1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169
170
171
172
173
174
175
176
177
178
179
180
181
182
183
184
185
186
187
188
189
190
191
192
193
194
195
196
197
198
199
200
201
202
203
204
205
206
207
208
209
210
211
212
213
214
215
216
217
218
219
220
221
222
223
224
225
226
227
228
229
230
231
232
233
234
235
236
237
238
239
|
global_
_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
AAS AAS '3-ACTOXYMERCURI-4-AMINOBENZENESULFON' non-polymer 26 16 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_AAS
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
AAS O4 O O -0.500 0.000 0.000 0.000
AAS C7 C C 0.000 -0.224 -1.231 -0.028
AAS C8 C CH3 0.000 0.924 -2.206 -0.047
AAS H83 H H 0.000 1.520 -2.036 -0.907
AAS H82 H H 0.000 1.516 -2.075 0.822
AAS H81 H H 0.000 0.548 -3.196 -0.070
AAS O3 O O2 -0.500 -1.402 -1.651 -0.041
AAS HG HG HG 0.000 -2.906 -0.343 -0.014
AAS C3 C CR6 0.000 -4.434 1.097 0.014
AAS C2 C CR16 0.000 -5.764 0.729 0.012
AAS H2 H H 0.000 -6.035 -0.319 -0.005
AAS C4 C CR6 0.000 -4.087 2.443 0.035
AAS N2 N NH2 0.000 -2.742 2.819 0.036
AAS HN22 H H 0.000 -2.477 3.802 0.051
AAS HN21 H H 0.000 -2.005 2.117 0.023
AAS C5 C CR16 0.000 -5.082 3.413 0.055
AAS H5 H H 0.000 -4.816 4.462 0.071
AAS C6 C CR16 0.000 -6.411 3.036 0.054
AAS H6 H H 0.000 -7.187 3.792 0.070
AAS C1 C CR6 0.000 -6.752 1.696 0.032
AAS S1 S ST 0.000 -8.449 1.222 0.024
AAS O1 O OS 0.000 -9.172 2.327 -0.499
AAS O2 O OS 0.000 -8.498 -0.079 -0.546
AAS N1 N NH2 0.000 -8.920 1.058 1.603
AAS HN12 H H 0.000 -9.873 0.787 1.839
AAS HN11 H H 0.000 -8.264 1.226 2.364
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
AAS O4 n/a C7 START
AAS C7 O4 O3 .
AAS C8 C7 H81 .
AAS H83 C8 . .
AAS H82 C8 . .
AAS H81 C8 . .
AAS O3 C7 HG .
AAS HG O3 C3 .
AAS C3 HG C4 .
AAS C2 C3 H2 .
AAS H2 C2 . .
AAS C4 C3 C5 .
AAS N2 C4 HN21 .
AAS HN22 N2 . .
AAS HN21 N2 . .
AAS C5 C4 C6 .
AAS H5 C5 . .
AAS C6 C5 C1 .
AAS H6 C6 . .
AAS C1 C6 S1 .
AAS S1 C1 N1 .
AAS O1 S1 . .
AAS O2 S1 . .
AAS N1 S1 HN11 .
AAS HN12 N1 . .
AAS HN11 N1 . END
AAS C1 C2 . ADD
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
AAS C1 C2 double 1.390 0.020
AAS C1 C6 single 1.390 0.020
AAS S1 C1 single 1.595 0.020
AAS C2 C3 single 1.390 0.020
AAS H2 C2 single 1.083 0.020
AAS C4 C3 double 1.487 0.020
AAS C3 HG single 2.295 0.020
AAS C5 C4 single 1.390 0.020
AAS N2 C4 single 1.355 0.020
AAS C6 C5 double 1.390 0.020
AAS H5 C5 single 1.083 0.020
AAS H6 C6 single 1.083 0.020
AAS C8 C7 single 1.500 0.020
AAS O3 C7 deloc 1.454 0.020
AAS C7 O4 deloc 1.220 0.020
AAS H81 C8 single 1.059 0.020
AAS H82 C8 single 1.059 0.020
AAS H83 C8 single 1.059 0.020
AAS HG O3 single 2.234 0.020
AAS O1 S1 double 1.436 0.020
AAS O2 S1 double 1.436 0.020
AAS N1 S1 single 1.600 0.020
AAS HN11 N1 single 1.010 0.020
AAS HN12 N1 single 1.010 0.020
AAS HN21 N2 single 1.010 0.020
AAS HN22 N2 single 1.010 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
AAS O4 C7 C8 123.000 3.000
AAS O4 C7 O3 119.000 3.000
AAS C8 C7 O3 120.000 3.000
AAS C7 C8 H83 109.470 3.000
AAS C7 C8 H82 109.470 3.000
AAS C7 C8 H81 109.470 3.000
AAS H83 C8 H82 109.470 3.000
AAS H83 C8 H81 109.470 3.000
AAS H82 C8 H81 109.470 3.000
AAS C7 O3 HG 120.000 3.000
AAS O3 HG C3 180.000 3.000
AAS HG C3 C2 120.000 3.000
AAS HG C3 C4 120.000 3.000
AAS C2 C3 C4 120.000 3.000
AAS C3 C2 H2 120.000 3.000
AAS C3 C2 C1 120.000 3.000
AAS H2 C2 C1 120.000 3.000
AAS C3 C4 N2 120.000 3.000
AAS C3 C4 C5 120.000 3.000
AAS N2 C4 C5 120.000 3.000
AAS C4 N2 HN22 120.000 3.000
AAS C4 N2 HN21 120.000 3.000
AAS HN22 N2 HN21 120.000 3.000
AAS C4 C5 H5 120.000 3.000
AAS C4 C5 C6 120.000 3.000
AAS H5 C5 C6 120.000 3.000
AAS C5 C6 H6 120.000 3.000
AAS C5 C6 C1 120.000 3.000
AAS H6 C6 C1 120.000 3.000
AAS C6 C1 S1 120.000 3.000
AAS C6 C1 C2 120.000 3.000
AAS S1 C1 C2 120.000 3.000
AAS C1 S1 O1 109.500 3.000
AAS C1 S1 O2 109.500 3.000
AAS C1 S1 N1 109.500 3.000
AAS O1 S1 O2 109.500 3.000
AAS O1 S1 N1 109.500 3.000
AAS O2 S1 N1 109.500 3.000
AAS S1 N1 HN12 120.000 3.000
AAS S1 N1 HN11 120.000 3.000
AAS HN12 N1 HN11 120.000 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
AAS var_1 O4 C7 C8 H81 179.979 20.000 1
AAS var_2 O4 C7 O3 HG -0.022 20.000 1
AAS var_3 C7 O3 HG C3 180.000 20.000 1
AAS var_4 C2 C3 HG O3 180.000 20.000 1
AAS CONST_1 HG C3 C2 C1 180.000 0.000 0
AAS CONST_2 HG C3 C4 C5 180.000 0.000 0
AAS CONST_3 C3 C4 N2 HN21 0.000 0.000 0
AAS CONST_4 C3 C4 C5 C6 0.000 0.000 0
AAS CONST_5 C4 C5 C6 C1 0.000 0.000 0
AAS CONST_6 C5 C6 C1 S1 180.000 0.000 0
AAS CONST_7 C6 C1 C2 C3 0.000 0.000 0
AAS var_5 C6 C1 S1 N1 -90.234 20.000 1
AAS var_6 C1 S1 N1 HN11 -0.007 20.000 1
loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
AAS chir_01 S1 C1 O1 O2 negativ
AAS chir_02 HG O3 C3 . cross0
loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
AAS plan-1 C1 0.020
AAS plan-1 C2 0.020
AAS plan-1 C6 0.020
AAS plan-1 S1 0.020
AAS plan-1 C3 0.020
AAS plan-1 C4 0.020
AAS plan-1 C5 0.020
AAS plan-1 H2 0.020
AAS plan-1 HG 0.020
AAS plan-1 N2 0.020
AAS plan-1 H5 0.020
AAS plan-1 H6 0.020
AAS plan-1 HN22 0.020
AAS plan-1 HN21 0.020
AAS plan-2 C7 0.020
AAS plan-2 C8 0.020
AAS plan-2 O3 0.020
AAS plan-2 O4 0.020
AAS plan-3 N1 0.020
AAS plan-3 S1 0.020
AAS plan-3 HN11 0.020
AAS plan-3 HN12 0.020
AAS plan-4 N2 0.020
AAS plan-4 C4 0.020
AAS plan-4 HN21 0.020
AAS plan-4 HN22 0.020
# ------------------------------------------------------
|
