1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169
170
171
172
173
174
175
176
177
178
179
180
181
182
183
184
185
186
187
188
189
|
global_
_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
3PL 3PL '3-PHENYLPROPANAL ' non-polymer 20 10 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_3PL
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
3PL O O O 0.000 0.000 0.000 0.000
3PL C C C1 0.000 -0.702 -0.215 0.957
3PL H H H 0.000 -0.318 -0.778 1.792
3PL CA C CH2 0.000 -2.117 0.303 0.985
3PL HA1 H H 0.000 -2.323 0.845 0.060
3PL HA2 H H 0.000 -2.240 0.977 1.835
3PL CB C CH2 0.000 -3.089 -0.871 1.118
3PL HB1 H H 0.000 -2.879 -1.412 2.042
3PL HB2 H H 0.000 -2.963 -1.544 0.267
3PL CG C CR6 0.000 -4.502 -0.354 1.146
3PL CD2 C CR16 0.000 -5.207 -0.205 -0.033
3PL HD2 H H 0.000 -4.743 -0.460 -0.978
3PL CE2 C CR16 0.000 -6.505 0.270 -0.008
3PL HE2 H H 0.000 -7.058 0.388 -0.932
3PL CZ C CR16 0.000 -7.098 0.595 1.198
3PL HZ H H 0.000 -8.115 0.967 1.219
3PL CE1 C CR16 0.000 -6.393 0.445 2.377
3PL HE1 H H 0.000 -6.857 0.702 3.321
3PL CD1 C CR16 0.000 -5.098 -0.033 2.351
3PL HD1 H H 0.000 -4.548 -0.156 3.276
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
3PL O n/a C START
3PL C O CA .
3PL H C . .
3PL CA C CB .
3PL HA1 CA . .
3PL HA2 CA . .
3PL CB CA CG .
3PL HB1 CB . .
3PL HB2 CB . .
3PL CG CB CD2 .
3PL CD2 CG CE2 .
3PL HD2 CD2 . .
3PL CE2 CD2 CZ .
3PL HE2 CE2 . .
3PL CZ CE2 CE1 .
3PL HZ CZ . .
3PL CE1 CZ CD1 .
3PL HE1 CE1 . .
3PL CD1 CE1 HD1 .
3PL HD1 CD1 . END
3PL CG CD1 . ADD
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
3PL C O double 1.220 0.020
3PL CA C single 1.510 0.020
3PL H C single 1.077 0.020
3PL CB CA single 1.524 0.020
3PL HA1 CA single 1.092 0.020
3PL HA2 CA single 1.092 0.020
3PL CG CB single 1.511 0.020
3PL HB1 CB single 1.092 0.020
3PL HB2 CB single 1.092 0.020
3PL CG CD1 double 1.390 0.020
3PL CD2 CG single 1.390 0.020
3PL CD1 CE1 single 1.390 0.020
3PL HD1 CD1 single 1.083 0.020
3PL CE1 CZ double 1.390 0.020
3PL HE1 CE1 single 1.083 0.020
3PL CZ CE2 single 1.390 0.020
3PL HZ CZ single 1.083 0.020
3PL CE2 CD2 double 1.390 0.020
3PL HE2 CE2 single 1.083 0.020
3PL HD2 CD2 single 1.083 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
3PL O C H 123.000 3.000
3PL O C CA 120.500 3.000
3PL H C CA 120.000 3.000
3PL C CA HA1 109.470 3.000
3PL C CA HA2 109.470 3.000
3PL C CA CB 109.470 3.000
3PL HA1 CA HA2 107.900 3.000
3PL HA1 CA CB 109.470 3.000
3PL HA2 CA CB 109.470 3.000
3PL CA CB HB1 109.470 3.000
3PL CA CB HB2 109.470 3.000
3PL CA CB CG 109.470 3.000
3PL HB1 CB HB2 107.900 3.000
3PL HB1 CB CG 109.470 3.000
3PL HB2 CB CG 109.470 3.000
3PL CB CG CD2 120.000 3.000
3PL CB CG CD1 120.000 3.000
3PL CD2 CG CD1 120.000 3.000
3PL CG CD2 HD2 120.000 3.000
3PL CG CD2 CE2 120.000 3.000
3PL HD2 CD2 CE2 120.000 3.000
3PL CD2 CE2 HE2 120.000 3.000
3PL CD2 CE2 CZ 120.000 3.000
3PL HE2 CE2 CZ 120.000 3.000
3PL CE2 CZ HZ 120.000 3.000
3PL CE2 CZ CE1 120.000 3.000
3PL HZ CZ CE1 120.000 3.000
3PL CZ CE1 HE1 120.000 3.000
3PL CZ CE1 CD1 120.000 3.000
3PL HE1 CE1 CD1 120.000 3.000
3PL CE1 CD1 HD1 120.000 3.000
3PL CE1 CD1 CG 120.000 3.000
3PL HD1 CD1 CG 120.000 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
3PL var_1 O C CA CB 120.022 20.000 1
3PL var_2 C CA CB CG 179.966 20.000 3
3PL var_3 CA CB CG CD2 90.006 20.000 2
3PL CONST_1 CB CG CD1 CE1 180.000 0.000 0
3PL CONST_2 CB CG CD2 CE2 180.000 0.000 0
3PL CONST_3 CG CD2 CE2 CZ 0.000 0.000 0
3PL CONST_4 CD2 CE2 CZ CE1 0.000 0.000 0
3PL CONST_5 CE2 CZ CE1 CD1 0.000 0.000 0
3PL CONST_6 CZ CE1 CD1 CG 0.000 0.000 0
loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
3PL plan-1 C 0.020
3PL plan-1 O 0.020
3PL plan-1 CA 0.020
3PL plan-1 H 0.020
3PL plan-2 CG 0.020
3PL plan-2 CB 0.020
3PL plan-2 CD1 0.020
3PL plan-2 CD2 0.020
3PL plan-2 CE1 0.020
3PL plan-2 CZ 0.020
3PL plan-2 CE2 0.020
3PL plan-2 HD1 0.020
3PL plan-2 HE1 0.020
3PL plan-2 HZ 0.020
3PL plan-2 HE2 0.020
3PL plan-2 HD2 0.020
# ------------------------------------------------------
|
