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|
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_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
ABR ABR '(R)-(N-PHENYL-2-HYDROXY-ETHYL)-2'-DE' DNA 51 31 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_ABR
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
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ABR OP3 O OP -0.666 0.000 0.000 0.000
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ABR OP1 O OP -0.666 -1.699 -1.077 -1.436
ABR OP2 O OP -0.666 -0.969 1.234 -1.908
ABR "O5'" O O2 0.000 -2.420 0.792 0.141
ABR "C5'" C CH2 0.000 -2.644 -0.196 1.147
ABR "H5'" H H 0.000 -1.721 -0.355 1.710
ABR "H5''" H H 0.000 -2.947 -1.132 0.674
ABR "C4'" C CH1 0.000 -3.746 0.279 2.095
ABR "H4'" H H 0.000 -3.448 1.215 2.587
ABR "C3'" C CH1 0.000 -4.065 -0.803 3.149
ABR "H3'" H H 0.000 -3.783 -1.798 2.776
ABR "C2'" C CH2 0.000 -5.595 -0.710 3.337
ABR "H2'" H H 0.000 -5.867 -0.442 4.360
ABR "H2''" H H 0.000 -6.099 -1.638 3.058
ABR "C1'" C CH1 0.000 -6.024 0.420 2.376
ABR "H1'" H H 0.000 -6.079 1.378 2.912
ABR "O4'" O O2 0.000 -4.986 0.464 1.372
ABR N9 N NR5 0.000 -7.316 0.105 1.763
ABR C8 C CR15 0.000 -7.512 -0.575 0.599
ABR H8 H H 0.000 -6.723 -0.974 -0.027
ABR N7 N NRD5 0.000 -8.785 -0.675 0.351
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ABR C4 C CR56 0.000 -8.552 0.437 2.258
ABR C6 C CR6 0.000 -10.851 0.137 1.598
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ABR H2 H H 0.000 -10.601 1.794 4.417
ABR N3 N NRD6 0.000 -8.988 1.092 3.328
ABR N6 N NH1 0.000 -11.817 -0.340 0.731
ABR H6 H H 0.000 -11.545 -0.843 -0.101
ABR CB C CH2 0.000 -13.236 -0.117 1.020
ABR HB1 H H 0.000 -13.432 0.956 1.070
ABR HB2 H H 0.000 -13.489 -0.577 1.977
ABR CA C CH1 0.000 -14.086 -0.742 -0.089
ABR HA H H 0.000 -13.887 -1.822 -0.139
ABR OA O OH1 0.000 -13.754 -0.139 -1.341
ABR HOA H H 0.000 -13.929 0.811 -1.297
ABR CS6 C CR6 0.000 -15.546 -0.513 0.208
ABR CS5 C CR16 0.000 -16.254 -1.440 0.949
ABR HS5 H H 0.000 -15.760 -2.332 1.313
ABR CS4 C CR16 0.000 -17.591 -1.228 1.224
ABR HS4 H H 0.000 -18.145 -1.951 1.810
ABR CS3 C CR16 0.000 -18.223 -0.093 0.753
ABR HS3 H H 0.000 -19.272 0.072 0.967
ABR CS2 C CR16 0.000 -17.516 0.831 0.007
ABR HS2 H H 0.000 -18.011 1.720 -0.364
ABR CS1 C CR16 0.000 -16.177 0.621 -0.265
ABR HS1 H H 0.000 -15.623 1.346 -0.849
ABR "O3'" O OH1 0.000 -3.391 -0.521 4.377
ABR "HO3'" H H 0.000 -3.650 -1.210 5.003
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
ABR OP3 n/a P START
ABR P OP3 "O5'" .
ABR OP1 P . .
ABR OP2 P . .
ABR "O5'" P "C5'" .
ABR "C5'" "O5'" "C4'" .
ABR "H5'" "C5'" . .
ABR "H5''" "C5'" . .
ABR "C4'" "C5'" "C3'" .
ABR "H4'" "C4'" . .
ABR "C3'" "C4'" "O3'" .
ABR "H3'" "C3'" . .
ABR "C2'" "C3'" "C1'" .
ABR "H2'" "C2'" . .
ABR "H2''" "C2'" . .
ABR "C1'" "C2'" N9 .
ABR "H1'" "C1'" . .
ABR "O4'" "C1'" . .
ABR N9 "C1'" C8 .
ABR C8 N9 N7 .
ABR H8 C8 . .
ABR N7 C8 C5 .
ABR C5 N7 C6 .
ABR C4 C5 . .
ABR C6 C5 N6 .
ABR N1 C6 C2 .
ABR C2 N1 N3 .
ABR H2 C2 . .
ABR N3 C2 . .
ABR N6 C6 CB .
ABR H6 N6 . .
ABR CB N6 CA .
ABR HB1 CB . .
ABR HB2 CB . .
ABR CA CB CS6 .
ABR HA CA . .
ABR OA CA HOA .
ABR HOA OA . .
ABR CS6 CA CS5 .
ABR CS5 CS6 CS4 .
ABR HS5 CS5 . .
ABR CS4 CS5 CS3 .
ABR HS4 CS4 . .
ABR CS3 CS4 CS2 .
ABR HS3 CS3 . .
ABR CS2 CS3 CS1 .
ABR HS2 CS2 . .
ABR CS1 CS2 HS1 .
ABR HS1 CS1 . .
ABR "O3'" "C3'" . END
ABR "HO3'" "O3'" . .
ABR "C4'" "O4'" . ADD
ABR N9 C4 . ADD
ABR C4 N3 . ADD
ABR CS6 CS1 . ADD
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
ABR OP1 P deloc 1.510 0.020
ABR OP2 P deloc 1.510 0.020
ABR "O5'" P single 1.610 0.020
ABR P OP3 deloc 1.510 0.020
ABR "C5'" "O5'" single 1.426 0.020
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ABR "H5'" "C5'" single 1.092 0.020
ABR "H5''" "C5'" single 1.092 0.020
ABR "C4'" "O4'" single 1.426 0.020
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ABR "O4'" "C1'" single 1.426 0.020
ABR N9 "C1'" single 1.485 0.020
ABR "C1'" "C2'" single 1.524 0.020
ABR "H1'" "C1'" single 1.099 0.020
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ABR C8 N9 single 1.337 0.020
ABR C4 N3 double 1.355 0.020
ABR C4 C5 single 1.490 0.020
ABR N3 C2 single 1.337 0.020
ABR C2 N1 double 1.337 0.020
ABR H2 C2 single 1.083 0.020
ABR N1 C6 single 1.350 0.020
ABR N6 C6 single 1.350 0.020
ABR C6 C5 double 1.490 0.020
ABR CB N6 single 1.450 0.020
ABR H6 N6 single 1.010 0.020
ABR OA CA single 1.432 0.020
ABR CA CB single 1.524 0.020
ABR CS6 CA single 1.480 0.020
ABR HA CA single 1.099 0.020
ABR HOA OA single 0.967 0.020
ABR HB1 CB single 1.092 0.020
ABR HB2 CB single 1.092 0.020
ABR CS6 CS1 double 1.390 0.020
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ABR CS2 CS3 double 1.390 0.020
ABR HS2 CS2 single 1.083 0.020
ABR CS3 CS4 single 1.390 0.020
ABR HS4 CS4 single 1.083 0.020
ABR HS3 CS3 single 1.083 0.020
ABR C5 N7 single 1.350 0.020
ABR N7 C8 double 1.350 0.020
ABR H8 C8 single 1.083 0.020
ABR "C2'" "C3'" single 1.524 0.020
ABR "H2'" "C2'" single 1.092 0.020
ABR "H2''" "C2'" single 1.092 0.020
ABR "O3'" "C3'" single 1.432 0.020
ABR "H3'" "C3'" single 1.099 0.020
ABR "HO3'" "O3'" single 0.967 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
ABR OP3 P OP1 119.900 3.000
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ABR OP3 P "O5'" 108.200 3.000
ABR OP1 P OP2 119.900 3.000
ABR OP1 P "O5'" 108.200 3.000
ABR OP2 P "O5'" 108.200 3.000
ABR P "O5'" "C5'" 120.500 3.000
ABR "O5'" "C5'" "H5'" 109.470 3.000
ABR "O5'" "C5'" "H5''" 109.470 3.000
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ABR "H5''" "C5'" "C4'" 109.470 3.000
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ABR "C4'" "C3'" "H3'" 108.340 3.000
ABR "C4'" "C3'" "C2'" 111.000 3.000
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ABR "C2'" "C3'" "O3'" 109.470 3.000
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ABR "C3'" "C2'" "C1'" 111.000 3.000
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ABR "H2'" "C2'" "C1'" 109.470 3.000
ABR "H2''" "C2'" "C1'" 109.470 3.000
ABR "C2'" "C1'" "H1'" 108.340 3.000
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ABR "C2'" "C1'" N9 109.470 3.000
ABR "H1'" "C1'" "O4'" 109.470 3.000
ABR "H1'" "C1'" N9 109.470 3.000
ABR "O4'" "C1'" N9 109.470 3.000
ABR "C1'" "O4'" "C4'" 111.800 3.000
ABR "C1'" N9 C8 126.000 3.000
ABR "C1'" N9 C4 126.000 3.000
ABR C8 N9 C4 108.000 3.000
ABR N9 C8 H8 126.000 3.000
ABR N9 C8 N7 108.000 3.000
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ABR C8 N7 C5 108.000 3.000
ABR N7 C5 C4 108.000 3.000
ABR N7 C5 C6 132.000 3.000
ABR C4 C5 C6 120.000 3.000
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ABR N9 C4 N3 132.000 3.000
ABR C5 C6 N1 120.000 3.000
ABR C5 C6 N6 120.000 3.000
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ABR C6 N6 H6 120.000 3.000
ABR C6 N6 CB 120.000 3.000
ABR H6 N6 CB 118.500 3.000
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ABR HB1 CB CA 109.470 3.000
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ABR CB CA OA 109.470 3.000
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ABR HA CA CS6 109.470 3.000
ABR OA CA CS6 109.470 3.000
ABR CA OA HOA 109.470 3.000
ABR CA CS6 CS5 120.000 3.000
ABR CA CS6 CS1 120.000 3.000
ABR CS5 CS6 CS1 120.000 3.000
ABR CS6 CS5 HS5 120.000 3.000
ABR CS6 CS5 CS4 120.000 3.000
ABR HS5 CS5 CS4 120.000 3.000
ABR CS5 CS4 HS4 120.000 3.000
ABR CS5 CS4 CS3 120.000 3.000
ABR HS4 CS4 CS3 120.000 3.000
ABR CS4 CS3 HS3 120.000 3.000
ABR CS4 CS3 CS2 120.000 3.000
ABR HS3 CS3 CS2 120.000 3.000
ABR CS3 CS2 HS2 120.000 3.000
ABR CS3 CS2 CS1 120.000 3.000
ABR HS2 CS2 CS1 120.000 3.000
ABR CS2 CS1 HS1 120.000 3.000
ABR CS2 CS1 CS6 120.000 3.000
ABR HS1 CS1 CS6 120.000 3.000
ABR "C3'" "O3'" "HO3'" 109.470 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
ABR var_1 OP3 P "O5'" "C5'" -60.023 20.000 1
ABR var_2 P "O5'" "C5'" "C4'" 179.974 20.000 1
ABR var_3 "O5'" "C5'" "C4'" "C3'" 176.876 20.000 3
ABR var_4 "C5'" "C4'" "O4'" "C1'" 150.000 20.000 1
ABR var_5 "C5'" "C4'" "C3'" "O3'" 90.000 20.000 3
ABR var_6 "C4'" "C3'" "C2'" "C1'" 0.000 20.000 3
ABR var_7 "C3'" "C2'" "C1'" N9 150.000 20.000 3
ABR var_8 "C2'" "C1'" "O4'" "C4'" -30.000 20.000 1
ABR var_9 "C2'" "C1'" N9 C8 -90.012 20.000 1
ABR CONST_1 "C1'" N9 C4 C5 180.000 0.000 0
ABR CONST_2 "C1'" N9 C8 N7 180.000 0.000 0
ABR CONST_3 N9 C8 N7 C5 0.000 0.000 0
ABR CONST_4 C8 N7 C5 C6 180.000 0.000 0
ABR CONST_5 N7 C5 C4 N9 0.000 0.000 0
ABR CONST_6 C5 C4 N3 C2 0.000 0.000 0
ABR CONST_7 N7 C5 C6 N6 0.000 0.000 0
ABR CONST_8 C5 C6 N1 C2 0.000 0.000 0
ABR CONST_9 C6 N1 C2 N3 0.000 0.000 0
ABR CONST_10 N1 C2 N3 C4 0.000 0.000 0
ABR var_10 C5 C6 N6 CB -179.936 20.000 1
ABR var_11 C6 N6 CB CA 179.994 20.000 3
ABR var_12 N6 CB CA CS6 179.986 20.000 3
ABR var_13 CB CA OA HOA -59.954 20.000 1
ABR var_14 CB CA CS6 CS5 -90.269 20.000 1
ABR CONST_11 CA CS6 CS1 CS2 180.000 0.000 0
ABR CONST_12 CA CS6 CS5 CS4 180.000 0.000 0
ABR CONST_13 CS6 CS5 CS4 CS3 0.000 0.000 0
ABR CONST_14 CS5 CS4 CS3 CS2 0.000 0.000 0
ABR CONST_15 CS4 CS3 CS2 CS1 0.000 0.000 0
ABR CONST_16 CS3 CS2 CS1 CS6 0.000 0.000 0
loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
ABR chir_01 "C4'" "C5'" "O4'" "C3'" negativ
ABR chir_02 "C1'" "O4'" N9 "C2'" negativ
ABR chir_03 CA OA CB CS6 negativ
ABR chir_04 "C3'" "C4'" "C2'" "O3'" positiv
loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
ABR plan-1 N9 0.020
ABR plan-1 "C1'" 0.020
ABR plan-1 C4 0.020
ABR plan-1 C8 0.020
ABR plan-1 N7 0.020
ABR plan-1 N3 0.020
ABR plan-1 C5 0.020
ABR plan-1 C2 0.020
ABR plan-1 N1 0.020
ABR plan-1 C6 0.020
ABR plan-1 H2 0.020
ABR plan-1 N6 0.020
ABR plan-1 H8 0.020
ABR plan-1 H6 0.020
ABR plan-2 N6 0.020
ABR plan-2 C6 0.020
ABR plan-2 CB 0.020
ABR plan-2 H6 0.020
ABR plan-3 CS6 0.020
ABR plan-3 CA 0.020
ABR plan-3 CS1 0.020
ABR plan-3 CS5 0.020
ABR plan-3 CS2 0.020
ABR plan-3 CS4 0.020
ABR plan-3 CS3 0.020
ABR plan-3 HS1 0.020
ABR plan-3 HS5 0.020
ABR plan-3 HS2 0.020
ABR plan-3 HS4 0.020
ABR plan-3 HS3 0.020
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