1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169
170
171
172
173
174
175
176
177
178
179
180
181
182
183
184
185
186
187
188
189
190
191
192
193
194
195
196
197
198
199
200
201
202
203
204
205
206
207
208
209
210
211
212
213
214
215
216
217
218
219
220
221
222
223
224
225
226
227
228
229
230
231
232
233
234
235
236
237
238
239
240
241
242
243
244
245
246
247
248
249
250
251
252
253
254
255
256
257
258
259
260
261
262
263
264
265
266
267
268
269
270
271
272
273
274
275
276
277
278
279
280
281
282
283
284
285
286
287
288
289
290
291
292
293
294
295
296
297
298
299
300
301
302
303
304
305
306
307
308
309
310
311
312
313
314
315
316
317
318
319
320
321
322
323
324
325
326
327
328
329
330
331
332
333
334
335
336
337
338
339
340
341
342
343
344
345
346
347
348
349
350
351
352
353
354
355
356
357
358
359
360
361
362
363
364
365
366
367
368
369
370
371
372
373
374
375
376
377
378
379
380
381
382
383
384
385
386
387
388
389
390
391
392
393
394
395
396
397
398
399
400
401
402
403
404
405
406
407
408
409
410
411
412
413
414
415
416
417
418
419
420
421
422
423
424
425
426
427
428
429
430
431
432
433
434
435
436
437
438
439
440
441
442
443
444
445
446
447
448
449
450
451
452
453
454
455
456
457
458
459
460
461
462
463
|
global_
_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
3PC 3PC '(3S)-3,4-DI-N-HEXANOYLOXYBUTYL-1-PHO' non-polymer 72 30 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_3PC
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
3PC O3 O OP 0.000 0.000 0.000 0.000
3PC P1 P P 0.000 -0.845 -0.420 -1.224
3PC O2 O OP -1.000 -0.460 -1.855 -1.647
3PC O1 O O2 0.000 -0.566 0.593 -2.443
3PC C5 C CH2 0.000 0.803 0.423 -2.816
3PC H51 H H 0.000 0.970 -0.612 -3.124
3PC H52 H H 0.000 1.444 0.655 -1.963
3PC C4 C CH2 0.000 1.136 1.362 -3.977
3PC H41 H H 0.000 0.420 1.207 -4.786
3PC H42 H H 0.000 2.144 1.149 -4.338
3PC N1 N NT 1.000 1.064 2.755 -3.516
3PC C3 C CH3 0.000 -0.323 3.079 -3.155
3PC H33 H H 0.000 -0.415 4.124 -3.007
3PC H32 H H 0.000 -0.971 2.776 -3.937
3PC H31 H H 0.000 -0.584 2.572 -2.263
3PC C2 C CH3 0.000 1.512 3.651 -4.590
3PC H23 H H 0.000 1.459 4.655 -4.257
3PC H22 H H 0.000 2.511 3.417 -4.850
3PC H21 H H 0.000 0.888 3.526 -5.437
3PC C1 C CH3 0.000 1.928 2.929 -2.341
3PC H13 H H 0.000 1.875 3.933 -2.009
3PC H12 H H 0.000 1.605 2.283 -1.566
3PC H11 H H 0.000 2.928 2.695 -2.601
3PC C6 C CH2 0.000 -2.615 -0.370 -0.785
3PC H61 H H 0.000 -3.215 -0.579 -1.673
3PC H62 H H 0.000 -2.866 0.621 -0.402
3PC C7 C CH2 0.000 -2.904 -1.422 0.287
3PC H71 H H 0.000 -2.302 -1.212 1.173
3PC H72 H H 0.000 -2.651 -2.412 -0.098
3PC C8 C CH1 0.000 -4.389 -1.379 0.655
3PC H8 H H 0.000 -4.981 -1.531 -0.258
3PC O5 O O2 -0.500 -4.781 -0.067 1.266
3PC C16 C C 0.000 -5.924 0.428 1.144
3PC C17 C CH2 0.000 -6.245 1.752 1.787
3PC H171 H H 0.000 -5.580 2.521 1.389
3PC H172 H H 0.000 -6.104 1.675 2.867
3PC C18 C CH2 0.000 -7.697 2.126 1.486
3PC H181 H H 0.000 -8.361 1.356 1.885
3PC H182 H H 0.000 -7.836 2.201 0.406
3PC C19 C CH2 0.000 -8.023 3.471 2.139
3PC H191 H H 0.000 -7.358 4.239 1.740
3PC H192 H H 0.000 -7.881 3.394 3.219
3PC C20 C CH2 0.000 -9.476 3.845 1.839
3PC H201 H H 0.000 -10.140 3.075 2.237
3PC H202 H H 0.000 -9.616 3.921 0.758
3PC C21 C CH3 0.000 -9.802 5.190 2.492
3PC H213 H H 0.000 -9.667 5.119 3.541
3PC H212 H H 0.000 -9.158 5.939 2.106
3PC H211 H H 0.000 -10.808 5.453 2.286
3PC O8 O O -0.500 -6.800 -0.178 0.487
3PC C9 C CH2 0.000 -4.704 -2.511 1.635
3PC H91 H H 0.000 -4.145 -2.325 2.554
3PC H92 H H 0.000 -4.364 -3.448 1.187
3PC O6 O O2 -0.500 -6.168 -2.608 1.948
3PC C10 C C 0.000 -6.643 -3.464 2.727
3PC O7 O O -0.500 -5.887 -4.290 3.284
3PC C11 C CH2 0.000 -8.126 -3.499 2.994
3PC H111 H H 0.000 -8.660 -3.667 2.056
3PC H112 H H 0.000 -8.440 -2.545 3.424
3PC C12 C CH2 0.000 -8.440 -4.631 3.973
3PC H121 H H 0.000 -7.905 -4.461 4.909
3PC H122 H H 0.000 -8.124 -5.583 3.542
3PC C13 C CH2 0.000 -9.946 -4.667 4.244
3PC H131 H H 0.000 -10.480 -4.835 3.307
3PC H132 H H 0.000 -10.260 -3.713 4.675
3PC C14 C CH2 0.000 -10.262 -5.799 5.224
3PC H141 H H 0.000 -9.726 -5.630 6.160
3PC H142 H H 0.000 -9.946 -6.751 4.792
3PC C15 C CH3 0.000 -11.767 -5.835 5.495
3PC H153 H H 0.000 -12.289 -6.000 4.587
3PC H152 H H 0.000 -11.989 -6.619 6.173
3PC H151 H H 0.000 -12.076 -4.912 5.914
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
3PC O3 n/a P1 START
3PC P1 O3 C6 .
3PC O2 P1 . .
3PC O1 P1 C5 .
3PC C5 O1 C4 .
3PC H51 C5 . .
3PC H52 C5 . .
3PC C4 C5 N1 .
3PC H41 C4 . .
3PC H42 C4 . .
3PC N1 C4 C1 .
3PC C3 N1 H31 .
3PC H33 C3 . .
3PC H32 C3 . .
3PC H31 C3 . .
3PC C2 N1 H21 .
3PC H23 C2 . .
3PC H22 C2 . .
3PC H21 C2 . .
3PC C1 N1 H11 .
3PC H13 C1 . .
3PC H12 C1 . .
3PC H11 C1 . .
3PC C6 P1 C7 .
3PC H61 C6 . .
3PC H62 C6 . .
3PC C7 C6 C8 .
3PC H71 C7 . .
3PC H72 C7 . .
3PC C8 C7 C9 .
3PC H8 C8 . .
3PC O5 C8 C16 .
3PC C16 O5 O8 .
3PC C17 C16 C18 .
3PC H171 C17 . .
3PC H172 C17 . .
3PC C18 C17 C19 .
3PC H181 C18 . .
3PC H182 C18 . .
3PC C19 C18 C20 .
3PC H191 C19 . .
3PC H192 C19 . .
3PC C20 C19 C21 .
3PC H201 C20 . .
3PC H202 C20 . .
3PC C21 C20 H211 .
3PC H213 C21 . .
3PC H212 C21 . .
3PC H211 C21 . .
3PC O8 C16 . .
3PC C9 C8 O6 .
3PC H91 C9 . .
3PC H92 C9 . .
3PC O6 C9 C10 .
3PC C10 O6 C11 .
3PC O7 C10 . .
3PC C11 C10 C12 .
3PC H111 C11 . .
3PC H112 C11 . .
3PC C12 C11 C13 .
3PC H121 C12 . .
3PC H122 C12 . .
3PC C13 C12 C14 .
3PC H131 C13 . .
3PC H132 C13 . .
3PC C14 C13 C15 .
3PC H141 C14 . .
3PC H142 C14 . .
3PC C15 C14 H151 .
3PC H153 C15 . .
3PC H152 C15 . .
3PC H151 C15 . END
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
3PC C15 C14 single 1.513 0.020
3PC H151 C15 single 1.059 0.020
3PC H152 C15 single 1.059 0.020
3PC H153 C15 single 1.059 0.020
3PC C14 C13 single 1.524 0.020
3PC H141 C14 single 1.092 0.020
3PC H142 C14 single 1.092 0.020
3PC C13 C12 single 1.524 0.020
3PC H131 C13 single 1.092 0.020
3PC H132 C13 single 1.092 0.020
3PC C12 C11 single 1.524 0.020
3PC H121 C12 single 1.092 0.020
3PC H122 C12 single 1.092 0.020
3PC C11 C10 single 1.510 0.020
3PC H111 C11 single 1.092 0.020
3PC H112 C11 single 1.092 0.020
3PC O7 C10 deloc 1.220 0.020
3PC C10 O6 deloc 1.454 0.020
3PC O6 C9 single 1.426 0.020
3PC C9 C8 single 1.524 0.020
3PC H91 C9 single 1.092 0.020
3PC H92 C9 single 1.092 0.020
3PC O5 C8 single 1.426 0.020
3PC C8 C7 single 1.524 0.020
3PC H8 C8 single 1.099 0.020
3PC C16 O5 deloc 1.454 0.020
3PC O8 C16 deloc 1.220 0.020
3PC C17 C16 single 1.510 0.020
3PC C18 C17 single 1.524 0.020
3PC H171 C17 single 1.092 0.020
3PC H172 C17 single 1.092 0.020
3PC C19 C18 single 1.524 0.020
3PC H181 C18 single 1.092 0.020
3PC H182 C18 single 1.092 0.020
3PC C20 C19 single 1.524 0.020
3PC H191 C19 single 1.092 0.020
3PC H192 C19 single 1.092 0.020
3PC C21 C20 single 1.513 0.020
3PC H201 C20 single 1.092 0.020
3PC H202 C20 single 1.092 0.020
3PC H211 C21 single 1.059 0.020
3PC H212 C21 single 1.059 0.020
3PC H213 C21 single 1.059 0.020
3PC C7 C6 single 1.524 0.020
3PC H71 C7 single 1.092 0.020
3PC H72 C7 single 1.092 0.020
3PC C6 P1 single 1.812 0.020
3PC H61 C6 single 1.092 0.020
3PC H62 C6 single 1.092 0.020
3PC O2 P1 deloc 1.510 0.020
3PC P1 O3 deloc 1.510 0.020
3PC O1 P1 single 1.610 0.020
3PC C5 O1 single 1.426 0.020
3PC C4 C5 single 1.524 0.020
3PC H51 C5 single 1.092 0.020
3PC H52 C5 single 1.092 0.020
3PC N1 C4 single 1.469 0.020
3PC H41 C4 single 1.092 0.020
3PC H42 C4 single 1.092 0.020
3PC C1 N1 single 1.469 0.020
3PC C2 N1 single 1.469 0.020
3PC C3 N1 single 1.469 0.020
3PC H11 C1 single 1.059 0.020
3PC H12 C1 single 1.059 0.020
3PC H13 C1 single 1.059 0.020
3PC H21 C2 single 1.059 0.020
3PC H22 C2 single 1.059 0.020
3PC H23 C2 single 1.059 0.020
3PC H31 C3 single 1.059 0.020
3PC H32 C3 single 1.059 0.020
3PC H33 C3 single 1.059 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
3PC O3 P1 O2 119.900 3.000
3PC O3 P1 O1 108.200 3.000
3PC O3 P1 C6 109.500 3.000
3PC O2 P1 O1 108.200 3.000
3PC O2 P1 C6 109.500 3.000
3PC O1 P1 C6 109.500 3.000
3PC P1 O1 C5 120.500 3.000
3PC O1 C5 H51 109.470 3.000
3PC O1 C5 H52 109.470 3.000
3PC O1 C5 C4 109.470 3.000
3PC H51 C5 H52 107.900 3.000
3PC H51 C5 C4 109.470 3.000
3PC H52 C5 C4 109.470 3.000
3PC C5 C4 H41 109.470 3.000
3PC C5 C4 H42 109.470 3.000
3PC C5 C4 N1 109.470 3.000
3PC H41 C4 H42 107.900 3.000
3PC H41 C4 N1 109.470 3.000
3PC H42 C4 N1 109.470 3.000
3PC C4 N1 C3 109.470 3.000
3PC C4 N1 C2 109.470 3.000
3PC C4 N1 C1 109.470 3.000
3PC C3 N1 C2 109.470 3.000
3PC C3 N1 C1 109.470 3.000
3PC C2 N1 C1 109.470 3.000
3PC N1 C3 H33 109.470 3.000
3PC N1 C3 H32 109.470 3.000
3PC N1 C3 H31 109.470 3.000
3PC H33 C3 H32 109.470 3.000
3PC H33 C3 H31 109.470 3.000
3PC H32 C3 H31 109.470 3.000
3PC N1 C2 H23 109.470 3.000
3PC N1 C2 H22 109.470 3.000
3PC N1 C2 H21 109.470 3.000
3PC H23 C2 H22 109.470 3.000
3PC H23 C2 H21 109.470 3.000
3PC H22 C2 H21 109.470 3.000
3PC N1 C1 H13 109.470 3.000
3PC N1 C1 H12 109.470 3.000
3PC N1 C1 H11 109.470 3.000
3PC H13 C1 H12 109.470 3.000
3PC H13 C1 H11 109.470 3.000
3PC H12 C1 H11 109.470 3.000
3PC P1 C6 H61 109.500 3.000
3PC P1 C6 H62 109.500 3.000
3PC P1 C6 C7 109.500 3.000
3PC H61 C6 H62 107.900 3.000
3PC H61 C6 C7 109.470 3.000
3PC H62 C6 C7 109.470 3.000
3PC C6 C7 H71 109.470 3.000
3PC C6 C7 H72 109.470 3.000
3PC C6 C7 C8 111.000 3.000
3PC H71 C7 H72 107.900 3.000
3PC H71 C7 C8 109.470 3.000
3PC H72 C7 C8 109.470 3.000
3PC C7 C8 H8 108.340 3.000
3PC C7 C8 O5 109.470 3.000
3PC C7 C8 C9 109.470 3.000
3PC H8 C8 O5 109.470 3.000
3PC H8 C8 C9 108.340 3.000
3PC O5 C8 C9 109.470 3.000
3PC C8 O5 C16 111.800 3.000
3PC O5 C16 C17 120.000 3.000
3PC O5 C16 O8 119.000 3.000
3PC C17 C16 O8 120.500 3.000
3PC C16 C17 H171 109.470 3.000
3PC C16 C17 H172 109.470 3.000
3PC C16 C17 C18 109.470 3.000
3PC H171 C17 H172 107.900 3.000
3PC H171 C17 C18 109.470 3.000
3PC H172 C17 C18 109.470 3.000
3PC C17 C18 H181 109.470 3.000
3PC C17 C18 H182 109.470 3.000
3PC C17 C18 C19 111.000 3.000
3PC H181 C18 H182 107.900 3.000
3PC H181 C18 C19 109.470 3.000
3PC H182 C18 C19 109.470 3.000
3PC C18 C19 H191 109.470 3.000
3PC C18 C19 H192 109.470 3.000
3PC C18 C19 C20 111.000 3.000
3PC H191 C19 H192 107.900 3.000
3PC H191 C19 C20 109.470 3.000
3PC H192 C19 C20 109.470 3.000
3PC C19 C20 H201 109.470 3.000
3PC C19 C20 H202 109.470 3.000
3PC C19 C20 C21 111.000 3.000
3PC H201 C20 H202 107.900 3.000
3PC H201 C20 C21 109.470 3.000
3PC H202 C20 C21 109.470 3.000
3PC C20 C21 H213 109.470 3.000
3PC C20 C21 H212 109.470 3.000
3PC C20 C21 H211 109.470 3.000
3PC H213 C21 H212 109.470 3.000
3PC H213 C21 H211 109.470 3.000
3PC H212 C21 H211 109.470 3.000
3PC C8 C9 H91 109.470 3.000
3PC C8 C9 H92 109.470 3.000
3PC C8 C9 O6 109.470 3.000
3PC H91 C9 H92 107.900 3.000
3PC H91 C9 O6 109.470 3.000
3PC H92 C9 O6 109.470 3.000
3PC C9 O6 C10 120.000 3.000
3PC O6 C10 O7 119.000 3.000
3PC O6 C10 C11 120.000 3.000
3PC O7 C10 C11 120.500 3.000
3PC C10 C11 H111 109.470 3.000
3PC C10 C11 H112 109.470 3.000
3PC C10 C11 C12 109.470 3.000
3PC H111 C11 H112 107.900 3.000
3PC H111 C11 C12 109.470 3.000
3PC H112 C11 C12 109.470 3.000
3PC C11 C12 H121 109.470 3.000
3PC C11 C12 H122 109.470 3.000
3PC C11 C12 C13 111.000 3.000
3PC H121 C12 H122 107.900 3.000
3PC H121 C12 C13 109.470 3.000
3PC H122 C12 C13 109.470 3.000
3PC C12 C13 H131 109.470 3.000
3PC C12 C13 H132 109.470 3.000
3PC C12 C13 C14 111.000 3.000
3PC H131 C13 H132 107.900 3.000
3PC H131 C13 C14 109.470 3.000
3PC H132 C13 C14 109.470 3.000
3PC C13 C14 H141 109.470 3.000
3PC C13 C14 H142 109.470 3.000
3PC C13 C14 C15 111.000 3.000
3PC H141 C14 H142 107.900 3.000
3PC H141 C14 C15 109.470 3.000
3PC H142 C14 C15 109.470 3.000
3PC C14 C15 H153 109.470 3.000
3PC C14 C15 H152 109.470 3.000
3PC C14 C15 H151 109.470 3.000
3PC H153 C15 H152 109.470 3.000
3PC H153 C15 H151 109.470 3.000
3PC H152 C15 H151 109.470 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
3PC var_1 O3 P1 O1 C5 65.024 20.000 1
3PC var_2 P1 O1 C5 C4 179.999 20.000 1
3PC var_3 O1 C5 C4 N1 66.557 20.000 3
3PC var_4 C5 C4 N1 C1 54.400 20.000 1
3PC var_5 C4 N1 C3 H31 71.036 20.000 1
3PC var_6 C4 N1 C2 H21 59.970 20.000 1
3PC var_7 C4 N1 C1 H11 60.026 20.000 1
3PC var_8 O3 P1 C6 C7 -65.013 20.000 1
3PC var_9 P1 C6 C7 C8 179.973 20.000 3
3PC var_10 C6 C7 C8 C9 175.017 20.000 3
3PC var_11 C7 C8 O5 C16 149.382 20.000 1
3PC var_12 C8 O5 C16 O8 0.024 20.000 1
3PC var_13 O5 C16 C17 C18 -179.987 20.000 3
3PC var_14 C16 C17 C18 C19 -179.978 20.000 3
3PC var_15 C17 C18 C19 C20 -179.979 20.000 3
3PC var_16 C18 C19 C20 C21 179.982 20.000 3
3PC var_17 C19 C20 C21 H211 179.996 20.000 3
3PC var_18 C7 C8 C9 O6 -174.964 20.000 3
3PC var_19 C8 C9 O6 C10 -180.000 20.000 1
3PC var_20 C9 O6 C10 C11 179.989 20.000 1
3PC var_21 O6 C10 C11 C12 -179.998 20.000 3
3PC var_22 C10 C11 C12 C13 179.995 20.000 3
3PC var_23 C11 C12 C13 C14 179.969 20.000 3
3PC var_24 C12 C13 C14 C15 180.000 20.000 3
3PC var_25 C13 C14 C15 H151 -59.977 20.000 3
loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
3PC chir_01 C8 C9 O5 C7 negativ
3PC chir_02 N1 C4 C1 C2 negativ
loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
3PC plan-1 C10 0.020
3PC plan-1 C11 0.020
3PC plan-1 O7 0.020
3PC plan-1 O6 0.020
3PC plan-2 C16 0.020
3PC plan-2 O5 0.020
3PC plan-2 O8 0.020
3PC plan-2 C17 0.020
# ------------------------------------------------------
|
