1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 97 98 99 100 101 102 103 104 105 106 107 108 109 110 111 112 113 114 115 116 117 118 119 120 121 122 123 124 125 126 127 128 129 130 131 132 133 134 135 136 137 138 139 140 141 142 143 144 145 146 147 148 149 150 151 152 153 154 155 156 157 158 159 160 161 162 163 164 165 166 167 168 169 170 171 172 173 174 175 176 177 178 179 180 181 182 183 184 185 186 187 188 189 190 191 192 193 194 195 196 197 198 199 200 201 202 203 204 205 206 207 208 209 210 211 212 213 214 215 216 217 218 219 220 221
|
global_
_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
A6P A6P '6-O-phosphono-alpha-D-allopyranose ' non-polymer 27 16 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_A6P
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
A6P O3P O OP -0.666 0.000 0.000 0.000
A6P P P P 0.000 -1.027 -0.964 -0.553
A6P O1P O OP -0.666 -0.788 -2.341 0.027
A6P O2P O OP -0.666 -0.903 -1.022 -2.060
A6P O6 O O2 0.000 -2.503 -0.461 -0.155
A6P C6 C CH2 0.000 -3.694 -1.102 -0.617
A6P H6C1 H H 0.000 -3.701 -2.141 -0.282
A6P H6C2 H H 0.000 -3.722 -1.073 -1.708
A6P C5 C CH1 0.000 -4.917 -0.374 -0.054
A6P H5 H H 0.000 -4.842 -0.326 1.042
A6P O5 O O2 0.000 -4.970 0.950 -0.586
A6P C1 C CH1 0.000 -6.065 1.730 -0.102
A6P H1 H H 0.000 -6.021 2.736 -0.542
A6P O1 O OH1 0.000 -5.987 1.829 1.321
A6P HA H H 0.000 -5.155 2.254 1.569
A6P C4 C CH1 0.000 -6.188 -1.131 -0.446
A6P H4 H H 0.000 -6.242 -1.216 -1.540
A6P O4 O OH1 0.000 -6.164 -2.438 0.134
A6P HD H H 0.000 -6.969 -2.914 -0.111
A6P C3 C CH1 0.000 -7.410 -0.366 0.070
A6P H3 H H 0.000 -8.328 -0.874 -0.256
A6P O3 O OH1 0.000 -7.372 -0.312 1.498
A6P HC H H 0.000 -8.140 0.178 1.822
A6P C2 C CH1 0.000 -7.382 1.058 -0.495
A6P H2 H H 0.000 -7.461 1.019 -1.591
A6P O2 O OH1 0.000 -8.478 1.804 0.036
A6P HB H H 0.000 -8.456 2.703 -0.319
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
A6P O3P n/a P START
A6P P O3P O6 .
A6P O1P P . .
A6P O2P P . .
A6P O6 P C6 .
A6P C6 O6 C5 .
A6P H6C1 C6 . .
A6P H6C2 C6 . .
A6P C5 C6 C4 .
A6P H5 C5 . .
A6P O5 C5 C1 .
A6P C1 O5 O1 .
A6P H1 C1 . .
A6P O1 C1 HA .
A6P HA O1 . .
A6P C4 C5 C3 .
A6P H4 C4 . .
A6P O4 C4 HD .
A6P HD O4 . .
A6P C3 C4 C2 .
A6P H3 C3 . .
A6P O3 C3 HC .
A6P HC O3 . .
A6P C2 C3 O2 .
A6P H2 C2 . .
A6P O2 C2 HB .
A6P HB O2 . END
A6P C1 C2 . ADD
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
A6P C1 C2 single 1.524 0.020
A6P O1 C1 single 1.432 0.020
A6P C1 O5 single 1.426 0.020
A6P C2 C3 single 1.524 0.020
A6P O2 C2 single 1.432 0.020
A6P C3 C4 single 1.524 0.020
A6P O3 C3 single 1.432 0.020
A6P C4 C5 single 1.524 0.020
A6P O4 C4 single 1.432 0.020
A6P C5 C6 single 1.524 0.020
A6P O5 C5 single 1.426 0.020
A6P C6 O6 single 1.426 0.020
A6P O6 P single 1.610 0.020
A6P O1P P deloc 1.510 0.020
A6P O2P P deloc 1.510 0.020
A6P P O3P deloc 1.510 0.020
A6P H1 C1 single 1.099 0.020
A6P H2 C2 single 1.099 0.020
A6P HA O1 single 0.967 0.020
A6P H3 C3 single 1.099 0.020
A6P HB O2 single 0.967 0.020
A6P H4 C4 single 1.099 0.020
A6P HC O3 single 0.967 0.020
A6P H5 C5 single 1.099 0.020
A6P HD O4 single 0.967 0.020
A6P H6C1 C6 single 1.092 0.020
A6P H6C2 C6 single 1.092 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
A6P O3P P O1P 119.900 3.000
A6P O3P P O2P 119.900 3.000
A6P O3P P O6 108.200 3.000
A6P O1P P O2P 119.900 3.000
A6P O1P P O6 108.200 3.000
A6P O2P P O6 108.200 3.000
A6P P O6 C6 120.500 3.000
A6P O6 C6 H6C1 109.470 3.000
A6P O6 C6 H6C2 109.470 3.000
A6P O6 C6 C5 109.470 3.000
A6P H6C1 C6 H6C2 107.900 3.000
A6P H6C1 C6 C5 109.470 3.000
A6P H6C2 C6 C5 109.470 3.000
A6P C6 C5 H5 108.340 3.000
A6P C6 C5 O5 109.470 3.000
A6P C6 C5 C4 111.000 3.000
A6P H5 C5 O5 109.470 3.000
A6P H5 C5 C4 108.340 3.000
A6P O5 C5 C4 109.470 3.000
A6P C5 O5 C1 111.800 3.000
A6P O5 C1 H1 109.470 3.000
A6P O5 C1 O1 109.470 3.000
A6P O5 C1 C2 109.470 3.000
A6P H1 C1 O1 109.470 3.000
A6P H1 C1 C2 108.340 3.000
A6P O1 C1 C2 109.470 3.000
A6P C1 O1 HA 109.470 3.000
A6P C5 C4 H4 108.340 3.000
A6P C5 C4 O4 109.470 3.000
A6P C5 C4 C3 111.000 3.000
A6P H4 C4 O4 109.470 3.000
A6P H4 C4 C3 108.340 3.000
A6P O4 C4 C3 109.470 3.000
A6P C4 O4 HD 109.470 3.000
A6P C4 C3 H3 108.340 3.000
A6P C4 C3 O3 109.470 3.000
A6P C4 C3 C2 111.000 3.000
A6P H3 C3 O3 109.470 3.000
A6P H3 C3 C2 108.340 3.000
A6P O3 C3 C2 109.470 3.000
A6P C3 O3 HC 109.470 3.000
A6P C3 C2 H2 108.340 3.000
A6P C3 C2 O2 109.470 3.000
A6P C3 C2 C1 111.000 3.000
A6P H2 C2 O2 109.470 3.000
A6P H2 C2 C1 108.340 3.000
A6P O2 C2 C1 109.470 3.000
A6P C2 O2 HB 109.470 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
A6P var_1 O3P P O6 C6 175.046 20.000 1
A6P var_2 P O6 C6 C5 179.997 20.000 1
A6P var_3 O6 C6 C5 C4 -175.025 20.000 3
A6P var_4 C6 C5 O5 C1 180.000 20.000 1
A6P var_5 C5 O5 C1 O1 60.000 20.000 1
A6P var_6 O5 C1 C2 C3 60.000 20.000 3
A6P var_7 O5 C1 O1 HA 60.014 20.000 1
A6P var_8 C6 C5 C4 C3 180.000 20.000 3
A6P var_9 C5 C4 O4 HD 179.690 20.000 1
A6P var_10 C5 C4 C3 C2 60.000 20.000 3
A6P var_11 C4 C3 O3 HC 179.520 20.000 1
A6P var_12 C4 C3 C2 O2 180.000 20.000 3
A6P var_13 C3 C2 O2 HB 179.716 20.000 1
loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
A6P chir_01 C1 C2 O1 O5 negativ
A6P chir_02 C2 C1 C3 O2 negativ
A6P chir_03 C3 C2 C4 O3 negativ
A6P chir_04 C4 C3 C5 O4 negativ
A6P chir_05 C5 C4 C6 O5 negativ
# ------------------------------------------------------
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