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global_
_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
A5M A5M '2'-AMINE-CYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE ' RNA 34 21 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_A5M
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
A5M OP3 O OP -0.666 0.000 0.000 0.000
A5M P P P 0.000 -0.072 1.481 0.302
A5M OP1 O OP -0.666 0.949 1.979 1.302
A5M OP2 O OP -0.666 -0.002 2.120 -1.067
A5M "O5'" O O2 0.000 -1.616 1.685 0.743
A5M "C5'" C CH2 0.000 -2.634 1.246 -0.137
A5M "H5'" H H 0.000 -2.540 0.171 -0.306
A5M "H5''" H H 0.000 -2.552 1.771 -1.091
A5M "C4'" C CH1 0.000 -3.988 1.545 0.494
A5M "H4'" H H 0.000 -4.057 1.056 1.476
A5M "C3'" C CH1 0.000 -5.166 1.122 -0.376
A5M "H3'" H H 0.000 -4.923 0.231 -0.971
A5M "C2'" C CH1 0.000 -5.369 2.341 -1.261
A5M "H2'" H H 0.000 -4.625 2.324 -2.071
A5M "N2'" N NH2 0.000 -6.698 2.439 -1.840
A5M "H'2N" H H 0.000 -7.299 1.628 -1.868
A5M "H'1N" H H 0.000 -7.023 3.320 -2.215
A5M "C1'" C CH1 0.000 -5.043 3.487 -0.311
A5M "H1'" H H 0.000 -5.960 3.803 0.206
A5M "O4'" O O2 0.000 -4.104 2.974 0.651
A5M N1 N NR6 0.000 -4.459 4.616 -0.978
A5M C2 C CR6 0.000 -5.237 5.718 -1.413
A5M N3 N NRD6 0.000 -4.606 6.774 -2.050
A5M C4 C CR6 0.000 -3.314 6.763 -2.253
A5M N4 N NH2 0.000 -2.706 7.821 -2.888
A5M H42 H H 0.000 -1.696 7.865 -2.958
A5M H41 H H 0.000 -3.264 8.566 -3.291
A5M C5 C CR16 0.000 -2.464 5.627 -1.813
A5M H5 H H 0.000 -1.394 5.615 -1.980
A5M C6 C CR16 0.000 -3.090 4.623 -1.201
A5M H6 H H 0.000 -2.505 3.776 -0.865
A5M O2 O O 0.000 -6.455 5.745 -1.230
A5M "O3'" O OH1 0.000 -6.299 0.893 0.463
A5M "HO3'" H H 0.000 -6.970 0.470 -0.093
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
A5M OP3 n/a P START
A5M P OP3 "O5'" .
A5M OP1 P . .
A5M OP2 P . .
A5M "O5'" P "C5'" .
A5M "C5'" "O5'" "C4'" .
A5M "H5'" "C5'" . .
A5M "H5''" "C5'" . .
A5M "C4'" "C5'" "C3'" .
A5M "H4'" "C4'" . .
A5M "C3'" "C4'" "O3'" .
A5M "H3'" "C3'" . .
A5M "C2'" "C3'" "C1'" .
A5M "H2'" "C2'" . .
A5M "N2'" "C2'" "H'1N" .
A5M "H'2N" "N2'" . .
A5M "H'1N" "N2'" . .
A5M "C1'" "C2'" N1 .
A5M "H1'" "C1'" . .
A5M "O4'" "C1'" . .
A5M N1 "C1'" C2 .
A5M C2 N1 O2 .
A5M N3 C2 C4 .
A5M C4 N3 C5 .
A5M N4 C4 H41 .
A5M H42 N4 . .
A5M H41 N4 . .
A5M C5 C4 C6 .
A5M H5 C5 . .
A5M C6 C5 H6 .
A5M H6 C6 . .
A5M O2 C2 . .
A5M "O3'" "C3'" . END
A5M "HO3'" "O3'" . .
A5M "C4'" "O4'" . ADD
A5M N1 C6 . ADD
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
A5M OP1 P deloc 1.510 0.020
A5M OP2 P deloc 1.510 0.020
A5M "O5'" P single 1.610 0.020
A5M P OP3 deloc 1.510 0.020
A5M "C5'" "O5'" single 1.426 0.020
A5M "C4'" "C5'" single 1.524 0.020
A5M "H5'" "C5'" single 1.092 0.020
A5M "H5''" "C5'" single 1.092 0.020
A5M "C4'" "O4'" single 1.426 0.020
A5M "C3'" "C4'" single 1.524 0.020
A5M "H4'" "C4'" single 1.099 0.020
A5M "O4'" "C1'" single 1.426 0.020
A5M N1 "C1'" single 1.465 0.020
A5M "C1'" "C2'" single 1.524 0.020
A5M "H1'" "C1'" single 1.099 0.020
A5M N1 C6 single 1.337 0.020
A5M C2 N1 single 1.410 0.020
A5M C6 C5 double 1.390 0.020
A5M H6 C6 single 1.083 0.020
A5M O2 C2 double 1.250 0.020
A5M N3 C2 single 1.350 0.020
A5M C4 N3 double 1.350 0.020
A5M N4 C4 single 1.355 0.020
A5M C5 C4 single 1.390 0.020
A5M H41 N4 single 1.010 0.020
A5M H42 N4 single 1.010 0.020
A5M H5 C5 single 1.083 0.020
A5M "N2'" "C2'" single 1.450 0.020
A5M "C2'" "C3'" single 1.524 0.020
A5M "H2'" "C2'" single 1.099 0.020
A5M "H'1N" "N2'" single 1.010 0.020
A5M "H'2N" "N2'" single 1.010 0.020
A5M "O3'" "C3'" single 1.432 0.020
A5M "H3'" "C3'" single 1.099 0.020
A5M "HO3'" "O3'" single 0.967 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
A5M OP3 P OP1 119.900 3.000
A5M OP3 P OP2 119.900 3.000
A5M OP3 P "O5'" 108.200 3.000
A5M OP1 P OP2 119.900 3.000
A5M OP1 P "O5'" 108.200 3.000
A5M OP2 P "O5'" 108.200 3.000
A5M P "O5'" "C5'" 120.500 3.000
A5M "O5'" "C5'" "H5'" 109.470 3.000
A5M "O5'" "C5'" "H5''" 109.470 3.000
A5M "O5'" "C5'" "C4'" 109.470 3.000
A5M "H5'" "C5'" "H5''" 107.900 3.000
A5M "H5'" "C5'" "C4'" 109.470 3.000
A5M "H5''" "C5'" "C4'" 109.470 3.000
A5M "C5'" "C4'" "H4'" 108.340 3.000
A5M "C5'" "C4'" "C3'" 111.000 3.000
A5M "C5'" "C4'" "O4'" 109.470 3.000
A5M "H4'" "C4'" "C3'" 108.340 3.000
A5M "H4'" "C4'" "O4'" 109.470 3.000
A5M "C3'" "C4'" "O4'" 109.470 3.000
A5M "C4'" "C3'" "H3'" 108.340 3.000
A5M "C4'" "C3'" "C2'" 111.000 3.000
A5M "C4'" "C3'" "O3'" 109.470 3.000
A5M "H3'" "C3'" "C2'" 108.340 3.000
A5M "H3'" "C3'" "O3'" 109.470 3.000
A5M "C2'" "C3'" "O3'" 109.470 3.000
A5M "C3'" "C2'" "H2'" 108.340 3.000
A5M "C3'" "C2'" "N2'" 109.470 3.000
A5M "C3'" "C2'" "C1'" 111.000 3.000
A5M "H2'" "C2'" "N2'" 109.470 3.000
A5M "H2'" "C2'" "C1'" 108.340 3.000
A5M "N2'" "C2'" "C1'" 109.470 3.000
A5M "C2'" "N2'" "H'2N" 120.000 3.000
A5M "C2'" "N2'" "H'1N" 120.000 3.000
A5M "H'2N" "N2'" "H'1N" 120.000 3.000
A5M "C2'" "C1'" "H1'" 108.340 3.000
A5M "C2'" "C1'" "O4'" 109.470 3.000
A5M "C2'" "C1'" N1 109.470 3.000
A5M "H1'" "C1'" "O4'" 109.470 3.000
A5M "H1'" "C1'" N1 109.470 3.000
A5M "O4'" "C1'" N1 109.470 3.000
A5M "C1'" "O4'" "C4'" 111.800 3.000
A5M "C1'" N1 C2 120.000 3.000
A5M "C1'" N1 C6 120.000 3.000
A5M C2 N1 C6 120.000 3.000
A5M N1 C2 N3 120.000 3.000
A5M N1 C2 O2 120.000 3.000
A5M N3 C2 O2 120.000 3.000
A5M C2 N3 C4 120.000 3.000
A5M N3 C4 N4 120.000 3.000
A5M N3 C4 C5 120.000 3.000
A5M N4 C4 C5 120.000 3.000
A5M C4 N4 H42 120.000 3.000
A5M C4 N4 H41 120.000 3.000
A5M H42 N4 H41 120.000 3.000
A5M C4 C5 H5 120.000 3.000
A5M C4 C5 C6 120.000 3.000
A5M H5 C5 C6 120.000 3.000
A5M C5 C6 H6 120.000 3.000
A5M C5 C6 N1 120.000 3.000
A5M H6 C6 N1 120.000 3.000
A5M "C3'" "O3'" "HO3'" 109.470 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
A5M var_1 OP3 P "O5'" "C5'" -54.241 20.000 1
A5M var_2 P "O5'" "C5'" "C4'" -179.995 20.000 1
A5M var_3 "O5'" "C5'" "C4'" "C3'" 179.537 20.000 3
A5M var_4 "C5'" "C4'" "O4'" "C1'" 120.000 20.000 1
A5M var_5 "C5'" "C4'" "C3'" "O3'" 150.000 20.000 3
A5M var_6 "C4'" "C3'" "C2'" "C1'" -30.000 20.000 3
A5M var_7 "C3'" "C2'" "N2'" "H'1N" 162.377 20.000 1
A5M var_8 "C3'" "C2'" "C1'" N1 150.000 20.000 3
A5M var_9 "C2'" "C1'" "O4'" "C4'" 0.000 20.000 1
A5M var_10 "C2'" "C1'" N1 C2 95.152 20.000 1
A5M CONST_1 "C1'" N1 C6 C5 180.000 0.000 0
A5M CONST_2 "C1'" N1 C2 O2 0.000 0.000 0
A5M CONST_3 N1 C2 N3 C4 0.000 0.000 0
A5M CONST_4 C2 N3 C4 C5 0.000 0.000 0
A5M CONST_5 N3 C4 N4 H41 -6.679 0.000 0
A5M CONST_6 N3 C4 C5 C6 0.000 0.000 0
A5M CONST_7 C4 C5 C6 N1 0.000 0.000 0
loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
A5M chir_01 "C4'" "C5'" "O4'" "C3'" negativ
A5M chir_02 "C1'" "O4'" N1 "C2'" negativ
A5M chir_03 "C2'" "C1'" "N2'" "C3'" positiv
A5M chir_04 "C3'" "C4'" "C2'" "O3'" positiv
loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
A5M plan-1 N1 0.020
A5M plan-1 "C1'" 0.020
A5M plan-1 C6 0.020
A5M plan-1 C2 0.020
A5M plan-1 N3 0.020
A5M plan-1 C4 0.020
A5M plan-1 C5 0.020
A5M plan-1 H6 0.020
A5M plan-1 O2 0.020
A5M plan-1 N4 0.020
A5M plan-1 H5 0.020
A5M plan-1 H42 0.020
A5M plan-1 H41 0.020
A5M plan-2 N4 0.020
A5M plan-2 C4 0.020
A5M plan-2 H41 0.020
A5M plan-2 H42 0.020
A5M plan-3 "N2'" 0.020
A5M plan-3 "C2'" 0.020
A5M plan-3 "H'1N" 0.020
A5M plan-3 "H'2N" 0.020
# ------------------------------------------------------
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