1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169
170
171
172
173
174
175
176
177
178
179
180
181
182
183
184
185
186
187
188
189
190
191
192
193
194
195
196
197
198
199
200
201
202
203
204
205
206
207
|
global_
_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
3XH 3XH '3-Hydroxyhippuric acid ' non-polymer 22 14 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_3XH
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
3XH O14 O O 0.000 0.000 0.000 0.000
3XH C7 C C 0.000 -1.047 -0.618 0.005
3XH N8 N NH1 0.000 -1.034 -1.966 0.022
3XH HN8 H H 0.000 -1.904 -2.479 0.025
3XH C9 C CH2 0.000 0.241 -2.686 0.035
3XH H9 H H 0.000 0.809 -2.405 0.924
3XH H9A H H 0.000 0.815 -2.427 -0.858
3XH C10 C C 0.000 -0.020 -4.171 0.052
3XH O12 O OC -0.500 0.939 -4.974 0.061
3XH O11 O OC -0.500 -1.196 -4.598 0.055
3XH C6 C CR6 0.000 -2.334 0.109 -0.009
3XH C1 C CR16 0.000 -2.350 1.504 -0.021
3XH H1 H H 0.000 -1.419 2.058 -0.017
3XH C2 C CR6 0.000 -3.560 2.178 -0.038
3XH O13 O OH1 0.000 -3.580 3.537 -0.055
3XH HO13 H H 0.000 -3.587 3.870 0.852
3XH C3 C CR16 0.000 -4.751 1.467 -0.033
3XH H3 H H 0.000 -5.696 1.997 -0.042
3XH C4 C CR16 0.000 -4.738 0.084 -0.016
3XH H4 H H 0.000 -5.671 -0.465 -0.012
3XH C5 C CR16 0.000 -3.538 -0.598 -0.003
3XH H5 H H 0.000 -3.530 -1.681 0.011
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
3XH O14 n/a C7 START
3XH C7 O14 C6 .
3XH N8 C7 C9 .
3XH HN8 N8 . .
3XH C9 N8 C10 .
3XH H9 C9 . .
3XH H9A C9 . .
3XH C10 C9 O11 .
3XH O12 C10 . .
3XH O11 C10 . .
3XH C6 C7 C1 .
3XH C1 C6 C2 .
3XH H1 C1 . .
3XH C2 C1 C3 .
3XH O13 C2 HO13 .
3XH HO13 O13 . .
3XH C3 C2 C4 .
3XH H3 C3 . .
3XH C4 C3 C5 .
3XH H4 C4 . .
3XH C5 C4 H5 .
3XH H5 C5 . END
3XH C6 C5 . ADD
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
3XH O11 C10 deloc 1.250 0.020
3XH C10 C9 single 1.510 0.020
3XH O12 C10 deloc 1.250 0.020
3XH C9 N8 single 1.450 0.020
3XH H9 C9 single 1.092 0.020
3XH H9A C9 single 1.092 0.020
3XH N8 C7 single 1.330 0.020
3XH HN8 N8 single 1.010 0.020
3XH C7 O14 double 1.220 0.020
3XH C6 C7 single 1.500 0.020
3XH C1 C6 double 1.390 0.020
3XH C6 C5 single 1.390 0.020
3XH C5 C4 double 1.390 0.020
3XH H5 C5 single 1.083 0.020
3XH C4 C3 single 1.390 0.020
3XH H4 C4 single 1.083 0.020
3XH C3 C2 double 1.390 0.020
3XH H3 C3 single 1.083 0.020
3XH O13 C2 single 1.362 0.020
3XH C2 C1 single 1.390 0.020
3XH HO13 O13 single 0.967 0.020
3XH H1 C1 single 1.083 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
3XH O14 C7 N8 123.000 3.000
3XH O14 C7 C6 120.500 3.000
3XH N8 C7 C6 120.000 3.000
3XH C7 N8 HN8 120.000 3.000
3XH C7 N8 C9 121.500 3.000
3XH HN8 N8 C9 118.500 3.000
3XH N8 C9 H9 109.470 3.000
3XH N8 C9 H9A 109.470 3.000
3XH N8 C9 C10 111.600 3.000
3XH H9 C9 H9A 107.900 3.000
3XH H9 C9 C10 109.470 3.000
3XH H9A C9 C10 109.470 3.000
3XH C9 C10 O12 118.500 3.000
3XH C9 C10 O11 118.500 3.000
3XH O12 C10 O11 123.000 3.000
3XH C7 C6 C1 120.000 3.000
3XH C7 C6 C5 120.000 3.000
3XH C1 C6 C5 120.000 3.000
3XH C6 C1 H1 120.000 3.000
3XH C6 C1 C2 120.000 3.000
3XH H1 C1 C2 120.000 3.000
3XH C1 C2 O13 120.000 3.000
3XH C1 C2 C3 120.000 3.000
3XH O13 C2 C3 120.000 3.000
3XH C2 O13 HO13 109.470 3.000
3XH C2 C3 H3 120.000 3.000
3XH C2 C3 C4 120.000 3.000
3XH H3 C3 C4 120.000 3.000
3XH C3 C4 H4 120.000 3.000
3XH C3 C4 C5 120.000 3.000
3XH H4 C4 C5 120.000 3.000
3XH C4 C5 H5 120.000 3.000
3XH C4 C5 C6 120.000 3.000
3XH H5 C5 C6 120.000 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
3XH CONST_1 O14 C7 N8 C9 0.000 0.000 0
3XH var_1 C7 N8 C9 C10 -179.996 20.000 3
3XH var_2 N8 C9 C10 O11 -0.069 20.000 3
3XH var_3 O14 C7 C6 C1 -0.269 20.000 1
3XH CONST_2 C7 C6 C5 C4 180.000 0.000 0
3XH CONST_3 C7 C6 C1 C2 180.000 0.000 0
3XH CONST_4 C6 C1 C2 C3 0.000 0.000 0
3XH var_4 C1 C2 O13 HO13 -89.710 20.000 1
3XH CONST_5 C1 C2 C3 C4 0.000 0.000 0
3XH CONST_6 C2 C3 C4 C5 0.000 0.000 0
3XH CONST_7 C3 C4 C5 C6 0.000 0.000 0
loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
3XH plan-1 C10 0.020
3XH plan-1 O11 0.020
3XH plan-1 O12 0.020
3XH plan-1 C9 0.020
3XH plan-2 N8 0.020
3XH plan-2 C9 0.020
3XH plan-2 C7 0.020
3XH plan-2 HN8 0.020
3XH plan-3 C7 0.020
3XH plan-3 N8 0.020
3XH plan-3 O14 0.020
3XH plan-3 C6 0.020
3XH plan-3 HN8 0.020
3XH plan-4 C6 0.020
3XH plan-4 C7 0.020
3XH plan-4 C5 0.020
3XH plan-4 C1 0.020
3XH plan-4 C4 0.020
3XH plan-4 C3 0.020
3XH plan-4 C2 0.020
3XH plan-4 H5 0.020
3XH plan-4 H4 0.020
3XH plan-4 H3 0.020
3XH plan-4 O13 0.020
3XH plan-4 H1 0.020
# ------------------------------------------------------
|
