1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 97 98 99 100 101 102 103 104 105 106 107 108 109 110 111 112 113 114 115 116 117 118 119 120 121 122 123 124 125 126 127 128 129 130 131 132 133 134 135 136 137 138 139 140 141 142 143 144 145 146 147 148 149 150 151 152 153 154 155 156 157 158 159 160 161 162 163 164 165 166 167 168 169 170 171 172 173 174 175 176 177 178 179 180 181 182 183 184 185 186 187 188 189 190 191 192 193 194 195 196 197 198 199 200 201 202 203 204 205 206 207 208 209 210 211 212 213 214 215 216 217 218 219 220 221 222 223 224 225 226 227 228 229 230 231 232 233 234 235 236 237 238 239 240 241 242 243 244 245 246 247 248
|
global_
_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
3NF 3NF 'N-acetyl-L-tyrosine ' non-polymer 28 16 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_3NF
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
3NF OXT O OC -0.500 0.000 0.000 0.000
3NF C6 C C 0.000 -1.076 0.530 -0.357
3NF O7 O OC -0.500 -1.061 1.572 -1.048
3NF C5 C CH1 0.000 -2.390 -0.090 0.045
3NF H5 H H 0.000 -2.460 -0.121 1.141
3NF N4 N NH1 0.000 -3.492 0.713 -0.492
3NF H2 H H 0.000 -3.918 0.460 -1.373
3NF C2 C C 0.000 -3.938 1.786 0.188
3NF C3 C CH3 0.000 -5.067 2.615 -0.368
3NF H3B H H 0.000 -5.709 1.999 -0.943
3NF H3A H H 0.000 -5.615 3.047 0.430
3NF H3 H H 0.000 -4.674 3.384 -0.982
3NF O1 O O 0.000 -3.425 2.090 1.245
3NF C9 C CH2 0.000 -2.474 -1.512 -0.512
3NF H9 H H 0.000 -1.604 -2.084 -0.183
3NF H9A H H 0.000 -2.492 -1.475 -1.603
3NF C10 C CR6 0.000 -3.732 -2.174 -0.009
3NF C15 C CR16 0.000 -4.905 -2.068 -0.732
3NF H15 H H 0.000 -4.921 -1.505 -1.657
3NF C14 C CR16 0.000 -6.057 -2.678 -0.277
3NF H14 H H 0.000 -6.973 -2.603 -0.849
3NF C13 C CR6 0.000 -6.039 -3.389 0.915
3NF O16 O OH1 0.000 -7.172 -3.988 1.368
3NF HO16 H H 0.000 -7.658 -3.372 1.933
3NF C12 C CR16 0.000 -4.862 -3.490 1.642
3NF H12 H H 0.000 -4.845 -4.044 2.572
3NF C11 C CR16 0.000 -3.711 -2.881 1.179
3NF H11 H H 0.000 -2.792 -2.959 1.746
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
3NF OXT n/a C6 START
3NF C6 OXT C5 .
3NF O7 C6 . .
3NF C5 C6 C9 .
3NF H5 C5 . .
3NF N4 C5 C2 .
3NF H2 N4 . .
3NF C2 N4 O1 .
3NF C3 C2 H3 .
3NF H3B C3 . .
3NF H3A C3 . .
3NF H3 C3 . .
3NF O1 C2 . .
3NF C9 C5 C10 .
3NF H9 C9 . .
3NF H9A C9 . .
3NF C10 C9 C15 .
3NF C15 C10 C14 .
3NF H15 C15 . .
3NF C14 C15 C13 .
3NF H14 C14 . .
3NF C13 C14 C12 .
3NF O16 C13 HO16 .
3NF HO16 O16 . .
3NF C12 C13 C11 .
3NF H12 C12 . .
3NF C11 C12 H11 .
3NF H11 C11 . END
3NF C10 C11 . ADD
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
3NF O1 C2 double 1.220 0.020
3NF C3 C2 single 1.500 0.020
3NF C2 N4 single 1.330 0.020
3NF H3 C3 single 1.059 0.020
3NF H3A C3 single 1.059 0.020
3NF H3B C3 single 1.059 0.020
3NF N4 C5 single 1.450 0.020
3NF H2 N4 single 1.010 0.020
3NF C9 C5 single 1.524 0.020
3NF C5 C6 single 1.500 0.020
3NF H5 C5 single 1.099 0.020
3NF O7 C6 deloc 1.250 0.020
3NF C6 OXT deloc 1.250 0.020
3NF C10 C9 single 1.511 0.020
3NF H9 C9 single 1.092 0.020
3NF H9A C9 single 1.092 0.020
3NF C15 C10 double 1.390 0.020
3NF C10 C11 single 1.390 0.020
3NF C11 C12 double 1.390 0.020
3NF H11 C11 single 1.083 0.020
3NF C12 C13 single 1.390 0.020
3NF H12 C12 single 1.083 0.020
3NF C13 C14 double 1.390 0.020
3NF O16 C13 single 1.362 0.020
3NF C14 C15 single 1.390 0.020
3NF H14 C14 single 1.083 0.020
3NF H15 C15 single 1.083 0.020
3NF HO16 O16 single 0.967 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
3NF OXT C6 O7 123.000 3.000
3NF OXT C6 C5 118.500 3.000
3NF O7 C6 C5 118.500 3.000
3NF C6 C5 H5 108.810 3.000
3NF C6 C5 N4 111.600 3.000
3NF C6 C5 C9 109.470 3.000
3NF H5 C5 N4 108.550 3.000
3NF H5 C5 C9 108.340 3.000
3NF N4 C5 C9 110.000 3.000
3NF C5 N4 H2 118.500 3.000
3NF C5 N4 C2 121.500 3.000
3NF H2 N4 C2 120.000 3.000
3NF N4 C2 C3 116.500 3.000
3NF N4 C2 O1 123.000 3.000
3NF C3 C2 O1 123.000 3.000
3NF C2 C3 H3B 109.470 3.000
3NF C2 C3 H3A 109.470 3.000
3NF C2 C3 H3 109.470 3.000
3NF H3B C3 H3A 109.470 3.000
3NF H3B C3 H3 109.470 3.000
3NF H3A C3 H3 109.470 3.000
3NF C5 C9 H9 109.470 3.000
3NF C5 C9 H9A 109.470 3.000
3NF C5 C9 C10 109.470 3.000
3NF H9 C9 H9A 107.900 3.000
3NF H9 C9 C10 109.470 3.000
3NF H9A C9 C10 109.470 3.000
3NF C9 C10 C15 120.000 3.000
3NF C9 C10 C11 120.000 3.000
3NF C15 C10 C11 120.000 3.000
3NF C10 C15 H15 120.000 3.000
3NF C10 C15 C14 120.000 3.000
3NF H15 C15 C14 120.000 3.000
3NF C15 C14 H14 120.000 3.000
3NF C15 C14 C13 120.000 3.000
3NF H14 C14 C13 120.000 3.000
3NF C14 C13 O16 120.000 3.000
3NF C14 C13 C12 120.000 3.000
3NF O16 C13 C12 120.000 3.000
3NF C13 O16 HO16 109.470 3.000
3NF C13 C12 H12 120.000 3.000
3NF C13 C12 C11 120.000 3.000
3NF H12 C12 C11 120.000 3.000
3NF C12 C11 H11 120.000 3.000
3NF C12 C11 C10 120.000 3.000
3NF H11 C11 C10 120.000 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
3NF var_1 OXT C6 C5 C9 -59.966 20.000 3
3NF var_2 C6 C5 N4 C2 -85.013 20.000 3
3NF CONST_1 C5 N4 C2 O1 0.000 0.000 0
3NF var_3 N4 C2 C3 H3 -89.694 20.000 1
3NF var_4 C6 C5 C9 C10 175.027 20.000 3
3NF var_5 C5 C9 C10 C15 89.951 20.000 2
3NF CONST_2 C9 C10 C11 C12 180.000 0.000 0
3NF CONST_3 C9 C10 C15 C14 180.000 0.000 0
3NF CONST_4 C10 C15 C14 C13 0.000 0.000 0
3NF CONST_5 C15 C14 C13 C12 0.000 0.000 0
3NF var_6 C14 C13 O16 HO16 -90.150 20.000 1
3NF CONST_6 C14 C13 C12 C11 0.000 0.000 0
3NF CONST_7 C13 C12 C11 C10 0.000 0.000 0
loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
3NF chir_01 C5 N4 C6 C9 positiv
loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
3NF plan-1 C2 0.020
3NF plan-1 O1 0.020
3NF plan-1 C3 0.020
3NF plan-1 N4 0.020
3NF plan-1 H2 0.020
3NF plan-2 N4 0.020
3NF plan-2 C2 0.020
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3NF plan-2 H2 0.020
3NF plan-3 C6 0.020
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3NF plan-3 OXT 0.020
3NF plan-4 C10 0.020
3NF plan-4 C9 0.020
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3NF plan-4 H11 0.020
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3NF plan-4 H14 0.020
3NF plan-4 H15 0.020
# ------------------------------------------------------
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