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201
|
global_
_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
A5P A5P 'ARABINOSE-5-PHOSPHATE ' non-polymer 25 14 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_A5P
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
A5P O3P O OP -0.666 0.000 0.000 0.000
A5P P P P 0.000 -0.947 -0.378 -1.118
A5P O1P O OP -0.666 -1.048 -1.885 -1.204
A5P O2P O OP -0.666 -0.422 0.166 -2.428
A5P O5 O O2 0.000 -2.402 0.241 -0.821
A5P C5 C CH2 0.000 -2.841 -0.308 0.422
A5P H51 H H 0.000 -2.135 -0.034 1.209
A5P H52 H H 0.000 -2.890 -1.396 0.341
A5P C4 C CH1 0.000 -4.225 0.243 0.763
A5P HC4 H H 0.000 -4.173 1.338 0.845
A5P O4 O OH1 0.000 -5.147 -0.114 -0.267
A5P HO4 H H 0.000 -5.193 -1.077 -0.338
A5P C3 C CH1 0.000 -4.695 -0.346 2.095
A5P HC3 H H 0.000 -4.747 -1.441 2.013
A5P O3 O OH1 0.000 -3.772 0.011 3.126
A5P HO3 H H 0.000 -3.726 0.974 3.197
A5P C2 C CH1 0.000 -6.080 0.206 2.437
A5P HC2 H H 0.000 -6.790 -0.069 1.644
A5P O2 O OH1 0.000 -6.013 1.629 2.543
A5P HO2 H H 0.000 -5.389 1.870 3.241
A5P C1 C CH2 0.000 -6.550 -0.383 3.767
A5P H11 H H 0.000 -5.843 -0.111 4.554
A5P H12 H H 0.000 -6.600 -1.471 3.685
A5P O1 O OH1 0.000 -7.843 0.132 4.087
A5P HO1 H H 0.000 -8.139 -0.241 4.929
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
A5P O3P n/a P START
A5P P O3P O5 .
A5P O1P P . .
A5P O2P P . .
A5P O5 P C5 .
A5P C5 O5 C4 .
A5P H51 C5 . .
A5P H52 C5 . .
A5P C4 C5 C3 .
A5P HC4 C4 . .
A5P O4 C4 HO4 .
A5P HO4 O4 . .
A5P C3 C4 C2 .
A5P HC3 C3 . .
A5P O3 C3 HO3 .
A5P HO3 O3 . .
A5P C2 C3 C1 .
A5P HC2 C2 . .
A5P O2 C2 HO2 .
A5P HO2 O2 . .
A5P C1 C2 O1 .
A5P H11 C1 . .
A5P H12 C1 . .
A5P O1 C1 HO1 .
A5P HO1 O1 . END
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
A5P O1 C1 single 1.432 0.020
A5P C1 C2 single 1.524 0.020
A5P H11 C1 single 1.092 0.020
A5P H12 C1 single 1.092 0.020
A5P HO1 O1 single 0.967 0.020
A5P O2 C2 single 1.432 0.020
A5P C2 C3 single 1.524 0.020
A5P HC2 C2 single 1.099 0.020
A5P HO2 O2 single 0.967 0.020
A5P O3 C3 single 1.432 0.020
A5P C3 C4 single 1.524 0.020
A5P HC3 C3 single 1.099 0.020
A5P HO3 O3 single 0.967 0.020
A5P O4 C4 single 1.432 0.020
A5P C4 C5 single 1.524 0.020
A5P HC4 C4 single 1.099 0.020
A5P HO4 O4 single 0.967 0.020
A5P C5 O5 single 1.426 0.020
A5P H51 C5 single 1.092 0.020
A5P H52 C5 single 1.092 0.020
A5P O5 P single 1.610 0.020
A5P O1P P deloc 1.510 0.020
A5P O2P P deloc 1.510 0.020
A5P P O3P deloc 1.510 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
A5P O3P P O1P 119.900 3.000
A5P O3P P O2P 119.900 3.000
A5P O3P P O5 108.200 3.000
A5P O1P P O2P 119.900 3.000
A5P O1P P O5 108.200 3.000
A5P O2P P O5 108.200 3.000
A5P P O5 C5 120.500 3.000
A5P O5 C5 H51 109.470 3.000
A5P O5 C5 H52 109.470 3.000
A5P O5 C5 C4 109.470 3.000
A5P H51 C5 H52 107.900 3.000
A5P H51 C5 C4 109.470 3.000
A5P H52 C5 C4 109.470 3.000
A5P C5 C4 HC4 108.340 3.000
A5P C5 C4 O4 109.470 3.000
A5P C5 C4 C3 111.000 3.000
A5P HC4 C4 O4 109.470 3.000
A5P HC4 C4 C3 108.340 3.000
A5P O4 C4 C3 109.470 3.000
A5P C4 O4 HO4 109.470 3.000
A5P C4 C3 HC3 108.340 3.000
A5P C4 C3 O3 109.470 3.000
A5P C4 C3 C2 111.000 3.000
A5P HC3 C3 O3 109.470 3.000
A5P HC3 C3 C2 108.340 3.000
A5P O3 C3 C2 109.470 3.000
A5P C3 O3 HO3 109.470 3.000
A5P C3 C2 HC2 108.340 3.000
A5P C3 C2 O2 109.470 3.000
A5P C3 C2 C1 111.000 3.000
A5P HC2 C2 O2 109.470 3.000
A5P HC2 C2 C1 108.340 3.000
A5P O2 C2 C1 109.470 3.000
A5P C2 O2 HO2 109.470 3.000
A5P C2 C1 H11 109.470 3.000
A5P C2 C1 H12 109.470 3.000
A5P C2 C1 O1 109.470 3.000
A5P H11 C1 H12 107.900 3.000
A5P H11 C1 O1 109.470 3.000
A5P H12 C1 O1 109.470 3.000
A5P C1 O1 HO1 109.470 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
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_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
A5P var_1 O3P P O5 C5 -59.973 20.000 1
A5P var_2 P O5 C5 C4 -179.962 20.000 1
A5P var_3 O5 C5 C4 C3 179.974 20.000 3
A5P var_4 C5 C4 O4 HO4 60.046 20.000 1
A5P var_5 C5 C4 C3 C2 179.967 20.000 3
A5P var_6 C4 C3 O3 HO3 60.021 20.000 1
A5P var_7 C4 C3 C2 C1 179.999 20.000 3
A5P var_8 C3 C2 O2 HO2 -60.048 20.000 1
A5P var_9 C3 C2 C1 O1 179.979 20.000 3
A5P var_10 C2 C1 O1 HO1 -179.994 20.000 1
loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
A5P chir_01 C2 C1 O2 C3 negativ
A5P chir_02 C3 C2 O3 C4 positiv
A5P chir_03 C4 C3 O4 C5 positiv
# ------------------------------------------------------
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