 0.020
2FP O1 P1 single 1.610 0.020
2FP O11 P1 deloc 1.510 0.020
2FP O12 P1 deloc 1.510 0.020
2FP P1 O13 deloc 1.510 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
2FP O13 P1 O11 119.900 3.000
2FP O13 P1 O12 119.900 3.000
2FP O13 P1 O1 108.200 3.000
2FP O11 P1 O12 119.900 3.000
2FP O11 P1 O1 108.200 3.000
2FP O12 P1 O1 108.200 3.000
2FP P1 O1 C1 120.500 3.000
2FP O1 C1 H11 109.470 3.000
2FP O1 C1 H12A 109.470 3.000
2FP O1 C1 C2 109.470 3.000
2FP H11 C1 H12A 107.900 3.000
2FP H11 C1 C2 109.470 3.000
2FP H12A C1 C2 109.470 3.000
2FP C1 C2 O2 120.500 3.000
2FP C1 C2 C3 120.000 3.000
2FP O2 C2 C3 120.500 3.000
2FP C2 C3 H3 108.810 3.000
2FP C2 C3 O3 109.470 3.000
2FP C2 C3 C4 109.470 3.000
2FP H3 C3 O3 109.470 3.000
2FP H3 C3 C4 108.340 3.000
2FP O3 C3 C4 109.470 3.000
2FP C3 O3 HO3 109.470 3.000
2FP C3 C4 H4 108.340 3.000
2FP C3 C4 O4 109.470 3.000
2FP C3 C4 C5 111.000 3.000
2FP H4 C4 O4 109.470 3.000
2FP H4 C4 C5 108.340 3.000
2FP O4 C4 C5 109.470 3.000
2FP C4 O4 HO4 109.470 3.000
2FP C4 C5 H5 108.340 3.000
2FP C4 C5 O5 109.470 3.000
2FP C4 C5 C6 111.000 3.000
2FP H5 C5 O5 109.470 3.000
2FP H5 C5 C6 108.340 3.000
2FP O5 C5 C6 109.470 3.000
2FP C5 O5 HO5 109.470 3.000
2FP C5 C6 H61 109.470 3.000
2FP C5 C6 H62 109.470 3.000
2FP C5 C6 O6 109.470 3.000
2FP H61 C6 H62 107.900 3.000
2FP H61 C6 O6 109.470 3.000
2FP H62 C6 O6 109.470 3.000
2FP C6 O6 P6 120.500 3.000
2FP O6 P6 O61 108.200 3.000
2FP O6 P6 O62 108.200 3.000
2FP O6 P6 O63 108.200 3.000
2FP O61 P6 O62 119.900 3.000
2FP O61 P6 O63 119.900 3.000
2FP O62 P6 O63 119.900 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
2FP var_1 O13 P1 O1 C1 -174.946 20.000 1
2FP var_2 P1 O1 C1 C2 179.970 20.000 1
2FP var_3 O1 C1 C2 C3 179.976 20.000 3
2FP var_4 C1 C2 C3 C4 79.985 20.000 3
2FP var_5 C2 C3 O3 HO3 -60.023 20.000 1
2FP var_6 C2 C3 C4 C5 174.956 20.000 3
2FP var_7 C3 C4 O4 HO4 60.033 20.000 1
2FP var_8 C3 C4 C5 C6 -174.985 20.000 3
2FP var_9 C4 C5 O5 HO5 -60.050 20.000 1
2FP var_10 C4 C5 C6 O6 -174.971 20.000 3
2FP var_11 C5 C6 O6 P6 179.991 20.000 1
2FP var_12 C6 O6 P6 O63 -54.959 20.000 1
loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
2FP chir_01 C5 C6 O5 C4 negativ
2FP chir_02 C4 C5 O4 C3 positiv
2FP chir_03 C3 C4 O3 C2 negativ
loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
2FP plan-1 C2 0.020
2FP plan-1 C3 0.000
2FP plan-1 O2 0.000
2FP plan-1 C1 0.000
# ------------------------------------------------------
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