1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169
170
171
172
173
174
175
176
|
global_
_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
A0A A0A '(2S)-2-AMINO-4-(FORMYLOXY)-4-OXOBUTA' non-polymer 17 11 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_A0A
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
A0A OXT O OC -0.500 0.000 0.000 0.000
A0A C C C 0.000 -0.998 0.578 -0.485
A0A O O OC -0.500 -0.891 1.220 -1.553
A0A CA C CH1 0.000 -2.329 0.499 0.218
A0A HA H H 0.000 -2.177 0.582 1.303
A0A N N NH2 0.000 -3.191 1.597 -0.242
A0A HN2 H H 0.000 -3.543 2.280 0.418
A0A HN1 H H 0.000 -3.438 1.677 -1.221
A0A CB C CH2 0.000 -2.996 -0.841 -0.103
A0A HBC1 H H 0.000 -2.317 -1.656 0.155
A0A HBC2 H H 0.000 -3.227 -0.886 -1.169
A0A CG C C 0.000 -4.268 -0.972 0.695
A0A OD1 O O -0.500 -4.619 -0.053 1.469
A0A OD2 O O2 -0.500 -4.973 -1.999 0.583
A0A CM1 C C1 0.000 -6.149 -2.130 1.315
A0A HM1 H H 0.000 -6.431 -1.327 1.975
A0A OM2 O O 0.000 -6.871 -3.096 1.249
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
A0A OXT n/a C START
A0A C OXT CA .
A0A O C . .
A0A CA C CB .
A0A HA CA . .
A0A N CA HN1 .
A0A HN2 N . .
A0A HN1 N . .
A0A CB CA CG .
A0A HBC1 CB . .
A0A HBC2 CB . .
A0A CG CB OD2 .
A0A OD1 CG . .
A0A OD2 CG CM1 .
A0A CM1 OD2 OM2 .
A0A HM1 CM1 . .
A0A OM2 CM1 . END
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
A0A OD2 CG deloc 1.454 0.020
A0A CM1 OD2 single 1.454 0.020
A0A OD1 CG deloc 1.220 0.020
A0A CG CB single 1.510 0.020
A0A CB CA single 1.524 0.020
A0A N CA single 1.450 0.020
A0A CA C single 1.500 0.020
A0A O C deloc 1.250 0.020
A0A C OXT deloc 1.250 0.020
A0A OM2 CM1 double 1.220 0.020
A0A HM1 CM1 single 1.077 0.020
A0A HBC1 CB single 1.092 0.020
A0A HBC2 CB single 1.092 0.020
A0A HA CA single 1.099 0.020
A0A HN1 N single 1.010 0.020
A0A HN2 N single 1.010 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
A0A OXT C O 123.000 3.000
A0A OXT C CA 118.500 3.000
A0A O C CA 118.500 3.000
A0A C CA HA 108.810 3.000
A0A C CA N 109.470 3.000
A0A C CA CB 109.470 3.000
A0A HA CA N 109.470 3.000
A0A HA CA CB 108.340 3.000
A0A N CA CB 109.470 3.000
A0A CA N HN2 120.000 3.000
A0A CA N HN1 120.000 3.000
A0A HN2 N HN1 120.000 3.000
A0A CA CB HBC1 109.470 3.000
A0A CA CB HBC2 109.470 3.000
A0A CA CB CG 109.470 3.000
A0A HBC1 CB HBC2 107.900 3.000
A0A HBC1 CB CG 109.470 3.000
A0A HBC2 CB CG 109.470 3.000
A0A CB CG OD1 120.500 3.000
A0A CB CG OD2 120.000 3.000
A0A OD1 CG OD2 119.000 3.000
A0A CG OD2 CM1 111.800 3.000
A0A OD2 CM1 HM1 120.000 3.000
A0A OD2 CM1 OM2 120.000 3.000
A0A HM1 CM1 OM2 123.000 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
A0A var_1 OXT C CA CB -79.998 20.000 3
A0A var_2 C CA N HN1 59.985 20.000 1
A0A var_3 C CA CB CG 174.989 20.000 3
A0A var_4 CA CB CG OD2 -179.976 20.000 3
A0A var_5 CB CG OD2 CM1 -179.981 20.000 1
A0A var_6 CG OD2 CM1 OM2 179.978 20.000 1
loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
A0A chir_01 CA N C CB positiv
loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
A0A plan-1 N 0.020
A0A plan-1 CA 0.020
A0A plan-1 HN1 0.020
A0A plan-1 HN2 0.020
A0A plan-2 C 0.020
A0A plan-2 CA 0.020
A0A plan-2 O 0.020
A0A plan-2 OXT 0.020
A0A plan-3 CG 0.020
A0A plan-3 CB 0.020
A0A plan-3 OD1 0.020
A0A plan-3 OD2 0.020
A0A plan-4 CM1 0.020
A0A plan-4 OD2 0.020
A0A plan-4 OM2 0.020
A0A plan-4 HM1 0.020
# ------------------------------------------------------
|
