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|
global_
_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
9GP 9GP 'N-(hydroxyacetyl)-beta-D-glucopyrano' non-polymer 31 16 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_9GP
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
9GP O7 O O 0.000 0.000 0.000 0.000
9GP C7 C C 0.000 -0.298 0.473 -1.077
9GP C9 C CH2 0.000 0.773 0.747 -2.101
9GP H9 H H 0.000 0.781 1.811 -2.344
9GP H9A H H 0.000 0.567 0.170 -3.005
9GP O9 O OH1 0.000 2.046 0.368 -1.573
9GP HO9 H H 0.000 2.732 0.544 -2.231
9GP N1 N NH1 0.000 -1.585 0.755 -1.356
9GP HN1 H H 0.000 -1.833 1.149 -2.253
9GP C1 C CH1 0.000 -2.626 0.489 -0.360
9GP H1 H H 0.000 -2.182 0.500 0.645
9GP C2 C CH1 0.000 -3.709 1.567 -0.453
9GP H2 H H 0.000 -4.125 1.584 -1.470
9GP O2 O OH1 0.000 -3.141 2.842 -0.148
9GP HO2 H H 0.000 -2.435 3.038 -0.778
9GP O5 O O2 0.000 -3.209 -0.792 -0.609
9GP C5 C CH1 0.000 -4.223 -1.164 0.326
9GP H5 H H 0.000 -3.801 -1.174 1.340
9GP C6 C CH2 0.000 -4.751 -2.558 -0.022
9GP H6 H H 0.000 -5.089 -2.569 -1.060
9GP H6A H H 0.000 -5.588 -2.803 0.635
9GP O6 O OH1 0.000 -3.709 -3.519 0.152
9GP HO6 H H 0.000 -4.043 -4.399 -0.068
9GP C4 C CH1 0.000 -5.371 -0.152 0.259
9GP H4 H H 0.000 -5.820 -0.171 -0.743
9GP O4 O OH1 0.000 -6.360 -0.489 1.234
9GP HO4 H H 0.000 -7.081 0.153 1.195
9GP C3 C CH1 0.000 -4.823 1.248 0.550
9GP H3 H H 0.000 -4.419 1.281 1.572
9GP O3 O OH1 0.000 -5.873 2.209 0.419
9GP HO3 H H 0.000 -5.524 3.093 0.595
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
9GP O7 n/a C7 START
9GP C7 O7 N1 .
9GP C9 C7 O9 .
9GP H9 C9 . .
9GP H9A C9 . .
9GP O9 C9 HO9 .
9GP HO9 O9 . .
9GP N1 C7 C1 .
9GP HN1 N1 . .
9GP C1 N1 O5 .
9GP H1 C1 . .
9GP C2 C1 O2 .
9GP H2 C2 . .
9GP O2 C2 HO2 .
9GP HO2 O2 . .
9GP O5 C1 C5 .
9GP C5 O5 C4 .
9GP H5 C5 . .
9GP C6 C5 O6 .
9GP H6 C6 . .
9GP H6A C6 . .
9GP O6 C6 HO6 .
9GP HO6 O6 . .
9GP C4 C5 C3 .
9GP H4 C4 . .
9GP O4 C4 HO4 .
9GP HO4 O4 . .
9GP C3 C4 O3 .
9GP H3 C3 . .
9GP O3 C3 HO3 .
9GP HO3 O3 . END
9GP C2 C3 . ADD
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
9GP O2 C2 single 1.432 0.020
9GP HO2 O2 single 0.967 0.020
9GP C2 C3 single 1.524 0.020
9GP C2 C1 single 1.524 0.020
9GP H2 C2 single 1.099 0.020
9GP O3 C3 single 1.432 0.020
9GP C3 C4 single 1.524 0.020
9GP H3 C3 single 1.099 0.020
9GP HO3 O3 single 0.967 0.020
9GP O4 C4 single 1.432 0.020
9GP C4 C5 single 1.524 0.020
9GP H4 C4 single 1.099 0.020
9GP HO4 O4 single 0.967 0.020
9GP C6 C5 single 1.524 0.020
9GP C5 O5 single 1.426 0.020
9GP H5 C5 single 1.099 0.020
9GP O6 C6 single 1.432 0.020
9GP H6 C6 single 1.092 0.020
9GP H6A C6 single 1.092 0.020
9GP HO6 O6 single 0.967 0.020
9GP O5 C1 single 1.426 0.020
9GP C1 N1 single 1.450 0.020
9GP H1 C1 single 1.099 0.020
9GP N1 C7 single 1.330 0.020
9GP HN1 N1 single 1.010 0.020
9GP C7 O7 double 1.220 0.020
9GP C9 C7 single 1.510 0.020
9GP O9 C9 single 1.432 0.020
9GP H9 C9 single 1.092 0.020
9GP H9A C9 single 1.092 0.020
9GP HO9 O9 single 0.967 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
9GP O7 C7 C9 120.500 3.000
9GP O7 C7 N1 123.000 3.000
9GP C9 C7 N1 116.500 3.000
9GP C7 C9 H9 109.470 3.000
9GP C7 C9 H9A 109.470 3.000
9GP C7 C9 O9 109.500 3.000
9GP H9 C9 H9A 107.900 3.000
9GP H9 C9 O9 109.470 3.000
9GP H9A C9 O9 109.470 3.000
9GP C9 O9 HO9 109.470 3.000
9GP C7 N1 HN1 120.000 3.000
9GP C7 N1 C1 121.500 3.000
9GP HN1 N1 C1 118.500 3.000
9GP N1 C1 H1 108.550 3.000
9GP N1 C1 C2 110.000 3.000
9GP N1 C1 O5 109.500 3.000
9GP H1 C1 C2 108.340 3.000
9GP H1 C1 O5 109.470 3.000
9GP C2 C1 O5 109.470 3.000
9GP C1 C2 H2 108.340 3.000
9GP C1 C2 O2 109.470 3.000
9GP C1 C2 C3 111.000 3.000
9GP H2 C2 O2 109.470 3.000
9GP H2 C2 C3 108.340 3.000
9GP O2 C2 C3 109.470 3.000
9GP C2 O2 HO2 109.470 3.000
9GP C1 O5 C5 111.800 3.000
9GP O5 C5 H5 109.470 3.000
9GP O5 C5 C6 109.470 3.000
9GP O5 C5 C4 109.470 3.000
9GP H5 C5 C6 108.340 3.000
9GP H5 C5 C4 108.340 3.000
9GP C6 C5 C4 111.000 3.000
9GP C5 C6 H6 109.470 3.000
9GP C5 C6 H6A 109.470 3.000
9GP C5 C6 O6 109.470 3.000
9GP H6 C6 H6A 107.900 3.000
9GP H6 C6 O6 109.470 3.000
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9GP C6 O6 HO6 109.470 3.000
9GP C5 C4 H4 108.340 3.000
9GP C5 C4 O4 109.470 3.000
9GP C5 C4 C3 111.000 3.000
9GP H4 C4 O4 109.470 3.000
9GP H4 C4 C3 108.340 3.000
9GP O4 C4 C3 109.470 3.000
9GP C4 O4 HO4 109.470 3.000
9GP C4 C3 H3 108.340 3.000
9GP C4 C3 O3 109.470 3.000
9GP C4 C3 C2 111.000 3.000
9GP H3 C3 O3 109.470 3.000
9GP H3 C3 C2 108.340 3.000
9GP O3 C3 C2 109.470 3.000
9GP C3 O3 HO3 109.470 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
9GP var_1 O7 C7 C9 O9 -0.041 20.000 3
9GP var_2 C7 C9 O9 HO9 -179.997 20.000 1
9GP CONST_1 O7 C7 N1 C1 0.000 0.000 0
9GP var_3 C7 N1 C1 O5 -95.050 20.000 3
9GP var_4 N1 C1 C2 O2 -60.000 20.000 3
9GP var_5 C1 C2 C3 C4 -60.000 20.000 3
9GP var_6 C1 C2 O2 HO2 59.941 20.000 1
9GP var_7 N1 C1 O5 C5 180.000 20.000 1
9GP var_8 C1 O5 C5 C4 60.000 20.000 1
9GP var_9 O5 C5 C6 O6 65.082 20.000 3
9GP var_10 C5 C6 O6 HO6 -180.000 20.000 1
9GP var_11 O5 C5 C4 C3 -60.000 20.000 3
9GP var_12 C5 C4 O4 HO4 179.667 20.000 1
9GP var_13 C5 C4 C3 O3 180.000 20.000 3
9GP var_14 C4 C3 O3 HO3 -179.513 20.000 1
loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
9GP chir_01 C2 O2 C3 C1 positiv
9GP chir_02 C3 C2 O3 C4 negativ
9GP chir_03 C4 C3 O4 C5 positiv
9GP chir_04 C5 C4 C6 O5 negativ
9GP chir_05 C1 C2 O5 N1 negativ
loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
9GP plan-1 N1 0.020
9GP plan-1 C1 0.020
9GP plan-1 C7 0.020
9GP plan-1 HN1 0.020
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9GP plan-2 C9 0.020
9GP plan-2 HN1 0.020
# ------------------------------------------------------
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