1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169
170
171
172
173
174
175
176
177
178
179
180
181
182
183
184
185
186
187
188
189
190
191
192
193
194
195
196
197
198
199
200
201
202
203
204
205
206
207
208
209
210
211
212
213
214
215
216
217
218
219
220
221
222
223
224
225
226
227
228
229
230
231
232
233
234
235
236
237
238
239
240
241
242
243
244
245
246
247
248
249
250
251
252
253
254
255
256
257
258
259
260
261
262
263
264
265
266
267
268
269
270
271
272
273
274
275
276
277
278
279
280
281
282
283
284
285
286
287
288
289
290
291
|
global_
_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
A5L A5L '9-(2-deoxy-2-fluoro-5-O-phosphono-be' DNA 34 23 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_A5L
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
A5L OP3 O OP -0.666 0.000 0.000 0.000
A5L P P P 0.000 -1.033 0.538 0.966
A5L OP1 O OP -0.666 -0.555 1.857 1.532
A5L OP2 O OP -0.666 -1.231 -0.452 2.094
A5L "O5'" O O2 0.000 -2.428 0.759 0.194
A5L "C5'" C CH2 0.000 -3.628 1.159 0.857
A5L "H5'" H H 0.000 -3.472 2.126 1.340
A5L "H5'A" H H 0.000 -3.893 0.415 1.611
A5L "C4'" C CH1 0.000 -4.761 1.276 -0.166
A5L "H4'" H H 0.000 -4.457 1.914 -1.008
A5L "O4'" O O2 0.000 -5.159 -0.032 -0.636
A5L "C1'" C CH1 0.000 -6.493 0.100 -1.156
A5L "H1'" H H 0.000 -6.454 0.296 -2.236
A5L N9 N NR5 0.000 -7.251 -1.127 -0.899
A5L C4 C CR56 0.000 -8.351 -1.562 -1.595
A5L N3 N NRD6 0.000 -9.051 -1.103 -2.627
A5L C2 C CR16 0.000 -10.090 -1.770 -3.083
A5L H2 H H 0.000 -10.639 -1.368 -3.926
A5L C8 C CR15 0.000 -6.995 -2.044 0.075
A5L H8 H H 0.000 -6.186 -1.979 0.792
A5L N7 N NRD5 0.000 -7.866 -3.010 0.017
A5L C5 C CR56 0.000 -8.735 -2.773 -0.995
A5L C6 C CR6 0.000 -9.850 -3.448 -1.517
A5L N1 N NRD6 0.000 -10.489 -2.911 -2.552
A5L N6 N NH2 0.000 -10.275 -4.645 -0.968
A5L HN6A H H 0.000 -9.784 -5.053 -0.178
A5L HN6 H H 0.000 -11.082 -5.130 -1.348
A5L "C3'" C CH1 0.000 -6.045 1.830 0.502
A5L "H3'" H H 0.000 -6.160 1.433 1.520
A5L "C2'" C CH1 0.000 -7.156 1.287 -0.432
A5L "H2'" H H 0.000 -7.462 2.057 -1.154
A5L F F F 0.000 -8.255 0.853 0.318
A5L "O3'" O OH1 0.000 -6.039 3.259 0.510
A5L "HO3'" H H 0.000 -6.859 3.653 0.836
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
A5L OP3 n/a P START
A5L P OP3 "O5'" .
A5L OP1 P . .
A5L OP2 P . .
A5L "O5'" P "C5'" .
A5L "C5'" "O5'" "C4'" .
A5L "H5'" "C5'" . .
A5L "H5'A" "C5'" . .
A5L "C4'" "C5'" "C3'" .
A5L "H4'" "C4'" . .
A5L "O4'" "C4'" "C1'" .
A5L "C1'" "O4'" N9 .
A5L "H1'" "C1'" . .
A5L N9 "C1'" C8 .
A5L C4 N9 N3 .
A5L N3 C4 C2 .
A5L C2 N3 H2 .
A5L H2 C2 . .
A5L C8 N9 N7 .
A5L H8 C8 . .
A5L N7 C8 C5 .
A5L C5 N7 C6 .
A5L C6 C5 N6 .
A5L N1 C6 . .
A5L N6 C6 HN6 .
A5L HN6A N6 . .
A5L HN6 N6 . .
A5L "C3'" "C4'" "O3'" .
A5L "H3'" "C3'" . .
A5L "C2'" "C3'" F .
A5L "H2'" "C2'" . .
A5L F "C2'" . .
A5L "O3'" "C3'" . END
A5L "HO3'" "O3'" . .
A5L N1 C2 . ADD
A5L C4 C5 . ADD
A5L "C1'" "C2'" . ADD
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
A5L F "C2'" single 1.370 0.020
A5L OP2 P deloc 1.510 0.020
A5L OP1 P deloc 1.510 0.020
A5L P OP3 deloc 1.510 0.020
A5L "O5'" P single 1.610 0.020
A5L N1 C2 double 1.337 0.020
A5L N1 C6 single 1.350 0.020
A5L C2 N3 single 1.337 0.020
A5L H2 C2 single 1.083 0.020
A5L N3 C4 double 1.355 0.020
A5L C4 N9 single 1.337 0.020
A5L C4 C5 single 1.490 0.020
A5L C5 N7 single 1.350 0.020
A5L C6 C5 double 1.490 0.020
A5L N6 C6 single 1.355 0.020
A5L HN6 N6 single 1.010 0.020
A5L HN6A N6 single 1.010 0.020
A5L N7 C8 double 1.350 0.020
A5L H8 C8 single 1.083 0.020
A5L C8 N9 single 1.337 0.020
A5L N9 "C1'" single 1.485 0.020
A5L "C1'" "C2'" single 1.524 0.020
A5L "C1'" "O4'" single 1.426 0.020
A5L "H1'" "C1'" single 1.099 0.020
A5L "C2'" "C3'" single 1.524 0.020
A5L "H2'" "C2'" single 1.099 0.020
A5L "H3'" "C3'" single 1.099 0.020
A5L "O3'" "C3'" single 1.432 0.020
A5L "C3'" "C4'" single 1.524 0.020
A5L "HO3'" "O3'" single 0.967 0.020
A5L "C4'" "C5'" single 1.524 0.020
A5L "H4'" "C4'" single 1.099 0.020
A5L "O4'" "C4'" single 1.426 0.020
A5L "H5'" "C5'" single 1.092 0.020
A5L "C5'" "O5'" single 1.426 0.020
A5L "H5'A" "C5'" single 1.092 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
A5L OP3 P OP1 119.900 3.000
A5L OP3 P OP2 119.900 3.000
A5L OP3 P "O5'" 108.200 3.000
A5L OP1 P OP2 119.900 3.000
A5L OP1 P "O5'" 108.200 3.000
A5L OP2 P "O5'" 108.200 3.000
A5L P "O5'" "C5'" 120.500 3.000
A5L "O5'" "C5'" "H5'" 109.470 3.000
A5L "O5'" "C5'" "H5'A" 109.470 3.000
A5L "O5'" "C5'" "C4'" 109.470 3.000
A5L "H5'" "C5'" "H5'A" 107.900 3.000
A5L "H5'" "C5'" "C4'" 109.470 3.000
A5L "H5'A" "C5'" "C4'" 109.470 3.000
A5L "C5'" "C4'" "H4'" 108.340 3.000
A5L "C5'" "C4'" "O4'" 109.470 3.000
A5L "C5'" "C4'" "C3'" 111.000 3.000
A5L "H4'" "C4'" "O4'" 109.470 3.000
A5L "H4'" "C4'" "C3'" 108.340 3.000
A5L "O4'" "C4'" "C3'" 109.470 3.000
A5L "C4'" "O4'" "C1'" 111.800 3.000
A5L "O4'" "C1'" "H1'" 109.470 3.000
A5L "O4'" "C1'" N9 109.470 3.000
A5L "O4'" "C1'" "C2'" 109.470 3.000
A5L "H1'" "C1'" N9 109.470 3.000
A5L "H1'" "C1'" "C2'" 108.340 3.000
A5L N9 "C1'" "C2'" 109.470 3.000
A5L "C1'" N9 C4 126.000 3.000
A5L "C1'" N9 C8 126.000 3.000
A5L C4 N9 C8 108.000 3.000
A5L N9 C4 N3 132.000 3.000
A5L N9 C4 C5 108.000 3.000
A5L N3 C4 C5 120.000 3.000
A5L C4 N3 C2 120.000 3.000
A5L N3 C2 H2 120.000 3.000
A5L N3 C2 N1 120.000 3.000
A5L H2 C2 N1 120.000 3.000
A5L N9 C8 H8 126.000 3.000
A5L N9 C8 N7 108.000 3.000
A5L H8 C8 N7 126.000 3.000
A5L C8 N7 C5 108.000 3.000
A5L N7 C5 C6 132.000 3.000
A5L N7 C5 C4 108.000 3.000
A5L C6 C5 C4 120.000 3.000
A5L C5 C6 N1 120.000 3.000
A5L C5 C6 N6 120.000 3.000
A5L N1 C6 N6 120.000 3.000
A5L C6 N1 C2 120.000 3.000
A5L C6 N6 HN6A 120.000 3.000
A5L C6 N6 HN6 120.000 3.000
A5L HN6A N6 HN6 120.000 3.000
A5L "C4'" "C3'" "H3'" 108.340 3.000
A5L "C4'" "C3'" "C2'" 111.000 3.000
A5L "C4'" "C3'" "O3'" 109.470 3.000
A5L "H3'" "C3'" "C2'" 108.340 3.000
A5L "H3'" "C3'" "O3'" 109.470 3.000
A5L "C2'" "C3'" "O3'" 109.470 3.000
A5L "C3'" "C2'" "H2'" 108.340 3.000
A5L "C3'" "C2'" F 109.500 3.000
A5L "C3'" "C2'" "C1'" 111.000 3.000
A5L "H2'" "C2'" F 109.500 3.000
A5L "H2'" "C2'" "C1'" 108.340 3.000
A5L F "C2'" "C1'" 109.500 3.000
A5L "C3'" "O3'" "HO3'" 109.470 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
A5L var_1 OP3 P "O5'" "C5'" 174.978 20.000 1
A5L var_2 P "O5'" "C5'" "C4'" 179.995 20.000 1
A5L var_3 "O5'" "C5'" "C4'" "C3'" -174.989 20.000 3
A5L var_4 "C5'" "C4'" "O4'" "C1'" 150.000 20.000 1
A5L var_5 "C4'" "O4'" "C1'" N9 -150.000 20.000 1
A5L var_6 "O4'" "C1'" "C2'" "C3'" 0.000 20.000 3
A5L var_7 "O4'" "C1'" N9 C8 23.364 20.000 1
A5L CONST_1 "C1'" N9 C4 N3 0.000 0.000 0
A5L CONST_2 N9 C4 C5 N7 0.000 0.000 0
A5L CONST_3 N9 C4 N3 C2 180.000 0.000 0
A5L CONST_4 C4 N3 C2 N1 0.000 0.000 0
A5L CONST_5 "C1'" N9 C8 N7 180.000 0.000 0
A5L CONST_6 N9 C8 N7 C5 0.000 0.000 0
A5L CONST_7 C8 N7 C5 C6 180.000 0.000 0
A5L CONST_8 N7 C5 C6 N6 0.000 0.000 0
A5L CONST_9 C5 C6 N1 C2 0.000 0.000 0
A5L CONST_10 C6 N1 C2 N3 0.000 0.000 0
A5L CONST_11 C5 C6 N6 HN6 179.955 0.000 0
A5L var_8 "C5'" "C4'" "C3'" "O3'" 90.000 20.000 3
A5L var_9 "C4'" "C3'" "C2'" F 150.000 20.000 3
loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
A5L chir_01 "C1'" N9 "C2'" "O4'" negativ
A5L chir_02 "C2'" "C1'" "C3'" F positiv
A5L chir_03 "C3'" "C2'" "O3'" "C4'" positiv
A5L chir_04 "C4'" "C3'" "O4'" "C5'" positiv
loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
A5L plan-1 N1 0.020
A5L plan-1 C2 0.020
A5L plan-1 C6 0.020
A5L plan-1 N3 0.020
A5L plan-1 H2 0.020
A5L plan-1 C4 0.020
A5L plan-1 C5 0.020
A5L plan-1 N9 0.020
A5L plan-1 N7 0.020
A5L plan-1 C8 0.020
A5L plan-1 N6 0.020
A5L plan-1 H8 0.020
A5L plan-1 "C1'" 0.020
A5L plan-1 HN6A 0.020
A5L plan-1 HN6 0.020
A5L plan-2 N6 0.020
A5L plan-2 C6 0.020
A5L plan-2 HN6 0.020
A5L plan-2 HN6A 0.020
# ------------------------------------------------------
|
