1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169
170
171
172
173
174
175
176
177
178
179
180
181
182
183
184
185
186
187
188
189
190
191
192
193
194
195
196
197
198
199
200
201
202
203
|
global_
_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
ADA ADA 'ALPHA-D-GALACTOPYRANURONIC ACID ' pyranose 22 13 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_ADA
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
ADA C1 C CH1 0.000 0.000 0.000 0.000
ADA H1 H H 0.000 0.938 -0.566 -0.086
ADA O1 O OH1 0.000 0.295 1.392 0.115
ADA HA H H 0.000 0.836 1.542 0.902
ADA O5 O O2 0.000 -0.709 -0.432 1.157
ADA C5 C CH1 0.000 -1.823 0.440 1.334
ADA H5 H H 0.000 -1.473 1.482 1.333
ADA C6 C C 0.000 -2.493 0.139 2.649
ADA O6B O OC -0.500 -3.498 0.794 3.004
ADA O6A O OC -0.500 -2.045 -0.766 3.387
ADA C4 C CH1 0.000 -2.824 0.239 0.195
ADA H4 H H 0.000 -3.689 0.901 0.345
ADA O4 O OH1 0.000 -3.259 -1.120 0.177
ADA HD H H 0.000 -3.682 -1.334 1.020
ADA C3 C CH1 0.000 -2.143 0.579 -1.134
ADA H3 H H 0.000 -1.903 1.652 -1.162
ADA O3 O OH1 0.000 -3.017 0.256 -2.217
ADA HC H H 0.000 -2.585 0.472 -3.055
ADA C2 C CH1 0.000 -0.854 -0.237 -1.248
ADA H2 H H 0.000 -1.102 -1.305 -1.326
ADA O2 O OH1 0.000 -0.128 0.171 -2.409
ADA HB H H 0.000 0.685 -0.347 -2.479
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
ADA C1 n/a O5 START
ADA H1 C1 . .
ADA O1 C1 HA .
ADA HA O1 . .
ADA O5 C1 . END
ADA C5 O5 C4 .
ADA H5 C5 . .
ADA C6 C5 O6A .
ADA O6B C6 . .
ADA O6A C6 . .
ADA C4 C5 C3 .
ADA H4 C4 . .
ADA O4 C4 HD .
ADA HD O4 . .
ADA C3 C4 C2 .
ADA H3 C3 . .
ADA O3 C3 HC .
ADA HC O3 . .
ADA C2 C3 O2 .
ADA H2 C2 . .
ADA O2 C2 HB .
ADA HB O2 . .
ADA C1 C2 . ADD
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
ADA C1 C2 single 1.524 0.020
ADA O1 C1 single 1.432 0.020
ADA O5 C1 single 1.426 0.020
ADA H1 C1 single 1.099 0.020
ADA C2 C3 single 1.524 0.020
ADA O2 C2 single 1.432 0.020
ADA H2 C2 single 1.099 0.020
ADA C3 C4 single 1.524 0.020
ADA O3 C3 single 1.432 0.020
ADA H3 C3 single 1.099 0.020
ADA C4 C5 single 1.524 0.020
ADA O4 C4 single 1.432 0.020
ADA H4 C4 single 1.099 0.020
ADA C6 C5 single 1.500 0.020
ADA C5 O5 single 1.426 0.020
ADA H5 C5 single 1.099 0.020
ADA O6B C6 deloc 1.250 0.020
ADA O6A C6 deloc 1.250 0.020
ADA HA O1 single 0.967 0.020
ADA HB O2 single 0.967 0.020
ADA HC O3 single 0.967 0.020
ADA HD O4 single 0.967 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
ADA H1 C1 O1 109.470 3.000
ADA H1 C1 O5 109.470 3.000
ADA O1 C1 O5 109.470 3.000
ADA H1 C1 C2 108.340 3.000
ADA O1 C1 C2 109.470 3.000
ADA O5 C1 C2 109.470 3.000
ADA C1 O1 HA 109.470 3.000
ADA C1 O5 C5 111.800 3.000
ADA O5 C5 H5 109.470 3.000
ADA O5 C5 C6 109.470 3.000
ADA O5 C5 C4 109.470 3.000
ADA H5 C5 C6 108.810 3.000
ADA H5 C5 C4 108.340 3.000
ADA C6 C5 C4 109.470 3.000
ADA C5 C6 O6B 118.500 3.000
ADA C5 C6 O6A 118.500 3.000
ADA O6B C6 O6A 123.000 3.000
ADA C5 C4 H4 108.340 3.000
ADA C5 C4 O4 109.470 3.000
ADA C5 C4 C3 111.000 3.000
ADA H4 C4 O4 109.470 3.000
ADA H4 C4 C3 108.340 3.000
ADA O4 C4 C3 109.470 3.000
ADA C4 O4 HD 109.470 3.000
ADA C4 C3 H3 108.340 3.000
ADA C4 C3 O3 109.470 3.000
ADA C4 C3 C2 111.000 3.000
ADA H3 C3 O3 109.470 3.000
ADA H3 C3 C2 108.340 3.000
ADA O3 C3 C2 109.470 3.000
ADA C3 O3 HC 109.470 3.000
ADA C3 C2 H2 108.340 3.000
ADA C3 C2 O2 109.470 3.000
ADA C3 C2 C1 111.000 3.000
ADA H2 C2 O2 109.470 3.000
ADA H2 C2 C1 108.340 3.000
ADA O2 C2 C1 109.470 3.000
ADA C2 O2 HB 109.470 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
ADA var_1 O5 C1 O1 HA 59.860 20.000 1
ADA var_2 C1 O5 C5 C4 60.000 20.000 1
ADA var_3 O5 C5 C6 O6A -0.034 20.000 3
ADA var_4 O5 C5 C4 C3 -60.000 20.000 3
ADA var_5 C5 C4 O4 HD 59.987 20.000 1
ADA var_6 C5 C4 C3 C2 60.000 20.000 3
ADA var_7 C4 C3 O3 HC 179.966 20.000 1
ADA var_8 C4 C3 C2 O2 180.000 20.000 3
ADA var_9 C3 C2 C1 O5 60.000 20.000 3
ADA var_10 C3 C2 O2 HB -179.963 20.000 1
ADA var_1 C5 O5 C1 C2 -60.000 20.000 1
loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
ADA chir_01 C1 C2 O1 O5 negativ
ADA chir_02 C2 C1 C3 O2 negativ
ADA chir_03 C3 C2 C4 O3 positiv
ADA chir_04 C4 C3 C5 O4 positiv
ADA chir_05 C5 C4 C6 O5 negativ
loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
ADA plan-1 C6 0.020
ADA plan-1 C5 0.000
ADA plan-1 O6B 0.000
ADA plan-1 O6A 0.000
# ------------------------------------------------------
|
