1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 97 98 99 100 101 102 103 104 105 106 107 108 109 110 111 112 113 114 115 116 117 118 119 120 121 122 123 124 125 126 127 128 129 130 131 132 133 134 135 136 137 138 139 140 141 142 143 144 145 146 147 148 149 150 151 152 153 154 155 156 157 158 159 160 161 162 163 164 165 166 167 168 169 170 171 172 173 174 175 176 177 178 179 180 181 182 183 184 185 186 187 188 189 190 191 192 193 194 195 196 197 198 199 200 201 202 203 204 205 206 207 208 209 210 211 212 213 214 215 216 217 218 219 220 221 222 223 224 225 226 227 228 229 230 231 232 233 234 235 236 237 238 239 240 241 242 243 244 245 246 247 248 249 250 251 252 253 254 255 256 257 258 259 260 261 262 263 264 265 266 267 268 269 270 271 272 273 274 275 276 277 278 279 280 281 282 283 284 285 286 287 288 289 290 291 292 293 294 295 296 297 298 299 300 301 302 303 304 305 306 307 308 309 310 311 312 313 314 315 316 317 318 319 320 321 322 323 324 325 326 327 328 329 330 331 332 333 334 335 336 337 338 339 340 341 342 343 344 345 346 347 348 349 350
|
global_
_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
A44 A44 '. ' non-polymer 45 27 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_A44
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
A44 O2P O OP -0.666 0.000 0.000 0.000
A44 P P P 0.000 -1.237 0.607 0.625
A44 O3P O OP -0.666 -0.995 2.075 0.898
A44 O1P O OP -0.666 -1.547 -0.104 1.924
A44 "O5'" O O2 0.000 -2.481 0.447 -0.384
A44 "C5'" C CH2 0.000 -3.584 1.139 0.206
A44 "H5'1" H H 0.000 -3.324 2.191 0.338
A44 "H5'2" H H 0.000 -3.812 0.696 1.178
A44 "C4'" C CH1 0.000 -4.806 1.025 -0.708
A44 "H4'" H H 0.000 -4.549 1.370 -1.719
A44 "C3'" C CH1 0.000 -5.962 1.872 -0.143
A44 "H3'" H H 0.000 -5.674 2.326 0.815
A44 "O3'" O OH1 0.000 -6.351 2.880 -1.078
A44 HA H H 0.000 -5.625 3.506 -1.196
A44 "C2'" C CH1 0.000 -7.111 0.854 0.064
A44 "H2'" H H 0.000 -7.147 0.513 1.108
A44 "O2'" O O2 0.000 -8.365 1.413 -0.333
A44 "CA'" C CH2 0.000 -8.965 1.958 0.844
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A44 "HA'2" H H 0.000 -9.108 1.164 1.580
A44 C15 C CH2 0.000 -10.319 2.576 0.487
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A44 H152 H H 0.000 -10.735 3.072 1.366
A44 "OC'" O O2 0.000 -11.210 1.548 0.050
A44 C13 C CH3 0.000 -12.450 2.185 -0.268
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A44 H132 H H 0.000 -12.829 2.670 0.594
A44 H131 H H 0.000 -12.294 2.898 -1.035
A44 "C1'" C CH1 0.000 -6.696 -0.303 -0.880
A44 "H1'" H H 0.000 -6.989 -0.079 -1.916
A44 "O4'" O O2 0.000 -5.257 -0.338 -0.757
A44 N9 N NR5 0.000 -7.284 -1.570 -0.441
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A44 C8 C CR15 0.000 -6.720 -2.466 0.416
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A44 C2 C CR16 0.000 -10.569 -2.387 -1.776
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A44 N1 N NRD6 0.000 -10.741 -3.548 -1.169
A44 C6 C CR6 0.000 -9.815 -4.042 -0.354
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A44 H6N1 H H 0.000 -9.295 -5.633 0.900
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
A44 O2P n/a P START
A44 P O2P "O5'" .
A44 O3P P . .
A44 O1P P . .
A44 "O5'" P "C5'" .
A44 "C5'" "O5'" "C4'" .
A44 "H5'1" "C5'" . .
A44 "H5'2" "C5'" . .
A44 "C4'" "C5'" "C3'" .
A44 "H4'" "C4'" . .
A44 "C3'" "C4'" "C2'" .
A44 "H3'" "C3'" . .
A44 "O3'" "C3'" HA .
A44 HA "O3'" . .
A44 "C2'" "C3'" "C1'" .
A44 "H2'" "C2'" . .
A44 "O2'" "C2'" "CA'" .
A44 "CA'" "O2'" C15 .
A44 "HA'1" "CA'" . .
A44 "HA'2" "CA'" . .
A44 C15 "CA'" "OC'" .
A44 H151 C15 . .
A44 H152 C15 . .
A44 "OC'" C15 C13 .
A44 C13 "OC'" H131 .
A44 H133 C13 . .
A44 H132 C13 . .
A44 H131 C13 . .
A44 "C1'" "C2'" N9 .
A44 "H1'" "C1'" . .
A44 "O4'" "C1'" . .
A44 N9 "C1'" C4 .
A44 C4 N9 N3 .
A44 C5 C4 N7 .
A44 N7 C5 C8 .
A44 C8 N7 H8 .
A44 H8 C8 . .
A44 N3 C4 C2 .
A44 C2 N3 N1 .
A44 H2 C2 . .
A44 N1 C2 C6 .
A44 C6 N1 N6 .
A44 N6 C6 H6N1 .
A44 H6N2 N6 . .
A44 H6N1 N6 . END
A44 "C4'" "O4'" . ADD
A44 N9 C8 . ADD
A44 C5 C6 . ADD
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
A44 O3P P deloc 1.510 0.020
A44 O1P P deloc 1.510 0.020
A44 P O2P deloc 1.510 0.020
A44 "O5'" P single 1.610 0.020
A44 "C5'" "O5'" single 1.426 0.020
A44 "C4'" "C5'" single 1.524 0.020
A44 "H5'1" "C5'" single 1.092 0.020
A44 "H5'2" "C5'" single 1.092 0.020
A44 "C4'" "O4'" single 1.426 0.020
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A44 "H4'" "C4'" single 1.099 0.020
A44 "O4'" "C1'" single 1.426 0.020
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A44 "C2'" "C3'" single 1.524 0.020
A44 "H3'" "C3'" single 1.099 0.020
A44 HA "O3'" single 0.967 0.020
A44 "O2'" "C2'" single 1.426 0.020
A44 "C1'" "C2'" single 1.524 0.020
A44 "H2'" "C2'" single 1.099 0.020
A44 "CA'" "O2'" single 1.426 0.020
A44 N9 "C1'" single 1.485 0.020
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A44 C8 N7 double 1.350 0.020
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A44 C6 N1 single 1.350 0.020
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A44 N1 C2 double 1.337 0.020
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A44 H2 C2 single 1.083 0.020
A44 N3 C4 double 1.355 0.020
A44 C15 "CA'" single 1.524 0.020
A44 "HA'1" "CA'" single 1.092 0.020
A44 "HA'2" "CA'" single 1.092 0.020
A44 C13 "OC'" single 1.426 0.020
A44 H131 C13 single 1.059 0.020
A44 H132 C13 single 1.059 0.020
A44 H133 C13 single 1.059 0.020
A44 "OC'" C15 single 1.426 0.020
A44 H151 C15 single 1.092 0.020
A44 H152 C15 single 1.092 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
A44 O2P P O3P 119.900 3.000
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A44 O1P P "O5'" 108.200 3.000
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loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
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_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
A44 var_1 O2P P "O5'" "C5'" -175.006 20.000 1
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A44 var_11 "CA'" C15 "OC'" C13 -179.957 20.000 1
A44 var_12 C15 "OC'" C13 H131 59.991 20.000 1
A44 var_13 "C3'" "C2'" "C1'" N9 150.000 20.000 3
A44 var_14 "C2'" "C1'" "O4'" "C4'" -30.000 20.000 1
A44 var_15 "C2'" "C1'" N9 C4 89.064 20.000 1
A44 CONST_1 "C1'" N9 C8 N7 180.000 0.000 0
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A44 CONST_10 C2 N1 C6 N6 180.000 0.000 0
A44 CONST_11 N1 C6 N6 H6N1 -179.957 0.000 0
loop_
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_chem_comp_chir.id
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_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
A44 chir_01 "C4'" "C5'" "O4'" "C3'" negativ
A44 chir_02 "C3'" "C4'" "O3'" "C2'" negativ
A44 chir_03 "C2'" "C3'" "O2'" "C1'" negativ
A44 chir_04 "C1'" "O4'" "C2'" N9 positiv
loop_
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