1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169
170
171
172
173
174
175
176
177
178
179
180
181
182
183
184
185
186
187
188
189
190
191
192
193
194
195
196
197
198
199
200
201
202
203
204
205
206
207
208
209
210
211
212
213
214
215
216
217
218
219
220
221
222
223
224
225
226
227
228
229
230
231
232
233
234
235
236
237
238
239
240
241
242
243
244
245
246
247
248
249
250
251
252
253
254
255
256
257
258
259
260
261
262
263
264
265
266
267
268
269
270
271
272
273
274
275
276
277
278
279
280
281
282
283
284
285
286
287
288
289
290
291
292
293
294
295
296
297
298
299
300
301
302
303
304
305
306
307
308
309
310
311
312
313
314
315
316
317
318
319
320
321
322
323
324
325
326
327
328
329
330
331
332
333
334
335
336
337
338
339
340
341
342
343
344
345
346
347
348
349
350
351
352
353
354
355
356
357
358
359
360
361
362
363
364
365
366
367
368
369
370
371
372
373
374
375
376
377
378
379
380
381
382
383
384
385
386
387
388
389
390
391
392
393
394
395
396
397
398
399
400
401
402
403
404
405
406
407
408
409
410
411
412
413
414
415
416
417
418
419
420
421
422
423
424
425
426
427
428
429
430
431
432
433
434
435
436
437
438
439
440
441
442
443
444
445
446
447
448
449
450
451
452
453
454
455
456
457
458
459
460
461
462
|
global_
_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
3MN 3MN '3-({3-[3-(1H-IMIDAZOL-1-YL)PROPYL]-5' non-polymer 60 35 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_3MN
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
3MN N3 N NS 0.000 0.000 0.000 0.000
3MN C7 C CSP 0.000 -0.847 -0.751 -0.090
3MN C15 C CR6 0.000 -1.917 -1.698 -0.203
3MN C12 C CR16 0.000 -2.160 -2.338 -1.420
3MN H12 H H 0.000 -1.537 -2.124 -2.280
3MN C23 C CR16 0.000 -2.717 -1.987 0.904
3MN H23 H H 0.000 -2.531 -1.497 1.851
3MN C5 C CR16 0.000 -3.744 -2.900 0.787
3MN H5 H H 0.000 -4.366 -3.126 1.645
3MN C6 C CR16 0.000 -3.984 -3.528 -0.423
3MN H6 H H 0.000 -4.792 -4.243 -0.509
3MN C19 C CR6 0.000 -3.194 -3.244 -1.524
3MN C11 C CH2 0.000 -3.462 -3.932 -2.837
3MN H111 H H 0.000 -3.976 -4.878 -2.653
3MN H112 H H 0.000 -2.515 -4.126 -3.345
3MN N2 N NR5 0.000 -4.301 -3.075 -3.677
3MN C14 C CT 0.000 -5.769 -3.122 -3.792
3MN C28 C CH3 0.000 -6.425 -2.830 -2.442
3MN H283 H H 0.000 -7.479 -2.824 -2.553
3MN H282 H H 0.000 -6.150 -3.579 -1.745
3MN H281 H H 0.000 -6.103 -1.885 -2.088
3MN C25 C CR6 0.000 -6.217 -4.461 -4.319
3MN C24 C CR66 0.000 -7.579 -4.703 -4.567
3MN C10 C CR16 0.000 -8.549 -3.711 -4.344
3MN H10 H H 0.000 -8.256 -2.738 -3.971
3MN C9 C CR16 0.000 -9.858 -3.981 -4.600
3MN H9 H H 0.000 -10.605 -3.216 -4.423
3MN C8 C CR16 0.000 -10.253 -5.225 -5.087
3MN H8 H H 0.000 -11.301 -5.413 -5.283
3MN C27 C CR16 0.000 -9.341 -6.208 -5.319
3MN H27 H H 0.000 -9.663 -7.171 -5.697
3MN C17 C CR66 0.000 -7.979 -5.968 -5.066
3MN C13 C CR16 0.000 -7.009 -6.958 -5.295
3MN H13 H H 0.000 -7.301 -7.929 -5.674
3MN C26 C CR16 0.000 -5.305 -5.444 -4.552
3MN H26 H H 0.000 -4.256 -5.255 -4.356
3MN C20 C CR16 0.000 -5.699 -6.688 -5.038
3MN H20 H H 0.000 -4.953 -7.453 -5.215
3MN C4 C CR5 0.000 -6.084 -2.022 -4.787
3MN O2 O O 0.000 -7.177 -1.692 -5.193
3MN N1 N NR5 0.000 -4.895 -1.487 -5.126
3MN C18 C CR5 0.000 -3.883 -2.090 -4.492
3MN O1 O O 0.000 -2.715 -1.782 -4.635
3MN C16 C CH2 0.000 -4.730 -0.382 -6.075
3MN H161 H H 0.000 -3.848 0.201 -5.803
3MN H162 H H 0.000 -5.613 0.259 -6.043
3MN C1 C CH2 0.000 -4.556 -0.945 -7.487
3MN H11 H H 0.000 -5.438 -1.529 -7.757
3MN H12A H H 0.000 -3.672 -1.586 -7.517
3MN C2 C CH2 0.000 -4.384 0.209 -8.478
3MN H21A H H 0.000 -3.502 0.793 -8.206
3MN H22 H H 0.000 -5.267 0.850 -8.447
3MN N4 N NR5 0.000 -4.217 -0.330 -9.830
3MN C21 C CR15 0.000 -5.216 -0.592 -10.728
3MN H21 H H 0.000 -6.278 -0.442 -10.575
3MN C30 C CR15 0.000 -4.625 -1.073 -11.839
3MN H30 H H 0.000 -5.130 -1.381 -12.746
3MN N5 N NRD5 0.000 -3.302 -1.103 -11.625
3MN C29 C CR15 0.000 -3.049 -0.654 -10.426
3MN H29 H H 0.000 -2.066 -0.557 -9.983
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
3MN N3 n/a C7 START
3MN C7 N3 C15 .
3MN C15 C7 C23 .
3MN C12 C15 H12 .
3MN H12 C12 . .
3MN C23 C15 C5 .
3MN H23 C23 . .
3MN C5 C23 C6 .
3MN H5 C5 . .
3MN C6 C5 C19 .
3MN H6 C6 . .
3MN C19 C6 C11 .
3MN C11 C19 N2 .
3MN H111 C11 . .
3MN H112 C11 . .
3MN N2 C11 C14 .
3MN C14 N2 C4 .
3MN C28 C14 H281 .
3MN H283 C28 . .
3MN H282 C28 . .
3MN H281 C28 . .
3MN C25 C14 C26 .
3MN C24 C25 C10 .
3MN C10 C24 C9 .
3MN H10 C10 . .
3MN C9 C10 C8 .
3MN H9 C9 . .
3MN C8 C9 C27 .
3MN H8 C8 . .
3MN C27 C8 C17 .
3MN H27 C27 . .
3MN C17 C27 C13 .
3MN C13 C17 H13 .
3MN H13 C13 . .
3MN C26 C25 C20 .
3MN H26 C26 . .
3MN C20 C26 H20 .
3MN H20 C20 . .
3MN C4 C14 N1 .
3MN O2 C4 . .
3MN N1 C4 C16 .
3MN C18 N1 O1 .
3MN O1 C18 . .
3MN C16 N1 C1 .
3MN H161 C16 . .
3MN H162 C16 . .
3MN C1 C16 C2 .
3MN H11 C1 . .
3MN H12A C1 . .
3MN C2 C1 N4 .
3MN H21A C2 . .
3MN H22 C2 . .
3MN N4 C2 C21 .
3MN C21 N4 C30 .
3MN H21 C21 . .
3MN C30 C21 N5 .
3MN H30 C30 . .
3MN N5 C30 C29 .
3MN C29 N5 H29 .
3MN H29 C29 . END
3MN N4 C29 . ADD
3MN C18 N2 . ADD
3MN C19 C12 . ADD
3MN C20 C13 . ADD
3MN C17 C24 . ADD
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
3MN N4 C2 single 1.462 0.020
3MN C2 C1 single 1.524 0.020
3MN H21A C2 single 1.092 0.020
3MN H22 C2 single 1.092 0.020
3MN N4 C29 single 1.337 0.020
3MN C21 N4 single 1.337 0.020
3MN C29 N5 double 1.350 0.020
3MN H29 C29 single 1.083 0.020
3MN C30 C21 double 1.380 0.020
3MN H21 C21 single 1.083 0.020
3MN N5 C30 single 1.350 0.020
3MN H30 C30 single 1.083 0.020
3MN C1 C16 single 1.524 0.020
3MN H11 C1 single 1.092 0.020
3MN H12A C1 single 1.092 0.020
3MN C16 N1 single 1.462 0.020
3MN H161 C16 single 1.092 0.020
3MN H162 C16 single 1.092 0.020
3MN C18 N2 single 1.337 0.020
3MN C18 N1 single 1.337 0.020
3MN O1 C18 double 1.285 0.020
3MN C14 N2 single 1.485 0.020
3MN N2 C11 single 1.462 0.020
3MN C4 C14 single 1.500 0.020
3MN C25 C14 single 1.500 0.020
3MN C28 C14 single 1.524 0.020
3MN N1 C4 single 1.337 0.020
3MN O2 C4 double 1.285 0.020
3MN C11 C19 single 1.511 0.020
3MN H111 C11 single 1.092 0.020
3MN H112 C11 single 1.092 0.020
3MN C19 C12 single 1.390 0.020
3MN C19 C6 double 1.390 0.020
3MN C12 C15 double 1.390 0.020
3MN H12 C12 single 1.083 0.020
3MN C23 C15 single 1.390 0.020
3MN C15 C7 single 1.285 0.020
3MN C5 C23 double 1.390 0.020
3MN H23 C23 single 1.083 0.020
3MN C6 C5 single 1.390 0.020
3MN H5 C5 single 1.083 0.020
3MN H6 C6 single 1.083 0.020
3MN C7 N3 triple 1.158 0.020
3MN C20 C13 single 1.390 0.020
3MN C20 C26 double 1.390 0.020
3MN H20 C20 single 1.083 0.020
3MN C13 C17 double 1.390 0.020
3MN H13 C13 single 1.083 0.020
3MN C17 C24 single 1.490 0.020
3MN C17 C27 single 1.390 0.020
3MN C24 C25 double 1.490 0.020
3MN C10 C24 single 1.390 0.020
3MN C26 C25 single 1.390 0.020
3MN H26 C26 single 1.083 0.020
3MN C27 C8 double 1.390 0.020
3MN H27 C27 single 1.083 0.020
3MN C8 C9 single 1.390 0.020
3MN H8 C8 single 1.083 0.020
3MN C9 C10 double 1.390 0.020
3MN H9 C9 single 1.083 0.020
3MN H10 C10 single 1.083 0.020
3MN H281 C28 single 1.059 0.020
3MN H282 C28 single 1.059 0.020
3MN H283 C28 single 1.059 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
3MN N3 C7 C15 180.000 3.000
3MN C7 C15 C12 120.000 3.000
3MN C7 C15 C23 120.000 3.000
3MN C12 C15 C23 120.000 3.000
3MN C15 C12 H12 120.000 3.000
3MN C15 C12 C19 120.000 3.000
3MN H12 C12 C19 120.000 3.000
3MN C15 C23 H23 120.000 3.000
3MN C15 C23 C5 120.000 3.000
3MN H23 C23 C5 120.000 3.000
3MN C23 C5 H5 120.000 3.000
3MN C23 C5 C6 120.000 3.000
3MN H5 C5 C6 120.000 3.000
3MN C5 C6 H6 120.000 3.000
3MN C5 C6 C19 120.000 3.000
3MN H6 C6 C19 120.000 3.000
3MN C6 C19 C11 120.000 3.000
3MN C6 C19 C12 120.000 3.000
3MN C11 C19 C12 120.000 3.000
3MN C19 C11 H111 109.470 3.000
3MN C19 C11 H112 109.470 3.000
3MN C19 C11 N2 109.500 3.000
3MN H111 C11 H112 107.900 3.000
3MN H111 C11 N2 109.500 3.000
3MN H112 C11 N2 109.500 3.000
3MN C11 N2 C14 108.000 3.000
3MN C11 N2 C18 126.000 3.000
3MN C14 N2 C18 108.000 3.000
3MN N2 C14 C28 109.500 3.000
3MN N2 C14 C25 109.500 3.000
3MN N2 C14 C4 109.500 3.000
3MN C28 C14 C25 109.500 3.000
3MN C28 C14 C4 109.470 3.000
3MN C25 C14 C4 109.500 3.000
3MN C14 C28 H283 109.470 3.000
3MN C14 C28 H282 109.470 3.000
3MN C14 C28 H281 109.470 3.000
3MN H283 C28 H282 109.470 3.000
3MN H283 C28 H281 109.470 3.000
3MN H282 C28 H281 109.470 3.000
3MN C14 C25 C24 120.000 3.000
3MN C14 C25 C26 120.000 3.000
3MN C24 C25 C26 120.000 3.000
3MN C25 C24 C10 120.000 3.000
3MN C25 C24 C17 120.000 3.000
3MN C10 C24 C17 120.000 3.000
3MN C24 C10 H10 120.000 3.000
3MN C24 C10 C9 120.000 3.000
3MN H10 C10 C9 120.000 3.000
3MN C10 C9 H9 120.000 3.000
3MN C10 C9 C8 120.000 3.000
3MN H9 C9 C8 120.000 3.000
3MN C9 C8 H8 120.000 3.000
3MN C9 C8 C27 120.000 3.000
3MN H8 C8 C27 120.000 3.000
3MN C8 C27 H27 120.000 3.000
3MN C8 C27 C17 120.000 3.000
3MN H27 C27 C17 120.000 3.000
3MN C27 C17 C13 120.000 3.000
3MN C27 C17 C24 120.000 3.000
3MN C13 C17 C24 120.000 3.000
3MN C17 C13 H13 120.000 3.000
3MN C17 C13 C20 120.000 3.000
3MN H13 C13 C20 120.000 3.000
3MN C25 C26 H26 120.000 3.000
3MN C25 C26 C20 120.000 3.000
3MN H26 C26 C20 120.000 3.000
3MN C26 C20 H20 120.000 3.000
3MN C26 C20 C13 120.000 3.000
3MN H20 C20 C13 120.000 3.000
3MN C14 C4 O2 108.000 3.000
3MN C14 C4 N1 108.000 3.000
3MN O2 C4 N1 108.000 3.000
3MN C4 N1 C18 108.000 3.000
3MN C4 N1 C16 126.000 3.000
3MN C18 N1 C16 126.000 3.000
3MN N1 C18 O1 108.000 3.000
3MN N1 C18 N2 108.000 3.000
3MN O1 C18 N2 108.000 3.000
3MN N1 C16 H161 109.500 3.000
3MN N1 C16 H162 109.500 3.000
3MN N1 C16 C1 109.500 3.000
3MN H161 C16 H162 107.900 3.000
3MN H161 C16 C1 109.470 3.000
3MN H162 C16 C1 109.470 3.000
3MN C16 C1 H11 109.470 3.000
3MN C16 C1 H12A 109.470 3.000
3MN C16 C1 C2 111.000 3.000
3MN H11 C1 H12A 107.900 3.000
3MN H11 C1 C2 109.470 3.000
3MN H12A C1 C2 109.470 3.000
3MN C1 C2 H21A 109.470 3.000
3MN C1 C2 H22 109.470 3.000
3MN C1 C2 N4 109.500 3.000
3MN H21A C2 H22 107.900 3.000
3MN H21A C2 N4 109.500 3.000
3MN H22 C2 N4 109.500 3.000
3MN C2 N4 C21 126.000 3.000
3MN C2 N4 C29 126.000 3.000
3MN C21 N4 C29 108.000 3.000
3MN N4 C21 H21 126.000 3.000
3MN N4 C21 C30 108.000 3.000
3MN H21 C21 C30 126.000 3.000
3MN C21 C30 H30 126.000 3.000
3MN C21 C30 N5 108.000 3.000
3MN H30 C30 N5 126.000 3.000
3MN C30 N5 C29 108.000 3.000
3MN N5 C29 H29 126.000 3.000
3MN N5 C29 N4 108.000 3.000
3MN H29 C29 N4 126.000 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
3MN var_1 N3 C7 C15 C23 -148.799 20.000 1
3MN CONST_1 C7 C15 C12 C19 180.000 0.000 0
3MN CONST_2 C7 C15 C23 C5 180.000 0.000 0
3MN CONST_3 C15 C23 C5 C6 0.000 0.000 0
3MN CONST_4 C23 C5 C6 C19 0.000 0.000 0
3MN CONST_5 C5 C6 C19 C11 180.000 0.000 0
3MN CONST_6 C6 C19 C12 C15 0.000 0.000 0
3MN var_2 C6 C19 C11 N2 95.806 20.000 2
3MN var_3 C19 C11 N2 C14 -94.584 20.000 1
3MN CONST_7 C11 N2 C14 C4 180.000 0.000 0
3MN var_4 N2 C14 C28 H281 57.394 20.000 1
3MN var_5 N2 C14 C25 C26 3.231 20.000 1
3MN CONST_8 C14 C25 C24 C10 0.000 0.000 0
3MN CONST_9 C25 C24 C10 C9 180.000 0.000 0
3MN CONST_10 C24 C10 C9 C8 0.000 0.000 0
3MN CONST_11 C10 C9 C8 C27 0.000 0.000 0
3MN CONST_12 C9 C8 C27 C17 0.000 0.000 0
3MN CONST_13 C8 C27 C17 C13 180.000 0.000 0
3MN CONST_14 C27 C17 C24 C25 180.000 0.000 0
3MN CONST_15 C27 C17 C13 C20 180.000 0.000 0
3MN CONST_16 C14 C25 C26 C20 180.000 0.000 0
3MN CONST_17 C25 C26 C20 C13 0.000 0.000 0
3MN CONST_18 C26 C20 C13 C17 0.000 0.000 0
3MN CONST_19 N2 C14 C4 N1 0.000 0.000 0
3MN CONST_20 C14 C4 N1 C16 180.000 0.000 0
3MN CONST_21 C4 N1 C18 O1 180.000 0.000 0
3MN CONST_22 N1 C18 N2 C11 180.000 0.000 0
3MN var_6 C4 N1 C16 C1 -89.986 20.000 1
3MN var_7 N1 C16 C1 C2 179.987 20.000 3
3MN var_8 C16 C1 C2 N4 179.991 20.000 3
3MN var_9 C1 C2 N4 C21 90.050 20.000 1
3MN CONST_23 C2 N4 C29 N5 180.000 0.000 0
3MN CONST_24 C2 N4 C21 C30 180.000 0.000 0
3MN CONST_25 N4 C21 C30 N5 0.000 0.000 0
3MN CONST_26 C21 C30 N5 C29 0.000 0.000 0
3MN CONST_27 C30 N5 C29 N4 0.000 0.000 0
loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
3MN chir_01 C14 N2 C4 C25 negativ
loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
3MN plan-1 N4 0.020
3MN plan-1 C2 0.020
3MN plan-1 C29 0.020
3MN plan-1 C21 0.020
3MN plan-1 C30 0.020
3MN plan-1 N5 0.020
3MN plan-1 H29 0.020
3MN plan-1 H21 0.020
3MN plan-1 H30 0.020
3MN plan-2 C18 0.020
3MN plan-2 N2 0.020
3MN plan-2 N1 0.020
3MN plan-2 O1 0.020
3MN plan-2 C14 0.020
3MN plan-2 C4 0.020
3MN plan-2 C11 0.020
3MN plan-2 O2 0.020
3MN plan-2 C16 0.020
3MN plan-3 C19 0.020
3MN plan-3 C11 0.020
3MN plan-3 C12 0.020
3MN plan-3 C6 0.020
3MN plan-3 C15 0.020
3MN plan-3 C23 0.020
3MN plan-3 C5 0.020
3MN plan-3 H12 0.020
3MN plan-3 C7 0.020
3MN plan-3 H23 0.020
3MN plan-3 H5 0.020
3MN plan-3 H6 0.020
3MN plan-4 C20 0.020
3MN plan-4 C13 0.020
3MN plan-4 C26 0.020
3MN plan-4 H20 0.020
3MN plan-4 C25 0.020
3MN plan-4 C17 0.020
3MN plan-4 H13 0.020
3MN plan-4 C24 0.020
3MN plan-4 C27 0.020
3MN plan-4 C8 0.020
3MN plan-4 C9 0.020
3MN plan-4 C10 0.020
3MN plan-4 C14 0.020
3MN plan-4 H26 0.020
3MN plan-4 H27 0.020
3MN plan-4 H8 0.020
3MN plan-4 H9 0.020
3MN plan-4 H10 0.020
# ------------------------------------------------------
|
