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306
|
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_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
9AR 9AR '9-HYDROXY ARISTOLOCHIC ACID ' non-polymer 36 26 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_9AR
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
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9AR C9 C CR16 0.000 -2.374 -0.563 -1.569
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9AR C13 C CR6 0.000 -5.125 -0.115 -3.999
9AR O6 O OH1 0.000 -5.330 -0.152 -5.343
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9AR C15 C CH2 0.000 -7.573 0.361 2.110
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9AR C2 C CR16 0.000 -4.102 0.107 2.972
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loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
9AR O8 n/a N1 START
9AR N1 O8 C10 .
9AR O7 N1 . .
9AR C10 N1 C9 .
9AR C6 C10 C1 .
9AR C1 C6 C16 .
9AR C16 C1 O4 .
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9AR O4 C16 . .
9AR C9 C10 C8 .
9AR H91 C9 . .
9AR C8 C9 C14 .
9AR C14 C8 C13 .
9AR O1 C14 C17 .
9AR C17 O1 H171 .
9AR H173 C17 . .
9AR H172 C17 . .
9AR H171 C17 . .
9AR C13 C14 C12 .
9AR O6 C13 H61 .
9AR H61 O6 . .
9AR C12 C13 C11 .
9AR H121 C12 . .
9AR C11 C12 C7 .
9AR H111 C11 . .
9AR C7 C11 C5 .
9AR C5 C7 C4 .
9AR C4 C5 O3 .
9AR O3 C4 C15 .
9AR C15 O3 O2 .
9AR H151 C15 . .
9AR H152 C15 . .
9AR O2 C15 C3 .
9AR C3 O2 C2 .
9AR C2 C3 H21 .
9AR H21 C2 . END
9AR C1 C2 . ADD
9AR C3 C4 . ADD
9AR C5 C6 . ADD
9AR C7 C8 . ADD
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
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9AR C1 C6 single 1.490 0.020
9AR C16 C1 single 1.500 0.020
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9AR C8 C9 single 1.390 0.020
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9AR H91 C9 single 1.083 0.020
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9AR H121 C12 single 1.083 0.020
9AR C13 C14 double 1.487 0.020
9AR O6 C13 single 1.362 0.020
9AR O1 C14 single 1.370 0.020
9AR O2 C15 single 1.426 0.020
9AR C15 O3 single 1.426 0.020
9AR H151 C15 single 1.092 0.020
9AR H152 C15 single 1.092 0.020
9AR O4 C16 deloc 1.250 0.020
9AR O5 C16 deloc 1.250 0.020
9AR C17 O1 single 1.426 0.020
9AR H171 C17 single 1.059 0.020
9AR H172 C17 single 1.059 0.020
9AR H173 C17 single 1.059 0.020
9AR H61 O6 single 0.967 0.020
9AR O7 N1 double 1.220 0.020
9AR N1 O8 single 1.400 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
9AR O8 N1 O7 120.000 3.000
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9AR O7 N1 C10 120.000 3.000
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9AR C1 C6 C5 120.000 3.000
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9AR O5 C16 O4 123.000 3.000
9AR C10 C9 H91 120.000 3.000
9AR C10 C9 C8 120.000 3.000
9AR H91 C9 C8 120.000 3.000
9AR C9 C8 C14 120.000 3.000
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9AR C5 C7 C8 120.000 3.000
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9AR C7 C5 C6 120.000 3.000
9AR C4 C5 C6 120.000 3.000
9AR C5 C4 O3 120.000 3.000
9AR C5 C4 C3 120.000 3.000
9AR O3 C4 C3 120.000 3.000
9AR C4 O3 C15 120.000 3.000
9AR O3 C15 H151 109.470 3.000
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9AR O3 C15 O2 109.500 3.000
9AR H151 C15 H152 107.900 3.000
9AR H151 C15 O2 109.470 3.000
9AR H152 C15 O2 109.470 3.000
9AR C15 O2 C3 120.000 3.000
9AR O2 C3 C2 120.000 3.000
9AR O2 C3 C4 120.000 3.000
9AR C2 C3 C4 120.000 3.000
9AR C3 C2 H21 120.000 3.000
9AR C3 C2 C1 120.000 3.000
9AR H21 C2 C1 120.000 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
9AR var_1 O8 N1 C10 C9 63.492 20.000 1
9AR CONST_1 N1 C10 C6 C1 0.000 0.000 0
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9AR CONST_3 C6 C1 C2 C3 0.000 0.000 0
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9AR CONST_4 N1 C10 C9 C8 180.000 0.000 0
9AR CONST_5 C10 C9 C8 C14 180.000 0.000 0
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9AR var_4 C14 O1 C17 H171 179.981 20.000 1
9AR CONST_7 C8 C14 C13 C12 0.000 0.000 0
9AR var_5 C14 C13 O6 H61 90.008 20.000 1
9AR CONST_8 C14 C13 C12 C11 0.000 0.000 0
9AR CONST_9 C13 C12 C11 C7 0.000 0.000 0
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9AR var_6 C5 C4 O3 C15 150.000 20.000 1
9AR var_7 C4 O3 C15 O2 30.000 20.000 1
9AR var_8 O3 C15 O2 C3 -30.000 20.000 1
9AR var_9 C15 O2 C3 C2 -150.000 20.000 1
9AR CONST_15 O2 C3 C4 C5 180.000 0.000 0
9AR CONST_16 O2 C3 C2 C1 180.000 0.000 0
loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
9AR plan-1 C1 0.020
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9AR plan-1 O1 0.020
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# ------------------------------------------------------
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