1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169
170
171
172
173
174
175
176
177
178
179
180
181
182
183
184
185
186
187
188
189
190
191
192
193
194
195
196
197
198
199
200
201
202
203
204
205
206
207
208
209
210
211
212
213
214
215
216
217
218
219
220
221
222
223
224
225
226
227
228
229
230
231
232
233
234
235
236
237
238
239
240
241
242
243
244
245
246
247
248
249
250
251
252
253
254
255
256
257
258
259
260
261
262
263
264
265
266
267
268
269
270
271
272
273
274
275
276
277
278
279
280
281
282
283
284
285
286
287
288
289
290
291
292
293
294
295
296
297
|
global_
_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
A38 A38 '. ' non-polymer 35 23 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_A38
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
A38 O O O 0.000 0.000 0.000 0.000
A38 C8 C CR5 0.000 0.000 0.000 0.000
A38 N7 N NR15 0.000 0.000 0.000 0.000
A38 H7 H H 0.000 0.000 0.000 0.000
A38 C5 C CR56 0.000 0.000 0.000 0.000
A38 C4 C CR56 0.000 0.000 0.000 0.000
A38 N3 N NRD6 0.000 0.000 0.000 0.000
A38 C2 C CR16 0.000 0.000 0.000 0.000
A38 H2 H H 0.000 0.000 0.000 0.000
A38 N1 N NRD6 0.000 0.000 0.000 0.000
A38 C6 C CR6 0.000 0.000 0.000 0.000
A38 N6 N NH2 0.000 0.000 0.000 0.000
A38 H6N2 H H 0.000 0.000 0.000 0.000
A38 H6N1 H H 0.000 0.000 0.000 0.000
A38 N9 N NR5 0.000 0.000 0.000 0.000
A38 "C1'" C CH1 0.000 0.000 0.000 0.000
A38 "H1'" H H 0.000 0.000 0.000 0.000
A38 "O4'" O O2 0.000 0.000 0.000 0.000
A38 "C2'" C CH2 0.000 0.000 0.000 0.000
A38 "H2'1" H H 0.000 0.000 0.000 0.000
A38 "H2'2" H H 0.000 0.000 0.000 0.000
A38 "C3'" C CH1 0.000 0.000 0.000 0.000
A38 "H3'" H H 0.000 0.000 0.000 0.000
A38 "O3'" O OH1 0.000 0.000 0.000 0.000
A38 HA H H 0.000 0.000 0.000 0.000
A38 "C4'" C CH1 0.000 0.000 0.000 0.000
A38 "H4'" H H 0.000 0.000 0.000 0.000
A38 "C5'" C CH2 0.000 0.000 0.000 0.000
A38 "H5'1" H H 0.000 0.000 0.000 0.000
A38 "H5'2" H H 0.000 0.000 0.000 0.000
A38 "O5'" O O2 0.000 0.000 0.000 0.000
A38 P P P 0.000 0.000 0.000 0.000
A38 O3P O OP -0.666 0.000 0.000 0.000
A38 O1P O OP -0.666 0.000 0.000 0.000
A38 O2P O OP -0.666 0.000 0.000 0.000
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
A38 O n/a C8 START
A38 C8 O N7 .
A38 N7 C8 C5 .
A38 H7 N7 . .
A38 C5 N7 C4 .
A38 C4 C5 N9 .
A38 N3 C4 C2 .
A38 C2 N3 N1 .
A38 H2 C2 . .
A38 N1 C2 C6 .
A38 C6 N1 N6 .
A38 N6 C6 H6N1 .
A38 H6N2 N6 . .
A38 H6N1 N6 . .
A38 N9 C4 "C1'" .
A38 "C1'" N9 "C2'" .
A38 "H1'" "C1'" . .
A38 "O4'" "C1'" . .
A38 "C2'" "C1'" "C3'" .
A38 "H2'1" "C2'" . .
A38 "H2'2" "C2'" . .
A38 "C3'" "C2'" "C4'" .
A38 "H3'" "C3'" . .
A38 "O3'" "C3'" HA .
A38 HA "O3'" . .
A38 "C4'" "C3'" "C5'" .
A38 "H4'" "C4'" . .
A38 "C5'" "C4'" "O5'" .
A38 "H5'1" "C5'" . .
A38 "H5'2" "C5'" . .
A38 "O5'" "C5'" P .
A38 P "O5'" O2P .
A38 O3P P . .
A38 O1P P . .
A38 O2P P . END
A38 "C4'" "O4'" . ADD
A38 N9 C8 . ADD
A38 C5 C6 . ADD
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
A38 O3P P deloc 1.510 0.020
A38 O1P P deloc 1.510 0.020
A38 O2P P deloc 1.510 0.020
A38 P "O5'" single 1.610 0.020
A38 "O5'" "C5'" single 1.426 0.020
A38 "C5'" "C4'" single 1.524 0.020
A38 "H5'1" "C5'" single 1.092 0.020
A38 "H5'2" "C5'" single 1.092 0.020
A38 "C4'" "O4'" single 1.426 0.020
A38 "C4'" "C3'" single 1.524 0.020
A38 "H4'" "C4'" single 1.099 0.020
A38 "O4'" "C1'" single 1.426 0.020
A38 "O3'" "C3'" single 1.432 0.020
A38 "C3'" "C2'" single 1.524 0.020
A38 "H3'" "C3'" single 1.099 0.020
A38 HA "O3'" single 0.967 0.020
A38 "C2'" "C1'" single 1.524 0.020
A38 "H2'1" "C2'" single 1.092 0.020
A38 "H2'2" "C2'" single 1.092 0.020
A38 "C1'" N9 single 1.485 0.020
A38 "H1'" "C1'" single 1.099 0.020
A38 N9 C8 single 1.337 0.020
A38 N9 C4 single 1.337 0.020
A38 N7 C8 single 1.340 0.020
A38 C8 O double 1.285 0.020
A38 C5 N7 single 1.340 0.020
A38 H7 N7 single 1.040 0.020
A38 C5 C6 double 1.490 0.020
A38 C4 C5 single 1.490 0.020
A38 N6 C6 single 1.355 0.020
A38 C6 N1 single 1.350 0.020
A38 H6N1 N6 single 1.010 0.020
A38 H6N2 N6 single 1.010 0.020
A38 N1 C2 double 1.337 0.020
A38 C2 N3 single 1.337 0.020
A38 H2 C2 single 1.083 0.020
A38 N3 C4 double 1.355 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
A38 O C8 N7 108.000 3.000
A38 O C8 N9 108.000 3.000
A38 N7 C8 N9 108.000 3.000
A38 C8 N7 H7 126.000 3.000
A38 C8 N7 C5 108.000 3.000
A38 H7 N7 C5 126.000 3.000
A38 N7 C5 C4 108.000 3.000
A38 N7 C5 C6 132.000 3.000
A38 C4 C5 C6 120.000 3.000
A38 C5 C4 N3 120.000 3.000
A38 C5 C4 N9 108.000 3.000
A38 N3 C4 N9 132.000 3.000
A38 C4 N3 C2 120.000 3.000
A38 N3 C2 H2 120.000 3.000
A38 N3 C2 N1 120.000 3.000
A38 H2 C2 N1 120.000 3.000
A38 C2 N1 C6 120.000 3.000
A38 N1 C6 N6 120.000 3.000
A38 N1 C6 C5 120.000 3.000
A38 N6 C6 C5 120.000 3.000
A38 C6 N6 H6N2 120.000 3.000
A38 C6 N6 H6N1 120.000 3.000
A38 H6N2 N6 H6N1 120.000 3.000
A38 C4 N9 "C1'" 126.000 3.000
A38 C4 N9 C8 108.000 3.000
A38 "C1'" N9 C8 126.000 3.000
A38 N9 "C1'" "H1'" 109.470 3.000
A38 N9 "C1'" "O4'" 109.470 3.000
A38 N9 "C1'" "C2'" 109.470 3.000
A38 "H1'" "C1'" "O4'" 109.470 3.000
A38 "H1'" "C1'" "C2'" 108.340 3.000
A38 "O4'" "C1'" "C2'" 109.470 3.000
A38 "C1'" "O4'" "C4'" 111.800 3.000
A38 "C1'" "C2'" "H2'1" 109.470 3.000
A38 "C1'" "C2'" "H2'2" 109.470 3.000
A38 "C1'" "C2'" "C3'" 111.000 3.000
A38 "H2'1" "C2'" "H2'2" 107.900 3.000
A38 "H2'1" "C2'" "C3'" 109.470 3.000
A38 "H2'2" "C2'" "C3'" 109.470 3.000
A38 "C2'" "C3'" "H3'" 108.340 3.000
A38 "C2'" "C3'" "O3'" 109.470 3.000
A38 "C2'" "C3'" "C4'" 111.000 3.000
A38 "H3'" "C3'" "O3'" 109.470 3.000
A38 "H3'" "C3'" "C4'" 108.340 3.000
A38 "O3'" "C3'" "C4'" 109.470 3.000
A38 "C3'" "O3'" HA 109.470 3.000
A38 "C3'" "C4'" "H4'" 108.340 3.000
A38 "C3'" "C4'" "C5'" 111.000 3.000
A38 "C3'" "C4'" "O4'" 109.470 3.000
A38 "H4'" "C4'" "C5'" 108.340 3.000
A38 "H4'" "C4'" "O4'" 109.470 3.000
A38 "C5'" "C4'" "O4'" 109.470 3.000
A38 "C4'" "C5'" "H5'1" 109.470 3.000
A38 "C4'" "C5'" "H5'2" 109.470 3.000
A38 "C4'" "C5'" "O5'" 109.470 3.000
A38 "H5'1" "C5'" "H5'2" 107.900 3.000
A38 "H5'1" "C5'" "O5'" 109.470 3.000
A38 "H5'2" "C5'" "O5'" 109.470 3.000
A38 "C5'" "O5'" P 120.500 3.000
A38 "O5'" P O3P 108.200 3.000
A38 "O5'" P O1P 108.200 3.000
A38 "O5'" P O2P 108.200 3.000
A38 O3P P O1P 119.900 3.000
A38 O3P P O2P 119.900 3.000
A38 O1P P O2P 119.900 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
A38 CONST_1 O C8 N7 C5 0.000 0.000 0
A38 CONST_2 C8 N7 C5 C4 0.000 0.000 0
A38 CONST_3 N7 C5 C6 N1 0.000 0.000 0
A38 CONST_4 N7 C5 C4 N9 0.000 0.000 0
A38 CONST_5 C5 C4 N3 C2 0.000 0.000 0
A38 CONST_6 C4 N3 C2 N1 0.000 0.000 0
A38 CONST_7 N3 C2 N1 C6 0.000 0.000 0
A38 CONST_8 C2 N1 C6 N6 0.000 0.000 0
A38 CONST_9 N1 C6 N6 H6N1 0.000 0.000 0
A38 CONST_10 C5 C4 N9 "C1'" 0.000 0.000 0
A38 CONST_11 C4 N9 C8 O 0.000 0.000 0
A38 var_1 C4 N9 "C1'" "C2'" 0.000 20.000 1
A38 var_2 N9 "C1'" "O4'" "C4'" 0.000 20.000 1
A38 var_3 N9 "C1'" "C2'" "C3'" 0.000 20.000 3
A38 var_4 "C1'" "C2'" "C3'" "C4'" 0.000 20.000 3
A38 var_5 "C2'" "C3'" "O3'" HA 0.000 20.000 1
A38 var_6 "C2'" "C3'" "C4'" "C5'" 0.000 20.000 3
A38 var_7 "C3'" "C4'" "O4'" "C1'" 0.000 20.000 1
A38 var_8 "C3'" "C4'" "C5'" "O5'" 0.000 20.000 3
A38 var_9 "C4'" "C5'" "O5'" P 0.000 20.000 1
A38 var_10 "C5'" "O5'" P O2P 0.000 20.000 1
loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
A38 chir_01 "C4'" "C5'" "O4'" "C3'" positiv
A38 chir_02 "C3'" "C4'" "O3'" "C2'" positiv
A38 chir_03 "C1'" "O4'" "C2'" N9 positiv
loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
A38 plan-1 N9 0.020
A38 plan-1 "C1'" 0.020
A38 plan-1 C8 0.020
A38 plan-1 C4 0.020
A38 plan-1 N7 0.020
A38 plan-1 O 0.020
A38 plan-1 C5 0.020
A38 plan-1 H7 0.020
A38 plan-1 C6 0.020
A38 plan-1 N1 0.020
A38 plan-1 C2 0.020
A38 plan-1 N3 0.020
A38 plan-1 N6 0.020
A38 plan-1 H2 0.020
A38 plan-1 H6N2 0.020
A38 plan-1 H6N1 0.020
A38 plan-2 N6 0.020
A38 plan-2 C6 0.020
A38 plan-2 H6N1 0.020
A38 plan-2 H6N2 0.020
# ------------------------------------------------------
|
