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312
313
|
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_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
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_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
A2P A2P 'ADENOSINE-2'-5'-DIPHOSPHATE ' non-polymer 38 27 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_A2P
#
loop_
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_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
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A2P "H3'" H H 0.000 -4.258 -1.155 2.398
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A2P "HO3'" H H 0.000 -3.243 0.579 3.627
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A2P P1 P P 0.000 -7.760 -0.396 4.059
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A2P N6 N NH2 0.000 -11.703 -0.907 -1.532
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_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
A2P O6P n/a P2 START
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A2P O5P P2 . .
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A2P "H5'2" "C5'" . .
A2P "C4'" "C5'" "C3'" .
A2P "H4'" "C4'" . .
A2P "C3'" "C4'" "C2'" .
A2P "H3'" "C3'" . .
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A2P "HO3'" "O3'" . .
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A2P "H2'" "C2'" . .
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A2P P1 "O2'" O1P .
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A2P O1P P1 . .
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A2P "H1'" "C1'" . .
A2P "O4'" "C1'" . .
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A2P C4 N9 N3 .
A2P C5 C4 N7 .
A2P N7 C5 C8 .
A2P C8 N7 H8 .
A2P H8 C8 . .
A2P N3 C4 C2 .
A2P C2 N3 N1 .
A2P H2 C2 . .
A2P N1 C2 C6 .
A2P C6 N1 N6 .
A2P N6 C6 HN61 .
A2P HN62 N6 . .
A2P HN61 N6 . END
A2P "C4'" "O4'" . ADD
A2P N9 C8 . ADD
A2P C5 C6 . ADD
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
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_chem_comp_bond.value_dist_esd
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A2P C6 N1 double 1.350 0.020
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A2P C2 N3 double 1.337 0.020
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A2P N3 C4 single 1.355 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
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loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
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_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
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_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
A2P chir_01 "C4'" "C5'" "O4'" "C3'" negativ
A2P chir_02 "C3'" "C4'" "O3'" "C2'" negativ
A2P chir_03 "C2'" "C3'" "O2'" "C1'" negativ
A2P chir_04 "C1'" "O4'" "C2'" N9 positiv
loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
A2P plan-1 N9 0.020
A2P plan-1 "C1'" 0.020
A2P plan-1 C8 0.020
A2P plan-1 C4 0.020
A2P plan-1 N7 0.020
A2P plan-1 H8 0.020
A2P plan-1 C5 0.020
A2P plan-1 C6 0.020
A2P plan-1 N1 0.020
A2P plan-1 C2 0.020
A2P plan-1 N3 0.020
A2P plan-1 N6 0.020
A2P plan-1 H2 0.020
A2P plan-1 HN62 0.020
A2P plan-1 HN61 0.020
A2P plan-2 N6 0.020
A2P plan-2 C6 0.020
A2P plan-2 HN61 0.020
A2P plan-2 HN62 0.020
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