1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169
170
171
172
173
174
175
176
177
178
179
180
181
182
183
184
185
186
187
188
189
190
191
192
193
194
195
196
197
198
199
200
201
202
203
204
205
206
207
208
209
210
211
212
213
214
215
216
217
218
219
220
221
222
223
224
225
226
227
228
229
230
231
232
233
234
235
236
237
238
239
240
241
242
243
244
245
246
247
248
249
250
251
252
253
254
255
256
257
258
259
260
261
262
263
264
265
266
267
268
269
270
271
272
273
274
275
276
277
278
279
280
281
282
283
284
285
286
287
288
289
290
291
292
293
294
295
296
297
298
299
300
301
302
303
304
305
306
307
308
309
310
311
312
313
314
315
316
317
318
319
320
321
322
323
324
325
326
327
328
329
330
331
332
333
334
335
336
337
338
339
340
341
342
343
344
345
346
347
348
349
350
351
352
353
354
355
356
357
358
359
360
361
362
363
364
365
366
367
368
369
370
371
372
373
374
375
376
377
378
379
380
381
382
383
384
385
386
387
388
389
390
391
392
393
394
395
396
397
398
399
400
401
402
403
404
405
406
407
408
409
410
411
412
413
414
415
416
417
418
419
420
421
422
423
424
425
426
427
428
429
430
431
432
433
434
435
436
437
438
439
440
441
442
443
444
445
446
447
448
449
450
451
452
453
454
455
|
global_
_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
3PI 3PI '"(1S)-2-(1-HYDROXYBUTOXY)-1-{[(HYDRO' non-polymer 69 39 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_3PI
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
3PI O17 O O -0.500 0.000 0.000 0.000
3PI C14 C C 0.000 -0.566 0.914 -0.640
3PI C15 C CH2 0.000 -0.231 2.354 -0.350
3PI H151 H H 0.000 -1.133 2.879 -0.029
3PI H152 H H 0.000 0.161 2.825 -1.254
3PI C16 C CH2 0.000 0.821 2.421 0.758
3PI H161 H H 0.000 1.722 1.894 0.436
3PI H162 H H 0.000 0.428 1.949 1.661
3PI C17 C CH3 0.000 1.161 3.884 1.052
3PI H173 H H 0.000 1.544 4.345 0.177
3PI H172 H H 0.000 0.288 4.397 1.365
3PI H171 H H 0.000 1.890 3.933 1.821
3PI O14 O O2 -0.500 -1.410 0.633 -1.519
3PI C8 C CH1 0.000 -1.794 -0.776 -1.862
3PI H8 H H 0.000 -1.677 -1.399 -0.965
3PI C9 C CH2 0.000 -0.860 -1.309 -2.950
3PI H91 H H 0.000 -0.922 -0.664 -3.829
3PI H92 H H 0.000 -1.160 -2.322 -3.222
3PI O15 O O2 0.000 0.483 -1.323 -2.461
3PI C10 C CH1 0.000 1.302 -1.828 -3.518
3PI H10 H H 0.000 0.867 -2.759 -3.906
3PI O16 O OH1 0.000 1.373 -0.861 -4.568
3PI H16 H H 0.000 1.755 -0.041 -4.225
3PI C11 C CH2 0.000 2.708 -2.105 -2.984
3PI H111 H H 0.000 2.645 -2.774 -2.124
3PI H112 H H 0.000 3.173 -1.165 -2.679
3PI C12 C CH2 0.000 3.550 -2.759 -4.080
3PI H121 H H 0.000 3.611 -2.089 -4.940
3PI H122 H H 0.000 3.083 -3.698 -4.385
3PI C13 C CH3 0.000 4.957 -3.037 -3.547
3PI H133 H H 0.000 4.901 -3.688 -2.712
3PI H132 H H 0.000 5.543 -3.491 -4.306
3PI H131 H H 0.000 5.413 -2.126 -3.251
3PI C7 C CH2 0.000 -3.244 -0.876 -2.340
3PI H71 H H 0.000 -3.459 -1.905 -2.636
3PI H72 H H 0.000 -3.391 -0.215 -3.197
3PI O13 O O2 0.000 -4.122 -0.490 -1.281
3PI P1 P P 0.000 -5.622 -0.618 -1.851
3PI O11 O OP -0.500 -5.822 0.362 -2.946
3PI O12 O OP -0.500 -5.838 -1.990 -2.371
3PI O1 O O2 0.000 -6.674 -0.322 -0.668
3PI C1 C CH1 0.000 -7.976 -0.566 -1.201
3PI H1 H H 0.000 -7.889 -0.881 -2.250
3PI C6 C CH1 0.000 -8.808 0.715 -1.122
3PI H6 H H 0.000 -9.810 0.527 -1.533
3PI O6 O OH1 0.000 -8.170 1.746 -1.877
3PI HO6 H H 0.000 -8.696 2.555 -1.826
3PI C5 C CH1 0.000 -8.930 1.154 0.338
3PI H5 H H 0.000 -7.928 1.342 0.749
3PI O5 O O2 0.000 -9.707 2.351 0.414
3PI P5 P P 0.000 -8.766 3.476 1.077
3PI O53 O OP -0.666 -9.570 4.739 1.299
3PI O52 O OP -0.666 -7.606 3.773 0.153
3PI O51 O OP -0.666 -8.239 2.975 2.404
3PI C4 C CH1 0.000 -9.614 0.050 1.148
3PI H4 H H 0.000 -10.616 -0.138 0.737
3PI O4 O OH1 0.000 -9.727 0.460 2.512
3PI HO4 H H 0.000 -10.253 1.270 2.562
3PI C3 C CH1 0.000 -8.782 -1.231 1.067
3PI H3 H H 0.000 -7.780 -1.043 1.478
3PI C2 C CH1 0.000 -8.660 -1.669 -0.392
3PI H2 H H 0.000 -8.062 -2.590 -0.449
3PI O2 O OH1 0.000 -9.963 -1.914 -0.926
3PI HO2 H H 0.000 -10.394 -2.612 -0.414
3PI O3 O O2 0.000 -9.420 -2.262 1.823
3PI P3 P P 0.000 -8.382 -2.711 2.968
3PI O31 O OP -0.666 -7.069 -3.109 2.330
3PI O32 O OP -0.666 -8.150 -1.559 3.921
3PI O33 O OP -0.666 -8.949 -3.889 3.730
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
3PI O17 n/a C14 START
3PI C14 O17 O14 .
3PI C15 C14 C16 .
3PI H151 C15 . .
3PI H152 C15 . .
3PI C16 C15 C17 .
3PI H161 C16 . .
3PI H162 C16 . .
3PI C17 C16 H171 .
3PI H173 C17 . .
3PI H172 C17 . .
3PI H171 C17 . .
3PI O14 C14 C8 .
3PI C8 O14 C7 .
3PI H8 C8 . .
3PI C9 C8 O15 .
3PI H91 C9 . .
3PI H92 C9 . .
3PI O15 C9 C10 .
3PI C10 O15 C11 .
3PI H10 C10 . .
3PI O16 C10 H16 .
3PI H16 O16 . .
3PI C11 C10 C12 .
3PI H111 C11 . .
3PI H112 C11 . .
3PI C12 C11 C13 .
3PI H121 C12 . .
3PI H122 C12 . .
3PI C13 C12 H131 .
3PI H133 C13 . .
3PI H132 C13 . .
3PI H131 C13 . .
3PI C7 C8 O13 .
3PI H71 C7 . .
3PI H72 C7 . .
3PI O13 C7 P1 .
3PI P1 O13 O1 .
3PI O11 P1 . .
3PI O12 P1 . .
3PI O1 P1 C1 .
3PI C1 O1 C6 .
3PI H1 C1 . .
3PI C6 C1 C5 .
3PI H6 C6 . .
3PI O6 C6 HO6 .
3PI HO6 O6 . .
3PI C5 C6 C4 .
3PI H5 C5 . .
3PI O5 C5 P5 .
3PI P5 O5 O51 .
3PI O53 P5 . .
3PI O52 P5 . .
3PI O51 P5 . .
3PI C4 C5 C3 .
3PI H4 C4 . .
3PI O4 C4 HO4 .
3PI HO4 O4 . .
3PI C3 C4 O3 .
3PI H3 C3 . .
3PI C2 C3 O2 .
3PI H2 C2 . .
3PI O2 C2 HO2 .
3PI HO2 O2 . .
3PI O3 C3 P3 .
3PI P3 O3 O33 .
3PI O31 P3 . .
3PI O32 P3 . .
3PI O33 P3 . END
3PI C1 C2 . ADD
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
3PI C1 C2 single 1.524 0.020
3PI C6 C1 single 1.524 0.020
3PI C1 O1 single 1.426 0.020
3PI H1 C1 single 1.099 0.020
3PI C2 C3 single 1.524 0.020
3PI O2 C2 single 1.432 0.020
3PI H2 C2 single 1.099 0.020
3PI C3 C4 single 1.524 0.020
3PI O3 C3 single 1.426 0.020
3PI H3 C3 single 1.099 0.020
3PI C4 C5 single 1.524 0.020
3PI O4 C4 single 1.432 0.020
3PI H4 C4 single 1.099 0.020
3PI C5 C6 single 1.524 0.020
3PI O5 C5 single 1.426 0.020
3PI H5 C5 single 1.099 0.020
3PI O6 C6 single 1.432 0.020
3PI H6 C6 single 1.099 0.020
3PI O1 P1 single 1.610 0.020
3PI HO2 O2 single 0.967 0.020
3PI P3 O3 single 1.610 0.020
3PI HO4 O4 single 0.967 0.020
3PI P5 O5 single 1.610 0.020
3PI HO6 O6 single 0.967 0.020
3PI O11 P1 deloc 1.510 0.020
3PI O12 P1 deloc 1.510 0.020
3PI P1 O13 single 1.610 0.020
3PI O13 C7 single 1.426 0.020
3PI O31 P3 deloc 1.510 0.020
3PI O32 P3 deloc 1.510 0.020
3PI O33 P3 deloc 1.510 0.020
3PI O51 P5 deloc 1.510 0.020
3PI O52 P5 deloc 1.510 0.020
3PI O53 P5 deloc 1.510 0.020
3PI C7 C8 single 1.524 0.020
3PI H71 C7 single 1.092 0.020
3PI H72 C7 single 1.092 0.020
3PI C9 C8 single 1.524 0.020
3PI C8 O14 single 1.426 0.020
3PI H8 C8 single 1.099 0.020
3PI O15 C9 single 1.426 0.020
3PI H91 C9 single 1.092 0.020
3PI H92 C9 single 1.092 0.020
3PI C11 C10 single 1.524 0.020
3PI C10 O15 single 1.426 0.020
3PI O16 C10 single 1.432 0.020
3PI H10 C10 single 1.099 0.020
3PI C12 C11 single 1.524 0.020
3PI H111 C11 single 1.092 0.020
3PI H112 C11 single 1.092 0.020
3PI C13 C12 single 1.513 0.020
3PI H121 C12 single 1.092 0.020
3PI H122 C12 single 1.092 0.020
3PI H131 C13 single 1.059 0.020
3PI H132 C13 single 1.059 0.020
3PI H133 C13 single 1.059 0.020
3PI C15 C14 single 1.510 0.020
3PI O14 C14 deloc 1.454 0.020
3PI C14 O17 deloc 1.220 0.020
3PI C16 C15 single 1.524 0.020
3PI H151 C15 single 1.092 0.020
3PI H152 C15 single 1.092 0.020
3PI C17 C16 single 1.513 0.020
3PI H161 C16 single 1.092 0.020
3PI H162 C16 single 1.092 0.020
3PI H171 C17 single 1.059 0.020
3PI H172 C17 single 1.059 0.020
3PI H173 C17 single 1.059 0.020
3PI H16 O16 single 0.967 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
3PI O17 C14 C15 120.500 3.000
3PI O17 C14 O14 119.000 3.000
3PI C15 C14 O14 120.000 3.000
3PI C14 C15 H151 109.470 3.000
3PI C14 C15 H152 109.470 3.000
3PI C14 C15 C16 109.470 3.000
3PI H151 C15 H152 107.900 3.000
3PI H151 C15 C16 109.470 3.000
3PI H152 C15 C16 109.470 3.000
3PI C15 C16 H161 109.470 3.000
3PI C15 C16 H162 109.470 3.000
3PI C15 C16 C17 111.000 3.000
3PI H161 C16 H162 107.900 3.000
3PI H161 C16 C17 109.470 3.000
3PI H162 C16 C17 109.470 3.000
3PI C16 C17 H173 109.470 3.000
3PI C16 C17 H172 109.470 3.000
3PI C16 C17 H171 109.470 3.000
3PI H173 C17 H172 109.470 3.000
3PI H173 C17 H171 109.470 3.000
3PI H172 C17 H171 109.470 3.000
3PI C14 O14 C8 111.800 3.000
3PI O14 C8 H8 109.470 3.000
3PI O14 C8 C9 109.470 3.000
3PI O14 C8 C7 109.470 3.000
3PI H8 C8 C9 108.340 3.000
3PI H8 C8 C7 108.340 3.000
3PI C9 C8 C7 109.470 3.000
3PI C8 C9 H91 109.470 3.000
3PI C8 C9 H92 109.470 3.000
3PI C8 C9 O15 109.470 3.000
3PI H91 C9 H92 107.900 3.000
3PI H91 C9 O15 109.470 3.000
3PI H92 C9 O15 109.470 3.000
3PI C9 O15 C10 111.800 3.000
3PI O15 C10 H10 109.470 3.000
3PI O15 C10 O16 109.470 3.000
3PI O15 C10 C11 109.470 3.000
3PI H10 C10 O16 109.470 3.000
3PI H10 C10 C11 108.340 3.000
3PI O16 C10 C11 109.470 3.000
3PI C10 O16 H16 109.470 3.000
3PI C10 C11 H111 109.470 3.000
3PI C10 C11 H112 109.470 3.000
3PI C10 C11 C12 111.000 3.000
3PI H111 C11 H112 107.900 3.000
3PI H111 C11 C12 109.470 3.000
3PI H112 C11 C12 109.470 3.000
3PI C11 C12 H121 109.470 3.000
3PI C11 C12 H122 109.470 3.000
3PI C11 C12 C13 111.000 3.000
3PI H121 C12 H122 107.900 3.000
3PI H121 C12 C13 109.470 3.000
3PI H122 C12 C13 109.470 3.000
3PI C12 C13 H133 109.470 3.000
3PI C12 C13 H132 109.470 3.000
3PI C12 C13 H131 109.470 3.000
3PI H133 C13 H132 109.470 3.000
3PI H133 C13 H131 109.470 3.000
3PI H132 C13 H131 109.470 3.000
3PI C8 C7 H71 109.470 3.000
3PI C8 C7 H72 109.470 3.000
3PI C8 C7 O13 109.470 3.000
3PI H71 C7 H72 107.900 3.000
3PI H71 C7 O13 109.470 3.000
3PI H72 C7 O13 109.470 3.000
3PI C7 O13 P1 120.500 3.000
3PI O13 P1 O11 108.200 3.000
3PI O13 P1 O12 108.200 3.000
3PI O13 P1 O1 102.600 3.000
3PI O11 P1 O12 119.900 3.000
3PI O11 P1 O1 108.200 3.000
3PI O12 P1 O1 108.200 3.000
3PI P1 O1 C1 120.500 3.000
3PI O1 C1 H1 109.470 3.000
3PI O1 C1 C6 109.470 3.000
3PI O1 C1 C2 109.470 3.000
3PI H1 C1 C6 108.340 3.000
3PI H1 C1 C2 108.340 3.000
3PI C6 C1 C2 111.000 3.000
3PI C1 C6 H6 108.340 3.000
3PI C1 C6 O6 109.470 3.000
3PI C1 C6 C5 111.000 3.000
3PI H6 C6 O6 109.470 3.000
3PI H6 C6 C5 108.340 3.000
3PI O6 C6 C5 109.470 3.000
3PI C6 O6 HO6 109.470 3.000
3PI C6 C5 H5 108.340 3.000
3PI C6 C5 O5 109.470 3.000
3PI C6 C5 C4 111.000 3.000
3PI H5 C5 O5 109.470 3.000
3PI H5 C5 C4 108.340 3.000
3PI O5 C5 C4 109.470 3.000
3PI C5 O5 P5 120.500 3.000
3PI O5 P5 O53 108.200 3.000
3PI O5 P5 O52 108.200 3.000
3PI O5 P5 O51 108.200 3.000
3PI O53 P5 O52 119.900 3.000
3PI O53 P5 O51 119.900 3.000
3PI O52 P5 O51 119.900 3.000
3PI C5 C4 H4 108.340 3.000
3PI C5 C4 O4 109.470 3.000
3PI C5 C4 C3 111.000 3.000
3PI H4 C4 O4 109.470 3.000
3PI H4 C4 C3 108.340 3.000
3PI O4 C4 C3 109.470 3.000
3PI C4 O4 HO4 109.470 3.000
3PI C4 C3 H3 108.340 3.000
3PI C4 C3 C2 111.000 3.000
3PI C4 C3 O3 109.470 3.000
3PI H3 C3 C2 108.340 3.000
3PI H3 C3 O3 109.470 3.000
3PI C2 C3 O3 109.470 3.000
3PI C3 C2 H2 108.340 3.000
3PI C3 C2 O2 109.470 3.000
3PI C3 C2 C1 111.000 3.000
3PI H2 C2 O2 109.470 3.000
3PI H2 C2 C1 108.340 3.000
3PI O2 C2 C1 109.470 3.000
3PI C2 O2 HO2 109.470 3.000
3PI C3 O3 P3 120.500 3.000
3PI O3 P3 O31 108.200 3.000
3PI O3 P3 O32 108.200 3.000
3PI O3 P3 O33 108.200 3.000
3PI O31 P3 O32 119.900 3.000
3PI O31 P3 O33 119.900 3.000
3PI O32 P3 O33 119.900 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
3PI var_1 O17 C14 C15 C16 0.068 20.000 3
3PI var_2 C14 C15 C16 C17 -179.998 20.000 3
3PI var_3 C15 C16 C17 H171 179.968 20.000 3
3PI var_4 O17 C14 O14 C8 -0.048 20.000 1
3PI var_5 C14 O14 C8 C7 149.434 20.000 1
3PI var_6 O14 C8 C9 O15 61.774 20.000 3
3PI var_7 C8 C9 O15 C10 -179.997 20.000 1
3PI var_8 C9 O15 C10 C11 -169.969 20.000 1
3PI var_9 O15 C10 O16 H16 59.945 20.000 1
3PI var_10 O15 C10 C11 C12 175.038 20.000 3
3PI var_11 C10 C11 C12 C13 179.988 20.000 3
3PI var_12 C11 C12 C13 H131 -59.994 20.000 3
3PI var_13 O14 C8 C7 O13 -63.391 20.000 3
3PI var_14 C8 C7 O13 P1 179.990 20.000 1
3PI var_15 C7 O13 P1 O1 175.024 20.000 1
3PI var_16 O13 P1 O1 C1 -174.970 20.000 1
3PI var_17 P1 O1 C1 C6 -119.975 20.000 1
3PI var_18 O1 C1 C2 C3 60.000 20.000 3
3PI var_19 O1 C1 C6 C5 -60.000 20.000 3
3PI var_20 C1 C6 O6 HO6 -179.991 20.000 1
3PI var_21 C1 C6 C5 C4 -60.000 20.000 3
3PI var_22 C6 C5 O5 P5 -119.992 20.000 1
3PI var_23 C5 O5 P5 O51 -55.033 20.000 1
3PI var_24 C6 C5 C4 C3 60.000 20.000 3
3PI var_25 C5 C4 O4 HO4 59.994 20.000 1
3PI var_26 C5 C4 C3 O3 180.000 20.000 3
3PI var_27 C4 C3 C2 O2 -60.000 20.000 3
3PI var_28 C3 C2 O2 HO2 -59.965 20.000 1
3PI var_29 C4 C3 O3 P3 -119.982 20.000 1
3PI var_30 C3 O3 P3 O33 -175.001 20.000 1
loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
3PI chir_01 C1 C2 C6 O1 negativ
3PI chir_02 C2 C1 C3 O2 negativ
3PI chir_03 C3 C2 C4 O3 negativ
3PI chir_04 C4 C3 C5 O4 positiv
3PI chir_05 C5 C4 C6 O5 negativ
3PI chir_06 C6 C1 C5 O6 negativ
3PI chir_07 C8 C7 C9 O14 negativ
3PI chir_08 C10 C11 O15 O16 negativ
loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
3PI plan-1 C14 0.020
3PI plan-1 C15 0.000
3PI plan-1 O14 0.000
3PI plan-1 O17 0.000
# ------------------------------------------------------
|
