1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 97 98 99 100 101 102 103 104 105 106 107 108 109 110 111 112 113 114 115 116 117 118 119 120 121 122 123 124 125 126 127 128 129 130 131 132 133 134 135 136 137 138 139 140 141 142 143 144 145 146 147 148 149 150 151 152 153 154 155 156 157 158 159 160 161 162 163 164 165 166 167 168 169 170 171 172 173 174 175 176 177 178 179 180 181 182 183 184 185 186 187 188 189 190 191 192 193 194 195 196 197 198 199 200 201 202 203 204 205 206 207 208 209 210 211 212 213 214 215 216 217 218 219 220 221 222 223 224 225 226 227 228 229 230 231 232 233 234 235 236 237 238 239 240 241 242 243 244 245 246 247 248 249 250 251 252 253 254 255 256 257 258 259 260 261 262 263 264 265 266 267 268 269 270 271 272 273 274 275 276 277 278 279 280 281 282 283 284 285 286 287 288 289 290 291 292 293 294 295 296 297 298 299 300 301 302 303 304 305 306 307 308 309 310 311 312 313 314 315 316 317 318 319 320 321 322 323 324 325 326 327 328 329 330 331 332 333 334 335 336 337 338 339 340 341 342 343 344 345 346 347 348 349 350 351 352 353 354 355 356 357 358 359 360 361 362 363 364 365 366 367 368 369 370 371 372 373 374 375 376 377 378 379 380 381 382 383 384 385 386 387 388 389 390 391 392 393 394 395 396 397 398 399 400 401 402 403 404 405 406 407 408 409 410 411 412 413 414 415 416 417 418 419 420 421 422 423 424 425 426 427 428 429 430 431 432 433 434 435 436 437 438 439 440 441 442 443 444 445 446 447 448 449 450 451 452 453 454 455 456 457 458 459 460 461 462 463 464 465 466 467 468 469 470 471 472 473 474 475 476 477 478 479 480 481 482 483
|
global_
_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
A53 A53 '5-{5-[(S)-2-AMINO-3-(1H-INDOL-3-YL)-' non-polymer 61 36 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_A53
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
A53 O12 O O 0.000 0.000 0.000 0.000
A53 C8 C CR5 0.000 -1.203 0.155 -0.116
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A53 HN9 H H 0.000 -1.417 2.221 0.268
A53 C10 C CR56 0.000 -3.231 1.147 -0.168
A53 C13 C CR16 0.000 -4.290 2.048 -0.119
A53 H13 H H 0.000 -4.102 3.089 0.111
A53 C14 C CR16 0.000 -5.577 1.621 -0.363
A53 H14 H H 0.000 -6.395 2.330 -0.323
A53 C15 C CR6 0.000 -5.836 0.282 -0.660
A53 C16 C CR16 0.000 -4.788 -0.632 -0.706
A53 H16 H H 0.000 -4.983 -1.674 -0.928
A53 C11 C CR56 0.000 -3.489 -0.200 -0.467
A53 C7 C CR5 0.000 -2.180 -0.890 -0.444
A53 C6 C C1 0.000 -1.932 -2.229 -0.679
A53 H6 H H 0.000 -2.745 -2.895 -0.914
A53 C1 C CR5 0.000 -0.613 -2.724 -0.611
A53 N5 N NR15 0.000 0.047 -3.133 0.527
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A53 C4 C CR15 0.000 1.294 -3.541 0.181
A53 H4 H H 0.000 2.045 -3.917 0.865
A53 C3 C CR15 0.000 1.447 -3.401 -1.160
A53 H3 H H 0.000 2.338 -3.641 -1.727
A53 C2 C CR15 0.000 0.255 -2.894 -1.679
A53 H2 H H 0.000 0.048 -2.675 -2.719
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A53 C22 C CR16 0.000 -8.288 0.338 -0.166
A53 H22 H H 0.000 -8.116 1.065 0.618
A53 C21 C CR6 0.000 -9.569 -0.118 -0.446
A53 C20 C CR16 0.000 -9.750 -1.043 -1.465
A53 H20 H H 0.000 -10.747 -1.399 -1.691
A53 N19 N NRD6 0.000 -8.726 -1.495 -2.161
A53 C18 C CR16 0.000 -7.493 -1.094 -1.926
A53 H18 H H 0.000 -6.679 -1.489 -2.520
A53 O23 O O2 0.000 -10.634 0.339 0.265
A53 C24 C CH2 0.000 -11.792 -0.308 -0.264
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A53 H242 H H 0.000 -11.896 -0.060 -1.322
A53 C25 C CH1 0.000 -13.033 0.166 0.497
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A53 N27 N NH2 0.000 -13.241 1.599 0.249
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A53 H271 H H 0.000 -13.391 1.939 -0.694
A53 C26 C CH2 0.000 -14.256 -0.618 0.017
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A53 H262 H H 0.000 -14.450 -0.382 -1.031
A53 C28 C CR5 0.000 -15.453 -0.239 0.849
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A53 H35 H H 0.000 -17.407 3.668 -0.983
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A53 H34 H H 0.000 -19.103 3.579 0.800
A53 C33 C CR16 0.000 -18.300 1.822 1.703
A53 H33 H H 0.000 -19.049 1.792 2.484
A53 C31 C CR56 0.000 -17.307 0.849 1.651
A53 N30 N NR15 0.000 -17.016 -0.249 2.428
A53 H30 H H 0.000 -17.556 -0.551 3.263
A53 C29 C CR15 0.000 -15.908 -0.886 1.934
A53 H29 H H 0.000 -15.465 -1.779 2.357
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
A53 O12 n/a C8 START
A53 C8 O12 N9 .
A53 N9 C8 C10 .
A53 HN9 N9 . .
A53 C10 N9 C13 .
A53 C13 C10 C14 .
A53 H13 C13 . .
A53 C14 C13 C15 .
A53 H14 C14 . .
A53 C15 C14 C17 .
A53 C16 C15 C11 .
A53 H16 C16 . .
A53 C11 C16 C7 .
A53 C7 C11 C6 .
A53 C6 C7 C1 .
A53 H6 C6 . .
A53 C1 C6 N5 .
A53 N5 C1 C4 .
A53 HN5 N5 . .
A53 C4 N5 C3 .
A53 H4 C4 . .
A53 C3 C4 C2 .
A53 H3 C3 . .
A53 C2 C3 H2 .
A53 H2 C2 . .
A53 C17 C15 C22 .
A53 C22 C17 C21 .
A53 H22 C22 . .
A53 C21 C22 O23 .
A53 C20 C21 N19 .
A53 H20 C20 . .
A53 N19 C20 C18 .
A53 C18 N19 H18 .
A53 H18 C18 . .
A53 O23 C21 C24 .
A53 C24 O23 C25 .
A53 H241 C24 . .
A53 H242 C24 . .
A53 C25 C24 C26 .
A53 H25 C25 . .
A53 N27 C25 H271 .
A53 H272 N27 . .
A53 H271 N27 . .
A53 C26 C25 C28 .
A53 H261 C26 . .
A53 H262 C26 . .
A53 C28 C26 C32 .
A53 C32 C28 C36 .
A53 C36 C32 C35 .
A53 H36 C36 . .
A53 C35 C36 C34 .
A53 H35 C35 . .
A53 C34 C35 C33 .
A53 H34 C34 . .
A53 C33 C34 C31 .
A53 H33 C33 . .
A53 C31 C33 N30 .
A53 N30 C31 C29 .
A53 H30 N30 . .
A53 C29 N30 H29 .
A53 H29 C29 . END
A53 C1 C2 . ADD
A53 C7 C8 . ADD
A53 C10 C11 . ADD
A53 C17 C18 . ADD
A53 C28 C29 . ADD
A53 C31 C32 . ADD
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
A53 C1 C2 double 1.387 0.020
A53 N5 C1 single 1.340 0.020
A53 C1 C6 single 1.483 0.020
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A53 H2 C2 single 1.083 0.020
A53 C3 C4 double 1.380 0.020
A53 H3 C3 single 1.083 0.020
A53 C4 N5 single 1.350 0.020
A53 H4 C4 single 1.083 0.020
A53 HN5 N5 single 1.040 0.020
A53 C6 C7 double 1.483 0.020
A53 H6 C6 single 1.077 0.020
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A53 HN9 N9 single 1.040 0.020
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A53 H14 C14 single 1.083 0.020
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loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
A53 O12 C8 N9 108.000 3.000
A53 O12 C8 C7 108.000 3.000
A53 N9 C8 C7 108.000 3.000
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A53 HN9 N9 C10 126.000 3.000
A53 N9 C10 C13 132.000 3.000
A53 N9 C10 C11 108.000 3.000
A53 C13 C10 C11 120.000 3.000
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A53 C3 C2 C1 108.000 3.000
A53 H2 C2 C1 126.000 3.000
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A53 C15 C17 C18 120.000 3.000
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A53 C17 C22 C21 120.000 3.000
A53 H22 C22 C21 120.000 3.000
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loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
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_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
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loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
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_chem_comp_chir.volume_sign
A53 chir_01 C25 C24 C26 N27 positiv
loop_
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_chem_comp_plane_atom.dist_esd
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